hdiff output

r33308/GMIN.tex 2017-09-13 18:30:53.874521805 +0100 r33307/GMIN.tex 2017-09-13 18:30:54.098524784 +0100
286: coded by Dr Mihai-Cosmin Marinica.286: coded by Dr Mihai-Cosmin Marinica.
287: {\it id} specifies the particular metal: 1 is ?, 2 is ?, 3 is ?, 4 is ?, 5 is iron, 6 is a different iron,287: {\it id} specifies the particular metal: 1 is ?, 2 is ?, 3 is ?, 4 is ?, 5 is iron, 6 is a different iron,
288: 7 is tunsten.288: 7 is tunsten.
289: Positive values for {\it id} specify periodic boundary conditions, where box lengths must be289: Positive values for {\it id} specify periodic boundary conditions, where box lengths must be
290: specified by the {\it PERIODIC\/} keyword. 290: specified by the {\it PERIODIC\/} keyword. 
291: Negative values for {\it id\/} specify a cluster calculation. A {\it CUTOFF\/} value can also291: Negative values for {\it id\/} specify a cluster calculation. A {\it CUTOFF\/} value can also
292: be used for clusters.292: be used for clusters.
293: 293: 
294: \item {\it ALGLUE\/}: specifies a glue potential for aluminium.294: \item {\it ALGLUE\/}: specifies a glue potential for aluminium.
295: 295: 
296: \item {\it ALIGN\/}: specifies that, before the basin-hopping run, a second set of coordinates should be read in from {\tt finish}, and an alignment operation between the coordinates in {\tt coords} and the set in {\tt finish} is performed. This is very similar to the keywords {\it PERMOPT} and {\it PERMINVOPT}, but unlike those it doesn't require that permutations be specified. Because of the way those keywords are set up, the minimised distance between the two structures is returned as an ''energy'' and therefore will cause an error when the basin-hopping run starts. For this reason, {\it ALIGN} should not be used with non-zero {\it STEPS}. This keyword should only be used for testing alignment algorithms. {\tt OPTIM} is the appropriate tool for aligning structures. 
298: \item {\it AMBER12\/}: specifies calculation with the interfaced version of the AMBER 12 296: \item {\it AMBER12\/}: specifies calculation with the interfaced version of the AMBER 12 
299: {\tt pmemd} program. AMBER 12 requires an additional input file, {\tt min.in}, which specifies297: {\tt pmemd} program. AMBER 12 requires an additional input file, {\tt min.in}, which specifies
300: keywords for the AMBER 12 potential. It also requires appropriate topology and coordinates, in files298: keywords for the AMBER 12 potential. It also requires appropriate topology and coordinates, in files
301: named {\tt coords.prmtop} and {\tt coords.inpcrd} respectively. For details, see the AMBER 12 manual.299: named {\tt coords.prmtop} and {\tt coords.inpcrd} respectively. For details, see the AMBER 12 manual.
302: As with the AMBER 9 interface, cutoffs are smoothed, using the {\tt min\.in} keyword {\tt ifswitch=1}.300: As with the AMBER 9 interface, cutoffs are smoothed, using the {\tt min\.in} keyword {\tt ifswitch=1}.
303: Additional keywords are as AMBER9, with the exception of {\it AMBERMDSTEPS}, which is not implemented.301: Additional keywords are as AMBER9, with the exception of {\it AMBERMDSTEPS}, which is not implemented.
304: 302: 
305: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced303: \item {\it AMBER9 inpcrd inpcrdformat\/}: specifies a calculation with the interfaced
306: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields304: version of the Amber 9 program package. From this package the Amber force fields
307: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs).305: are being used, with small modifications ({\it e.g.} smooth cut-offs).
