hdiff output

r32429/keywords.f 2017-04-28 12:30:14.337051254 +0100 r32428/keywords.f 2017-04-28 12:30:14.789057189 +0100
1460:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLLJAT3') THEN1460:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLLJAT3') THEN
1461:          MLLJAT3=.TRUE.1461:          MLLJAT3=.TRUE.
1462: !1462: !
1463: ! Three layer neural network (multilayer perceptron) with1463: ! Three layer neural network (multilayer perceptron) with
1464: ! MLPIN inputs (columns per data item)1464: ! MLPIN inputs (columns per data item)
1465: ! MLPOUT outputs1465: ! MLPOUT outputs
1466: ! MLPHIDDEN hidden nodes1466: ! MLPHIDDEN hidden nodes
1467: ! MLPDATA data lines in MLPdata file (last column MLPIN+1 for correct outputs, numbered one to MLPOUT)1467: ! MLPDATA data lines in MLPdata file (last column MLPIN+1 for correct outputs, numbered one to MLPOUT)
1468: ! MLPLAMBDA coefficient for regularisation1468: ! MLPLAMBDA coefficient for regularisation
1469: !1469: !
1470:       ELSE IF ((WORD.EQ.'MLPVB3').OR.(WORD.EQ.'MLPVB3NN')) THEN1470:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPVB3') THEN
1471:          MLPB3T=.TRUE.1471:          MLPB3T=.TRUE.
1472:          ZSYM='  '1472:          ZSYM='  '
1473:          CALL READI(MLPIN)      ! number of inputs (data items after outcome)1473:          CALL READI(MLPIN)      ! number of inputs (data items after outcome)
1474:          CALL READI(MLPSTART) ! starting position in data list, not counting outcome1474:          CALL READI(MLPSTART) ! starting position in data list, not counting outcome
1475:          CALL READI(MLPHIDDEN)1475:          CALL READI(MLPHIDDEN)
1476:          CALL READI(MLPOUT)1476:          CALL READI(MLPOUT)
1477: !        CALL READI(MLPDATA)1477: !        CALL READI(MLPDATA)
1478: !        IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA)1478: !        IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA)
1479:          WRITE(*,'(A,5I8,G20.10)') ' keywords> MLPVB3 vector bias nodes and Nin, Ninstart, Nhidden, Nout=',1479:          WRITE(*,'(A,5I8,G20.10)') ' keywords> MLPVB3 vector bias nodes and Nin, Ninstart, Nhidden, Nout=',
1480:      &                                MLPIN,MLPSTART,MLPHIDDEN,MLPOUT1480:      &                                MLPIN,MLPSTART,MLPHIDDEN,MLPOUT
1481:          NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+MLPHIDDEN+MLPOUT1481:          NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+MLPHIDDEN+MLPOUT
1482:          NATOMS=NMLP1482:          NATOMS=NMLP
1483:          NOPT=NMLP1483:          NOPT=NMLP
1484:  
1485:          IF (WORD.EQ.'MLPVB3NN') THEN 
1486:             IF (.NOT.ALLOCATED(FROZEN)) THEN 
1487:                ALLOCATE(FROZEN(NATOMS)) 
1488:                DO J1=1,NATOMS 
1489:                   FROZEN(J1)=.FALSE. 
1490:                ENDDO 
1491:             ENDIF 
1492:  
1493:             FREEZE=.TRUE. 
1494:             NFREEZE=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)-2*MLPHIDDEN 
1495:             FROZEN(1:MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT))=.TRUE. 
1496:             DO J1=1,MLPHIDDEN 
1497:                J2=NINT(1.0D0*(MLPHIDDEN+J1*(MLPIN-1)-MLPIN)/(MLPHIDDEN-1)) ! unfrozen weight for hidden node J1 to input 
1498:                J3=(J1-1)*MLPIN+J2 
1499:                FROZEN(J3)=.FALSE. 
1500:                PRINT '(A,I10,A,I10,A,I10)','keywords> Unfrozen weight ',J3,' input ',J2,' to hidden node ',J1 
1501:                J2=NINT(1.0D0*(MLPHIDDEN+J1*(MLPOUT-1)-MLPOUT)/(MLPHIDDEN-1)) ! unfrozen weight for hidden node J1 to output 
1502:                J3=MLPHIDDEN*MLPIN+(J2-1)*MLPHIDDEN+J1 
1503:                PRINT '(A,I10,A,I10,A,I10)','keywords> Unfrozen weight ',J3,' hidden node ',J1,' to output ',J2 
1504:                FROZEN(J3)=.FALSE. 
1505:             ENDDO 
1506:          ENDIF 
1507:  
1508:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPB3NEW') THEN1484:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPB3NEW') THEN
1509:          MLPB3T=.TRUE.1485:          MLPB3T=.TRUE.
1510:          ZSYM='  '1486:          ZSYM='  '
1511:          CALL READI(MLPIN)      ! number of inputs (data items after outcome)1487:          CALL READI(MLPIN)      ! number of inputs (data items after outcome)
1512:          CALL READI(MLPSTART) ! starting position in data list, not counting outcome1488:          CALL READI(MLPSTART) ! starting position in data list, not counting outcome
1513:          CALL READI(MLPHIDDEN)1489:          CALL READI(MLPHIDDEN)
1514:          CALL READI(MLPOUT)1490:          CALL READI(MLPOUT)
1515: !        CALL READI(MLPDATA)1491: !        CALL READI(MLPDATA)
1516: !        IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA)1492: !        IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA)
1517:          WRITE(*,'(A,5I8,G20.10)') ' keywords> MLP3 new potential bias nodes and Nin, Ninstart, Nhidden, Nout=',1493:          WRITE(*,'(A,5I8,G20.10)') ' keywords> MLP3 new potential bias nodes and Nin, Ninstart, Nhidden, Nout=',


