hdiff output

r32090/OPTIM.tex 2017-03-14 14:30:42.437739409 +0000 r32089/OPTIM.tex 2017-03-14 14:30:42.669742482 +0000
765: If the string {\it NOINDEX\/} is present then the Hessian index isn't checked.765: If the string {\it NOINDEX\/} is present then the Hessian index isn't checked.
766: 766: 
767: \item {\it COPYRIGHT\/}: prints copyright information.767: \item {\it COPYRIGHT\/}: prints copyright information.
768: 768: 
769: \item {\it CPMD system\/}: tells the program to use CPMD to calculate energies and769: \item {\it CPMD system\/}: tells the program to use CPMD to calculate energies and
770: forces with input file {\it system\/}; bulk boundary conditions.770: forces with input file {\it system\/}; bulk boundary conditions.
771: 771: 
772: \item {\it CPMDC system\/}: tells the program to use CPMD to calculate energies and772: \item {\it CPMDC system\/}: tells the program to use CPMD to calculate energies and
773: forces with input file {\it system\/}; cluster boundary conditions.773: forces with input file {\it system\/}; cluster boundary conditions.
774: 774: 
775: \item {\it CPPNEB\/}: specifies that the C++ implementation of the DNEB algorithm should be used. For this keyword to work, you must first download the C++ source code into OPTIM/cppneb/external (running the script OPTIM/source/setup.sh does this automatically). You must also compile OPTIM with the WITH\_CPPNEB option set, and then use the executable OPTIM\_CPPNEB. NOTE: the C++ code expects that the variable NEBK will be set to the value of half the actual spring constant. If you are translating between the Fortran and C++ implementations of DNEB, you will need to adjust your NEBK accordingly.775: \item {\it CPPNEB\/}: specifies that the C++ implementation of the DNEB algorithm should be used. For this keyword to work, you must first download the C++ source code into OPTIM/cppneb/external (running the script OPTIM/source/setup.sh does this automatically). You must also compile OPTIM with the WITH_CPPNEB option set, and then use the executable OPTIM_CPPNEB. NOTE: the C++ code expects that the variable NEBK will be set to the value of half the actual spring constant. If you are translating between the Fortran and C++ implementations of DNEB, you will need to adjust your NEBK accordingly.
776: 776: 
777: \item {\it CUBIC\/}: if the three box lengths are equal to start with in a {\it PV\/} run,777: \item {\it CUBIC\/}: if the three box lengths are equal to start with in a {\it PV\/} run,
778: and the keyword {\it CUBIC \/} is included, then a cubic box is maintained. 778: and the keyword {\it CUBIC \/} is included, then a cubic box is maintained. 
779: 779: 
780: \item {\it CUBSPL\/}: For the growing string or evolving string double-ended780: \item {\it CUBSPL\/}: For the growing string or evolving string double-ended
781:   transition state search methods, use a cubic spline interpolation between781:   transition state search methods, use a cubic spline interpolation between
782:   the image points.782:   the image points.
783: 783: 
784: \item {\it CUDA potential\/}: specifies a GPU run. Setting {\it potential} to 'A' specifies the AMBER12 potential. See the group wiki for further information.784: \item {\it CUDA potential\/}: specifies a GPU run. Setting {\it potential} to 'A' specifies the AMBER12 potential. See the group wiki for further information.
785: 785: 
1539: {\it tol} RMS convergence condition for WHAM fitting.1539: {\it tol} RMS convergence condition for WHAM fitting.
1540: See also the {\it PBS} keyword for distributing jobs for sampling independent blocks over cores.1540: See also the {\it PBS} keyword for distributing jobs for sampling independent blocks over cores.
1541: 1541: 
1542: \item {\it MCPATHGW x1 x2\/}:  variance of Gaussians used to smooth the probability distributions in 1542: \item {\it MCPATHGW x1 x2\/}:  variance of Gaussians used to smooth the probability distributions in 
1543: path length and order parameter.1543: path length and order parameter.
1544: 1544: 
1545: \item {\it MECCANO mecimdens mecmaximages mecitdens mecmaxit meclambda mecdist mecrmstol 1545: \item {\it MECCANO mecimdens mecmaximages mecitdens mecmaxit meclambda mecdist mecrmstol 
1546: mecstep mecdguess mecupdate\/}: obsolete; an interpolation between 1546: mecstep mecdguess mecupdate\/}: obsolete; an interpolation between 
1547: end points via rigid rods of variable length.1547: end points via rigid rods of variable length.
