hdiff output

r33516/djwgr1.f90 2017-11-24 14:30:13.727452554 +0000 r33515/djwgr1.f90 2017-11-24 14:30:14.623464462 +0000
 16: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 16: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 17: ! 17: !
 18: !  Energy and gradient for a genrigid setup example 18: !  Energy and gradient for a genrigid setup example
 19: ! 19: !
 20: !  NATOMS = total number of sites 20: !  NATOMS = total number of sites
 21: !  NRIGIDBODY = # rigid bodies 21: !  NRIGIDBODY = # rigid bodies
 22: ! 22: !
 23: SUBROUTINE DJWGR1(NATOMS,X,V,ENERGY,GTEST,SECT) 23: SUBROUTINE DJWGR1(NATOMS,X,V,ENERGY,GTEST,SECT)
 24: USE MODHESS 24: USE MODHESS
 25: USE GENRIGID 25: USE GENRIGID
 26: USE KEY, ONLY : NHEXAMERS, CAPSIDRHO, CAPSIDEPS, SIGMAPENT, RADPENT, RADHEX, SIGMAHEX, SIGMAPH 26: USE KEY, ONLY : NHEXAMERS
 27: IMPLICIT NONE 27: IMPLICIT NONE
 28: LOGICAL GTEST,SECT 28: LOGICAL GTEST,SECT
 29: INTEGER NATOMS, J1, J2, J3, J4, NPOS1, NPOS2 29: INTEGER NATOMS, J1, J2, J3, J4, NPOS1, NPOS2
 30: DOUBLE PRECISION X(3*NATOMS), V(3*NATOMS), ENERGY, DUMMY2, DUMMY3, DUMMY, DIST, SIGMA, XDUMM, RHO, RDIST, RAD, EPSEFF 30: DOUBLE PRECISION X(3*NATOMS), V(3*NATOMS), ENERGY, DUMMY2, DUMMY3, DUMMY, DIST, SIGMA, XDUMM, RHO, RDIST, RAD, EPSEFF
 31: ! DOUBLE PRECISION RADHEX, SIGMAHEX, SIGMAPH 31: DOUBLE PRECISION RADHEX, SIGMAHEX, SIGMAPH
 32: DOUBLE PRECISION FATT, DFATT, FREP, DFREP 32: DOUBLE PRECISION FATT, DFATT, FREP, DFREP
 33: DOUBLE PRECISION DDFATT, DDFREP 33: DOUBLE PRECISION DDFATT, DDFREP
 34: ! 34: !
 35: ! Derivatives of the pairwise site-site terms in terms of distance 35: ! Derivatives of the pairwise site-site terms in terms of distance
 36: ! 36: !
 37: FATT(RHO,XDUMM)=-1.0D0 + (1.0D0 - EXP(RHO*(1.0D0 - XDUMM)))**2 37: FATT(RHO,XDUMM)=-1.0D0 + (1.0D0 - EXP(RHO*(1.0D0 - XDUMM)))**2
 38: DFATT(RHO,XDUMM)=2.0D0*(-EXP(2.0D0*RHO*(1.0D0-XDUMM)) + EXP(RHO*(1.0D0-XDUMM)))*RHO 38: DFATT(RHO,XDUMM)=2.0D0*(-EXP(2.0D0*RHO*(1.0D0-XDUMM)) + EXP(RHO*(1.0D0-XDUMM)))*RHO
 39: DDFATT(RHO,XDUMM)=-2.0D0*(-2.0D0*EXP(2.0D0*RHO*(1.0D0-XDUMM)) + EXP(RHO*(1.0D0-XDUMM)))*RHO**2 39: DDFATT(RHO,XDUMM)=-2.0D0*(-2.0D0*EXP(2.0D0*RHO*(1.0D0-XDUMM)) + EXP(RHO*(1.0D0-XDUMM)))*RHO**2
 40: FREP(SIGMA,XDUMM)=(SIGMA/XDUMM)**12 40: FREP(SIGMA,XDUMM)=(SIGMA/XDUMM)**12
 41: DFREP(SIGMA,XDUMM)=-12.0D0*(SIGMA/XDUMM)**12/XDUMM 41: DFREP(SIGMA,XDUMM)=-12.0D0*(SIGMA/XDUMM)**12/XDUMM
 43:  43: 
 44: ENERGY=0.0D0 44: ENERGY=0.0D0
 45: IF (GTEST) V(1:3*NATOMS)=0.0D0 45: IF (GTEST) V(1:3*NATOMS)=0.0D0
 46: IF (SECT) HESS(1:3*NATOMS,1:3*NATOMS)=0.0D0 46: IF (SECT) HESS(1:3*NATOMS,1:3*NATOMS)=0.0D0
 47:  47: 
 48: ! 48: !
