hdiff output

r32245/GMIN.tex 2017-04-02 19:30:11.174511454 +0100 r32244/GMIN.tex 2017-04-02 19:30:11.674518046 +0100
566: \item {\it CISTRANS\/}: disables all checks for cis or deformed amide/peptide bonds.566: \item {\it CISTRANS\/}: disables all checks for cis or deformed amide/peptide bonds.
567: 567: 
568: \item {\it CHIRO $\sigma_0$ $\mu$ $\gamma$ $[L]$}: calls the OK potential. If $L$ is absent or $0$, then use one LJ site. If $L > 0$, use LJ-like rods of length $2L$. Output is written to {\tt chiro.xyz}. A periodic boundary condition in the $x$ direction can be applied using the {\it PERIODIC} keyword.568: \item {\it CHIRO $\sigma_0$ $\mu$ $\gamma$ $[L]$}: calls the OK potential. If $L$ is absent or $0$, then use one LJ site. If $L > 0$, use LJ-like rods of length $2L$. Output is written to {\tt chiro.xyz}. A periodic boundary condition in the $x$ direction can be applied using the {\it PERIODIC} keyword.
569: 569: 
570: \item {\it COLDFUSION thresh\/}: if the energy falls below threshold {\it thresh} then570: \item {\it COLDFUSION thresh\/}: if the energy falls below threshold {\it thresh} then
571: cold fusion is assumed to have occurred and geometry optimisation stops.571: cold fusion is assumed to have occurred and geometry optimisation stops.
572: The default value is $-10^6$.572: The default value is $-10^6$.
573: 573: 
574: \item {\it COMPRESS kcomp\/}: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the574: \item {\it COMPRESS kcomp\/}: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the
575: centre-of-mass distance for each atom.575: centre-of-mass distance for each atom.
576: The compression term can be turned off once a given RMS tolerance is achieved 
577: using the {\it GUIDE} keyword. 
578: This combination can be used with the generalised rigid body scheme introduced via the 
579: {\it RIGIDINIT} keyword. 
580: 576: 
581: \item {\it COMPRESSRIGID kcomp\/ dist}: if at least one rigid body's centre of mass is further than {\it dist} from its nearest neighbour,  577: \item {\it COMPRESSRIGID kcomp\/ dist}: if at least one rigid body's centre of mass is further than {\it dist} from its nearest neighbour,  
582: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the centre-of-mass distance for each rigid body. The compression is 578: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the centre-of-mass distance for each rigid body. The compression is 
583: disabled once the rigid bodies are all within {\it dist} of another. 579: disabled once the rigid bodies are all within {\it dist} of another. 
584: This keyword is only implemented for a few specific potentials.  
585: However, the {\it COMPRESS} and {\it GUIDE} keywords can be used with the general ridig body scheme 
586: introcduced via {\it GENRIGID}. 
587: 580: 
588: \item {\it COMMENT \/}: the rest of the line is ignored.581: \item {\it COMMENT \/}: the rest of the line is ignored.
589: 582: 
590: \item {\it CONCUTABS x \/}: used in the QCI procedure. This is the583: \item {\it CONCUTABS x \/}: used in the QCI procedure. This is the
591: absolute distance constraints are allowed to deviate before the constraint584: absolute distance constraints are allowed to deviate before the constraint
592: spring potential is applied.585: spring potential is applied.
593: Defailt value is 0.15.586: Defailt value is 0.15.
594: 587: 
595: \item {\it COOPMOVE n cut\/}: specifies cooperative moves in the step-taking routine. An atom is588: \item {\it COOPMOVE n cut\/}: specifies cooperative moves in the step-taking routine. An atom is
596: selected at random, and the {\it n} nearest neighbours (default 5) that lie within a cutoff589: selected at random, and the {\it n} nearest neighbours (default 5) that lie within a cutoff


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0