hdiff output

r32043/FA2CG.py 2017-03-07 19:30:32.976607888 +0000 r32042/FA2CG.py 2017-03-07 19:30:33.624616414 +0000
  1: # !/usr/bin/env python  1: # !/usr/bin/env python
  2: # -*- coding: UTF8 -*-  2: # -*- coding: UTF8 -*-
  3:   3: 
  4: import sys  4: import sys
  5:   5: 
  6: import numpy as np 
  7:  
  8: import pdbparser  6: import pdbparser
  9: import RNA  7: import RNA
 10:   8: 
 11: def filtbase(base, type):  9: def filtbase(base, type):
 12:         B = base.filter(RNA.heavy[type]) 10:         B = base.filter(RNA.heavy[type])
 13:         # mean along first coordinate 11:         # mean along first coordinate
 14:         B.coords[0] = B.coords.mean(0) 12:         B.coords[0] = B.coords.mean(0)
 15:         B.atomnames[0] = " "+type+" " 13:         B.atomnames[0] = " "+type+" "
 16:         return B.pdbline(0) 14:         return B.pdbline(0)
 17:  15: 
 29:  27: 
 30: def Base(FA_pdb): 28: def Base(FA_pdb):
 31:         for i in xrange(Natoms): 29:         for i in xrange(Natoms):
 32:                 if "O5'" in FA_pdb.atomnames[i]: 30:                 if "O5'" in FA_pdb.atomnames[i]:
 33:                         Base_(FA_pdb, i) 31:                         Base_(FA_pdb, i)
 34:  32: 
 35: def Coarse(FA_pdb): 33: def Coarse(FA_pdb):
 36:         CG_backbone = FA_pdb.filter(RNA.FA2CG_backbone) 34:         CG_backbone = FA_pdb.filter(RNA.FA2CG_backbone)
 37:         for i in xrange(CG_backbone.Natoms): 35:         for i in xrange(CG_backbone.Natoms):
 38:                 CG_backbone.atomnames[i] = CG_backbone.atomnames[i].replace("'", "*") 36:                 CG_backbone.atomnames[i] = CG_backbone.atomnames[i].replace("'", "*")
 39:         CG_full = CG_backbone._make_copy(np.repeat(True, CG_backbone.Natoms)) 37:         CG_full = CG_backbone
 40:         for i in range(CG_backbone.Natoms-1, -1, -1): 38:         for i in xrange(CG_backbone.Natoms):
 41:                 if "C1*" in CG_backbone.atomnames[i]: 39:                 if "C1*" in CG_backbone.atomnames[i]:
 42:                         for l in Base_(FA_pdb, CG_backbone.resnum[i]): 40:                         for l in Base_(FA_pdb, CG_backbone.resnum[i]):
 43:                                 CG_full.insertatom(l, i+1) 41:                                 CG_full.insertatom(l, i+1)
 44:          42:         
 45:         return CG_full 43:         return CG_full
 46:  44: 
 47: def main(filename, out): 45: def main(filename, out):
 48:         #--------------------- Main Routine ------------------------# 46:         #--------------------- Main Routine ------------------------#
 49:          47:         
 50:         famodels = pdbparser.readpdb(filename) 48:         famodels = pdbparser.readpdb(filename)


