atomdata = dict() bonddata = dict() atomdata['ALA'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB1" , "H" , "H"] , [7 , "HB2" , "H" , "H"] , [8 , "HB3" , "H" , "H"] , [9 , "C" , "C" , "sp2"] , [10 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['ALA'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,9) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (9,10)] atomdata['CALA'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB1" , "H" , "H"] , [7 , "HB2" , "H" , "H"] , [8 , "HB3" , "H" , "H"] , [9 , "C" , "C" , "sp2"] , [10 , "O" , "O" , "sp2" ], [11 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CALA'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,9) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (9,10) , (9,11)] atomdata['NALA'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB1" , "H" , "H"] , [9 , "HB2" , "H" , "H"] , [10 , "HB3" , "H" , "H"] , [11 , "C" , "C" , "sp2"] , [12 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NALA'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12)] atomdata['ARG'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp3"] , [12 , "HD2" , "H" , "H"] , [13 , "HD3" , "H" , "H"] , [14 , "NE" , "N" , "sp3"] , [15 , "HE" , "H" , "H"] , [16 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [17 , "NH1" , "N" , "sp2"] , [18 , "HH11" , "H" , "H"] , [19 , "HH12" , "H" , "H"] , [20 , "NH2" , "N" , "sp2"] , [21 , "HH21" , "H" , "H"] , [22 , "HH22" , "H" , "H"] , [23 , "C" , "C" , "sp2"] , [24 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['ARG']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,23) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (11,14), (14,15) , (14,16) , (16,17) , (16,20) , (17,18) , (17,19), (20,21) , (20,22) , (23,24)] atomdata['CARG'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp3"] , [12 , "HD2" , "H" , "H"] , [13 , "HD3" , "H" , "H"] , [14 , "NE" , "N" , "sp3"] , [15 , "HE" , "H" , "H"] , [16 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [17 , "NH1" , "N" , "sp2"] , [18 , "HH11" , "H" , "H"] , [19 , "HH12" , "H" , "H"] , [20 , "NH2" , "N" , "sp2"] , [21 , "HH21" , "H" , "H"] , [22 , "HH22" , "H" , "H"] , [23 , "C" , "C" , "sp2"] , [24 , "O" , "O" , "sp2" ], [25 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CARG']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,23) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (11,14), (14,15) , (14,16) , (16,17) , (16,20) , (17,18) , (17,19), (20,21) , (20,22) , (23,24) , (23,25)] atomdata['NARG'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp3"] , [11 , "HG2" , "H" , "H"] , [12 , "HG3" , "H" , "H"] , [13 , "CD" , "C" , "sp3"] , [14 , "HD2" , "H" , "H"] , [15 , "HD3" , "H" , "H"] , [16 , "NE" , "N" , "sp3"] , [17 , "HE" , "H" , "H"] , [18 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [19 , "NH1" , "N" , "sp2"] , [20 , "HH11" , "H" , "H"] , [21 , "HH12" , "H" , "H"] , [22 , "NH2" , "N" , "sp2"] , [23 , "HH21" , "H" , "H"] , [24 , "HH22" , "H" , "H"] , [25 , "C" , "C" , "sp2"] , [26 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NARG']=[(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,25) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (13,14) , (13,15) , (13,16), (16,17) , (16,18) , (18,19) , (18,22) , (19,20) , (19,21), (22,23) , (22,24) , (25,26)] atomdata['ASH'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [10 , "OD2" , "O" , "sp3"] , [11 , "HD2" , "H" , "H"] , [12 , "C" , "C" , "sp2"] , [13 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['ASH'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,12) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (10,11) , (12,13)] atomdata['ASN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [10 , "ND2" , "N" , "sp2"] , [11 , "HD21" , "H" , "H"] , [12 , "HD22" , "H" , "H"] , [13 , "C" , "C" , "sp2"] , [14 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['ASN'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,13) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (10,11) , (10,12) , (13,14)] atomdata['CASN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [10 , "ND2" , "N" , "sp2"] , [11 , "HD21" , "H" , "H"] , [12 , "HD22" , "H" , "H"] , [13 , "C" , "C" , "sp2"] , [14 , "O" , "O" , "sp2" ], [15 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CASN'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,13) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (10,11) , (10,12) , (13,14) , (13,15)] atomdata['NASN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [12 , "ND2" , "N" , "sp2"] , [13 , "HD21" , "H" , "H"] , [14 , "HD22" , "H" , "H"] , [15 , "C" , "C" , "sp2"] , [16 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NASN'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,15) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (12,13) , (12,14) , (15,16)] atomdata['ASP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [10 , "OD2" , "O" , "sp3"] , [11 , "C" , "C" , "sp2"] , [12 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['ASP'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,11) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (11,12)] atomdata['CASP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [10 , "OD2" , "O" , "sp3"] , [11 , "C" , "C" , "sp2"] , [12 , "O" , "O" , "sp2"], [13 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CASP'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,11) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (11,12) , (11,13)] atomdata['NASP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "OD1" , "O" , "sp2"] , [12 , "OD2" , "O" , "sp3"] , [13 , "C" , "C" , "sp2"] , [14 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NASP'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,13) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (13,14)] atomdata['CYM'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB3" , "H" , "H"] , [7 , "HB2" , "H" , "H"] , [8 , "SG" , "S" , "sp3"] , [9 , "C" , "C" , "sp2"] , [10 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['CYM'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,9) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (9,10)] atomdata['CYS'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "SG" , "S" , "sp3"] , [9 , "HG" , "H" , "H"] , [10 , "C" , "C" , "sp2" ] , [11 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['CYS'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,10) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (10,11)] atomdata['CCYS'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "SG" , "S" , "sp3"] , [9 , "HG" , "H" , "H"] , [10 , "C" , "C" , "sp2" ] , [11 , "O" , "O" , "sp2"] , [12, "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CCYS'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,10) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (10,11) , (10,12)] atomdata['NCYS'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "SG" , "S" , "sp3"] , [11 , "HG" , "H" , "H"] , [12 , "C" , "C" , "sp2" ] , [13 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NCYS'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,12) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (12,13)] atomdata['CYX'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "SG" , "S" , "sp3"] , [9 , "C" , "C" , "sp2"] , [10 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['CYX'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,9) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (9,10)] atomdata['CCYX'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "SG" , "S" , "sp3"] , [9 , "C" , "C" , "sp2"] , [10 , "O" , "O" , "sp2" ], [11 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CCYX'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,9) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (9,10) , (9,11)] atomdata['NCYX'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "SG" , "S" , "sp3"] , [11 , "C" , "C" , "sp2"] , [12 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NCYX'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12)] atomdata['GLH'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp2"] , [12 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [13 , "OE2" , "O" , "sp3"] , [14 , "HE2" , "H" , "H"] , [15 , "C" , "C" , "sp2" ] , [16 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['GLH'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,15) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (15,16)] atomdata['GLN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp2"] , [12 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [13 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [14 , "HE21" , "H" , "H"] , [15 , "HE22" , "H" , "H"] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['GLN'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15) , (16,17)] atomdata['CGLN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp2"] , [12 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [13 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [14 , "HE21" , "H" , "H"] , [15 , "HE22" , "H" , "H"] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"] , [18, "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CGLN'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15) , (16,17) , (16,18)] atomdata['NGLN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp3"] , [11 , "HG2" , "H" , "H"] , [12 , "HG3" , "H" , "H"] , [13 , "CD" , "C" , "sp2"] , [14 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [15 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [16 , "HE21" , "H" , "H"] , [17 , "HE22" , "H" , "H"] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NGLN'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,18) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (13,14) , (14,15) , (15,16) , (15,17) , (18,19)] atomdata['GLU'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp2"] , [12 