hdiff output

r31972/PATHSAMPLE.tex 2017-02-25 17:30:21.034013704 +0000 r31971/PATHSAMPLE.tex 2017-02-25 17:30:21.398018491 +0000
1438: 1438: 
1439: \item {\it RETAINSP\/}: minima {\bf not} specified in file {\tt min.retain} 1439: \item {\it RETAINSP\/}: minima {\bf not} specified in file {\tt min.retain} 
1440: are removed and new files {\tt min.data.retained},1440: are removed and new files {\tt min.data.retained},
1441: {\tt ts.data.retained}, {\tt min.A.retained}, {\tt min.B.retained},1441: {\tt ts.data.retained}, {\tt min.A.retained}, {\tt min.B.retained},
1442: {\tt points.min.retained} and {\tt points.ts.retained}1442: {\tt points.min.retained} and {\tt points.ts.retained}
1443: are created with a consistent numbering scheme for the remaining stationary1443: are created with a consistent numbering scheme for the remaining stationary
1444: points. The first line of {\tt min.retain} 1444: points. The first line of {\tt min.retain} 
1445: must contain a single integer, which is the number of 1445: must contain a single integer, which is the number of 
1446: minima listed on the remaining lines.1446: minima listed on the remaining lines.
1447: Transition states are only retained if they link two minima specified in the1447: Transition states are only retained if they link two minima specified in the
1448: {\tt min.retain} file. Note, however, that the conformations specified in1448: {\tt min.retain} file.
1449: {\tt min.A} and {\tt min.B} have to be included in {\tt min.retained}. Otherwise,  
1450: {\tt ts.data.retained} and {\tt points.ts.retained} are not created. 
1451: 1449: 
1452: \item {\it REWEIGHT nrwbins nrwreactant energyfile\/}: 1450: \item {\it REWEIGHT nrwbins nrwreactant energyfile\/}: 
1453: conditional probabilities of reactant minima are obtained from the quench1451: conditional probabilities of reactant minima are obtained from the quench
1454: probabilities calculated using the energies in file {\tt energyfile}.1452: probabilities calculated using the energies in file {\tt energyfile}.
1455: These energies could come from systematic quenching from an MD trajectory at1453: These energies could come from systematic quenching from an MD trajectory at
1456: the same temperature, for example.1454: the same temperature, for example.
1457: {\it nrwbins\/} is the number of bins to use in representing the quench1455: {\it nrwbins\/} is the number of bins to use in representing the quench
1458: probability distribution and {\it nrwreactant} is the number of bins1456: probability distribution and {\it nrwreactant} is the number of bins
1459: to use in representing the minima in the reactant set.1457: to use in representing the minima in the reactant set.
1460: This is a somewhat experimental option. Consult DJW before using!1458: This is a somewhat experimental option. Consult DJW before using!


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0