r32043/pdbparser.py 2017-03-07 19:30:33.404613519 +0000 r32042/pdbparser.py 2017-03-07 19:30:34.060622150 +0000
106:                 ---------106:                 ---------
107:                 - copy : a filtered copy as a PDB object.107:                 - copy : a filtered copy as a PDB object.
108:                 """108:                 """
109:                 structure = PDB(numpy.array(self.coords[filter, 0:3]))109:                 structure = PDB(numpy.array(self.coords[filter, 0:3]))
110:                 structure.atomnames = list(numpy.array(self.atomnames)[filter])110:                 structure.atomnames = list(numpy.array(self.atomnames)[filter])
111:                 structure.resnames = list(numpy.array(self.resnames)[filter])111:                 structure.resnames = list(numpy.array(self.resnames)[filter])
112:                 structure.resnum = list(numpy.array(self.resnum)[filter])112:                 structure.resnum = list(numpy.array(self.resnum)[filter])
113:                 structure.chainname = self.chainname113:                 structure.chainname = self.chainname
114:                 114:                 
115:                 structure.resize = self.resize115:                 structure.resize = self.resize
116:                 structure.Natoms = len(structure.atomnames)116:                 #structure.Natoms = len(structure.atomnames)
117:                 structure.Bfactors = self.Bfactors117:                 structure.Bfactors = self.Bfactors
118:                 return structure118:                 return structure
119: 119: 
120:         def filter(self, values, exclude=False, filtprop=lambda x: x.atomnames, filtcrit=lambda x, y: x in y) :120:         def filter(self, values, exclude=False, filtprop=lambda x: x.atomnames, filtcrit=lambda x, y: x in y) :
121:                 """121:                 """
122:                 Return a copy filtered by atom names.122:                 Return a copy filtered by atom names.
123: 123: 
124:                 Parameters :124:                 Parameters :
125:                 ------------125:                 ------------
126:                 - values : values used to do the filtering126:                 - values : values used to do the filtering


r32043/RNA.py 2017-03-07 19:30:33.192610729 +0000 r32042/RNA.py 2017-03-07 19:30:33.844619311 +0000
  6: bases = purines+pyrimidines  6: bases = purines+pyrimidines
  7: lenbases_AA = {'A': 33, 'G': 34, 'C': 31, 'U': 30}  7: lenbases_AA = {'A': 33, 'G': 34, 'C': 31, 'U': 30}
  8:   8: 
  9:   9: 
 10: phosphate = ["P", "OP1", "OP2"] 10: phosphate = ["P", "OP1", "OP2"]
 11: sugar = ["C5'", "C4'", "C3'", "C2'", "C1'", "O4'", "O3'", "O2'"] 11: sugar = ["C5'", "C4'", "C3'", "C2'", "C1'", "O4'", "O3'", "O2'"]
 12:  12: 
 13: heavy = dict() 13: heavy = dict()
 14: heavy["A1"] = [" N7 ", " N9 ", " C4 ", " C5 ", " C8 "] 14: heavy["A1"] = [" N7 ", " N9 ", " C4 ", " C5 ", " C8 "]
 15: heavy["A2"] = [" N1 ", " N3 ", " N6 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 "] 15: heavy["A2"] = [" N1 ", " N3 ", " N6 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 "]
 16: heavy["A"] = heavy["A1"] + heavy["A2"] 16: heavy["A"]= heavy["A1"] + heavy["A2"]
 17: heavy["C1"] = [" N1 ", " N3 ", " N4 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 "] 17: heavy["C1"] = [" N1 ", " N3 ", " N4 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 "]
 18: heavy["G1"] = heavy["A1"] 18: heavy["G1"] = heavy["A1"]
 19: heavy["G2"] = [" N1 ", " N2 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O6"] 19: heavy["G2"] = [" N1 ", " N2 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O6"]
 20: heavy["G"] = heavy["G1"] + heavy["G2"] 20: heavy["G"]= heavy["G1"] + heavy["G2"]
 21: heavy["U1"] = [" N1 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 ", " O4 "] 21: heavy["U1"] = [" N1 ", " N3 ", " C2 ", " C4 ", " C5 ", " C6 ", " O2 ", " O4 "]
 22:  22: 
 23:  23: 
 24: FA2CG_backbone = [" P  ", " O5'", " C5'", " C4'", " C1'"] 24: FA2CG_backbone = [" P  ", " O5'", " C5'", " C4'", " C1'"]
 25: FA_backbone = FA2CG_backbone + ["O1P", "O2P"] 25: FA_backbone = FA2CG_backbone + ["O1P", "O2P"]
 26: CG_backbone = [" P  ", " O5* ", " C5*", " CA", " CY"] 26: CG_backbone = [" P  ", " O5* ", " C5*", " CA", " CY"]
  27: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0