hdiff output

r31901/genrigid_input.py 2017-02-10 17:30:14.051386324 +0000 r31900/genrigid_input.py 2017-02-10 17:30:14.359390431 +0000
1427:                 check_file.write('Local rigid and all atom regions' + "\n")1427:                 check_file.write('Local rigid and all atom regions' + "\n")
1428:                 break1428:                 break
1429:             else:1429:             else:
1430:                 print 'Please choose one of the options.'1430:                 print 'Please choose one of the options.'
1431:         except ValueError:1431:         except ValueError:
1432:             print 'Please choose one of the options.'1432:             print 'Please choose one of the options.'
1433: 1433: 
1434:     group_rotations = [False , False , False , False , False]1434:     group_rotations = [False , False , False , False , False]
1435:     def_values = [True , True , True , True ,True]1435:     def_values = [True , True , True , True ,True]
1436:     #default amplitudes (copied from original Fortran script)1436:     #default amplitudes (copied from original Fortran script)
1437:     amp_dic = {'ALA' : (1.0 ,),1437:     amp_dic = {'ALA' : (1.0),
1438:                'ASN' : (0.5 , 1.0),1438:                'ASN' : (0.5 , 1.0),
1439:                'ARG' : (0.2 , 0.3 , 0.5),1439:                'ARG' : (0.2 , 0.3 , 0.5),
1440:                'ASP' : (0.5 , 1.0 , 0.0),1440:                'ASP' : (0.5 , 1.0),
1441:                'CYS' : (1.0 ,),1441:                'CYS' : (1.0),
1442:                'GLN' : (0.3 , 0.5 , 1.0),1442:                'GLN' : (0.3 , 0.5 , 1.0),
1443:                'GLU' : (0.3 , 0.5 , 1.0),1443:                'GLU' : (0.3 , 0.5 , 1.0),
1444:                'HIS' : (0.3 , 0.5),1444:                'HIS' : (0.3 , 0.5),
1445:                'HIE' : (0.3 , 0.5),1445:                'HIE' : (0.3 , 0.5),
1446:                'HIP' : (0.3 , 0.5),1446:                'HIP' : (0.3 , 0.5),
1447:                'HIS' : (0.3 , 0.5),1447:                'HIS' : (0.3 , 0.5),
1448:                'HID' : (0.3 , 0.5),1448:                'HID' : (0.3 , 0.5),
1449:                'ILE' : (0.5 , 1.0),1449:                'ILE' : (0.5 , 1.0),
1450:                'LEU' : (0.5 , 1.0),1450:                'LEU' : (0.5 , 1.0),
1451:                'LYS' : (0.2 , 0.3 , 0.5),1451:                'LYS' : (0.2 , 0.3 , 0.5),
1452:                'MET' : (0.5 , 0.7),1452:                'MET' : (0.5 , 0.7),
1453:                'PHE' : (0.3 , 0.5),1453:                'PHE' : (0.3 , 0.5),
1454:                'SER' : (1.0 ,),1454:                'SER' : (1.0),
1455:                'THR' : (1.0 ,),1455:                'THR' : (1.0),
1456:                'TRP' : (0.3 , 0.4 ),1456:                'TRP' : (0.3 , 0.4),
1457:                'TYR' : (0.3 , 0.5 ),1457:                'TYR' : (0.3 , 0.5),
1458:                'VAL' : (1.0 ,),1458:                'VAL' : (1.0),
1459:                'AMB0': (0.1 ,)     #default for all non residue specific rotations1459:                'AMB0': (0.1)     #default for all non residue specific rotations
1460:                }1460:                }
1461: 1461: 
1462:     #number: [name, ax_atom1, ax_atom2, natom, amp, prob, [atom1, atom2, ...]]1462:     #number: [name, ax_atom1, ax_atom2, natom, amp, prob, [atom1, atom2, ...]]
1463:     grot_dic = {}1463:     grot_dic = {}
1464: 1464: 
1465:     N_CA = raw_input('Group rotations of side chains about N-CA axis (not PRO) (y/n)? ')1465:     N_CA = raw_input('Group rotations of side chains about N-CA axis (not PRO) (y/n)? ')
1466:     if N_CA in ['y' , 'yes']:1466:     if N_CA in ['y' , 'yes']:
1467:         group_rotations[0] = True1467:         group_rotations[0] = True
1468:         check_file.write('Group rotation for N - CA' + "\n")1468:         check_file.write('Group rotation for N - CA' + "\n")
1469:         N_CA_def = raw_input('Use default values (y/n)? ')1469:         N_CA_def = raw_input('Use default values (y/n)? ')


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0