r32429/newconnodata.f 2017-04-28 12:30:14.561054193 +0100 r32428/newconnodata.f 2017-04-28 12:30:15.013060135 +0100
 31:       IMPLICIT NONE 31:       IMPLICIT NONE
 32:       INTEGER J2, CONNID, STATUS, LUNIT 32:       INTEGER J2, CONNID, STATUS, LUNIT
 33:       DOUBLE PRECISION LOCALPOINTS1(3*NATOMS), SAVEPOINTS(3*NATOMS), RANDOM, DPRAND 33:       DOUBLE PRECISION LOCALPOINTS1(3*NATOMS), SAVEPOINTS(3*NATOMS), RANDOM, DPRAND
 34:       CHARACTER(LEN=20) UNSTRING 34:       CHARACTER(LEN=20) UNSTRING
 35:       CHARACTER(LEN=10) CONNSTR 35:       CHARACTER(LEN=10) CONNSTR
 36:       CHARACTER(LEN=80) FPOO 36:       CHARACTER(LEN=80) FPOO
 37:  37: 
 38:       WRITE(CONNSTR,'(I10)') CONNID 38:       WRITE(CONNSTR,'(I10)') CONNID
 39:       CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cat odata.tspath > odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))) 39:       CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cat odata.tspath > odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))
 40:  40: 
 41: ! 41:       IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN
 42: ! perturbation is done in cycle2 42:          DO J2=1,NOPT
 43: ! 43:             IF (FROZEN(J2)) THEN
 44: !     IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN 44:                LOCALPOINTS1(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 45: !        DO J2=1,NOPT 45:             ELSE
 46: !           IF (FROZEN(J2)) THEN 46:                RANDOM=DPRAND()
 47: !              LOCALPOINTS1(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 47:                LOCALPOINTS1(J2)=LOCALPOINTS1(J2)+(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE
 48: !           ELSE 48:             ENDIF
 49: !              RANDOM=DPRAND() 49:          ENDDO
 50: !              LOCALPOINTS1(J2)=LOCALPOINTS1(J2)+(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE 50:       ELSE
 51: !           ENDIF 51:          DO J2=1,3*NATOMS
 52: !        ENDDO 52:             RANDOM=DPRAND()
 53: !     ELSE 53:             LOCALPOINTS1(J2)=LOCALPOINTS1(J2)+(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE
 54: !        DO J2=1,3*NATOMS 54:          ENDDO
 55: !           RANDOM=DPRAND() 55:       ENDIF
 56: !           LOCALPOINTS1(J2)=LOCALPOINTS1(J2)+(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE 
 57: !        ENDDO 
 58: !     ENDIF 
 59:  
 60:               PRINT '(A)','LOCALPOINTS1 in newconnodata:' 
 61:               PRINT '(A,2I10)','NATOMS,NOPT=',NATOMS,NOPT 
 62:                PRINT '(6G20.10)',LOCALPOINTS1(1:NOPT) 
 63:  56: 
 64:       IF (CHARMMT) THEN 57:       IF (CHARMMT) THEN
 65:          IF (MACHINE) THEN ! SAT 58:          IF (MACHINE) THEN ! SAT
 66:             DO J2=1,3*NATOMS 59:             DO J2=1,3*NATOMS
 67:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 60:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 68:             ENDDO 61:             ENDDO
 69:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'points1.inp.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))) 62:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'points1.inp.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))
 70:          ELSE 63:          ELSE
 71:             DO J2=1,3*NATOMS 64:             DO J2=1,3*NATOMS
 72:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 65:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 97:          LUNIT=GETUNIT() 90:          LUNIT=GETUNIT()
 98:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND') 91:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
 99:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT) 92:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT)
100:          CLOSE(LUNIT) 93:          CLOSE(LUNIT)
101:       ELSE IF (PHI4MODT) THEN 94:       ELSE IF (PHI4MODT) THEN
102:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug 95:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
103:          LUNIT=GETUNIT() 96:          LUNIT=GETUNIT()
104:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND') 97:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
105:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NATOMS) 98:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NATOMS)
106:          CLOSE(LUNIT) 99:          CLOSE(LUNIT)
 100:       ELSE IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN
 101:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
 102:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
 103:          WRITE(2,'(A2,2X,F20.10)') (ZSYMBOL(J2),LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT)
 104:          CLOSE(2)
107:       ELSE105:       ELSE
108:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug106:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
109:          LUNIT=GETUNIT()107:          LUNIT=GETUNIT()
110:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')108:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
111:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,3F20.10)') (ZSYMBOL(J2),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),109:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,3F20.10)') (ZSYMBOL(J2),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),
112:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)110:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
113:          CLOSE(LUNIT)111:          CLOSE(LUNIT)
114:       ENDIF112:       ENDIF
115: 113: 
116:       RETURN114:       RETURN


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0