hdiff output

r32106/parm.py 2017-03-16 18:30:18.395017553 +0000 r32105/parm.py 2017-03-16 18:30:18.875023854 +0000
 12: parser = argparse.ArgumentParser(description='Parse parameter generator arguments') 12: parser = argparse.ArgumentParser(description='Parse parameter generator arguments')
 13: parser.add_argument("pdbfilename") 13: parser.add_argument("pdbfilename")
 14: parser.add_argument('-p', '--parmfile', type=str, default=None) 14: parser.add_argument('-p', '--parmfile', type=str, default=None)
 15: parser.add_argument('-o', '--outbase', type=str, default="Output") 15: parser.add_argument('-o', '--outbase', type=str, default="Output")
 16: parser.add_argument('--local', action='store_true') 16: parser.add_argument('--local', action='store_true')
 17:  17: 
 18: args = parser.parse_args() 18: args = parser.parse_args()
 19:  19: 
 20:  20: 
 21: # atom name to weight type 21: # atom name to weight type
 22: atn2ty = {"P":"P", "O5*":"O", "C5'":"C", "C5*":"C", "CA":"R4", "C4'":"R4", "C4*":"R4", "C1'":"R1", "C1*":"R1", "CY":"R1", "A1":"A1", "A2":"A2", "G1":"G1", "G2":"G2", "C1":"C1", "T1":"U1", "D":"D", "MG":"MG"} 22: atn2ty = {"P":"P", "O5*":"O", "C5'":"C", "C5*":"C", "CA":"R4", "C4'":"R4", "C4*":"R4", "C1'":"R1", "C1*":"R1", "CY":"R1", "A1":"A1", "A2":"A2", "G1":"G1", "G2":"G2", "C1":"C1", "U1":"U1", "D":"D", "MG":"MG"}
 23: # Main, sugar, end, or heteroatom ? 23: # Main, sugar, end, or heteroatom ?
 24: aty2mse = {"P":"M", "O":"M", "C":"M", "R4":"M", "R1":"S", "A1":"S", "A2":"E", "G1":"S", "G2":"E", "C1":"E", "U1":"E", "D":"M", "MG":"H"} 24: aty2mse = {"P":"M", "O":"M", "C":"M", "R4":"M", "R1":"S", "A1":"S", "A2":"E", "G1":"S", "G2":"E", "C1":"E", "U1":"E", "D":"M", "MG":"H"}
 25: # residue letter to number 25: # residue letter to number
 26: resl2i_ = {'G':1, 'A':2, 'C':3, 'U':4, 'D':5, 'DG':1, 'DA':2, 'DC':3, 'DU':4, 'DT':4} 26: resl2i_ = {'G':1, 'A':2, 'C':3, 'U':4, 'D':5, 'DG':1, 'DA':2, 'DC':3, 'DU':4, 'DT':4}
 27: # residue letter to name 27: # residue letter to name
 28: resl2n_ = {'G':"GUA", 'A':"ADE", 'C':"CYT", 'U':"URA", 'D':"DUM", 'DG':"GUA", 'DA':"ADE", 'DC':"CYT", 'DU':"URA", 'DT': "THY"} 28: resl2n_ = {'G':"GUA", 'A':"ADE", 'C':"CYT", 'U':"URA", 'D':"DUM", 'DG':"GUA", 'DA':"ADE", 'DC':"CYT", 'DU':"URA", 'DT': "THY"}
 29:  29: 
 30: def res_cut(rn, rdict): 30: def res_cut(rn, rdict):
 31:     # if we have a residue name C5,G5,C3,G3, etc... remove the number 31:     # if we have a residue name C5,G5,C3,G3, etc... remove the number
 32:     if rn[-1] in "53": 32:     if rn[-1] in "53":


r32106/RNA.py 2017-03-16 18:30:18.167014558 +0000 r32105/RNA.py 2017-03-16 18:30:18.623020545 +0000
  1: # !/usr/bin/env python  1: # !/usr/bin/env python
  2: # -*- coding: UTF8 -*-  2: # -*- coding: UTF8 -*-
  3:   3: 
  4: purines = ["A", "G"]  4: purines = ["A", "G"]
  5: pyrimidines = ["C", "U", "T"]  5: pyrimidines = ["C", "U"]
  6: bases = purines+pyrimidines  6: bases = purines+pyrimidines
  7: lenbases_AA = {'A': 33, 'G': 34, 'C': 31, 'U': 30}  7: lenbases_AA = {'A': 33, 'G': 34, 'C': 31, 'U': 30}
  8:   8: 
  9:   9: 
 10: phosphate = ["P", "OP1", "OP2"] 10: phosphate = ["P", "OP1", "OP2"]
 11: sugar = ["C5'", "C4'", "C3'", "C2'", "C1'", "O4'", "O3'", "O2'"] 11: sugar = ["C5'", "C4'", "C3'", "C2'", "C1'", "O4'", "O3'", "O2'"]
 12:  12: 
 13: heavy = dict() 13: heavy = dict()
 14: heavy["A1"] = [" N7 ", " N9 ", " C4 ", " C5 ", " C8 "] 14: heavy["A1"] = [" N7 ", " N9 ", " C4 ", " C5 ", " C8 "]
 15: heavy["A2"] = [" N1 ", " N3 ", " N6 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 "] 15: heavy["A2"] = [" N1 ", " N3 ", " N6 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 "]
 16: heavy["A"] = heavy["A1"] + heavy["A2"] 16: heavy["A"] = heavy["A1"] + heavy["A2"]
 17: heavy["C1"] = [" N1 ", " N3 ", " N4 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 "] 17: heavy["C1"] = [" N1 ", " N3 ", " N4 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 "]
 18: heavy["G1"] = heavy["A1"] 18: heavy["G1"] = heavy["A1"]
 19: heavy["G2"] = [" N1 ", " N2 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O6"] 19: heavy["G2"] = [" N1 ", " N2 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O6"]
 20: heavy["G"] = heavy["G1"] + heavy["G2"] 20: heavy["G"] = heavy["G1"] + heavy["G2"]
 21: heavy["T1"] = [" N1 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 ", " O4 "] 
 22: heavy["U1"] = [" N1 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 ", " O4 "] 21: heavy["U1"] = [" N1 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 ", " O4 "]
 23:  22: 
 24:  23: 
 25: FA2CG_backbone = [" P  ", " O5'", " C5'", " C4'", " C1'"] 24: FA2CG_backbone = [" P  ", " O5'", " C5'", " C4'", " C1'"]
 26: FA_backbone = FA2CG_backbone + ["O1P", "O2P"] 25: FA_backbone = FA2CG_backbone + ["O1P", "O2P"]
 27: CG_backbone = [" P  ", " O5* ", " C5*", " CA", " CY"] 26: CG_backbone = [" P  ", " O5* ", " C5*", " CA", " CY"]


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0