hdiff output

r32008/genrigid_input.py 2017-03-02 19:30:14.367311976 +0000 r32007/genrigid_input.py 2017-03-02 19:30:14.623315356 +0000
1846:                     if def_values[0]:1846:                     if def_values[0]:
1847:                         prob = prob_uni1847:                         prob = prob_uni
1848:                         amp = 0.1  # use default amplitude1848:                         amp = 0.1  # use default amplitude
1849:                     else:1849:                     else:
1850:                         prob, amp = get_prob_amb()1850:                         prob, amp = get_prob_amb()
1851:                     ax1 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('N', res_gr)1851:                     ax1 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('N', res_gr)
1852:                     ax2 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CA', res_gr)1852:                     ax2 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CA', res_gr)
1853:                     gr_name = 'NCA' + str(res_gr)1853:                     gr_name = 'NCA' + str(res_gr)
1854:                     gr_atoms = []1854:                     gr_atoms = []
1855:                     for gr_atom in loaded_mol.get_atom_list(res_gr):1855:                     for gr_atom in loaded_mol.get_atom_list(res_gr):
1856:                         if atom_dic[gr_atom][0] not in ['N',  'C', 'CA', 'HA', 'O', 'OXT', 'H1', 'H2', 'H3']:1856:                         if atom_dic[gr_atom][0] not in ['N', 'H', 'C', 'CA', 'HA', 'O', 'OXT', 'H1', 'H2', 'H3']:
1857:                             gr_atoms.append(gr_atom)1857:                             gr_atoms.append(gr_atom)
1858:                     grot_dic[len(grot_dic) + 1] = [gr_name, ax1, ax2, len(gr_atoms), amp, prob, gr_atoms]1858:                     grot_dic[len(grot_dic) + 1] = [gr_name, ax1, ax2, len(gr_atoms), amp, prob, gr_atoms]
1859: 1859: 
1860:                 if group_rotations[1] and gr_res_name not in ['PRO']:1860:                 if group_rotations[1] and gr_res_name not in ['PRO']:
1861:                     # C-CA rotation1861:                     # C-CA rotation
1862:                     if def_values[1]:1862:                     if def_values[1]:
1863:                         prob = prob_uni1863:                         prob = prob_uni
1864:                         amp = 0.1  # use default amplitude1864:                         amp = 0.1  # use default amplitude
1865:                     else:1865:                     else:
1866:                         prob, amp = get_prob_amb()1866:                         prob, amp = get_prob_amb()
1867:                     ax1 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('C', res_gr)1867:                     ax1 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('C', res_gr)
1868:                     ax2 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CA', res_gr)1868:                     ax2 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CA', res_gr)
1869:                     gr_name = 'CCA' + str(res_gr)1869:                     gr_name = 'CCA' + str(res_gr)
1870:                     gr_atoms = []1870:                     gr_atoms = []
1871:                     for gr_atom in loaded_mol.get_atom_list(res_gr):1871:                     for gr_atom in loaded_mol.get_atom_list(res_gr):
1872:                         if atom_dic[gr_atom][0] not in ['N',  'C', 'CA', 'HA', 'O', 'OXT', 'H1', 'H2', 'H3']:1872:                         if atom_dic[gr_atom][0] not in ['N', 'H', 'C', 'CA', 'HA', 'O', 'OXT', 'H1', 'H2', 'H3']:
1873:                             gr_atoms.append(gr_atom)1873:                             gr_atoms.append(gr_atom)
1874:                     grot_dic[len(grot_dic) + 1] = [gr_name, ax1, ax2, len(gr_atoms), amp, prob, gr_atoms]1874:                     grot_dic[len(grot_dic) + 1] = [gr_name, ax1, ax2, len(gr_atoms), amp, prob, gr_atoms]
1875: 1875: 
1876:                 if group_rotations[2] and gr_res_name not in ['PRO', 'ALA', 'GLY']:1876:                 if group_rotations[2] and gr_res_name not in ['PRO', 'ALA', 'GLY']:
1877:                     # CA-CB rotation1877:                     # CA-CB rotation
1878:                     if def_values[2]:1878:                     if def_values[2]:
1879:                         prob = prob_uni1879:                         prob = prob_uni
1880:                         try:1880:                         try:
1881:                             amp = amp_dic[gr_res_name][0]  # use default amplitude1881:                             amp = amp_dic[gr_res_name][0]  # use default amplitude
1882:                         except KeyError:1882:                         except KeyError:
1894:                     grot_dic[len(grot_dic) + 1] = [gr_name, ax1, ax2, len(gr_atoms), amp, prob, gr_atoms]1894:                     grot_dic[len(grot_dic) + 1] = [gr_name, ax1, ax2, len(gr_atoms), amp, prob, gr_atoms]
1895: 1895: 
1896:                 if group_rotations[3] and gr_res_name not in ['PRO', 'ALA', 'GLY', 'SER', 'CYS', 'THR', 'VAL']:1896:                 if group_rotations[3] and gr_res_name not in ['PRO', 'ALA', 'GLY', 'SER', 'CYS', 'THR', 'VAL']:
1897:                     # CB-CG rotation1897:                     # CB-CG rotation
1898:                     if def_values[3]:1898:                     if def_values[3]:
1899:                         prob = prob_uni1899:                         prob = prob_uni
1900:                         try:1900:                         try:
1901:                             amp = amp_dic[gr_res_name][1]  # use default amplitude1901:                             amp = amp_dic[gr_res_name][1]  # use default amplitude
1902:                         except KeyError:1902:                         except KeyError:
1903:                             print 'No default data available for ' + gr_res_name1903:                             print 'No default data available for ' + gr_res_name
1904:                             prob, amp = get_prob_amb()1904:                         prob, amp = get_prob_amb()
1905:                     else:1905:                     else:
1906:                         prob, amp = get_prob_amb()1906:                         prob, amp = get_prob_amb()
1907:                     ax1 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CB', res_gr)1907:                     ax1 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CB', res_gr)
1908:                     ax2 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CG', res_gr)1908:                     ax2 = loaded_mol.get_atom_id_from_name('CG', res_gr)
1909:                     gr_name = 'CBCG' + str(res_gr)1909:                     gr_name = 'CBCG' + str(res_gr)
1910:                     gr_atoms = []1910:                     gr_atoms = []
1911:                     for gr_atom in loaded_mol.get_atom_list(res_gr):1911:                     for gr_atom in loaded_mol.get_atom_list(res_gr):
1912:                         if atom_dic[gr_atom][0] not in ['N', 'H', 'C', 'CA', 'HA', 'CB', 'CG', 'HB', 'HB1', 'HB2',1912:                         if atom_dic[gr_atom][0] not in ['N', 'H', 'C', 'CA', 'HA', 'CB', 'CG', 'HB', 'HB1', 'HB2',
1913:                                                         'HB3',1913:                                                         'HB3',
1914:                                                         'O', 'OXT', 'H1', 'H2', 'H3']:1914:                                                         'O', 'OXT', 'H1', 'H2', 'H3']:


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0