hdiff output

r32707/OPTIM.tex 2017-06-03 14:30:10.109778060 +0100 r32706/OPTIM.tex 2017-06-03 14:30:10.333780969 +0100
881: fast increase in the database size in PATHSAMPLE.881: fast increase in the database size in PATHSAMPLE.
882: 882: 
883: \item {\it DUMPFRQS\/}: if the frequency of a stationary point is calculated, it is written to a file883: \item {\it DUMPFRQS\/}: if the frequency of a stationary point is calculated, it is written to a file
884: {\tt frqs.dump}. The keyword is mainly meant for the {\it GETMINFRQS} and {\it GETTSFRQS} options in PATHSAMPLE. It requires884: {\tt frqs.dump}. The keyword is mainly meant for the {\it GETMINFRQS} and {\it GETTSFRQS} options in PATHSAMPLE. It requires
885: that {\it ENDHESS} or {\tt ENDNUMHESS} are used.885: that {\it ENDHESS} or {\tt ENDNUMHESS} are used.
886: 886: 
887: \item {\it DUMPDATA\/}: creates a file in PATHSAMPLE {\tt min.data.info} format for the minimum found887: \item {\it DUMPDATA\/}: creates a file in PATHSAMPLE {\tt min.data.info} format for the minimum found
888: following a minimisation. Useful for a discrete path sampling initial path run to888: following a minimisation. Useful for a discrete path sampling initial path run to
889: create entries for the two endpoints.889: create entries for the two endpoints.
890: 890: 
891: \item {\it DUMPDATA\_MACHINE ndof\/}: to be used instead of {\it DUMPDATA} when lots of data will be produced (e.g. using {\it MULTIJOB}). The normal output from {\it DUMPDATA} is split into two files. The energy, frequency log product, point group order and moments of inertia of each minimum found are written to {\tt min.data.info} as normal (formatted output). The coordinates of the minima are written to an unformatted file {\tt min.data.info}, which readable only by the machine and therefore is quicker to read/write and takes up less disk space. Each minimum is written as a single record of length {\it ndof}, which is the number of coordinates (degrees of freedom) in the system.891: \item {\it DUMPDATA_MACHINE ndof\/}: to be used instead of {\it DUMPDATA} when lots of data will be produced (e.g. using {\it MULTIJOB}). The normal output from {\it DUMPDATA} is split into two files. The energy, frequency log product, point group order and moments of inertia of each minimum found are written to {\tt min.data.info} as normal (formatted output). The coordinates of the minima are written to an unformatted file {\tt min.data.info}, which readable only by the machine and therefore is quicker to read/write and takes up less disk space. Each minimum is written as a single record of length {\it ndof}, which is the number of coordinates (degrees of freedom) in the system.
892: 892: 
893: \item {\it DUMPINTEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.int} for QCI runs. 893: \item {\it DUMPINTEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.int} for QCI runs. 
894: {\it n\/} is the dump frequency.894: {\it n\/} is the dump frequency.
895: 895: 
896: \item {\it DUMPINTXYZ n\/}: creates the file {\tt int.xyz} for DNEB runs. 896: \item {\it DUMPINTXYZ n\/}: creates the file {\tt int.xyz} for DNEB runs. 
897: {\it n\/} is the dump frequency.897: {\it n\/} is the dump frequency.
898: 898: 
899: \item {\it DUMPMODE n1 n2 etc\/}: must be used with and below {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS MWVECTORS}. Produces PDB files {\tt mode.n1.pdb, mode.n2.pdb} etc containing information on the relative per atom and per residue displacement caused by that mode. This information can be visualised in VMD by colouring with the {\tt Beta} (per residue) or {\tt Occupancy} (per atom) options.899: \item {\it DUMPMODE n1 n2 etc\/}: must be used with and below {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS MWVECTORS}. Produces PDB files {\tt mode.n1.pdb, mode.n2.pdb} etc containing information on the relative per atom and per residue displacement caused by that mode. This information can be visualised in VMD by colouring with the {\tt Beta} (per residue) or {\tt Occupancy} (per atom) options.
