hdiff output

r31773/OPTIM.tex 2017-01-21 10:37:09.682250000 +0000 r31772/OPTIM.tex 2017-01-21 10:37:09.978250000 +0000
1040: or within ({\it mode = LT\/}) a sphere of radius {\it radius\/} centred on atom {\it centreatom\/} should be frozen.1040: or within ({\it mode = LT\/}) a sphere of radius {\it radius\/} centred on atom {\it centreatom\/} should be frozen.
1041: Also produces a file {\it frozen.dat\/} containing the corresponding single atom FREEZE commands. 1041: Also produces a file {\it frozen.dat\/} containing the corresponding single atom FREEZE commands. 
1042: 1042: 
1043: \item {\it FREEZENODES tol\/}: For the double-ended transition state search1043: \item {\it FREEZENODES tol\/}: For the double-ended transition state search
1044: methods (NEB, DNEB, GS, ES), at each step freeze those nodes for which the RMS1044: methods (NEB, DNEB, GS, ES), at each step freeze those nodes for which the RMS
1045: perpendicular force, as a fraction of the RMS force over all the images, is1045: perpendicular force, as a fraction of the RMS force over all the images, is
1046: less than {\it tol\/}.  over all the images.1046: less than {\it tol\/}.  over all the images.
1047: 1047: 
1048: \item {\it FREEZERANGE n1 n2 \/}: freezes all atoms in the range of atom numbers n1 to n2.1048: \item {\it FREEZERANGE n1 n2 \/}: freezes all atoms in the range of atom numbers n1 to n2.
1049: 1049: 
1050: \item {\it FRQCONV x\/}: Specify a conversion factor {\it x} to be applied to Hessian eigenvalues and frequencies before they are printed, either in {\tt min.data.info} files as the log product of Hessian eigenvalues (log product of square angular frequencies) or in {\tt path.info} files as the actual frequencies. The default factor {\it x} is 1, which is appropriate for systems where all atoms have the same mass. In this case, frequencies are given in internal units of $\sqrt{\epsilon/m\sigma^2}$ where $\epsilon$ is the energy unit, $m$ the mass unit and $\sigma$ the length unit for the system in question. For more complex systems (particularly external potentials such as {\it AMBER}) it may be more convenient to convert to SI units before printing out. The most common potentials have default values of {\it x} hard-coded into {\tt keywords.f}, but specifying this keyword will override all defaults if you wish to work in a non-SI unit system. For more detail on how this keyword works, check the comments in {\tt keywords.f}. 
1052: \item {\it GAMESS-UK system exec\/}: potential will be generated by GAMESS-UK.1050: \item {\it GAMESS-UK system exec\/}: potential will be generated by GAMESS-UK.
1053: {\it system\/} is a string to identify the system and {\it exec\/} is1051: {\it system\/} is a string to identify the system and {\it exec\/} is
1054: the name of an executable that will generate a GAMESS-US input deck from a points file.1052: the name of an executable that will generate a GAMESS-US input deck from a points file.
1055: If {\it exec\/} is omitted its name is assumed to be {\it editit.system}.1053: If {\it exec\/} is omitted its name is assumed to be {\it editit.system}.
1056:  1054:  
1057: \item {\it GAMESS-US system exec\/}: potential will be generated by GAMESS-US.1055: \item {\it GAMESS-US system exec\/}: potential will be generated by GAMESS-US.
1058: {\it system\/} is a string to identify the system and {\it exec\/} is1056: {\it system\/} is a string to identify the system and {\it exec\/} is
1059: the name of an executable that will generate a GAMESS-US input deck from a points file.1057: the name of an executable that will generate a GAMESS-US input deck from a points file.
1060: If {\it exec\/} is omitted its name is assumed to be {\it editit.system}.1058: If {\it exec\/} is omitted its name is assumed to be {\it editit.system}.
1061: 1059: 
1539: {\it tol} RMS convergence condition for WHAM fitting.1537: {\it tol} RMS convergence condition for WHAM fitting.
1540: See also the {\it PBS} keyword for distributing jobs for sampling independent blocks over cores.1538: See also the {\it PBS} keyword for distributing jobs for sampling independent blocks over cores.
1541: 1539: 
1542: \item {\it MCPATHGW x1 x2\/}:  variance of Gaussians used to smooth the probability distributions in 1540: \item {\it MCPATHGW x1 x2\/}:  variance of Gaussians used to smooth the probability distributions in 
1543: path length and order parameter.1541: path length and order parameter.