 49: ! 5 Morse plus two axial site pentamers from 49: ! 5 Morse plus two axial site pentamers from
 50: ! S.N. Fejer, T. James, J. Hernandez-Rojas and D.J. Wales, Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 2098-2104 (2009).  50: ! S.N. Fejer, T. James, J. Hernandez-Rojas and D.J. Wales, Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 2098-2104 (2009). 
 51: ! Energy Landscapes for Shells Assembled from Pentagonal and Hexagonal Pyramids  51: ! Energy Landscapes for Shells Assembled from Pentagonal and Hexagonal Pyramids 
 52: ! 52: !
 53: ! RAD=5.0D0 53: RAD=5.0D0
 54: ! RADHEX=RAD*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length 54: RADHEX=RAD*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length
 55: ! RHO=2.0D0 55: RHO=3.0D0
 56: ! SIGMA=(1.0D0+RAD*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 56: SIGMA=(1.0D0+RAD*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0))
 57: ! SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 57: SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0))
 58: ! SIGMAPH=0.5D0*(SIGMA + SIGMAHEX) 58: SIGMAPH=0.5D0*(SIGMA + SIGMAHEX)
 59: ! EPSEFF=0.4D0 59: EPSEFF=0.4D0
 60:  
 61: RHO=CAPSIDRHO 
 62: EPSEFF=CAPSIDEPS 
 63: SIGMA=SIGMAPENT 
 64: RAD=RADPENT 
 65:  
 66: ! 60: !
 67: ! Three different sorts of axial repulsion 61: ! Three different sorts of axial repulsion
 68: ! 62: !
 69: ! pent-pent first 63: ! pent-pent first
 70: ! 64: !
 71: DO J1=1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS 65: DO J1=1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS
 72:    DO J2=J1+1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS 66:    DO J2=J1+1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS
 73:       NPOS1=RIGIDGROUPS(1,J1) 67:       NPOS1=RIGIDGROUPS(1,J1)
 74:       NPOS2=RIGIDGROUPS(1,J2) 68:       NPOS2=RIGIDGROUPS(1,J2)
 75:       DIST=SQRT((X(3*(NPOS1-1)+1)-X(3*(NPOS2-1)+1))**2+(X(3*(NPOS1-1)+2)-X(3*(NPOS2-1)+2))**2+(X(3*(NPOS1-1)+3)-X(3*(NPOS2-1)+3))**2) 69:       DIST=SQRT((X(3*(NPOS1-1)+1)-X(3*(NPOS2-1)+1))**2+(X(3*(NPOS1-1)+2)-X(3*(NPOS2-1)+2))**2+(X(3*(NPOS1-1)+3)-X(3*(NPOS2-1)+3))**2)


r33516/key.f90 2017-11-24 14:30:13.947455478 +0000 r33515/key.f90 2017-11-24 14:30:14.847467444 +0000
