hdiff output

r31702/GMIN.tex 2017-01-21 10:37:53.862250000 +0000 r31701/GMIN.tex 2017-01-21 10:37:54.150250000 +0000
1164: minimisation.  MAXERISE must to be large enough for discontinuities encountered1164: minimisation.  MAXERISE must to be large enough for discontinuities encountered
1165: during quenches to be ignored, or the quench may fail.  The default is1165: during quenches to be ignored, or the quench may fail.  The default is
1166: $10^{-10}$, or $10^{-3}$, for periodic boundary conditions, where1166: $10^{-10}$, or $10^{-3}$, for periodic boundary conditions, where
1167: discontinuities can arrise due to multiple images.1167: discontinuities can arrise due to multiple images.
1168: 1168: 
1169: \item {\it MAXIT maxit maxit2\/}: {\it maxit\/} and {\it maxit2\/} are integers specifying the1169: \item {\it MAXIT maxit maxit2\/}: {\it maxit\/} and {\it maxit2\/} are integers specifying the
1170: maximum number of iterations allowed in the conjugate gradient quenches. {\it maxit\/} applies1170: maximum number of iterations allowed in the conjugate gradient quenches. {\it maxit\/} applies
1171: to the `sloppy' quenches of the basin-hopping run and {\it maxit2\/} to the final quenches1171: to the `sloppy' quenches of the basin-hopping run and {\it maxit2\/} to the final quenches
1172: that are used to produce the output in file {\tt lowest}.1172: that are used to produce the output in file {\tt lowest}.
1173: 1173: 
1174: \item {\it MD nsteps (nwait nfreq)\/}: Perform {\it nsteps} molecular dynamics (MD) time steps instead of basin-hopping. Current implementation works only for Cartesian coordinates (not the rigid-body framework), and the atomic positions are dumped to {\tt dump.1.xyz} every {\it nfreq} steps after the first {\it nwait} steps, with {\it nwait = nsteps} by default (i.e. no dumping). Time-stepping for each coordinate is carried out using the velocity Verlet scheme with a Langevin thermostat:1174: \item {\it MD nsteps (nwait nfreq)\/}: Perform molecular dynamics (MD) run of {\it nsteps} time steps instead of basin-hopping. Currently working only for atomistic systems, and the atomic coordinates are dumped to {\tt dump.1.xyz} every {\it nfreq} and after {\it nwait} steps, with {\it nwait = nsteps} by default (i.e. no dumping). Time-stepping for each degree of freedom is carried out using the velocity Verlet scheme with a Langevin thermostat:
1175: \begin{eqnarray*}1175: \begin{eqnarray*}
1176: \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}}  & = & (1-\gamma \frac{\Delta t}{2}) \dot{x}_{t} + \frac{\Delta t}{2} \ddot{x}_{t} + \sqrt{\frac{k_{B}T \gamma \Delta t}{m}}\zeta_{1} \\1176: \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}}  & = & (1-\gamma \frac{\Delta t}{2}) \dot{x}_{t} + \frac{\Delta t}{2} \ddot{x}_{t} + \sqrt{\frac{k_{B}T \gamma \Delta t}{m}}\zeta_{1} \\
1177: x_{t+\Delta t} & = & x_{t} + \Delta t \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}} \\1177: x_{t+\Delta t} & = & x_{t} + \Delta t \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}} \\
1178: \dot{x}_{t+\Delta t}  & = & (1-\gamma \frac{\Delta t}{2}) \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}} + \frac{\Delta t}{2} \ddot{x}_{t+\Delta t} + \sqrt{\frac{k_{B}T \gamma \Delta t}{m}}\zeta_{2}1178: \dot{x}_{t+\Delta t}  & = & (1-\gamma \frac{\Delta t}{2}) \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}} + \frac{\Delta t}{2} \ddot{x}_{t+\Delta t} + \sqrt{\frac{k_{B}T \gamma \Delta t}{m}}\zeta_{2}
1179: \end{eqnarray*}1179: \end{eqnarray*}
1180: where $x$, $\dot{x}$ and $\ddot{x}$ are the coordinate, velocity and acceleration, respectively, with the subscript specifying the time instance; $\Delta t$ is the time step (see \emph{MDPARAMS}); $m$ is the atomic mass (see \emph{SPECMASS}); $\gamma$ is a damping parameter (see \emph{MDPARAMS}); and $\zeta_{1}$ and $\zeta_{2}$ are (independent) random numbers from the normal distribution with mean $0$ and variance $1$. The instantaneous acceleration/force is derived from the potential; the initial coordinates are read from the {\tt coords} file; the velocities are initialised randomly using the Maxwell distribution, with $k_{B}T$ set by the \emph{TEMPERATURE} keyword and net translation and rotation subtracted.1180: where $x$, $\dot{x}$ and $\ddot{x}$ are the coordinate, velocity and acceleration, respectively, with the subscript specifying the time instance; $\Delta t$ is the time step; $m$ is the (atomic) mass; $\gamma$ is a damping parameter; and $\zeta_{1}$ and $\zeta_{2}$ are (independent) random numbers from the normal distribution with mean $0$ and variance $1$. The acceleration is derived from the potential; $k_{B}T$ is set by the \emph{TEMPERATURE} keyword; $\Delta t$ (=0.002 by default) and $\gamma$ (=0 by default) can be adjusted using \emph{MDPARAMS}. Initial coordinates are read from the {\tt coords} file, while the velocities are initialised randomly, in accord with the Maxwell distribution, and net translation as well as rotation subtracted.
