#!/bin/bash

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# start of PBS directives
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#
#SBATCH -J Benzene_400
#
#SBATCH -n1
#
#SBATCH --time=168:00:00
#
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL,TIME_LIMIT_90
#
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# Start of shell script proper.
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set -e

echo "Starting job $SLURM_JOBID"
echo
echo

TMP=/scratch/ab2480/$SLURM_JOBID
mkdir -p $TMP
mkdir $SLURM_JOB_NAME

cp -r * $TMP

cd $TMP
/home/ab2480/svn/GMIN/builds/sep_2020/GMIN > output
#/home/sn402/workspace/pinned_BLJ/MD_code_pinned/original_code/binaryMD > out

cp -r * $SLURM_SUBMIT_DIR/$SLURM_JOB_NAME

cd $SLURM_SUBMIT_DIR
rm -rf $TMP

echo
echo "Job finished. PBS details are:"
echo
qstat -f ${SLURM_JOBID}
echo
echo Finished at `date`