449: box lengths and angles, in radians, of the initial structure. If only the box lengths are given, the cell will be taken as 447: box lengths and angles, in radians, of the initial structure. If only the box lengths are given, the cell will be taken as 
450: orthorhombic, and only the cell lengths will be optimized. The cell lengths and angles of the initial structure should also448: orthorhombic, and only the cell lengths will be optimized. The cell lengths and angles of the initial structure should also
451: be specified using the {\it PERIODIC\/} keyword. If the gradients wrt cell parameters are being calculated for a system449: be specified using the {\it PERIODIC\/} keyword. If the gradients wrt cell parameters are being calculated for a system
452: using atomic, Cartesian coordinates, the initial coordinates in the {\tt coords} file should be in fractional coordinates. If450: using atomic, Cartesian coordinates, the initial coordinates in the {\tt coords} file should be in fractional coordinates. If
453: the gradients wrt cell parameters are being calculated for a system using rigid body coordinates, the initial coordinates451: the gradients wrt cell parameters are being calculated for a system using rigid body coordinates, the initial coordinates
454: coordinates should be given in the usual way for GENRIGID, and the {\it RIGIDINIT\/} keyword should be used.452: coordinates should be given in the usual way for GENRIGID, and the {\it RIGIDINIT\/} keyword should be used.
455: 453: 
456: \item{\it BOXSTEP boxstepfreq\/}: for use with the framework for optimizing cell parameters using the {\it BOXDERIV\/} keyword.454: \item{\it BOXSTEP boxstepfreq\/}: for use with the framework for optimizing cell parameters using the {\it BOXDERIV\/} keyword.
457: Randomly changes the cell lengths and angles every {\it boxstepfreq\/} basin-hopping stes.455: Randomly changes the cell lengths and angles every {\it boxstepfreq\/} basin-hopping stes.
458: 456: 
459: \item {\it BRANCHNBOUND N\/}: Specify the use of the GO-PERMDIST alignment algorithm described in Griffiths et al., {\it JCTC} 2017. This algorithm overrides the default MINPERMDIST alignment subroutine. GO-PERMDIST uses a branch and bound algorithm combined with the older PERMDIST method for combined translation-rotation alignments. It can be used for either periodic or aperiodic systems. Use of GO-PERMDIST is recommended for aperiodic systems, but for periodic it can be very slow, and use of the FASTOVERLAP keyword is recommended instead. \\ 
460: GO-PERMDIST is deterministic and, if allowed to run indefinitely, will guarantee identification of the best alignment. In practise it is run with an early exit criterion expressed as a number of iterations {\it N}. A small value of {\it N} is often sufficient to identify the best possible alignment but usually insufficient to prove that the identified alignment is the best possible value. The default is 2000, which is generally a reasonable compromise between speed and accuracy. 
462: \item {\it BSMIN\/}: specifies a Bulirsch-Stoer minimisation scheme. 457: \item {\it BSMIN\/}: specifies a Bulirsch-Stoer minimisation scheme. 
463: Very inefficient compared to LBFGS.458: Very inefficient compared to LBFGS.
464: 459: 
465: \item {\it BSPT histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nquench nenrper hbins qfrq\/}: 460: \item {\it BSPT histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nquench nenrper hbins qfrq\/}: 
466: requests a basin-sampling run to accumulate the quench probability for local minima 461: requests a basin-sampling run to accumulate the quench probability for local minima 
467: as a function of potential energy using 462: as a function of potential energy using 
468: a parallel-tempering algorithm. 463: a parallel-tempering algorithm. 
469: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,464: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,
470: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},465: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},
471: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 466: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 
746: 741: 
747: \item {\it EXPANDRIGID freq factor (NORMALISE)}: for use with the generalised rigid body framework, 742: \item {\it EXPANDRIGID freq factor (NORMALISE)}: for use with the generalised rigid body framework, 
748: {\it RIGIDINIT}. Expands the system by a factor of {\it factor} by scaling the distance743: {\it RIGIDINIT}. Expands the system by a factor of {\it factor} by scaling the distance
749: of each rigid body from the centre of mass of the system every {\it freq} steps. If the third argument {\it NORMALISE}744: of each rigid body from the centre of mass of the system every {\it freq} steps. If the third argument {\it NORMALISE}
750: is used, all rigid bodies are simply translated by {\it factor} from the system centre of mass.745: is used, all rigid bodies are simply translated by {\it factor} from the system centre of mass.
