hdiff output

r33739/OPTIM.tex 2018-02-22 12:13:49.278595800 +0000 r33738/OPTIM.tex 2018-02-22 12:13:49.482598668 +0000
2306: 2306: 
2307: This keyword takes an optional argument {\it AACONVERGENCE \/}. If present, this switches on the use of the more accurate distance measure and method of calculating the RMS force for angle-axis coordinates described in this paper: V. Ruhle, H. Kusumaatmaja, D. Chakrabarti and D. J. Wales, {\it J. Chem. Theory Comput.}, 2013, {\bf 9}, 4026-4034.2307: This keyword takes an optional argument {\it AACONVERGENCE \/}. If present, this switches on the use of the more accurate distance measure and method of calculating the RMS force for angle-axis coordinates described in this paper: V. Ruhle, H. Kusumaatmaja, D. Chakrabarti and D. J. Wales, {\it J. Chem. Theory Comput.}, 2013, {\bf 9}, 4026-4034.
2308: 2308: 
2309: \item {\it RIGIDMOLECULES\/}: For use only in conjunction with {\it RIGIDINIT}. Indicates a system composed of multiple rigid bodies and having no free atoms. This is a temporary keyword, used to isolate some parts of the rigid body code from the biomolecule potentials and similar. Most users probably don't need to use it, but talk to sn402 if you're unsure. Hopefully this keyword will soon be removed completely and its functionality absorbed into other keywords as appropriate.2309: \item {\it RIGIDMOLECULES\/}: For use only in conjunction with {\it RIGIDINIT}. Indicates a system composed of multiple rigid bodies and having no free atoms. This is a temporary keyword, used to isolate some parts of the rigid body code from the biomolecule potentials and similar. Most users probably don't need to use it, but talk to sn402 if you're unsure. Hopefully this keyword will soon be removed completely and its functionality absorbed into other keywords as appropriate.
2310: 2310: 
2311: \item {\it RING a1 a2...}: When using natural internal coordinates, specifies2311: \item {\it RING a1 a2...}: When using natural internal coordinates, specifies
2312:   a ring that's not part of a PRO, PHE, TYR, TRP, or HIS residue. {\it a1,2312:   a ring that's not part of a PRO, PHE, TYR, TRP, or HIS residue. {\it a1,
2313:   a2}, etc. are the atom numbers for the ring in consecutive order. Only rings2313:   a2}, etc. are the atom numbers for the ring in consecutive order. Only rings
2314:   of size 5 or 6 are permitted.2314:   of size 5 or 6 are permitted.
2315: 2315: 
2316: \item {\it RINGPOLYMER rpsyst nrp rpbeta rptype}: Specifies a ring polymer system with harmonic springs between2316: \item {\it RINGPOLYMER rpsyst nrp rpbeta }: Specifies a ring polymer system with harmonic springs between
2317:   nrp images of the same system that generally have different geometries.2317:   nrp images of the same system that generally have different geometries.
2318:    rpsyst is a string specifying the system: AECK (asymmetric Eckart barrier), SD (Stillinger-David flexible water potential), TT (Xantheas' TTM3-F water), MCY 2318:    rpsyst is a string specifying the system: AECK (asymmetric Eckart barrier), SD (Stillinger-David flexible water potential), TT (Xantheas' TTM3-F water), MCY 
2319:    (VRT(MCY-5f) water), JB (James Bowman's water), MB (MBPol water).\\2319:    (VRT(MCY-5f) water), JB (James Bowman's water).\\
2320:   nrp is the number of RP images.2320:   nrp is the number of RP images.
2321:   rpbeta is 1/kT in reduced units.2321:   rpbeta is 1/kT in reduced units.
2322:   rptype takes keywords of RPCYC (for ring polymer), RPLIN (for linear polymer) and RPFIX (for a linear polymer with fixed ends, provided in files xminA and xminB). 
2323:   {\it RINGPOLYMER} keyword takes the place of {\it POINTS} and must be the last2322:   {\it RINGPOLYMER} keyword takes the place of {\it POINTS} and must be the last
2324:   keyword in the odata file before the points.2323:   keyword in the odata file before the points.
2325:   2324:   
2326: \item {\it RKMIN gmax eps\/}: calculates a steepest-descent path using gradient only2325: \item {\it RKMIN gmax eps\/}: calculates a steepest-descent path using gradient only
2327:       information with convergence criterion {\it gmax\/} for the RMS force and initial2326:       information with convergence criterion {\it gmax\/} for the RMS force and initial
2328:       precision {\it eps\/}. A fifth order Runga-Kutta algorithm is used.2327:       precision {\it eps\/}. A fifth order Runga-Kutta algorithm is used.
2329: 2328: 
2330: \item {\it ROT\/}: if present a rotational kinetic energy term is2329: \item {\it ROT\/}: if present a rotational kinetic energy term is
2331: added to the Hamiltonian. Either constant angular momentum ({\it ROT JZ x\/}) or2330: added to the Hamiltonian. Either constant angular momentum ({\it ROT JZ x\/}) or
2332: constant angular velocity ({\it ROT OMEGA x\/}) may be used to specify $J_z$2331: constant angular velocity ({\it ROT OMEGA x\/}) may be used to specify $J_z$


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0