hdiff output

r32047/DNA_phos_rotations.py 2017-03-07 23:30:26.537120551 +0000 r32046/DNA_phos_rotations.py 2017-03-07 23:30:26.757123447 +0000
  1: #! /usr/bin/env python  1: #! /usr/bin/env python
  2: import sys  2: import sys
  3: #written by by James Klimavicz jk669 March 2017 to make group rotation rotations along sugar phosphate backbone. 
  4:   3: 
  5: #reads in pdb file (hopefully) 
  6: def read_pdb(pdb,exit):  4: def read_pdb(pdb,exit):
  7:         pdb_atom_list=[]  5:         pdb_atom_list=[]
  8:         pdbopen=False  6:         pdbopen=False
  9:         while (not pdbopen):  7:         while (not pdbopen):
 10:                 try:  8:                 try:
 11:                         with open(pdb,'r') as f:  9:                         with open(pdb,'r') as f:
 12:                                 for line in f: 10:                                 for line in f:
 13:                                         s=line.split() 11:                                         s=line.split()
 14:                                         if (s[0]=='ATOM'): 12:                                         if (s[0]=='ATOM'):
 15:                                                 pdb_atom_list.append((s[1],s[2],s[3],s[4])) 13:                                                 pdb_atom_list.append((s[1],s[2],s[3],s[4]))
 16:                         pdbopen=True 14:                         pdbopen=True
 17:                 except IOError: 15:                 except IOError:
 18:                         pdb=raw_input("{} could not be opened. Please type the AMBER-produced pdb filepath, or 'exit' to end the program: ".format(pdb)) 16:                         pdb=raw_input("{} could not be opened. Please type the AMBER-produced pdb filepath, or 'exit' to end the program: ".format(pdb))
 19:                         if pdb.lower() in exit: 17:                         if pdb.lower() in exit:
 20:                                 quit() 18:                                 quit()
 21:         return pdb_atom_list 19:         return pdb_atom_list
 22:  20: 
 23: #gets user input value for probability, and makes sure it is a reasonable value. 
 24: def get_prob(): 21: def get_prob():
 25:         global accept 22:         global accept
 26:         prob_in= raw_input('Input a Probability of group rotation (suggested: 0.025): ') 23:         prob_in= raw_input('Input a Probability of group rotation (suggested: 0.025): ')
 27:         try:  24:         try: 
 28:                 prob=float(prob_in) 25:                 prob=float(prob_in)
 29:                 if (prob>0.01 and prob<=0.10): 26:                 if (prob>0.01 and prob<=0.10):
 30:                         prob_allow=True 27:                         prob_allow=True
 31:                 else: 28:                 else:
 32:                         prob_allow=False 29:                         prob_allow=False
 33:                 while not prob_allow: 30:                 while not prob_allow:
 46:                         if not prob_allow: 43:                         if not prob_allow:
 47:                                 prob_in= raw_input('Input a Probability of group rotation (suggested: 0.025): ') 44:                                 prob_in= raw_input('Input a Probability of group rotation (suggested: 0.025): ')
 48:                                 try:  45:                                 try: 
 49:                                         prob=float(prob_in) 46:                                         prob=float(prob_in)
 50:                                 except ValueError: 47:                                 except ValueError:
 51:                                         print('Probability needs to be a float') 48:                                         print('Probability needs to be a float')
 52:         except ValueError: 49:         except ValueError:
 53:                 print('Input needs to be a float') 50:                 print('Input needs to be a float')
 54:         return prob 51:         return prob
 55:  52: 
 56: #gets user input value for amplitude, and makes sure it is a reasonable value. 
 57: def get_amp(): 53: def get_amp():
 58:         global accept 54:         global accept
 59:         global reject 55:         global reject
 60:         amp_in= raw_input('Input the amplitude of group rotation (suggested: 0.05): ') 56:         amp_in= raw_input('Input the amplitude of group rotation (suggested: 0.05): ')
 61:         try:  57:         try: 
 62:                 amp=float(amp_in) 58:                 amp=float(amp_in)
 63:                 if (amp<=1.0 and amp>=0.0): 59:                 if (amp<=1.0 and amp>=0.0):
 64:                         amp_allow=True 60:                         amp_allow=True
 65:                 else: 61:                 else:
 66:                         amp_allow=False 62:                         amp_allow=False


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0