 89:      &        OMEGA, GALPHA, MALPHA1, FOH, FIH, FTD, FD5H, T12FAC, PRESS, MAXERISE, RK_R, RK_THETA, & 89:      &        OMEGA, GALPHA, MALPHA1, FOH, FIH, FTD, FD5H, T12FAC, PRESS, MAXERISE, RK_R, RK_THETA, &
 90:      &        CONVU, CONVR, SYMCUT, MXSTP, GFRACTION, CEIG, REPELPUSH, XMAXERISE, GCCONV, NEBK, & 90:      &        CONVU, CONVR, SYMCUT, MXSTP, GFRACTION, CEIG, REPELPUSH, XMAXERISE, GCCONV, NEBK, &
 91:      &        MFRACTION1, MFRACTION2, MALPHA2, ACCLAN, SHIFTLAN, CUTLAN, GMAX, EVCUT, NEBDGUESS, INTDGUESS,  & 91:      &        MFRACTION1, MFRACTION2, MALPHA2, ACCLAN, SHIFTLAN, CUTLAN, GMAX, EVCUT, NEBDGUESS, INTDGUESS,  &
 92:      &        MINMAX, MAXMAX, C6PP, C6MM, C6PM, PUSHCUT, MAXBFGS, MAXXBFGS, MAXMBFGS, MAXNEBBFGS, MAXINTBFGS, & 92:      &        MINMAX, MAXMAX, C6PP, C6MM, C6PM, PUSHCUT, MAXBFGS, MAXXBFGS, MAXMBFGS, MAXNEBBFGS, MAXINTBFGS, &
 93:      &        APP, AMM, APM, XQP,XQM, ALPHAP, ALPHAM, PHIG, SHIFTV, DGUESS, XDGUESS, TIMELIMIT, TSTART, & 93:      &        APP, AMM, APM, XQP,XQM, ALPHAP, ALPHAM, PHIG, SHIFTV, DGUESS, XDGUESS, TIMELIMIT, TSTART, &
 94:      &        INTEPSILON, FRAMEEDIFF, MORPHERISE, MORPHEMAX, MORPHMXSTP, MAXTSENERGY, MAXBARRIER, GCMXSTP, GCSCALE, & 94:      &        INTEPSILON, FRAMEEDIFF, MORPHERISE, MORPHEMAX, MORPHMXSTP, MAXTSENERGY, MAXBARRIER, GCMXSTP, GCSCALE, &
 95:      &        FREEZETOL, DESMAXEJUMP, DESMAXAVGE, STOCKMU, STOCKLAMBDA, EDIFFTOL, GEOMDIFFTOL, DNEBSWITCH, & 95:      &        FREEZETOL, DESMAXEJUMP, DESMAXAVGE, STOCKMU, STOCKLAMBDA, EDIFFTOL, GEOMDIFFTOL, DNEBSWITCH, &
 96:      &        BHACCREJ, BHSTEPSIZE, BHCONV, BHTEMP, BHDISTTHRESH, BHMAXENERGY, BHK, DIJKSTRALOCAL, KADJUSTFRAC, KADJUSTTOL, & 96:      &        BHACCREJ, BHSTEPSIZE, BHCONV, BHTEMP, BHDISTTHRESH, BHMAXENERGY, BHK, DIJKSTRALOCAL, KADJUSTFRAC, KADJUSTTOL, &
 97:      &        BHSFRAC, HMCEIG, HMMXSTP, HMEVMAX, BBRGAM, BBREPS, BBRSIGMA1, BBRSIGMA2, BBRALPHA, BBRCONV, STOCKZTOL, & 97:      &        BHSFRAC, HMCEIG, HMMXSTP, HMEVMAX, BBRGAM, BBREPS, BBRSIGMA1, BBRSIGMA2, BBRALPHA, BBRCONV, STOCKZTOL, &
 98:      &        GBKAPPA, GBKAPPRM, GBMU, GBNU, GBSIGNOT, GBEPSNOT, GBCHI, GBCHIPRM, & 98:      &        GBKAPPA, GBKAPPRM, GBMU, GBNU, GBSIGNOT, GBEPSNOT, GBCHI, GBCHIPRM, &
 99: ! adk44 
100:      &        CAPSIDRHO, CAPSIDEPS, SIGMAPENT, RADPENT, RADHEX, SIGMAHEX, SIGMAPH, & 
