hdiff output

r33398/CMakeLists.txt 2017-10-16 12:30:18.592398170 +0100 r33397/CMakeLists.txt 2017-10-16 12:30:19.108405080 +0100
166: find_package(MYBLAS)166: find_package(MYBLAS)
167: find_package(MYLAPACK)167: find_package(MYLAPACK)
168: 168: 
169: # Make an extras library for dummies, this is necessary because some of the169: # Make an extras library for dummies, this is necessary because some of the
170: # files in gminlib use modules made by extralib170: # files in gminlib use modules made by extralib
171: add_library(extralib ${ALL_EXTRA_SOURCES})171: add_library(extralib ${ALL_EXTRA_SOURCES})
172: set_module_dir(extralib)172: set_module_dir(extralib)
173: set_target_properties(extralib PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran") 173: set_target_properties(extralib PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran") 
174: set_target_properties(extralib PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};${DUMMY_CPP_FLAGS};__SPARSE")174: set_target_properties(extralib PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};${DUMMY_CPP_FLAGS};__SPARSE")
175: 175: 
 176: # Add the fftw3 library, required by the FASTOVERLAP algorithm (but can be used elsewhere as well!)
 177: # sn402: fftw3 comes with its own autotools configure script, and I have simply imported that into cmake (see below) rather 
 178: # than trying to reimplement the build process in pure cmake.
 179: # We are using the legacy fortran wrappers in fftw3.
 180: 
 181: include(${CMAKE_ROOT}/Modules/ExternalProject.cmake)
 182: ExternalProject_Add(fftw
 183:   SOURCE_DIR ${SVN_ROOT}/MYFFTW
 184:   # To avoid having to recompile fftw3 every time we create a new GMIN build directory, we install the library centrally
 185:   # rather than in the current build directory.
 186:   PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}
 187:   # sn402: I think that it shouldn't matter which fortran compiler has been used to compile the fftw3 interface - in theory
 188:   # the wrapper functions are compatible with all compilers. However, to be on the safe side we create separate install directories
 189:   # for each compiler.
 190:   CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${CMAKE_Fortran_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install --disable-doc
 191:   BUILD_COMMAND make
 192:   INSTALL_COMMAND ${MAKE_INSTALL})
 193:   set_target_properties(fftw PROPERTIES Fortran_MODULE_DIRECTORY "${PREFIX}")
 194: 
176: # Link CHOLMOD, if we're using it195: # Link CHOLMOD, if we're using it
177: option(WITH_SPARSE "Compile with SuiteSparse for sparse hessian diagonalisation" OFF)196: option(WITH_SPARSE "Compile with SuiteSparse for sparse hessian diagonalisation" OFF)
178: if(WITH_SPARSE)197: if(WITH_SPARSE)
179:    add_subdirectory(${SVN_ROOT}/SuiteSparse SuiteSparse)198:    add_subdirectory(${SVN_ROOT}/SuiteSparse SuiteSparse)
180:    include_directories(${SVN_ROOT}/SuiteSparse/SuiteSparse/CHOLMOD/Include)199:    include_directories(${SVN_ROOT}/SuiteSparse/SuiteSparse/CHOLMOD/Include)
181:    include_directories(${SVN_ROOT}/SuiteSparse/SuiteSparse/SuiteSparse_config)200:    include_directories(${SVN_ROOT}/SuiteSparse/SuiteSparse/SuiteSparse_config)
182:    if(SuiteSparse_GPU)201:    if(SuiteSparse_GPU)
183:       include_directories(${CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR}/include)202:       include_directories(${CUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR}/include)
184:    endif(SuiteSparse_GPU)203:    endif(SuiteSparse_GPU)
185:    add_definitions(-D__SPARSE)204:    add_definitions(-D__SPARSE)
186:    file(GLOB SPARSE_INTERFACE sparse/*.f90205:    file(GLOB SPARSE_INTERFACE sparse/*.f90
187:                               sparse/*.c ) 206:                               sparse/*.c ) 
188:    list(APPEND GMIN_LIB_SOURCES ${SPARSE_INTERFACE})207:    list(APPEND GMIN_LIB_SOURCES ${SPARSE_INTERFACE})
189: endif(WITH_SPARSE)208: endif(WITH_SPARSE)
190: 209: 
191: # Make a gmin library210: # Make a gmin library
192: add_library(gminlib ${GMIN_LIB_SOURCES})211: add_library(gminlib ${GMIN_LIB_SOURCES})
193: set_module_dir(gminlib)212: set_module_dir(gminlib)
194: set_module_depends(gminlib extralib)213: set_module_depends(gminlib extralib)
 214: set_module_depends(gminlib fftw)
195: set_target_properties(gminlib PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran") 215: set_target_properties(gminlib PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran") 
196: 216: 
197: if(WITH_SPARSE)217: if(WITH_SPARSE)
198:    target_link_libraries(gminlib cholmod)218:    target_link_libraries(gminlib cholmod)
199: endif(WITH_SPARSE)219: endif(WITH_SPARSE)
200: 220: 
201: # If you try to optimise this code your computer will rot221: # If you try to optimise this code your computer will rot
202: add_subdirectory(libmbpol)222: add_subdirectory(libmbpol)
203: target_link_libraries(gminlib libmbpol)223: target_link_libraries(gminlib libmbpol)
204: 224: 
211:   message("building with MPI: \n  ${CMAKE_Fortran_FLAGS}")   231:   message("building with MPI: \n  ${CMAKE_Fortran_FLAGS}")   
212: endif(WITH_MPI)232: endif(WITH_MPI)
213: 233: 
214: # AMBER MPI flag234: # AMBER MPI flag
215: #kr366> make sure we never use MPI for AMBER and GMIN at the same time235: #kr366> make sure we never use MPI for AMBER and GMIN at the same time
216: option(WITH_AMBMPI "Enable MPI for AMBER" OFF)236: option(WITH_AMBMPI "Enable MPI for AMBER" OFF)
217: if(WITH_AMBMPI)237: if(WITH_AMBMPI)
218:   add_definitions(-DAMBMPI)238:   add_definitions(-DAMBMPI)
219: endif(WITH_AMBMPI)239: endif(WITH_AMBMPI)
220: 240: 
221: 241: # Link to the fftw3 library required for FASTOVERLAP.
222: # Add the fftw3 library, required by the FASTOVERLAP algorithm (but can be used elsewhere as well!) 
223: # sn402: fftw3 comes with its own autotools configure script, and I have simply imported that into cmake (see below) rather  
224: # than trying to reimplement the build process in pure cmake. 
225: # We are using the legacy fortran wrappers in fftw3. 
226: if("${CMAKE_Fortran_COMPILER}" MATCHES "mpif90$") 
227:   # At some point I'll want to set this up to use the appropriate compiler, but for now using gfortran every time with mpif90 
228:   # should be ok. 
229:   set(FFTW_COMPILER "gfortran" CACHE TYPE STRING) 
230: else() 
231:   set(FFTW_COMPILER ${CMAKE_Fortran_COMPILER} CACHE TYPE STRING) 
232: endif("${CMAKE_Fortran_COMPILER}" MATCHES "mpif90$") 
233:  
234: include(${CMAKE_ROOT}/Modules/ExternalProject.cmake) 
235: ExternalProject_Add(fftw 
236:   SOURCE_DIR ${SVN_ROOT}/MYFFTW 
237:   # To avoid having to recompile fftw3 every time we create a new GMIN build directory, we install the library centrally 
238:   # rather than in the current build directory. 
239: #  PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME} 
240:   PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER} 
241:   # sn402: I think that it shouldn't matter which fortran compiler has been used to compile the fftw3 interface - in theory 
242:   # the wrapper functions are compatible with all compilers. However, to be on the safe side we create separate install directories 
243:   # for each compiler. 
244: #  CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${CMAKE_Fortran_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install --disable-doc 
245:   CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${FFTW_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}/install --disable-doc 
246:   BUILD_COMMAND make 
247:   INSTALL_COMMAND ${MAKE_INSTALL}) 
248:   set_target_properties(fftw PROPERTIES Fortran_MODULE_DIRECTORY "${PREFIX}") 
249:  
250: set_module_depends(gminlib fftw) 
251: target_link_libraries(gminlib ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install/lib/libfftw3.a)242: target_link_libraries(gminlib ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install/lib/libfftw3.a)
252: 243: 
253: 244: 
254: add_definitions(-D_SVN_ROOT_='${SVN_ROOT}')245: add_definitions(-D_SVN_ROOT_='${SVN_ROOT}')
255: 246: 
256: ##########################247: ##########################
257: # EXECUTABLES START HERE #248: # EXECUTABLES START HERE #
258: ##########################249: ##########################
259: 250: 
260: # standard GMIN251: # standard GMIN