1548: 1548: 
1549: \item {\it METRICTENSOR\/}: For use with RIGIDINIT only. Specifies that Hessian eigenvalues and eigenvectors will be calculated by solving the generalised eigenvalue problem based on the Metric Tensor, as described in R\"{u}hle {\it et al}, JCTC {\bf 9}, 4026 (2013). Without this keyword, the default method is that due to Pohorille {\it et al}, JCP {\bf 87}, 6070 (1987).1549: \item {\it METRICTENSOR\/}: For use with RIGIDINIT only. Specifies that Hessian eigenvalues and eigenvectors will be calculated by solving the generalised eigenvalue problem based on the Metric Tensor, as described in R\"{u}hle {\it et al}, JCTC \mathbf{9}, 4026 (2013). Without this keyword, the default method is that due to Pohorille {\it et al}, JCP \mathbf{87}, 6070 (1987).
1550: 1550: 
1551: \item {\it MIE\_FIELD filename Rc Bx By Bz\/}: specifies a fixed substrate from superposition of Mie-type central force fields, each defined by1551: \item {\it MIE\_FIELD filename Rc Bx By Bz\/}: specifies a fixed substrate from superposition of Mie-type central force fields, each defined by
1552: \begin{displaymath}1552: \begin{displaymath}
1553: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right].1553: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right].
1554: \end{displaymath}1554: \end{displaymath}
1555: The parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and coordinates of each Mie site must be provided in the file {\it filename}. The expected file format is: \\1555: The parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and coordinates of each Mie site must be provided in the file {\it filename}. The expected file format is: \\
1556: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\ 1556: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\ 
1557: \begin{tabular}{ccc}1557: \begin{tabular}{ccc}
1558: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\1558: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\
1559: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\1559: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\
1859: {\it STEPS 0\/}, {\it MASS\/}, {\it ENDHESS\/}, and {\it ENDNUMHESS\/} in {\tt odata}.1859: {\it STEPS 0\/}, {\it MASS\/}, {\it ENDHESS\/}, and {\it ENDNUMHESS\/} in {\tt odata}.
1860: The Hessian eigenvalues and normal mode frequencies are printed to standard output automatically.1860: The Hessian eigenvalues and normal mode frequencies are printed to standard output automatically.
1861: Check {\tt pertable.f} first to make sure that the atomic mass is known for all the1861: Check {\tt pertable.f} first to make sure that the atomic mass is known for all the
1862: elements in your system. The frequency conversion assumes that the units of energy and1862: elements in your system. The frequency conversion assumes that the units of energy and
1863: distance are electron volts and \AA.1863: distance are electron volts and \AA.
1864: If {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS\/} is set in {\tt odata} then all1864: If {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS\/} is set in {\tt odata} then all
1865: the normal mode eigenvector components will be transformed to the Cartesian basis from the1865: the normal mode eigenvector components will be transformed to the Cartesian basis from the
1866: mass-weighted Cartesian basis.1866: mass-weighted Cartesian basis.
1867: 1867: 
1868: \item {\it OPEP option start\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA, {\it start\/} allows reading the coordinates from a start file (xyz). The following additional files are needed:1868: \item {\it OPEP option start\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA, {\it start\/} allows reading the coordinates from a start file (xyz). The following additional files are needed:
1869: {\textrm conf\_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP\_params}, which can contain additional settings for example for debugging,1869: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging,
1870: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files.1870: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files.
1871: Coordinates for the potential are provided by {\textrm start} and {\textrm finish}. Additionally a {\textrm perm.allow} file is needed (in this case containing no groups).1871: Coordinates for the potential are provided by {\textrm start} and {\textrm finish}. Additionally a {\textrm perm.allow} file is needed (in this case containing no groups).
1872: 1872: 
1873: \item {\it OPTIMIZETS\/}: optimise transition states at the end of each DNEB run.1873: \item {\it OPTIMIZETS\/}: optimise transition states at the end of each DNEB run.
1874: Default false. Set to true by {\it NEWCONNECT\/}.1874: Default false. Set to true by {\it NEWCONNECT\/}.
1875: 1875: 
1876: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the1876: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the
1877: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}.1877: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}.
1878: The default value for {\it x\/} is 0.3.1878: The default value for {\it x\/} is 0.3.
1879: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.1879: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.
1940: $s$ may be zero.1940: $s$ may be zero.
1941: Each secondary set of permutable atoms has $p$ members.1941: Each secondary set of permutable atoms has $p$ members.
1942: The following line contains the indices of the $p$ permutable atoms 1942: The following line contains the indices of the $p$ permutable atoms 
1943: in the primary set and then1943: in the primary set and then
1944: the indices of the atoms in each of the $s$ secondary sets, one set at 1944: the indices of the atoms in each of the $s$ secondary sets, one set at 
1945: a time.1945: a time.
1946: The parameter {\it x} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits1946: The parameter {\it x} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits
1947: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.3.1947: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.3.