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [13 , "OE2" , "O" , "sp2"] , [14 , "C" , "C" , "sp2"] , [15 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['GLU'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,14) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (14,15)] atomdata['CGLU'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp2"] , [12 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [13 , "OE2" , "O" , "sp2"] , [14 , "C" , "C" , "sp2"] , [15 , "O" , "O" , "sp2"] , [16 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CGLU'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,14) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (14,15) , (14,16)] atomdata['NGLU'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp3"] , [11 , "HG2" , "H" , "H"] , [12 , "HG3" , "H" , "H"] , [13 , "CD" , "C" , "sp2"] , [14 , "OE1" , "O" , "sp2"] , [15 , "OE2" , "O" , "sp2"] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NGLU'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,16) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (13,14) , (13,15) , (16,17)] atomdata['GLY'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA2" , "H" , "H"] , [5 , "HA3" , "H" , "H"] , [6 , "C" , "C" , "sp2"] , [7 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['GLY'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,6) , (6,7)] atomdata['CGLY'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA2" , "H" , "H"] , [5 , "HA3" , "H" , "H"] , [6 , "C" , "C" , "sp2"] , [7 , "O" , "O" , "sp2" ] , [8 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CGLY'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,6) , (6,7) , (6,8)] atomdata['NGLY'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA2" , "H" , "H"] , [7 , "HA3" , "H" , "H"] , [8 , "C" , "C" , "sp2"] , [9 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NGLY'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9)] atomdata['HID'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [14 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [15 , "HD2" , "H" , "H" ] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['HID'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,14) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (14,15) , (16,17)] atomdata['CHID'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [14 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [15 , "HD2" , "H" , "H" ] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"] , [18 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CHID'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,14) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (14,15) , (16,17) , (16,18)] atomdata['NHID'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [12 , "HD1" , "H" , "H"] , [13 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [14 , "HE1" , "H" , "H"] , [15 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [16 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HD2" , "H" , "H" ] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NHID'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,18) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,16) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15) , (15,16) , (16,17) , (18,19)] atomdata['HIE'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [10 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [11 , "HE1" , "H" , "H"] , [12 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [13 , "HE2" , "H" , "H"] , [14 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [15 , "HD2" , "H" , "H" ] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['HIE'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,14) , (9,10) , (10,11) , (10,12) , (12,13) , (12,14) , (14,15) , (16,17)] atomdata['CHIE'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [10 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [11 , "HE1" , "H" , "H"] , [12 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [13 , "HE2" , "H" , "H"] , [14 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [15 , "HD2" , "H" , "H" ] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"] , [18 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CHIE'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,14) , (9,10) , (10,11) , (10,12) , (12,13) , (12,14) , (14,15) , (16,17) , (16,18)] atomdata['NHIE'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [12 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [13 , "HE1" , "H" , "H"] , [14 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [15 , "HE2" , "H" , "H"] , [16 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HD2" , "H" , "H" ] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NHIE'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,18) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,16) , (11,12) , (12,13) , (12,14) , (14,15) , (14,16) , (16,17) , (18,19)] atomdata['HIP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [14 , "HE2" , "H" , "H"] , [15 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [16 , "HD2" , "H" , "H" ] , [17 , "C" , "C" , "sp2"] , [18 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['HIP'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,17) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,15) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15) ,(15,16) , (17,18)] atomdata['CHIP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [14 , "HE2" , "H" , "H"] , [15 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [16 , "HD2" , "H" , "H" ] , [17 , "C" , "C" , "sp2"] , [18 , "O" , "O" , "sp2"] , [19 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CHIP'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,17) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,15) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15) ,(15,16) , (17,18) , (17,19)] atomdata['NHIP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "ND1" , "N" , "sp2"] , [12 , "HD1" , "H" , "H"] , [13 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [14 , "HE1" , "H" , "H"] , [15 , "NE2" , "N" , "sp2"] , [16 , "HE2" , "H" , "H"] , [17 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [18 , "HD2" , "H" , "H" ] , [19 , "C" , "C" , "sp2"] , [20 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NHIP'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,19) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (8,17) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15) , (15,16) , (15,17) ,(17,18) , (19,20)] atomdata['HYP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "CD" , "C" , "sp3"] , [3 , "HD22" , "H" , "H"] , [4 , "HD23" , "H" , "H"] , [5 , "CG" , "C" , "sp3"] , [6 , "HG" , "H" , "H"] , [7 , "OD1" , "O" , "sp3"] , [8 , "HD1" , "H" , "H"] , [9 , "CB" , "C" , "sp3"] , [10 , "HB2" , "H" , "H"] , [11 , "HB3" , "H" , "H"] , [12 , "CA" , "C" , "sp3"] , [13 , "HA" , "H" , "H"] , [14 , "C" , "C" , "sp2"] , [15 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['HYP'] = [(1,2) , (1,12) , (2,3) , (2,4) , (2,5) , (5,6) , (5,7) , (5,9) , (7,8) , (9,10) , (9,11) , (9,12) , (12,13) , (12,14) , (14,15)] atomdata['CHYP'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "CD" , "C" , "sp3"] , [3 , "HD22" , "H" , "H"] , [4 , "HD23" , "H" , "H"] , [5 , "CG" , "C" , "sp3"] , [6 , "HG" , "H" , "H"] , [7 , "OD1" , "O" , "sp3"] , [8 , "HD1" , "H" , "H"] , [9 , "CB" , "C" , "sp3"] , [10 , "HB2" , "H" , "H"] , [11 , "HB3" , "H" , "H"] , [12 , "CA" , "C" , "sp3"] , [13 , "HA" , "H" , "H"] , [14 , "C" , "C" , "sp2"] , [15 , "O" , "O" , "sp2"] , [16 , "O" , "OXT" , "sp2"]] bonddata['CHYP'] = [(1,2) , (1,12) , (2,3) , (2,4) , (2,5) , (5,6) , (5,7) , (5,9) , (7,8) , (9,10) , (9,11) , (9,12) , (12,13) , (12,14) , (14,15) , (14,16)] atomdata['ILE'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB" , "H" , "H"] , [7 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG21" , "H" , "H"] , [9 , "HG22" , "H" , "H"] , [10 , "HG23" , "H" , "H"] , [11 , "CG1" , "C" , "sp3"] , [12 , "HG12" , "H" , "H"] , [13 , "HG13" , "H" , "H"] , [14 , "CD1" , "C" , "sp3"] , [15 , "HD11" , "H" , "H"] , [16 , "HD12" , "H" , "H"] , [17 , "HD13" , "H" , "H"] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['ILE'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,18) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (14,15) , (14,16) , (14,17) , (18,19)] atomdata['CILE'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB" , "H" , "H"] , [7 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG21" , "H" , "H"] , [9 , "HG22" , "H" , "H"] , [10 , "HG23" , "H" , "H"] , [11 , "CG1" , "C" , "sp3"] , [12 , "HG12" , "H" , "H"] , [13 , "HG13" , "H" , "H"] , [14 , "CD1" , "C" , "sp3"] , [15 , "HD11" , "H" , "H"] , [16 , "HD12" , "H" , "H"] , [17 , "HD13" , "H" , "H"] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2" ] , [20 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CILE'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,18) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (14,15) , (14,16) , (14,17) , (18,19) , (18,20)] atomdata['NILE'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB" , "H" , "H"] , [9 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [10 , "HG21" , "H" , "H"] , [11 , "HG22" , "H" , "H"] , [12 , "HG23" , "H" , "H"] , [13 , "CG1" , "C" , "sp3"] , [14 , "HG12" , "H" , "H"] , [15 , "HG13" , "H" , "H"] , [14 , "CD1" , "C" , "sp3"] , [17 , "HD11" , "H" , "H"] , [18 , "HD12" , "H" , "H"] , [19 , "HD13" , "H" , "H"] , [20 , "C" , "C" , "sp2"] , [21 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NILE'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,20) , (7,8) , (7,9) , (7,13) , (9,10) , (9,11) , (9,12) , (13,14) , (13,15) , (13,16) , (16,17) , (16,18) , (16,19) , (20,21)] atomdata['LEU'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG" , "H" , "H"] , [10 , "CD1" , "C" , "sp3"] , [11 , "HD11" , "H" , "H"] , [12 , "HD12" , "H" , "H"] , [13 , "HD13" , "H" , "H"] , [14 , "CD2" , "C" , "sp3"] , [15 , "HD21" , "H" , "H"] , [16 , "HD22" , "H" , "H"] , [17 , "HD23" , "H" , "H"] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['LEU'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,18) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,14) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (14,15) , (14,16) , (14,17) , (18,19)] atomdata['CLEU'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG" , "H" , "H"] , [10 , "CD1" , "C" , "sp3"] , [11 , "HD11" , "H" , "H"] , [12 , "HD12" , "H" , "H"] , [13 , "HD13" , "H" , "H"] , [14 , "CD2" , "C" , "sp3"] , [15 , "HD21" , "H" , "H"] , [16 , "HD22" , "H" , "H"] , [17 , "HD23" , "H" , "H"] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2" ] , [20 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CLEU'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,18) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,14) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (14,15) , (14,16) , (14,17) , (18,19) , (18,20)] atomdata['NLEU'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp3"] , [11 , "HG" , "H" , "H"] , [12 , "CD1" , "C" , "sp3"] , [13 , "HD11" , "H" , "H"] , [14 , "HD12" , "H" , "H"] , [15 , "HD13" , "H" , "H"] , [16 , "CD2" , "C" , "sp3"] , [17 , "HD21" , "H" , "H"] , [18 , "HD22" , "H" , "H"] , [19 , "HD23" , "H" , "H"] , [20 , "C" , "C" , "sp2"] , [21 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NLEU'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,20) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,16) , (12,13) , (12,14) , (12,15) , (16,17) , (16,18) , (16,19) , (20,21)] atomdata['LYN'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp3"] , [12 , "HD2" , "H" , "H"] , [13 , "HD3" , "H" , "H"] , [14 , "CE" , "C" , "sp3"] , [15 , "HE2" , "H" , "H"] , [16 , "HE3" , "H" , "H"] , [17 , "NZ" , "N" , "sp3"] , [18 , "HZ2" , "H" , "H"] , [19 , "HZ3" , "H" , "H"] , [20 , "C" , "C" , "sp2"] , [21 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['LYN'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,20) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (14,15) , (14,16) , (14,17) ,(17,18) , (17,19) , (20,21)] atomdata['LYS'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp3"] , [12 , "HD2" , "H" , "H"] , [13 , "HD3" , "H" , "H"] , [14 , "CE" , "C" , "sp3"] , [15 , "HE2" , "H" , "H"] , [16 , "HE3" , "H" , "H"] , [17 , "NZ" , "N" , "sp3"] , [18 , "HZ1" , "H" , "H"] , [19 , "HZ2" , "H" , "H"] , [20 , "HZ3" , "H" , "H"] , [21 , "C" , "C" , "sp2"] , [22 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['LYS'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,21) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (14,15) , (14,16) , (14,17) ,(17,18) , (17,19) , (17,20) , (21,22)] atomdata['CLYS'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "CD" , "C" , "sp3"] , [12 , "HD2" , "H" , "H"] , [13 , "HD3" , "H" , "H"] , [14 , "CE" , "C" , "sp3"] , [15 , "HE2" , "H" , "H"] , [16 , "HE3" , "H" , "H"] , [17 , "NZ" , "N" , "sp3"] , [18 , "HZ1" , "H" , "H"] , [19 , "HZ2" , "H" , "H"] , [20 , "HZ3" , "H" , "H"] , [21 , "C" , "C" , "sp2"] , [22 , "O" , "O" , "sp2"] , [23 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CLYS'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,21) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (14,15) , (14,16) , (14,17) ,(17,18) , (17,19) , (17,20) , (21,22) , (21,23)] atomdata['NLYS'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp3"] , [11 , "HG2" , "H" , "H"] , [12 , "HG3" , "H" , "H"] , [13 , "CD" , "C" , "sp3"] , [14 , "HD2" , "H" , "H"] , [15 , "HD3" , "H" , "H"] , [16 , "CE" , "C" , "sp3"] , [17 , "HE2" , "H" , "H"] , [18 , "HE3" , "H" , "H"] , [19 , "NZ" , "N" , "sp3"] , [20 , "HZ1" , "H" , "H"] , [21 , "HZ2" , "H" , "H"] , [22 , "HZ3" , "H" , "H"] , [23 , "C" , "C" , "sp2"] , [24 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NLYS'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,23) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (13,14) , (13,15) , (13,16) , (16,17) , (16,18) , (16,19) ,(19,20) , (19,21) , (19,22) , (23,24)] atomdata['MET'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "SD" , "S" , "sp3"] , [12 , "CE" , "C" , "sp3"] , [13 , "HE1" , "H" , "H"] , [14 , "HE2" , "H" , "H"] , [15 , "HE3" , "H" , "H"] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['MET'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (12,13) , (12,14) , (12,15) , (16,17)] atomdata['CMET'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp3"] , [9 , "HG2" , "H" , "H"] , [10 , "HG3" , "H" , "H"] , [11 , "SD" , "S" , "sp3"] , [12 , "CE" , "C" , "sp3"] , [13 , "HE1" , "H" , "H"] , [14 , "HE2" , "H" , "H"] , [15 , "HE3" , "H" , "H"] , [16 , "C" , "C" , "sp2"] , [17 , "O" , "O" , "sp2"] , [18 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CMET'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,16) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (12,13) , (12,14) , (12,15) , (16,17) , (16,18)] atomdata['NMET'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp3"] , [11 , "HG2" , "H" , "H"] , [12 , "HG3" , "H" , "H"] , [13 , "SD" , "S" , "sp3"] , [14 , "CE" , "C" , "sp3"] , [15 , "HE1" , "H" , "H"] , [16 , "HE2" , "H" , "H"] , [17 , "HE3" , "H" , "H"] , [18 , "C" , "C" , "sp2"] , [19 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NMET'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,18) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (13,14) , (14,15) , (14,16) , (14,17) , (18,19)] atomdata['PHE'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [14 , "HZ" , "H" , "H"] , [15 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [16 , "HE2" , "H" , "H"] , [17 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [18 , "HD2" , "H" , "H"] , [19 , "C" , "C" , "sp2"] , [20 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['PHE']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,19) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,17) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13), (13,14) , (13,15) , (15,16) , (15,17) , (17,18) , (19,20)] atomdata['CPHE'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [14 , "HZ" , "H" , "H"] , [15 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [16 , "HE2" , "H" , "H"] , [17 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [18 , "HD2" , "H" , "H"] , [19 , "C" , "C" , "sp2"] , [20 , "O" , "O" , "sp2" ] , [21 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CPHE']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,19) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,17) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13), (13,14) , (13,15) , (15,16) , (15,17) , (17,18) , (19,20), (19,21)] atomdata['NPHE'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HD1" , "H" , "H"] , [13 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [14 , "HE1" , "H" , "H"] , [15 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [16 , "HZ" , "H" , "H"] , [17 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [18 , "HE2" , "H" , "H"] , [19 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [20 , "HD2" , "H" , "H"] , [21 , "C" , "C" , "sp2"] , [22 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NPHE']=[(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,21) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,19) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15), (15,16) , (15,17) , (17,18) , (17,19) , (19,20) , (21,22)] atomdata['PRO'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "CD" , "C" , "sp3"] , [3 , "HD2" , "H" , "H"] , [4 , "HD3" , "H" , "H"] , [5 , "CG" , "C" , "sp3"] , [6 , "HG2" , "H" , "H"] , [7 , "HG3" , "H" , "H"] , [8 , "CB" , "C" , "sp3"] , [9 , "HB2" , "H" , "H"] , [10 , "HB3" , "H" , "H"] , [11 , "CA" , "C" , "sp3"] ,[12 , "HA" , "H" , "H"] , [13 , "C" , "C" , "sp2"] , [14 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['PRO'] = [(1,2) , (1,11) , (2,3) , (2,4) , (2,5) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) ,(13,14)] atomdata['CPRO'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "CD" , "C" , "sp3"] , [3 , "HD2" , "H" , "H"] , [4 , "HD3" , "H" , "H"] , [5 , "CG" , "C" , "sp3"] , [6 , "HG2" , "H" , "H"] , [7 , "HG3" , "H" , "H"] , [8 , "CB" , "C" , "sp3"] , [9 , "HB2" , "H" , "H"] , [10 , "HB3" , "H" , "H"] , [11 , "CA" , "C" , "sp3"] ,[12 , "HA" , "H" , "H"] , [13 , "C" , "C" , "sp2"] , [14 , "O" , "O" , "sp2"] , [15 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CPRO'] = [(1,2) , (1,11) , (2,3) , (2,4) , (2,5) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,10) , (8,11) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15)] atomdata['NPRO'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H2" , "H" , "H"] , [3 , "H3" , "H" , "H"] , [4 , "CD" , "C" , "sp3"] , [5 , "HD2" , "H" , "H"] , [6 , "HD3" , "H" , "H"] , [7 , "CG" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG2" , "H" , "H"] , [9 , "HG3" , "H" , "H"] , [10 , "CB" , "C" , "sp3"] , [11 , "HB2" , "H" , "H"] , [12 , "HB3" , "H" , "H"] , [13 , "CA" , "C" , "sp3"] ,[14 , "HA" , "H" , "H"] , [15 , "C" , "C" , "sp2"] , [16 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NPRO'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,13) , (4,5) , (4,6) , (4,7) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,12) , (10,13) , (13,14) , (13,15) ,(15,16)] atomdata['SER'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "OG" , "O" , "sp3"] , [9 , "HG" , "H" , "H"] , [10 , "C" , "C" , "sp2" ] , [11 