hdiff output

r33471/GMIN.tex 2017-11-13 19:30:12.809273340 +0000 r33470/GMIN.tex 2017-11-13 19:30:13.057276622 +0000
746: 746: 
747: \item {\it EXPANDRIGID freq factor (NORMALISE)}: for use with the generalised rigid body framework, 747: \item {\it EXPANDRIGID freq factor (NORMALISE)}: for use with the generalised rigid body framework, 
748: {\it RIGIDINIT}. Expands the system by a factor of {\it factor} by scaling the distance748: {\it RIGIDINIT}. Expands the system by a factor of {\it factor} by scaling the distance
749: of each rigid body from the centre of mass of the system every {\it freq} steps. If the third argument {\it NORMALISE}749: of each rigid body from the centre of mass of the system every {\it freq} steps. If the third argument {\it NORMALISE}
750: is used, all rigid bodies are simply translated by {\it factor} from the system centre of mass.750: is used, all rigid bodies are simply translated by {\it factor} from the system centre of mass.
751: 751: 
752: %\item {\it FAKEWATER \/}: specifies a distance-dependent dielectric in {\it AMBER\/}.752: %\item {\it FAKEWATER \/}: specifies a distance-dependent dielectric in {\it AMBER\/}.
753: 753: 
754: \item {\it FAL \/}: specifies the Farkas potential for aluminium.754: \item {\it FAL \/}: specifies the Farkas potential for aluminium.
755: 755: 
756: \item {\it FASTOVERLAP N $\sigma_G$ $l_{max}$}: Specify the use of the FASTOVERLAP alignment algorithm described in Griffiths et al., {\it JCTC} 2017. This algorithm overrides the default MINPERMDIST alignment subroutine. FASTOVERLAP uses the FFTW library to quickly maximise the overlap of Gaussian kernels centred on each atom in the two structures being aligned. It can be used for either periodic or aperiodic systems. Use of FASTOVERLAP is recommended for periodic systems, but for aperiodic it can be very slow, and use of the BRANCHNBOUND keyword is recommended instead. FASTOVERLAP is deterministic and systematically improvable. \\756: \item {\it FASTOVERLAP N \sigma_G l_{max}\/}: Specify the use of the FASTOVERLAP alignment algorithm described in Griffiths et al., {\it JCTC} 2017. This algorithm overrides the default MINPERMDIST alignment subroutine. FASTOVERLAP uses the FFTW library to quickly maximise the overlap of Gaussian kernels centred on each atom in the two structures being aligned. It can be used for either periodic or aperiodic systems. Use of FASTOVERLAP is recommended for periodic systems, but for aperiodic it can be very slow, and use of the BRANCHNBOUND keyword is recommended instead. FASTOVERLAP is deterministic and systematically improvable. \\
757: The alignment procedure is repeated {\it N} times from different starting positions, and the best alignment is used. For periodic systems, starting positions are generated by applying global translational displacements to one of the structures. For aperiodic systems, global rotations are used. {\it N} defaults to 1, but larger values can yield improved accuracy for extra computational cost. \\757: The alignment procedure is repeated {\it N} times from different starting positions, and the best alignment is used. For periodic systems, starting positions are generated by applying global translational displacements to one of the structures. For aperiodic systems, global rotations are used. {\it N} defaults to 1, but larger values can yield improved accuracy for extra computational cost. \\
758: {\it $\sigma_G$} is the width of the Gaussian kernel used in the alignment. For a discussion of appropriate values, see the original paper. If left unspecified, {\it $\sigma_G$} defaults to 1/3 of the average interatomic spacing, which is usually a sensible value. This spacing is determined from the number of particles and box lengths for a periodic system (so the default value will not be suitable if the system is inhomogeneous), and measured directly from the two structures being aligned in the case of an aperiodic system. \\758: {\it \sigma_G} is the width of the Gaussian kernel used in the alignment. For a discussion of appropriate values, see the original paper. If left unspecified, {\it \sigma_G} defaults to 1/3 of the average interatomic spacing, which is usually a sensible value. This spacing is determined from the number of particles and box lengths for a periodic system (so the default value will not be suitable if the system is inhomogeneous), and measured directly from the two structures being aligned in the case of an aperiodic system. \\
759: {\it $l_{max}$} is the maximum angular momentum used in SOFT transforms for FASTOVERLAP with aperiodic systems. The default value of 15 should be appropriate for most systems, but a larger value may be required for very large clusters and biomolecules. This parameter has no effect for periodic systems.\\759: {\it l_{max}} is the maximum angular momentum used in SOFT transforms for FASTOVERLAP with aperiodic systems. The default value of 15 should be appropriate for most systems, but a larger value may be required for very large clusters and biomolecules. This parameter has no effect for periodic systems.\\
760: FASTOVERLAP is compatible with the OHCELL keyword to test for unit cell symmetries in cubic periodic systems. Note that, by default, FASTOVERLAP will test inversion isomers for alignment, which may not be appropriate for all systems (especially biomolecules). The NOINVERSION keyword should be specified to avoid this.760: FASTOVERLAP is compatible with the OHCELL keyword to test for unit cell symmetries in cubic periodic systems. Note that, by default, FASTOVERLAP will test inversion isomers for alignment, which may not be appropriate for all systems (especially biomolecules). The NOINVERSION keyword should be specified to avoid this.
