hdiff output

r33107/disconnectionDPS.f90 2017-08-02 15:30:15.395228768 +0100 r33106/disconnectionDPS.f90 2017-08-02 15:30:15.683232578 +0100
128: ! If present, only the branches leading to the lowest n minima are drawn. The128: ! If present, only the branches leading to the lowest n minima are drawn. The
129: ! pruning occurs after the basin analysis, so the "discarded" minima can still129: ! pruning occurs after the basin analysis, so the "discarded" minima can still
130: ! influence the connectivities.130: ! influence the connectivities.
131: !131: !
132: ! MONOTONIC132: ! MONOTONIC
133: ! If present, all minima not lying at the bottom of a monotonic sequences are133: ! If present, all minima not lying at the bottom of a monotonic sequences are
134: ! not drawn. This tends to reduce the number of branches drastically. If the134: ! not drawn. This tends to reduce the number of branches drastically. If the
135: ! keyword LOWEST is also used, the MONOTONIC sequence analysis is applied after135: ! keyword LOWEST is also used, the MONOTONIC sequence analysis is applied after
136: ! the high energy minima have been discarded.136: ! the high energy minima have been discarded.
137: !137: !
138: ! MONOEDIFF ediff 
139: ! If present, all minima not lying at the bottom of a monotonic sequences are 
140: ! not drawn, as for MONOTONIC, but energy differences in defining basin bottoms 
141: ! must be greater than the ediff condition. This allows all degenerate minima 
142: ! corresponding to monotonic basin bottoms to be included. 
143: ! 
144: ! NCONNMIN138: ! NCONNMIN
145: ! Minima with NCONNMIN connections or fewer are discarded. Default is zero.139: ! Minima with NCONNMIN connections or fewer are discarded. Default is zero.
146: !140: !
147: ! NOBARRIERS141: ! NOBARRIERS
148: ! If present, all transition state energies are reset to the energy of the higher142: ! If present, all transition state energies are reset to the energy of the higher
149: ! of the two minima they connect. This transforms the energy landscape to the143: ! of the two minima they connect. This transforms the energy landscape to the
150: ! type explored by gmin.144: ! type explored by gmin.
151: !145: !
152: ! PAIRS <n> <max> <file> <file> ...146: ! PAIRS <n> <max> <file> <file> ...
153: ! Show the paths between pairs of minima in different colours AND assign colours 147: ! Show the paths between pairs of minima in different colours AND assign colours 
566:    DOUBLE PRECISION :: TSBARTHRESH=1.0D100560:    DOUBLE PRECISION :: TSBARTHRESH=1.0D100
567:    DOUBLE PRECISION :: TSLOWBARTHRESH=-1.0D100561:    DOUBLE PRECISION :: TSLOWBARTHRESH=-1.0D100
568:    DOUBLE PRECISION :: CSCALE=1.0D0 562:    DOUBLE PRECISION :: CSCALE=1.0D0 
569:    DOUBLE PRECISION :: CSHIFT=0.0D0 563:    DOUBLE PRECISION :: CSHIFT=0.0D0 
570:    DOUBLE PRECISION :: DJWSCALE=1.0D0 564:    DOUBLE PRECISION :: DJWSCALE=1.0D0 
571:    DOUBLE PRECISION :: TRMIN=0.0D0565:    DOUBLE PRECISION :: TRMIN=0.0D0