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['SER'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,10) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (10,11)] atomdata['CSER'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "OG" , "O" , "sp3"] , [9 , "HG" , "H" , "H"] , [10 , "C" , "C" , "sp2" ] , [11 , "O" , "O" , "sp2"] , [12 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CSER'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,10) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (10,11) , (10,12)] atomdata['NSER'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "OG" , "O" , "sp3"] , [11 , "HG" , "H" , "H"] , [12 , "C" , "C" , "sp2" ] , [13 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NSER'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,12) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (12,13)] atomdata['THR'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB" , "H" , "H"] , [7 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG21" , "H" , "H"] , [9 , "HG22" , "H" , "H"] , [10 , "HG23" , "H" , "H"] , [11 , "OG1" , "O" , "sp3"] , [12 , "HG1" , "H" , "H"] , [13 , "C" , "C" , "sp2" ] , [14 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['THR'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,13) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12) , (13,14)] atomdata['CTHR'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB" , "H" , "H"] , [7 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG21" , "H" , "H"] , [9 , "HG22" , "H" , "H"] , [10 , "HG23" , "H" , "H"] , [11 , "OG1" , "O" , "sp3"] , [12 , "HG1" , "H" , "H"] , [13 , "C" , "C" , "sp2" ] , [14 , "O" , "O" , "sp2"] , [15 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CTHR'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,13) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12) , (13,14) , (13,15)] atomdata['NTHR'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB" , "H" , "H"] , [9 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [10 , "HG21" , "H" , "H"] , [11 , "HG22" , "H" , "H"] , [12 , "HG23" , "H" , "H"] , [13 , "OG1" , "O" , "sp3"] , [14 , "HG1" , "H" , "H"] , [15 , "C" , "C" , "sp2" ] , [16 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NTHR'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,15) , (7,8) , (7,9) , (7,13) , (9,10) , (9,11) , (9,12) , (13,14) , (15,16)] atomdata['TRP'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "NE1" , "N" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [14 , "CZ2" , "C" , "sp2"] , [15 , "HZ2" , "H" , "H"] , [16 , "CH2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HH2" , "H" , "H"] , [18 , "CZ3" , "C" , "sp2"] , [19 , "HZ3" , "H" , "H"] , [20 , "CE3" , "C" , "sp2"] , [21 , "HE3" , "H" , "H"] , [22 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [23 , "C" , "C" , "sp2"] , [24 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['TRP']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,23) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,22) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13), (13,14) , (13,22) , (14,15) , (14,16) , (16,17) , (16,18) , (18,19) , (18,20) , (20,21) , (20,22) , (23,24)] atomdata['CTRP'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "NE1" , "N" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [14 , "CZ2" , "C" , "sp2"] , [15 , "HZ2" , "H" , "H"] , [16 , "CH2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HH2" , "H" , "H"] , [18 , "CZ3" , "C" , "sp2"] , [19 , "HZ3" , "H" , "H"] , [20 , "CE3" , "C" , "sp2"] , [21 , "HE3" , "H" , "H"] , [22 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [23 , "C" , "C" , "sp2"] , [24 , "O" , "O" , "sp2" ] , [25 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CTRP']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,23) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,22) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13), (13,14) , (13,22) , (14,15) , (14,16) , (16,17) , (16,18) , (18,19) , (18,20) , (20,21) , (20,22) , (23,24) , (23,25)] atomdata['NTRP'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HD1" , "H" , "H"] , [13 , "NE1" , "N" , "sp2"] , [14 , "HE1" , "H" , "H"] , [15 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [16 , "CZ2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HZ2" , "H" , "H"] , [18 , "CH2" , "C" , "sp2"] , [19 , "HH2" , "H" , "H"] , [20 , "CZ3" , "C" , "sp2"] , [21 , "HZ3" , "H" , "H"] , [22 , "CE3" , "C" , "sp2"] , [23 , "HE3" , "H" , "H"] , [24 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [25 , "C" , "C" , "sp2"] , [26 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NTRP']=[(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,25) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (8,24) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15), (15,16) , (15,24) , (16,17) , (16,18) , (18,19) , (18,20) , (20,21) , (20,22) , (22,23) , (22,24) , (25,26)] atomdata['TYR'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [14 , "OH" , "O" , "sp3"] , [15 , "HH" , "H" , "H"] , [16 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HE2" , "H" , "H"] , [18 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [19 , "HD2" , "H" , "H"] , [20 , "C" , "C" , "sp2"] , [21 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['TYR']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,20) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,18) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13), (13,14) , (13,16) , (14,15) , (16,17) , (16,18) , (18,19) , (20,21)] atomdata['CTYR'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB2" , "H" , "H"] , [7 , "HB3" , "H" , "H"] , [8 , "CG" , "C" , "sp2"] , [9 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [10 , "HD1" , "H" , "H"] , [11 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HE1" , "H" , "H"] , [13 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [14 , "OH" , "O" , "sp3"] , [15 , "HH" , "H" , "H"] , [16 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [17 , "HE2" , "H" , "H"] , [18 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [19 , "HD2" , "H" , "H"] , [20 , "C" , "C" , "sp2"] , [21 , "O" , "O" , "sp2"] , [22 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CTYR']=[(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,20) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9) , (8,18) , (9,10) , (9,11) , (11,12) , (11,13), (13,14) , (13,16) , (14,15) , (16,17) , (16,18) , (18,19) , (20,21) , (20,22)] atomdata['NTYR'] =[[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB2" , "H" , "H"] , [9 , "HB3" , "H" , "H"] , [10 , "CG" , "C" , "sp2"] , [11 , "CD1" , "C" , "sp2"] , [12 , "HD1" , "H" , "H"] , [13 , "CE1" , "C" , "sp2"] , [14 , "HE1" , "H" , "H"] , [15 , "CZ" , "C" , "sp2"] , [16 , "OH" , "O" , "sp3"] , [17 , "HH" , "H" , "H"] , [18 , "CE2" , "C" , "sp2"] , [19 , "HE2" , "H" , "H"] , [20 , "CD2" , "C" , "sp2"] , [21 , "HD2" , "H" , "H"] , [22 , "C" , "C" , "sp2"] , [23 , "O" , "O" , "sp2"]] bonddata['NTYR']=[(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,22) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (10,11) , (10,20) , (11,12) , (11,13) , (13,14) , (13,15), (15,16) , (15,18) , (16,17) , (17,18) , (18,20) , (20,21) , (22,23)] atomdata['VAL'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB" , "H" , "H"] , [7 , "CG1" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG11" , "H" , "H"] , [9 , "HG12" , "H" , "H"] , [10 , "HG13" , "H" , "H"] , [11 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [12 , "HG21" , "H" , "H"] , [13 , "HG22" , "H" , "H"] , [14 , "HG23" , "H" , "sp3"] , [15 , "C" , "C" , "sp2"] , [16 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['VAL'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,15) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (15,16)] atomdata['CVAL'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "HB" , "H" , "H"] , [7 , "CG1" , "C" , "sp3"] , [8 , "HG11" , "H" , "H"] , [9 , "HG12" , "H" , "H"] , [10 , "HG13" , "H" , "H"] , [11 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [12 , "HG21" , "H" , "H"] , [13 , "HG22" , "H" , "H"] , [14 , "HG23" , "H" , "sp3"] , [15 , "C" , "C" , "sp2"] , [16 , "O" , "O" , "sp2" ] , [17 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CVAL'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,15) , (5,6) , (5,7) , (5,11) , (7,8) , (7,9) , (7,10) , (11,12) , (11,13) , (11,14) , (15,16) , (15,17)] atomdata['NVAL'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "HB" , "H" , "H"] , [9 , "CG1" , "C" , "sp3"] , [10 , "HG11" , "H" , "H"] , [11 , "HG12" , "H" , "H"] , [12 , "HG13" , "H" , "H"] , [13 , "CG2" , "C" , "sp3"] , [14 , "HG21" , "H" , "H"] , [15 , "HG22" , "H" , "H"] , [16 , "HG23" , "H" , "sp3"] , [17 , "C" , "C" , "sp2"] , [18 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NVAL'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,17) , (7,8) , (7,9) , (7,13) , (9,10) , (9,11) , (9,12) , (13,14) , (13,15) , (13,16) , (17,18)] # adk44 additions atomdata['XXX'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "C" , "C" , "sp2"] , [7 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['XXX'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,6) , (6,7)] atomdata['CXXX'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H" , "H" , "H"] , [3 , "CA" , "C" , "sp3"] , [4 , "HA" , "H" , "H"] , [5 , "CB" , "C" , "sp3"] , [6 , "C" , "C" , "sp2"] , [7 , "O" , "O" , "sp2" ] , [8 , "OXT" , "O" , "sp2"]] bonddata['CXXX'] = [(1,2) , (1,3) , (3,4) , (3,5) , (3,6) , (6,7) , (6,8)] atomdata['NXXX'] = [[1 , "N" , "N" , "sp2"] , [2 , "H1" , "H" , "H"] , [3 , "H2" , "H" , "H"] , [4 , "H3" , "H" , "H"] , [5 , "CA" , "C" , "sp3"] , [6 , "HA" , "H" , "H"] , [7 , "CB" , "C" , "sp3"] , [8 , "C" , "C" , "sp2"] , [9 , "O" , "O" , "sp2" ]] bonddata['NXXX'] = [(1,2) , (1,3) , (1,4) , (1,5) , (5,6) , (5,7) , (5,8) , (8,9)]