1544: 1542: 
1545: \item {\it MECCANO mecimdens mecmaximages mecitdens mecmaxit meclambda mecdist mecrmstol 1543: \item {\it MECCANO mecimdens mecmaximages mecitdens mecmaxit meclambda mecdist mecrmstol 
1546: mecstep mecdguess mecupdate\/}: obsolete; an interpolation between 1544: mecstep mecdguess mecupdate\/}: obsolete; an interpolation between 
1547: end points via rigid rods of variable length.1545: end points via rigid rods of variable length.
1548: 1546: 
1549: \item {\it METRICTENSOR\/}: For use with RIGIDINIT only. Specifies that Hessian eigenvalues and eigenvectors will be calculated by solving the generalised eigenvalue problem based on the Metric Tensor, as described in R\"{u}hle {\it et al}, JCTC \mathbf{9}, 4026 (2013). Without this keyword, the default method is that due to Pohorille {\it et al}, JCP \mathbf{87}, 6070 (1987). 
1551: \item {\it MIE\_FIELD filename Rc Bx By Bz\/}: specifies a fixed substrate from superposition of Mie-type central force fields, each defined by1547: \item {\it MIE\_FIELD filename Rc Bx By Bz\/}: specifies a fixed substrate from superposition of Mie-type central force fields, each defined by
1552: \begin{displaymath}1548: \begin{displaymath}
1553: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right].1549: \phi(r) = \left(\frac{n}{n-m}\right) \left(\frac{n}{m}\right)^{m/(n-m)} \epsilon \left[ \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{n} - \left(\frac{\sigma}{r}\right)^{m}\right].
1554: \end{displaymath}1550: \end{displaymath}
1555: The parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and coordinates of each Mie site must be provided in the file {\it filename}. The expected file format is: \\1551: The parameters $n$, $m$, $\epsilon$, $\sigma$ and coordinates of each Mie site must be provided in the file {\it filename}. The expected file format is: \\
1556: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\ 1552: $ N_{sites} \quad n \quad m \quad \epsilon_{1} \quad \dots \quad \epsilon_{N_{species}} \quad \sigma_{1} \quad \dots \quad \sigma_{N_{species}}$ \\ 
1557: \begin{tabular}{ccc}1553: \begin{tabular}{ccc}
1558: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\1554: $x_{1}$ & $y_{1}$ & $z_{1}$ \\
1559: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\1555: $\vdots$ & $\vdots$ & $\vdots$ \\
1560: $x_{N_{sites}}$ & $\quad y_{N_{sites}}$ & $z_{N_{sites}}$1556: $x_{N_{sites}}$ & $\quad y_{N_{sites}}$ & $z_{N_{sites}}$
2184: The file {\it rbodyconfig\/} defines the rigid bodies, with the following format: \\2180: The file {\it rbodyconfig\/} defines the rigid bodies, with the following format: \\
2185: {\it GROUP NoAtomsInGroup} \\2181: {\it GROUP NoAtomsInGroup} \\
2186: {\it Atom 1} \\2182: {\it Atom 1} \\
2187: {\it Atom 2} \\2183: {\it Atom 2} \\
2188: {\it ldots} \\2184: {\it ldots} \\
2189: {\it ldots} \\2185: {\it ldots} \\
2190: {\it Atom N} \\2186: {\it Atom N} \\
2191: 2187: 
2192: This keyword takes an optional argument {\it AACONVERGENCE \/}. If present, this switches on the use of the more accurate distance measure and method of calculating the RMS force for angle-axis coordinates described in this paper: V. Ruhle, H. Kusumaatmaja, D. Chakrabarti and D. J. Wales, {\it J. Chem. Theory Comput.}, 2013, {\bf 9}, 4026-4034.2188: This keyword takes an optional argument {\it AACONVERGENCE \/}. If present, this switches on the use of the more accurate distance measure and method of calculating the RMS force for angle-axis coordinates described in this paper: V. Ruhle, H. Kusumaatmaja, D. Chakrabarti and D. J. Wales, {\it J. Chem. Theory Comput.}, 2013, {\bf 9}, 4026-4034.
2193: 2189: 
2194: \item {\it RIGIDMOLECULES\/}: For use only in conjunction with {\it RIGIDINIT}. Indicates a system composed of multiple rigid bodies and having no free atoms. This is a temporary keyword, used to isolate some parts of the rigid body code from the biomolecule potentials and similar. Most users probably don't need to use it, but talk to sn402 if you're unsure. Hopefully this keyword will soon be removed completely and its functionality absorbed into other keywords as appropriate. 
2196: \item {\it RING a1 a2...}: When using natural internal coordinates, specifies2190: \item {\it RING a1 a2...}: When using natural internal coordinates, specifies
2197:   a ring that's not part of a PRO, PHE, TYR, TRP, or HIS residue. {\it a1,2191:   a ring that's not part of a PRO, PHE, TYR, TRP, or HIS residue. {\it a1,
2198:   a2}, etc. are the atom numbers for the ring in consecutive order. Only rings2192:   a2}, etc. are the atom numbers for the ring in consecutive order. Only rings
2199:   of size 5 or 6 are permitted.2193:   of size 5 or 6 are permitted.