761: 761: 
762: \item {\it FEBH $T_\text{FEBH}$\/}: do a free energy basin-hopping run. This uses the free energy762: \item {\it FEBH $T_\text{FEBH}$\/}: do a free energy basin-hopping run. This uses the free energy
763: calculated using the harmonic superposition approximation for the acceptance criterion. This also763: calculated using the harmonic superposition approximation for the acceptance criterion. This also
764: leads to rejection of transition states from the Markov chain (GMIN has no in-built check to guarantee764: leads to rejection of transition states from the Markov chain (GMIN has no in-built check to guarantee
765: this for a potential energy run). Additionally, it enables the {\it MIN\_ZERO\_SEP \/} keyword, which 765: this for a potential energy run). Additionally, it enables the {\it MIN\_ZERO\_SEP \/} keyword, which 
766: uses the separation of the zero eigenvalues (typically the 6 corresponding to overall translation and 766: uses the separation of the zero eigenvalues (typically the 6 corresponding to overall translation and 
767: rotation) to determine convergence.767: rotation) to determine convergence.
768: 768: 
769: \item {\it FIXEDEND \/}: requires documentation.769: \item {\it FIXEDEND \/}: requires documentation.
1434: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 1434: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 
1435: further documentation.1435: further documentation.
1436: 1436: 
1437: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic1437: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic
1438: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.1438: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.
1439: 1439: 
1440: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:1440: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:
1441: {\textrm conf\_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP\_params}, which can contain additional settings for example for debugging,1441: {\textrm conf\_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP\_params}, which can contain additional settings for example for debugging,
1442: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files. 1442: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files. 
1443: 1443: 
1444: \item {\it OPP mode rcut xplor k $\phi$ params k\_lower k\_upper}1444: \item {\it OPP mode rcut k $\phi$ params} specifies that the Oscillating Pair Potential potential should be used. This potential can
1445: specifies that the Oscillating Pair Potential potential should be used. This potential can 
1446: have several wells, depending on the value of \textit{k}, a frequency parameter, and $\phi$, a phase parameter. 1445: have several wells, depending on the value of \textit{k}, a frequency parameter, and $\phi$, a phase parameter. 
1447: The XPLOR smoothing function is used to make the potential and its first derivatives go smoothly to zero at {\it rcut}, with1446: The Stoddard-Ford procedure is used to make the potential and its first derivatives go smoothly to zero at {\it rcut}.
1448: the smoothing beginning at \textit{xplor} (which must be less than \textit{rcut}).1447: {\it mode} can be either 0, 1 or 2. \textit{mode} 0 specifies the normal potential, and can be either a cluster or with periodic
1449: {\it mode} can be either 0, 1, 2 or 3. \textit{mode} 0 specifies the normal potential, and can be either a cluster or with periodic 
1450: boundary conditions with an orthogonal unit cell using the PERIODIC keyword. \textit{mode} 1 or 2 requires periodic boundary conditions.1448: boundary conditions with an orthogonal unit cell using the PERIODIC keyword. \textit{mode} 1 or 2 requires periodic boundary conditions.
1451: The PERIODIC keyword must be used, but the unit cell parameters from it will be ignored. Instead, the second last line of the coords file1449: The PERIODIC keyword must be used, but the unit cell parameters from it will be ignored. Instead, the second last line of the coords file
1452: will be interpreted as unit cell angles and the last line as unit cell lengths for a triclinic cell and will be optimised. Since there1450: will be interpreted as unit cell angles and the last line as unit cell lengths for a triclinic cell and will be optimised. Since there
1453: are combinations of unit cell angles that are physically impossible, steps will be rejected if such combinations are detected. In \textit{mode} 2, as1451: are combinations of unit cell angles that are physically impossible, steps will be rejected if such combinations are detected. In \textit{mode} 2, as
1454: well as the cell being optimised, potential parameters specified by \textit{params} (an integer between 1 and 3)1452: well as the cell being optimised, potential parameters specified by \textit{params} (an integer between 1 and 3)
1455: will also be optimised. If the lowest bit of \textit{params} is set, \textit{k} will be optimised, and if the second bit is set, $\phi$ will be optimised.1453: will also be optimised. If the 1 bit of \textit{params} is set, \textit{k} will be optimised, and if the 2 bit is set, $\phi$ will be optimised.
1456: In \textit{mode} 3, potential parameters will be optimised as for \textit{mode} 2, but there are no periodic boundary conditions. 
1457: For \textit{mode} 2 and 3, the lower and upper bounds for \textit{k} can be specified with \textit{k\_lower} and \textit{k\_upper}. 
1458: If \textit{k} steps outside these bounds, a harmonic repulsion will be turned on to push \textit{k} back towards the range. 
1459: 1454: 
1460: \item {\it ORBITALS \/}: orbital localisation rotation potential.1455: \item {\it ORBITALS \/}: orbital localisation rotation potential.
1461: 1456: 
1462: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 1457: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 
1463: further documentation.1458: further documentation.
1464: 1459: 
1465: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.1460: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.
1466: 1461: 
1467: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.1462: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.
1468: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more1463: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0