1948: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.1948: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.
1949: 1949: 
1950: \begin{figure}[h!]1950: \begin{figure}[hH]
1951: \centerline{\includegraphics[width=0.5\textwidth]{PHE.eps}}1951: \centerline{\includegraphics[width=0.5\textwidth]{PHE.eps}}
1952: \end{figure}1952: \end{figure}
1953: 1953: 
1954: For the phenylalanine example illustrated above we must allow three other pairs of1954: For the phenylalanine example illustrated above we must allow three other pairs of
1955: atoms to exchange if we swap 7 and 8. Hence a suitable {\tt perm.allow} entry is1955: atoms to exchange if we swap 7 and 8. Hence a suitable {\tt perm.allow} entry is
1956: 1956: 
1957: {\textrm 1}1957: {\textrm 1}
1958: 1958: 
1959: {\textrm 2 3}1959: {\textrm 2 3}
1960: 1960: 
2226: 2226: 
2227: \item {\it SEARCH n\/}: specifies the search type for eigenvector-following and2227: \item {\it SEARCH n\/}: specifies the search type for eigenvector-following and
2228: steepest-descent calculations based on second derivatives and Hessian diagonalisation, default is type 0.2228: steepest-descent calculations based on second derivatives and Hessian diagonalisation, default is type 0.
2229: The most common options are 0, a minimisation, and 2, a transition state search. See2229: The most common options are 0, a minimisation, and 2, a transition state search. See
2230: \S\ref{sec:second} for full details.2230: \S\ref{sec:second} for full details.
2231: 2231: 
2232: \item {\it SHIFT x\/}: specifies the shift applied to eigenvectors corresponding2232: \item {\it SHIFT x\/}: specifies the shift applied to eigenvectors corresponding
2233: to normal modes that conserve the energy. The default is $10^6$. The shift {\it must\/} be2233: to normal modes that conserve the energy. The default is $10^6$. The shift {\it must\/} be
2234: large enough to move the eigenvalues in question to the top of the spectrum.2234: large enough to move the eigenvalues in question to the top of the spectrum.
2235: 2235: 
2236: \item {\it SLERP\/}: activates the iSLERP algorithm for rigid bodies when interpolating an initial band for the NEB. This algorithm (due to Li, X., J. Graphics Tools {\bf 12} (3), 1 (2011)) uses quaternions to provide an efficient route to smooth interpolation of a rigid body between two endpoints. Without this keyword, default behaviour is to interpolate rigid body coordinates as though they were cartesian. This is often not a problem, but can lead to uneven interpolation and occasionally very bad interpolated bands. The iSLERP algorithm seems to give reliably good interpolations.2236: \item {\it SLERP\/}: activates the iSLERP algorithm for rigid bodies when interpolating an initial band for the NEB. This algorithm (due to Li, X., J. Graphics Tools \mathbf{12} (3), 1 (2011)) uses quaternions to provide an efficient route to smooth interpolation of a rigid body between two endpoints. Without this keyword, default behaviour is to interpolate rigid body coordinates as though they were cartesian. This is often not a problem, but can lead to uneven interpolation and occasionally very bad interpolated bands. The iSLERP algorithm seems to give reliably good interpolations.
2237: 2237: 
2238: \item {\it SQVV NIterSQVVGuessMax SQVVGuessRMSTol\/}:2238: \item {\it SQVV NIterSQVVGuessMax SQVVGuessRMSTol\/}:
2239: specifies that the first {\it NIterSQVVGuessMax\/} DNEB refinements should be2239: specifies that the first {\it NIterSQVVGuessMax\/} DNEB refinements should be
2240: done using the SQVV algorithm, rather than LBFGS.\cite{TrygubenkoW04}2240: done using the SQVV algorithm, rather than LBFGS.\cite{TrygubenkoW04}
2241: The DNEB optimisation will switch to LBFGS minimisation after {\it NIterSQVVGuessMax\/}2241: The DNEB optimisation will switch to LBFGS minimisation after {\it NIterSQVVGuessMax\/}
2242: steps or if the RMS force falls below {\it SQVVGuessRMSTol\/}.2242: steps or if the RMS force falls below {\it SQVVGuessRMSTol\/}.
2243: The default values for {\it NIterSQVVGuessMax\/} and {\it SQVVGuessRMSTol\/}2243: The default values for {\it NIterSQVVGuessMax\/} and {\it SQVVGuessRMSTol\/}
2244: are 300 and 2.0, respectively.2244: are 300 and 2.0, respectively.
2245: 2245: 
2246: \item {\it ST muD E\/}: calls a finite system of Stockmayer particles,2246: \item {\it ST muD E\/}: calls a finite system of Stockmayer particles,

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0