900: 900: 
901: \item {\it DUMPNEBEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.neb} for DNEB runs. This file is901: \item {\it DUMPNEBEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.neb} for DNEB runs. This file is
1643: \item {\it MULTIJOB startfile finishfile\/}: the same job will be rerun sequentially1643: \item {\it MULTIJOB startfile finishfile\/}: the same job will be rerun sequentially
1644: for input coordinates read from files {\it startfile\/} and {\it finishfile\/}.1644: for input coordinates read from files {\it startfile\/} and {\it finishfile\/}.
1645: The usual coordinates are expected, for most systems after the {\it POINTS\/}1645: The usual coordinates are expected, for most systems after the {\it POINTS\/}
1646: keyword in {\tt odata}, and the {\tt finish} file, if applicable.1646: keyword in {\tt odata}, and the {\tt finish} file, if applicable.
1647: After running this task, fresh coordinates are read from {\it startfile\/}1647: After running this task, fresh coordinates are read from {\it startfile\/}
1648: and {\it finishfile\/}, if applicable to the run type.1648: and {\it finishfile\/}, if applicable to the run type.
1649: If the file names contain the string `xyz' then the coordinates are assumed to1649: If the file names contain the string `xyz' then the coordinates are assumed to
1650: be in xyz format. Otherwise they are read as an uninterrupted sequence of numbers1650: be in xyz format. Otherwise they are read as an uninterrupted sequence of numbers
1651: in free format.1651: in free format.
1652: 1652: 
1653: \item {\it MULTIJOB\_MACHINE startfile ndof [finishfile] [i] [n] [step]\/}: as {\it multijob} but the files containing restart 1653: \item {\it MULTIJOB_MACHINE startfile ndof [finishfile] [i] [n] [step]\/}: as {\it multijob} but the files containing restart 
1654: coordinates are unformatted non-human-readable files. Each file contains one configuration per record. {\it ndof} is the1654: coordinates are unformatted non-human-readable files. Each file contains one configuration per record. {\it ndof} is the
1655: number of degrees of freedom in the system, i.e. the number of entries in the record. {\it i} and {\it n} are the first and last1655: number of degrees of freedom in the system, i.e. the number of entries in the record. {\it i} and {\it n} are the first and last
1656: records to read from the file, respectively. {\it step} is the interval between consecutive record numbers which will be read.1656: records to read from the file, respectively. {\it step} is the interval between consecutive record numbers which will be read.
1657: So if {\it i} = 2, {\it n} = 10 and {\it step} = 3, the record numbers used to run {\tt OPTIM} jobs will be 2,5,8.1657: So if {\it i} = 2, {\it n} = 10 and {\it step} = 3, the record numbers used to run {\tt OPTIM} jobs will be 2,5,8.
1658: Default values of the optional parameters are {\it NONE} (i.e. no {\tt finish} file required), 1, {\tt <eof>}, 1. {\tt <eof>} means1658: Default values of the optional parameters are {\it NONE} (i.e. no {\tt finish} file required), 1, {\tt <eof>}, 1. {\tt <eof>} means
1659: the loop will run until the end of the input files.1659: the loop will run until the end of the input files.
1660: WARNING: fortran unformatted files may not be readable on a computer other than the one where they were produced, or if your {\tt OPTIM}1660: WARNING: fortran unformatted files may not be readable on a computer other than the one where they were produced, or if your {\tt OPTIM}
1661: executable was compiled with a different compiler to the one which produced the unformatted file.1661: executable was compiled with a different compiler to the one which produced the unformatted file.
1662: 1662: 
1663: \item {\it MULTIPOT\/}: Use the flexible multiple potential scheme to define your system.1663: \item {\it MULTIPOT\/}: Use the flexible multiple potential scheme to define your system.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0