r33398/run_all_tests.sh 2017-10-16 12:30:18.844401545 +0100 r33397/run_all_tests.sh 2017-10-16 12:30:19.376408669 +0100
  5:   exit 1  5:   exit 1
  6: fi  6: fi
  7:   7: 
  8: bash clean_directories.sh  8: bash clean_directories.sh
  9: touch tests_output  9: touch tests_output
 10: echo "New exec: ${exec}" >> tests_output 10: echo "New exec: ${exec}" >> tests_output
 11:  11: 
 12:  12: 
 13: for test in GEOPT PATH DOUBLE_ENDED FRQS; do 13: for test in GEOPT PATH DOUBLE_ENDED FRQS; do
 14:  14: 
 15: #    for sys in AMBER12 AMBER9 AMBER9_genrigid BLJ60 BOWMAN LJ38 SD TIP4P_genrigid TIP4P_rbaa TTM3 VARIABLES; do 15:     for sys in AMBER12 AMBER9 AMBER9_genrigid BLJ60 BOWMAN LJ38 SD TIP4P_genrigid TIP4P_rbaa TTM3 VARIABLES; do
 16:     for sys in AMBER12 BLJ60 LJ38 SD TIP4P_genrigid TIP4P_rbaa TTM3; do  # Subset of tests to run if you're in a hurry! 16: #    for sys in AMBER12 BLJ60 LJ38 SD TIP4P_genrigid TIP4P_rbaa TTM3; do  # Subset of tests to run if you're in a hurry!
 17:  17: 
 18:         echo "********************Running test ${test} for system ${sys}********************" 18:         echo "********************Running test ${test} for system ${sys}********************"
 19:         echo "********************Running test ${test} for system ${sys}********************" >> tests_output 19:         echo "********************Running test ${test} for system ${sys}********************" >> tests_output
 20:  20: 
 21:         cd ${test}/${sys} 21:         cd ${test}/${sys}
 22:  22: 
 23:         if [ "${test}" == "FRQS" ]; then 23:         if [ "${test}" == "FRQS" ]; then
 24:             for test2 in GEOPT PATH DOUBLE_ENDED; do 24:             for test2 in GEOPT PATH DOUBLE_ENDED; do
 25:                 cd ${test2} 25:                 cd ${test2}
 26:                 ${exec} > output 26:                 ${exec} > output


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0