751: 746: 
752: %\item {\it FAKEWATER \/}: specifies a distance-dependent dielectric in {\it AMBER\/}.747: %\item {\it FAKEWATER \/}: specifies a distance-dependent dielectric in {\it AMBER\/}.
753: 748: 
754: \item {\it FAL \/}: specifies the Farkas potential for aluminium.749: \item {\it FAL \/}: specifies the Farkas potential for aluminium.
755: 750: 
756: \item {\it FASTOVERLAP N \sigma_G l_{max}\/}: Specify the use of the FASTOVERLAP alignment algorithm described in Griffiths et al., {\it JCTC} 2017. This algorithm overrides the default MINPERMDIST alignment subroutine. FASTOVERLAP uses the FFTW library to quickly maximise the overlap of Gaussian kernels centred on each atom in the two structures being aligned. It can be used for either periodic or aperiodic systems. Use of FASTOVERLAP is recommended for periodic systems, but for aperiodic it can be very slow, and use of the BRANCHNBOUND keyword is recommended instead. FASTOVERLAP is deterministic and systematically improvable. \\ 
757: The alignment procedure is repeated {\it N} times from different starting positions, and the best alignment is used. For periodic systems, starting positions are generated by applying global translational displacements to one of the structures. For aperiodic systems, global rotations are used. {\it N} defaults to 1, but larger values can yield improved accuracy for extra computational cost. \\ 
758: {\it \sigma_G} is the width of the Gaussian kernel used in the alignment. For a discussion of appropriate values, see the original paper. If left unspecified, {\it \sigma_G} defaults to 1/3 of the average interatomic spacing, which is usually a sensible value. This spacing is determined from the number of particles and box lengths for a periodic system (so the default value will not be suitable if the system is inhomogeneous), and measured directly from the two structures being aligned in the case of an aperiodic system. \\ 
759: {\it l_{max}} is the maximum angular momentum used in SOFT transforms for FASTOVERLAP with aperiodic systems. The default value of 15 should be appropriate for most systems, but a larger value may be required for very large clusters and biomolecules. This parameter has no effect for periodic systems.\\ 
760: FASTOVERLAP is compatible with the OHCELL keyword to test for unit cell symmetries in cubic periodic systems. Note that, by default, FASTOVERLAP will test inversion isomers for alignment, which may not be appropriate for all systems (especially biomolecules). The NOINVERSION keyword should be specified to avoid this. 
762: \item {\it FEBH $T_\text{FEBH}$\/}: do a free energy basin-hopping run. This uses the free energy751: \item {\it FEBH $T_\text{FEBH}$\/}: do a free energy basin-hopping run. This uses the free energy
763: calculated using the harmonic superposition approximation for the acceptance criterion. This also752: calculated using the harmonic superposition approximation for the acceptance criterion. This also
764: leads to rejection of transition states from the Markov chain (GMIN has no in-built check to guarantee753: leads to rejection of transition states from the Markov chain (GMIN has no in-built check to guarantee
765: this for a potential energy run). Additionally, it enables the {\it MIN\_ZERO\_SEP \/} keyword, which 754: this for a potential energy run). Additionally, it enables the {\it MIN\_ZERO\_SEP \/} keyword, which 
766: uses the separation of the zero eigenvalues (typically the 6 corresponding to overall translation and 755: uses the separation of the zero eigenvalues (typically the 6 corresponding to overall translation and 
767: rotation) to determine convergence.756: rotation) to determine convergence.
768: 757: 
769: \item {\it FIXEDEND \/}: requires documentation.758: \item {\it FIXEDEND \/}: requires documentation.
770: 759: 
771: \item {\it FIXBOTH \/}: both the temperature and maximum step size are fixed regardless of760: \item {\it FIXBOTH \/}: both the temperature and maximum step size are fixed regardless of

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0