hdiff output

r33247/PATHSAMPLE.tex 2017-08-29 22:30:17.381006311 +0100 r33246/PATHSAMPLE.tex 2017-08-29 22:30:17.681010317 +0100
841: best path, and the Dijkstra analysis is repeated until all the steps in the best path involve connected minima841: best path, and the Dijkstra analysis is repeated until all the steps in the best path involve connected minima
842: or pairs where the true distance is known.842: or pairs where the true distance is known.
843: With a small {\it disbound}  we calculate all the true distances, because the small distance makes it into the best path. 843: With a small {\it disbound}  we calculate all the true distances, because the small distance makes it into the best path. 
844: With a large {\it disbound}  we will accept larger true distances into the best path, so fewer distance calculations will be needed.844: With a large {\it disbound}  we will accept larger true distances into the best path, so fewer distance calculations will be needed.
845: The objective is to stop pair distance calculations from slowing down initial pathway attempts,845: The objective is to stop pair distance calculations from slowing down initial pathway attempts,
846: where a large number of permutable groups can be a problem, especially for {\it LPERMDIST\/}.846: where a large number of permutable groups can be a problem, especially for {\it LPERMDIST\/}.
847: The current distance values are saved in file {\tt allpairs} and held in memory in vector ALLPAIRS.847: The current distance values are saved in file {\tt allpairs} and held in memory in vector ALLPAIRS.
848: If a database grows very large without an initial connection being found, this vector may cease to848: If a database grows very large without an initial connection being found, this vector may cease to
849: fit in available memory.849: fit in available memory.
850: The algorithm is similar to the one presented by Noe et al.~JCTC, {\bf 2}, 840, 2006. 850: The algorithm is similar to the one presented by Noe et al.~JCTC, {\bf 2}, 840, 2006. 
851: If {\it disbound\/} is negative then all distances are calculated. 
852: 851: 
853: \item{\it INTCONSTRAINT intconstrainttol intconstraintdel intconstraintrep intconstrainrepcut852: \item{\it INTCONSTRAINT intconstrainttol intconstraintdel intconstraintrep intconstrainrepcut
854: intconsep intrepsep \/} 853: intconsep intrepsep \/} 
855: specifies quasi-continuous interpolation via an auxiliary constraint potential, as854: specifies quasi-continuous interpolation via an auxiliary constraint potential, as
856: for {\tt OPTIM}. Note that some of the {\tt OPTIM} parameters are not needed855: for {\tt OPTIM}. Note that some of the {\tt OPTIM} parameters are not needed
857: for {\tt PATHSAMPLE}, and are omitted.856: for {\tt PATHSAMPLE}, and are omitted.
858: In {\tt PATHSAMPLE} this keyword is only used to define the QCI metric, which can857: In {\tt PATHSAMPLE} this keyword is only used to define the QCI metric, which can
859: be used in selecting minima for connection. It is never used with any intervening858: be used in selecting minima for connection. It is never used with any intervening
860: images. {\tt PATHSAMPLE} does not use {\tt congeom} or {\tt congeom.dat} files:859: images. {\tt PATHSAMPLE} does not use {\tt congeom} or {\tt congeom.dat} files:
861: it simply calculated the QCI metric based on pairs of local minima.860: it simply calculated the QCI metric based on pairs of local minima.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0