2200: 2194: 
2201: \item {\it RINGPOLYMER rpsyst nrp rpbeta }: Specifies a ring polymer system with harmonic springs between2195: \item {\it RINGPOLYMER rpsyst nrp rpbeta }: Specifies a ring polymer system with harmonic springs between
2202:   nrp images of the same system that generally have different geometries.2196:   nrp images of the same system that generally have different geometries.
2203:    rpsyst is a string specifying the system: AECK (asymmetric Eckart barrier), SD (Stillinger-David flexible water potential), TT (Xantheas' TTM3-F water), MCY 2197:    rpsyst is a string specifying the system: AECK (asymmetric Eckart barrier), SD (Stillinger-David flexible water potential), TT (Xantheas' TTM3-F water), MCY 
2204:    (VRT(MCY-5f) water), JB (James Bowman's water).\\2198:    (VRT(MCY-5f) water), JB (James Bowman's water).\\
2205:   nrp is the number of RP images.2199:   nrp is the number of RP images.
2226: 2220: 
2227: \item {\it SEARCH n\/}: specifies the search type for eigenvector-following and2221: \item {\it SEARCH n\/}: specifies the search type for eigenvector-following and
2228: steepest-descent calculations based on second derivatives and Hessian diagonalisation, default is type 0.2222: steepest-descent calculations based on second derivatives and Hessian diagonalisation, default is type 0.
2229: The most common options are 0, a minimisation, and 2, a transition state search. See2223: The most common options are 0, a minimisation, and 2, a transition state search. See
2230: \S\ref{sec:second} for full details.2224: \S\ref{sec:second} for full details.
2231: 2225: 
2232: \item {\it SHIFT x\/}: specifies the shift applied to eigenvectors corresponding2226: \item {\it SHIFT x\/}: specifies the shift applied to eigenvectors corresponding
2233: to normal modes that conserve the energy. The default is $10^6$. The shift {\it must\/} be2227: to normal modes that conserve the energy. The default is $10^6$. The shift {\it must\/} be
2234: large enough to move the eigenvalues in question to the top of the spectrum.2228: large enough to move the eigenvalues in question to the top of the spectrum.
2235: 2229: 
2236: \item {\it SLERP\/}: activates the iSLERP algorithm for rigid bodies when interpolating an initial band for the NEB. This algorithm (due to Li, X., J. Graphics Tools \mathbf{12} (3), 1 (2011)) uses quaternions to provide an efficient route to smooth interpolation of a rigid body between two endpoints. Without this keyword, default behaviour is to interpolate rigid body coordinates as though they were cartesian. This is often not a problem, but can lead to uneven interpolation and occasionally very bad interpolated bands. The iSLERP algorithm seems to give reliably good interpolations. 
2238: \item {\it SQVV NIterSQVVGuessMax SQVVGuessRMSTol\/}:2230: \item {\it SQVV NIterSQVVGuessMax SQVVGuessRMSTol\/}:
2239: specifies that the first {\it NIterSQVVGuessMax\/} DNEB refinements should be2231: specifies that the first {\it NIterSQVVGuessMax\/} DNEB refinements should be
2240: done using the SQVV algorithm, rather than LBFGS.\cite{TrygubenkoW04}2232: done using the SQVV algorithm, rather than LBFGS.\cite{TrygubenkoW04}
2241: The DNEB optimisation will switch to LBFGS minimisation after {\it NIterSQVVGuessMax\/}2233: The DNEB optimisation will switch to LBFGS minimisation after {\it NIterSQVVGuessMax\/}
2242: steps or if the RMS force falls below {\it SQVVGuessRMSTol\/}.2234: steps or if the RMS force falls below {\it SQVVGuessRMSTol\/}.
2243: The default values for {\it NIterSQVVGuessMax\/} and {\it SQVVGuessRMSTol\/}2235: The default values for {\it NIterSQVVGuessMax\/} and {\it SQVVGuessRMSTol\/}
2244: are 300 and 2.0, respectively.2236: are 300 and 2.0, respectively.
2245: 2237: 
2246: \item {\it ST muD E\/}: calls a finite system of Stockmayer particles,2238: \item {\it ST muD E\/}: calls a finite system of Stockmayer particles,
2247: where $\mu_{D}$ is the dipole moment strength and the electric field of stength $E$ can be optionally present. The field, if2239: where $\mu_{D}$ is the dipole moment strength and the electric field of stength $E$ can be optionally present. The field, if

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0