hdiff output

r32804/keywords.f 2017-06-16 12:30:48.966718247 +0100 r32803/keywords.f 2017-06-16 12:30:49.414724098 +0100
2322:          MLPNEWREG=.TRUE.2322:          MLPNEWREG=.TRUE.
2323:          WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Including reciprocals in regularisation'2323:          WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Including reciprocals in regularisation'
2324: !2324: !
2325: ! MLPNORM directs OPTIM to rescale the input data columns by dividing each one by the2325: ! MLPNORM directs OPTIM to rescale the input data columns by dividing each one by the
2326: ! average of the mean magnitude2326: ! average of the mean magnitude
2327: ! Arranged so that MLPNORM can come before of after MLPB3/MLP32327: ! Arranged so that MLPNORM can come before of after MLPB3/MLP3
2328: !2328: !
2329:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNORM') THEN2329:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNORM') THEN
2330:          MLPNORM=.TRUE.2330:          MLPNORM=.TRUE.
2331:          IF (MLPDONE) THEN2331:          IF (MLPDONE) THEN
2332:             WRITE(*,'(A)','keyword> ERROR *** please put MLPNORM before MLP keyword in odata to ensure correct i/o'2332:             LUNIT=GETUNIT()
2333:             STOP2333:             OPEN(LUNIT,FILE='MLPdata',STATUS='OLD')
2334: 2334:             ALLOCATE(MLPMEAN(MLPIN))
2335: !           LUNIT=GETUNIT()2335:             MLPMEAN(1:MLPIN)=0.0D0
2336: !           OPEN(LUNIT,FILE='MLPdata',STATUS='OLD')2336:             DO J1=1,MLPDATA
2337: !           ALLOCATE(MLPMEAN(MLPIN))2337:                READ(LUNIT,*) MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1)
2338: !           MLPMEAN(1:MLPIN)=0.0D02338:                MLPOUTCOME(J1)=MLPOUTCOME(J1)+1 ! to shift the range to start from 1 instead of zero
2339: !           DO J1=1,MLPDATA2339:                DO J2=1,MLPIN
2340: !              READ(LUNIT,*) MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1)2340:                   MLPMEAN(J2)=MLPMEAN(J2)+ABS(MLPDAT(J1,J2))
2341: !              MLPOUTCOME(J1)=MLPOUTCOME(J1)+1 ! to shift the range to start from 1 instead of zero2341:                ENDDO
2342: !              DO J2=1,MLPIN2342:             ENDDO
2343: !                 MLPMEAN(J2)=MLPMEAN(J2)+ABS(MLPDAT(J1,J2))2343:             CLOSE(LUNIT)
2344: !              ENDDO2344:             MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA
2345: !           ENDDO2345:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:'
2346: !           CLOSE(LUNIT)2346:             WRITE(MYUNIT,'(6G20.10)') MLPMEAN(1:MLPIN)
2347: !           MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA2347:             DO J1=1,MLPIN
2348: !           WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:'2348:                MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1)
2349: !           WRITE(MYUNIT,'(6G20.10)') MLPMEAN(1:MLPIN)2349:             ENDDO
2350: !           DO J1=1,MLPIN2350:             DEALLOCATE(MLPMEAN)
2351: !              MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1) 
2352: !           ENDDO 
2353: !           DEALLOCATE(MLPMEAN) 
2354:          ENDIF2351:          ENDIF
2355:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLQ') THEN2352:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLQ') THEN
2356:          MLQT=.TRUE.2353:          MLQT=.TRUE.
2357:          CALL READI(MLQIN)      ! number of inputs (data items after outcome)2354:          CALL READI(MLQIN)      ! number of inputs (data items after outcome)
2358:          CALL READI(MLQSTART) ! starting position in data list, not counting outcome2355:          CALL READI(MLQSTART) ! starting position in data list, not counting outcome
2359:          CALL READI(MLQOUT)2356:          CALL READI(MLQOUT)
2360:          CALL READI(MLQDATA)2357:          CALL READI(MLQDATA)
2361:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READF(MLQLAMBDA)2358:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READF(MLQLAMBDA)
2362:          WRITE(MYUNIT,'(A,4I8,G20.10)') ' keywords> MLQ Nin, Ninstart, Nout, Ndata, lambda=',2359:          WRITE(MYUNIT,'(A,4I8,G20.10)') ' keywords> MLQ Nin, Ninstart, Nout, Ndata, lambda=',
2363:      &                                MLQIN,MLQSTART,MLQOUT,MLQDATA,MLQLAMBDA2360:      &                                MLQIN,MLQSTART,MLQOUT,MLQDATA,MLQLAMBDA