1181:  1181:  
1182: \item {\it MDPARAMS tstep gamma\/}: Specifies the timestep (\emph{tstep  = 0.002} by default, with units determined by the potential) and Langevin damping parameter (\emph{gamma = 0.0} by default, with units of inverse time). The default values are tailored for microcanonical MD of atoms with unit mass. For canonical MD one should choose \emph{gamma~\textgreater~0} such that \emph{0~\textless~gamma*tstep~\textless~1}, e.g. \emph{gamma} of around 10 is adequate for the default time step.1182: \item {\it MDPARAMS tstep gamma\/}: Specifies the timestep and damping parameter {\it gamma} for the Langevin thermostat. The default value of \emph{gamma = 0} corresponds to microcanonical MD.
1183: 1183: 
1184: \item {\it MGGLUE\/}: specifies a glue potential for magnesium1184: \item {\it MGGLUE\/}: specifies a glue potential for magnesium
1185: 1185: 
1186: \item {\it MLOWEST\/}: Like TARGET. Accepts multiple target energies and will stop upon hitting *all* targets as opposed to *any* target.1186: \item {\it MLOWEST\/}: Like TARGET. Accepts multiple target energies and will stop upon hitting *all* targets as opposed to *any* target.
1187: 1187: 
1188: \item {\it MORSE rho\/}: specifies a Morse potential 1188: \item {\it MORSE rho\/}: specifies a Morse potential 
1189: with range parameter {\it rho\/}.\cite{braierbw90,doyewb95,doyew96a}1189: with range parameter {\it rho\/}.\cite{braierbw90,doyewb95,doyew96a}
1190: 1190: 
1191: \item {\it MPI\/}: specifies an MPI parallel job.1191: \item {\it MPI\/}: specifies an MPI parallel job.
1192: (only available if the source is compiled with MPI enabled).  1192: (only available if the source is compiled with MPI enabled).  
1901: are needed for different potentials. {\it BASIN} can be used instead.1901: are needed for different potentials. {\it BASIN} can be used instead.
1902: 1902: 
1903: \item {\it SORT}: for pairwise potentials the atoms can be sorted from most to least1903: \item {\it SORT}: for pairwise potentials the atoms can be sorted from most to least
1904: strongly bound. The {\it SORT} keyword enables this sorting for the coordinates printed1904: strongly bound. The {\it SORT} keyword enables this sorting for the coordinates printed
1905: in file {\tt lowest}. This can be useful for seeding subsequent runs by removing the1905: in file {\tt lowest}. This can be useful for seeding subsequent runs by removing the
1906: most weakly bound atoms. This sort is not set by default and is meaningless if the1906: most weakly bound atoms. This sort is not set by default and is meaningless if the
1907: pair energies are not computed.1907: pair energies are not computed.
1908: 1908: 
1909: \item {\it SPECLABELS L1 L2 \dots LM \/}: specifies the labels to be used in file {\tt lowest} for each atomic species. Intended for use with a potential invoked by keywords {\it MLJ\/}, {\it MGUPTA\/} and {\it MSC\/}. Note that each label is interpreted as a string of two characters, and the calculation will stop if the supplied number of labels ({\it M}) does not match the species count.1909: \item {\it SPECLABELS L1 L2 \dots LM \/}: specifies the labels to be used in file {\tt lowest} for each atomic species. Intended for use with a potential invoked by keywords {\it MLJ\/}, {\it MGUPTA\/} and {\it MSC\/}. Note that each label is interpreted as a string of two characters, and the calculation will stop if the supplied number of labels ({\it M}) does not match the species count.
1910: 1910: 
1911: \item {\it SPECMASS m1 m2 \dots mM\/}: specifies the mass for each atomic species (all masses are 1 by default). Intended for calculation of a mass-weighted Hessian or molecular dynamics simulations. Error will occur if the supplied number ({\it M}) of masses does not match the species count.1911: \item {\it SPECMASS m1 m2 \dots mM\/}: specifies the mass for each atomic species. Intended for calculation of a mass-weighted Hessian. Error will occur if the supplied number ({\it M}) of masses does not match the species count.
1912: 1912: 
1913: \item {\it STAR}: specifies an excited state calculation for Ar$^*_n$ or Ne$^*_n$ for1913: \item {\it STAR}: specifies an excited state calculation for Ar$^*_n$ or Ne$^*_n$ for
1914: a diatomics-in-molecules potential when used with {\it NEON\/} or {\it ARGON\/}.1914: a diatomics-in-molecules potential when used with {\it NEON\/} or {\it ARGON\/}.
1915: 1915: 
1916: \item {\it STEP step astep ostep block\/}: specifies the maximum step sizes. {\it step\/} is1916: \item {\it STEP step astep ostep block\/}: specifies the maximum step sizes. {\it step\/} is
1917: for the maximum change of any Cartesian coordinate and {\it astep\/} specifies a tolerance1917: for the maximum change of any Cartesian coordinate and {\it astep\/} specifies a tolerance
1918: on the binding energy of individual atoms (if available, i.e.~for Morse and LJ) below1918: on the binding energy of individual atoms (if available, i.e.~for Morse and LJ) below
1919: which an angular step is taken for that atom. See the following section for more details.1919: which an angular step is taken for that atom. See the following section for more details.
1920: {\it ostep\/} is the maximum displacement of an axis-angle coordinate for a rigid body system1920: {\it ostep\/} is the maximum displacement of an axis-angle coordinate for a rigid body system
1921: and {\it block\/} (an integer) is the block size for which separate translational and orientational1921: and {\it block\/} (an integer) is the block size for which separate translational and orientational

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0