101:      &        PYA1(3), PYA2(3), PYSIGNOT, PYEPSNOT, NEBKINITIAL, NEBKFINAL, NEBFACTOR, & 99:      &        PYA1(3), PYA2(3), PYSIGNOT, PYEPSNOT, NEBKINITIAL, NEBKFINAL, NEBFACTOR, &
102:      &        DBEPSBB, DBEPSAB, DBSIGBB, DBSIGAB, DBPMU, YEPS, YKAPPA, MAXMAXBARRIER, PAPALP, PAPEPS, PAPS, PAPCD, &100:      &        DBEPSBB, DBEPSAB, DBSIGBB, DBSIGAB, DBPMU, YEPS, YKAPPA, MAXMAXBARRIER, PAPALP, PAPEPS, PAPS, PAPCD, &
103:      &        RHOCC0, RHOCC10, RHOCC20,  RHOHH0, RHOHH10, RHOHH20, RHOCH0, RHOC10H, RHOCH10, RHOC20H, RHOCH20, &101:      &        RHOCC0, RHOCC10, RHOCC20,  RHOHH0, RHOHH10, RHOHH20, RHOCH0, RHOC10H, RHOCH10, RHOC20H, RHOCH20, &
104:      &        EPS11, EPS22, EPS12, MRHO, MRHO11, MRHO22, MRHO12, REQ11, REQ22, REQ12, &102:      &        EPS11, EPS22, EPS12, MRHO, MRHO11, MRHO22, MRHO12, REQ11, REQ22, REQ12, &
105:      &        ALPHACC, ALPHAHH, ALPHACH, DC6CC, DC6HH, DC6CH, KKJ, CCKJ, KINT, KINTENDS, &103:      &        ALPHACC, ALPHAHH, ALPHACH, DC6CC, DC6HH, DC6CH, KKJ, CCKJ, KINT, KINTENDS, &
106:      &        LPDGEOMDIFFTOL, INTCONFRAC, MAXCONE, INTRMSTOL, BFGSTSTOL, ORBITTOL, EVPC, &104:      &        LPDGEOMDIFFTOL, INTCONFRAC, MAXCONE, INTRMSTOL, BFGSTSTOL, ORBITTOL, EVPC, &
107:      &        BISECTMAXENERGY, BISECTMINDIST, BLFACTOR, NEBRESEEDEMAX, NEBRESEEDBMAX, NEBRESEEDDEL1, &105:      &        BISECTMAXENERGY, BISECTMINDIST, BLFACTOR, NEBRESEEDEMAX, NEBRESEEDBMAX, NEBRESEEDDEL1, &
108:      &        NEBRESEEDDEL2, INTCONSTRAINTTOL, INTCONSTRAINTDEL, RBCUTOFF, INTCONSTRAINTREP, INTCONSTRAINREPCUT, &106:      &        NEBRESEEDDEL2, INTCONSTRAINTTOL, INTCONSTRAINTDEL, RBCUTOFF, INTCONSTRAINTREP, INTCONSTRAINREPCUT, &
109:      &        REDOK, REDOFRAC, D1INIT, D2INIT, REDOE1, REDOE2, RPBETA, REPCON, PFORCE, &107:      &        REDOK, REDOFRAC, D1INIT, D2INIT, REDOE1, REDOE2, RPBETA, REPCON, PFORCE, &
110:      &        CPCONSTRAINTTOL, CPCONSTRAINTDEL, CPCONSTRAINTREP, CPCONSTRAINREPCUT, CPCONFRAC, &108:      &        CPCONSTRAINTTOL, CPCONSTRAINTDEL, CPCONSTRAINTREP, CPCONSTRAINREPCUT, CPCONFRAC, &


r33516/keywords.f 2017-11-24 14:30:14.179458560 +0000 r33515/keywords.f 2017-11-24 14:30:15.083470578 +0000
980:          MCPATHGWQ=0.00025D0980:          MCPATHGWQ=0.00025D0
981:          COLLAGENOP=.FALSE.981:          COLLAGENOP=.FALSE.
