hdiff output

r31688/GMIN.tex 2017-01-21 10:37:52.658250000 +0000 r31687/GMIN.tex 2017-01-21 10:37:52.930250000 +0000
1164: minimisation.  MAXERISE must to be large enough for discontinuities encountered1164: minimisation.  MAXERISE must to be large enough for discontinuities encountered
1165: during quenches to be ignored, or the quench may fail.  The default is1165: during quenches to be ignored, or the quench may fail.  The default is
1166: $10^{-10}$, or $10^{-3}$, for periodic boundary conditions, where1166: $10^{-10}$, or $10^{-3}$, for periodic boundary conditions, where
1167: discontinuities can arrise due to multiple images.1167: discontinuities can arrise due to multiple images.
1168: 1168: 
1169: \item {\it MAXIT maxit maxit2\/}: {\it maxit\/} and {\it maxit2\/} are integers specifying the1169: \item {\it MAXIT maxit maxit2\/}: {\it maxit\/} and {\it maxit2\/} are integers specifying the
1170: maximum number of iterations allowed in the conjugate gradient quenches. {\it maxit\/} applies1170: maximum number of iterations allowed in the conjugate gradient quenches. {\it maxit\/} applies
1171: to the `sloppy' quenches of the basin-hopping run and {\it maxit2\/} to the final quenches1171: to the `sloppy' quenches of the basin-hopping run and {\it maxit2\/} to the final quenches
1172: that are used to produce the output in file {\tt lowest}.1172: that are used to produce the output in file {\tt lowest}.
1173: 1173: 
1174: \item {\it MD nsteps (nwait nfreq)\/}: Perform molecular dynamics (MD) run of {\it nsteps} time steps instead of basin-hopping. Currently working only for atomistic systems, and the atomic coordinates are dumped to {\tt dump.1.xyz} every {\it nfreq} and after {\it nwait} steps, with {\it nwait = nsteps} by default (i.e. no dumping). Time-stepping for each degree of freedom is carried out using the velocity Verlet scheme with a Langevin thermostat: 
1175: \begin{eqnarray*} 
1176: \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}}  & = & (1-\gamma \frac{\Delta t}{2}) \dot{x}_{t} + \frac{\Delta t}{2} \ddot{x}_{t} + \sqrt{\frac{k_{B}T \gamma \Delta t}{m}}\zeta_{1} \\ 
1177: x_{t+\Delta t} & = & x_{t} + \Delta t \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}} \\ 
1178: \dot{x}_{t+\Delta t}  & = & (1-\gamma \frac{\Delta t}{2}) \dot{x}_{t+\frac{\Delta t}{2}} + \frac{\Delta t}{2} \ddot{x}_{t+\Delta t} + \sqrt{\frac{k_{B}T \gamma \Delta t}{m}}\zeta_{2} 
1179: \end{eqnarray*} 
1180: where $x$, $\dot{x}$ and $\ddot{x}$ are the coordinate, velocity and acceleration, respectively, with the subscript specifying the time instance; $\Delta t$ is the time step; $m$ is the (atomic) mass; $\gamma$ is a damping parameter; and $\zeta_{1}$ and $\zeta_{2}$ are (independent) random numbers from the normal distribution with mean $0$ and variance $1$. The acceleration is derived from the potential; $k_{B}T$ is set by the \emph{TEMPERATURE} keyword; $\Delta t$ (=0.002 by default) and $\gamma$ (=0 by default) can be adjusted using \emph{MDPARAMS}. Initial coordinates are read from the {\tt coords} file, while the velocities are initialised randomly, in accord with the Maxwell distribution, and net translation as well as rotation subtracted. 
1182: \item {\it MDPARAMS tstep gamma\/}: Specifies the timestep and damping parameter {\it gamma} for the Langevin thermostat. The default value of \emph{gamma = 0} corresponds to microcanonical MD. 
1184: \item {\it MGGLUE\/}: specifies a glue potential for magnesium1174: \item {\it MGGLUE\/}: specifies a glue potential for magnesium
1185: 1175: 
1186: \item {\it MLOWEST\/}: Like TARGET. Accepts multiple target energies and will stop upon hitting *all* targets as opposed to *any* target.1176: \item {\it MLOWEST\/}: Like TARGET. Accepts multiple target energies and will stop upon hitting *all* targets as opposed to *any* target.
1187: 1177: 
1188: \item {\it MORSE rho\/}: specifies a Morse potential 1178: \item {\it MORSE rho\/}: specifies a Morse potential 
1189: with range parameter {\it rho\/}.\cite{braierbw90,doyewb95,doyew96a}1179: with range parameter {\it rho\/}.\cite{braierbw90,doyewb95,doyew96a}
1190: 1180: 
1191: \item {\it MPI\/}: specifies an MPI parallel job.1181: \item {\it MPI\/}: specifies an MPI parallel job.
1192: (only available if the source is compiled with MPI enabled).  1182: (only available if the source is compiled with MPI enabled).  
1193: 1183: 
1375: 1365: 
1376: \item {\it ODIHE \/}: order parameter---requires documentation.1366: \item {\it ODIHE \/}: order parameter---requires documentation.
1377: 1367: 
1378: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 1368: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 
1379: further documentation.1369: further documentation.
1380: 1370: 
1381: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic1371: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic
1382: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.1372: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.
1383: 1373: 
1384: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:1374: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:
1385: {\textrm conf\_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP\_params}, which can contain additional settings for example for debugging,1375: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging,
1386: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files. 1376: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files. 
1387: 1377: 
1388: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 1378: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 
1389: further documentation.1379: further documentation.
1390: 1380: 
1391: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.1381: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.
1392: 1382: 
1393: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.1383: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.
1394: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more1384: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more
1395: general way and uses unit bond lengths.1385: general way and uses unit bond lengths.

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0