572:    DOUBLE PRECISION :: TRMAX=1.0D0566:    DOUBLE PRECISION :: TRMAX=1.0D0
573:    DOUBLE PRECISION :: BENERGY=1.0D100 567:    DOUBLE PRECISION :: BENERGY=1.0D100 
574:    DOUBLE PRECISION :: TRSCALEX=90.0568:    DOUBLE PRECISION :: TRSCALEX=90.0
575:    DOUBLE PRECISION :: TRSCALEY=50.0569:    DOUBLE PRECISION :: TRSCALEY=50.0
576:    DOUBLE PRECISION :: MONOEDIFF 
577:    CHARACTER(LEN=120) :: FILE_MIN, FILE_PICK, FILE_TS, FILE_WEIGHTS, &    570:    CHARACTER(LEN=120) :: FILE_MIN, FILE_PICK, FILE_TS, FILE_WEIGHTS, &    
578:       FILE_TRACE, FILE_IDMIN, FILE_PAIRS571:       FILE_TRACE, FILE_IDMIN, FILE_PAIRS
579:    CHARACTER(LEN=10) :: LAB_FMT572:    CHARACTER(LEN=10) :: LAB_FMT
580:    LOGICAL :: BARRIERS, CENTRE_GMIN, DUMP_NUMBERS, DUMP_SIZES, EXCLUDEALL, &573:    LOGICAL :: BARRIERS, CENTRE_GMIN, DUMP_NUMBERS, DUMP_SIZES, EXCLUDEALL, &
581:       IDENTIFY, MONOTONIC, SPLIT, WEIGHTS,ZEROGM574:       IDENTIFY, MONOTONIC, SPLIT, WEIGHTS,ZEROGM
582:    INTEGER :: NDELTASB575:    INTEGER :: NDELTASB
583:    LOGICAL :: SCALEBAR576:    LOGICAL :: SCALEBAR
584:    LOGICAL :: ORDER_BY_SIZE577:    LOGICAL :: ORDER_BY_SIZE
585:    LOGICAL :: ORDER_BY_ENERGY578:    LOGICAL :: ORDER_BY_ENERGY
586:    LOGICAL :: IDENTIFY_NODE=.FALSE.579:    LOGICAL :: IDENTIFY_NODE=.FALSE.
1085:    DO I = 1, LOWEST1078:    DO I = 1, LOWEST
1086:       DO J = 1, N_LEVELS1079:       DO J = 1, N_LEVELS
1087:          BASIN(J, INDX1(I)) = ABS(BASIN(J, INDX1(I)))1080:          BASIN(J, INDX1(I)) = ABS(BASIN(J, INDX1(I)))
1088:       END DO1081:       END DO
1089:    END DO1082:    END DO
1090:    DEALLOCATE (INDX1)1083:    DEALLOCATE (INDX1)
1091: 1084: 
1092: !  2. Remove nodes that are not monotonic sequence basin bottoms.1085: !  2. Remove nodes that are not monotonic sequence basin bottoms.
1093:    IF (MONOTONIC) THEN1086:    IF (MONOTONIC) THEN
1094:       DO K = 1, N_TS1087:       DO K = 1, N_TS
1095:          IF (ABS(M(TS(K)%MIN1)- M(TS(K)%MIN2)).GT.MONOEDIFF) THEN1088:          IF (M(TS(K)%MIN1) < M(TS(K)%MIN2)) THEN
1096:             IF (M(TS(K)%MIN1) < M(TS(K)%MIN2)) THEN1089:             MIN1 = TS(K)%MIN2
1097:                MIN1 = TS(K)%MIN21090:          ELSE
1098:             ELSE1091:             MIN1 = TS(K)%MIN1
1099:                MIN1 = TS(K)%MIN11092:          END IF
1100:             END IF1093:          DO J = 1, N_LEVELS
1101:             DO J = 1, N_LEVELS1094:             BASIN(J, MIN1) = -ABS(BASIN(J, MIN1))
1102:                BASIN(J, MIN1) = -ABS(BASIN(J, MIN1))1095:          END DO
1103:             END DO 
1104:          ENDIF 
1105:       END DO1096:       END DO
1106:    END IF1097:    END IF
1107: 1098: 
1108: !  3. Exclude all nodes.1099: !  3. Exclude all nodes.
1109:    IF (EXCLUDEALL) THEN1100:    IF (EXCLUDEALL) THEN
1110:       BASIN = -ABS(BASIN)1101:       BASIN = -ABS(BASIN)
1111:    END IF1102:    END IF
1112: 1103: 
1113: !  4. Deal with individual exceptions picked by user.1104: !  4. Deal with individual exceptions picked by user.