r32804/saveit.f 2017-06-16 12:30:49.186721122 +0100 r32803/saveit.f 2017-06-16 12:30:49.630726920 +0100
 89:          ENDIF 89:          ENDIF
 90:       ENDDO 90:       ENDDO
 91:  91: 
 92: 10    CONTINUE 92: 10    CONTINUE
 93:  93: 
 94:  94: 
 95: ! beh35 > adding stuff to accommodate for mlowest 95: ! beh35 > adding stuff to accommodate for mlowest
 96:  96: 
 97: ! here is how it works normally when you specifiy targets without mlowest modification 97: ! here is how it works normally when you specifiy targets without mlowest modification
 98:        98:       
 99:       IF (TARGET) THEN ! beh35 99:       IF(TARGET) THEN ! beh35
100:          DO J1=1,NTARGETS100:       DO J1=1,NTARGETS
101:             IF (EREAL-TARGETS(J1).LT.ECONV) THEN101:          IF (EREAL-TARGETS(J1).LT.ECONV) THEN
102:                IF (NPAR.LT.2) THEN102:             IF (NPAR.LT.2) THEN
103:                   WRITE(MYUNIT,'(2(A,I15),A)') 'saveit> Target hit after ',NQ(NP),' quenches ',NPCALL,' function calls.'103:                WRITE(MYUNIT,'(2(A,I15),A)') 'saveit> Target hit after ',NQ(NP),' quenches ',NPCALL,' function calls.'
104:                   WRITE(MYUNIT,'(2(A,F20.10))') 'saveit> Energy=',EREAL,' target=',TARGETS(J1)104:                WRITE(MYUNIT,'(2(A,F20.10))') 'saveit> Energy=',EREAL,' target=',TARGETS(J1)
105: !               ELSE105: !            ELSE
106: !                  WRITE(MYUNIT,'(A,I0.2,A,I2,2(A,I15),A)') '[',NP,']Target hit in parallel run ',NP,106: !               WRITE(MYUNIT,'(A,I0.2,A,I2,2(A,I15),A)') '[',NP,']Target hit in parallel run ',NP,
107: !     1                       ' after ',NQTOT,' quenches ',NPCALL,' function calls.'107: !     1                    ' after ',NQTOT,' quenches ',NPCALL,' function calls.'
108: !                  WRITE(MYUNIT,'(A,I0.2,2(A,F20.10))') '[',NP,']Energy=',EREAL,' target=',TARGETS(J1)108: !               WRITE(MYUNIT,'(A,I0.2,2(A,F20.10))') '[',NP,']Energy=',EREAL,' target=',TARGETS(J1)
109:                ENDIF 
110:                HIT=.TRUE. 
111:             ENDIF109:             ENDIF
112:          ENDDO110:             HIT=.TRUE.
 111:          ENDIF
 112:       ENDDO
113: 113: 
114: ! and here is what happens with mlowest114: ! and here is what happens with mlowest
115:       115:       
116:          ELSE IF(MLOWEST) THEN116:       ELSE IF(MLOWEST) THEN
117:             DO J1=1,MTARGETS117:       DO J1=1,MTARGETS
118:                IF (EREAL-OBJ(J1)%SOUGHT.LT.ECONV) THEN118:          IF (EREAL-OBJ(J1)%SOUGHT.LT.ECONV) THEN
119:                   IF (NPAR.LT.2) THEN119:             IF (NPAR.LT.2) THEN
120:                      WRITE(MYUNIT,'(2(A,I15),A)') 'saveit> Target hit after ',NQTOT,' quenches ',NPCALL,' function calls.'120:                WRITE(MYUNIT,'(2(A,I15),A)') 'saveit> Target hit after ',NQTOT,' quenches ',NPCALL,' function calls.'
121:                      WRITE(MYUNIT,'(2(A,F20.10))') 'saveit> Energy=',EREAL,' target=',OBJ(J1)%SOUGHT121:                WRITE(MYUNIT,'(2(A,F20.10))') 'saveit> Energy=',EREAL,' target=',OBJ(J1)%SOUGHT
122: 122: 
123:                !* maybe go back and look at this later to deal with parallel processes123:                !* maybe go back and look at this later to deal with parallel processes
124:                   ENDIF124:             ENDIF
125:                   OBJ(J1)%FOUND=.TRUE.125:             OBJ(J1)%FOUND=.TRUE.
126:                ENDIF126:          ENDIF
127:             ENDDO127:       ENDDO
128: 128: 
129: ! now check and see if we've hit all of them129: ! now check and see if we've hit all of them
130: 130: 
131:          CALL decide_to_quit()131:       CALL decide_to_quit()
132: 132: 
133:       ENDIF133:       ENDIF
134: 134: 
135:       RETURN135:       RETURN
136:       END136:       END
137: C137: C
138: C  csw34> new subroutine to save the lowest NSAVEINTE configurations indexed by interaction enthalpy between protein and ligand138: C  csw34> new subroutine to save the lowest NSAVEINTE configurations indexed by interaction enthalpy between protein and ligand
139: C139: C
140:       SUBROUTINE A9INTESAVEIT(INTEREAL,P,NP)140:       SUBROUTINE A9INTESAVEIT(INTEREAL,P,NP)
141:       USE commons141:       USE commons


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0