982: 982: 
983:          DUMPFRQST=.FALSE.983:          DUMPFRQST=.FALSE.
984: 984: 
985:          CHIRALENDPOINTS=.TRUE.985:          CHIRALENDPOINTS=.TRUE.
986: 986: 
987:          CUDAT=.FALSE.987:          CUDAT=.FALSE.
988:          CUDAPOT=' '988:          CUDAPOT=' '
989:          CUDATIMET=.FALSE.989:          CUDATIMET=.FALSE.
990:          DJWRBT=.FALSE. 
991:          NHEXAMERS=0 
992:          RADPENT=5.0D0 
993:          CAPSIDRHO=3.0D0 
994:          RADHEX=RADPENT*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length 
995:          SIGMAPENT=(1.0D0+RADPENT*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
996:          SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
997:          SIGMAPH=0.5D0*(SIGMAPENT + SIGMAHEX) 
998:          CAPSIDEPS=0.4D0 
999:  
1000: 990: 
1001: !991: !
1002: ! Stealthy potential992: ! Stealthy potential
1003: !993: !
1004:          STEALTHYT=.FALSE.994:          STEALTHYT=.FALSE.
1005:          STEALTV=.FALSE.995:          STEALTV=.FALSE.
1006: 996: 
1007: !997: !
1008: ! Neural network potential998: ! Neural network potential
1009: !999: !
2482:          ELSE IF (WORD.EQ.'DJWRB') THEN2472:          ELSE IF (WORD.EQ.'DJWRB') THEN
2483:             DJWRBT=.TRUE.2473:             DJWRBT=.TRUE.
2484:             CALL READI(DJWRBID)2474:             CALL READI(DJWRBID)
2485:             IF (.NOT.ALLOCATED(ATMASS)) ALLOCATE(ATMASS(NATOMS))2475:             IF (.NOT.ALLOCATED(ATMASS)) ALLOCATE(ATMASS(NATOMS))
2486:             ATMASS(1:NATOMS)=1.0D02476:             ATMASS(1:NATOMS)=1.0D0
2487:             IF (DJWRBID /= 1) THEN2477:             IF (DJWRBID /= 1) THEN
2488:                PRINT *, 'DJWRB id ',DJWRBID,' unknown'2478:                PRINT *, 'DJWRB id ',DJWRBID,' unknown'
2489:                STOP2479:                STOP
2490:             ENDIF2480:             ENDIF
2491:             IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(NHEXAMERS)2481:             IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(NHEXAMERS)
2492: ! adk44             
2493:             IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(RADPENT) 
2494:             IF (NITEMS.GT.4) CALL READF(CAPSIDRHO) 
2495:             IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(CAPSIDEPS) 
2496:             IF (NITEMS.GT.6) CALL READF(SIGMAPENT) 
2497:             IF (NITEMS.GT.7) CALL READF(RADHEX) 
2498:             IF (NITEMS.GT.8) CALL READF(SIGMAHEX) 
2499:             IF (NITEMS.GT.9) CALL READF(SIGMAPH) 
2500:  
2501: ! 2482: ! 
2502: ! DCHECK  turns ON/OFF warnings about short interatomic distances2483: ! DCHECK  turns ON/OFF warnings about short interatomic distances
2503: ! default ON2484: ! default ON
2504: ! 2485: ! 
2505:          ELSE IF (WORD.EQ.'DMBLPY') THEN2486:          ELSE IF (WORD.EQ.'DMBLPY') THEN
2506: 2487: 
2507:             DMBLPYT = .TRUE.2488:             DMBLPYT = .TRUE.
2508:             RBAAT   = .TRUE.2489:             RBAAT   = .TRUE.
2509:             CALL READF(YEPS)2490:             CALL READF(YEPS)
2510:             CALL READF(YKAPPA)2491:             CALL READF(YKAPPA)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0