1114:    IF (FILE_PICK /= '') THEN1105:    IF (FILE_PICK /= '') THEN
2305:    ORDER_BY_SIZE = .FALSE.2296:    ORDER_BY_SIZE = .FALSE.
2306:    ORDER_BY_energy = .FALSE.2297:    ORDER_BY_energy = .FALSE.
2307:    DELTA_E = 0.0D02298:    DELTA_E = 0.0D0
2308:    DUMP_NUMBERS = .FALSE.2299:    DUMP_NUMBERS = .FALSE.
2309:    DUMP_SIZES = .FALSE.2300:    DUMP_SIZES = .FALSE.
2310:    E_HIGH = 0.0D02301:    E_HIGH = 0.0D0
2311:    EXCLUDEALL = .FALSE.2302:    EXCLUDEALL = .FALSE.
2312:    LOWEST = 02303:    LOWEST = 0
2313:    LAB_FMT = 'F8.2'2304:    LAB_FMT = 'F8.2'
2314:    MONOTONIC = .FALSE.2305:    MONOTONIC = .FALSE.
2315:    MONOEDIFF=1.0D-100 
2316:    N_LEVELS = 02306:    N_LEVELS = 0
2317:    FILE_PICK = ''2307:    FILE_PICK = ''
2318:    FILE_TRACE= ''  2308:    FILE_TRACE= ''  
2319:    FILE_PAIRS= ''  2309:    FILE_PAIRS= ''  
2320:    FILE_IDMIN = ''2310:    FILE_IDMIN = ''
2321:    SPLIT = .TRUE.2311:    SPLIT = .TRUE.
2322:    ZEROGM = .FALSE.2312:    ZEROGM = .FALSE.
2323: 2313: 
2324:     2314:     
2325:    OPEN (UNIT=20, FILE='dinfo', STATUS='OLD', IOSTAT=err)2315:    OPEN (UNIT=20, FILE='dinfo', STATUS='OLD', IOSTAT=err)
2395:          PAGE_X = 6122385:          PAGE_X = 612
2396:          PAGE_Y = 7922386:          PAGE_Y = 792
2397:       CASE ('LEVELS')2387:       CASE ('LEVELS')
2398:          CALL GET_INTEGER(N_LEVELS)2388:          CALL GET_INTEGER(N_LEVELS)
2399:       CASE ('LOWEST')2389:       CASE ('LOWEST')
2400:          CALL GET_INTEGER(LOWEST)2390:          CALL GET_INTEGER(LOWEST)
2401:       CASE ('MINIMA')2391:       CASE ('MINIMA')
2402:          CALL GET_STRING(FILE_MIN)2392:          CALL GET_STRING(FILE_MIN)
2403:       CASE ('MONOTONIC')2393:       CASE ('MONOTONIC')
2404:          MONOTONIC = .TRUE.2394:          MONOTONIC = .TRUE.
2405:       CASE ('MONOEDIFF') 
2406:          MONOTONIC = .TRUE. 
2407:          CALL GET_DP(MONOEDIFF) 
2408:          PRINT '(A,G20.10)', 'Energy difference for monotonic basin bottom assignment=',MONOEDIFF 
2409:       CASE ('NCONNMIN')2395:       CASE ('NCONNMIN')
2410:          CALL GET_INTEGER(NCONNMIN)2396:          CALL GET_INTEGER(NCONNMIN)
2411:       CASE ('NOBARRIERS')2397:       CASE ('NOBARRIERS')
2412:          BARRIERS = .FALSE.2398:          BARRIERS = .FALSE.
2413:       CASE ('NOSPLIT')2399:       CASE ('NOSPLIT')
2414:          SPLIT = .FALSE.2400:          SPLIT = .FALSE.
2415:       CASE ('PAIRS') 2401:       CASE ('PAIRS') 
2416:          PAIRST = .TRUE.2402:          PAIRST = .TRUE.
2417:          CALL GET_INTEGER(NDUMMY)2403:          CALL GET_INTEGER(NDUMMY)
2418:          CALL GET_INTEGER(MINRANGE)2404:          CALL GET_INTEGER(MINRANGE)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0