hdiff output

r31649/output 2016-12-15 15:30:13.792247159 +0000 r31648/output 2016-12-15 15:30:14.200252407 +0000
  1:   1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/TESTS/OPTIM/FRQS/AMBER9_genrigid/DOUBLE_ENDED/expected_output/output' in revision 31648
  2:  OPTIM version 31638, Copyright (C) David J. Wales 
  3:  OPTIM comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details supply WARRANTY as an input keyword. 
  4:  This is free software, and you are welcome to redistribute it 
  5:  under certain conditions; provide keyword COPYRIGHT to see the details. 
  6:  
  7:  getparams> input coordinates for AMBER9 system will be read from  
  8: start 
  9: start                
 10:  
 11:           ------------------------------------------------------- 
 12:           Amber 9  SANDER                              2006 
 13:           ------------------------------------------------------- 
 14:  
 15: | Run on 12/14/2016 at 16:28:40 
 16:   [-O]verwriting output 
 17:  
 18: File Assignments: 
 19: |  MDIN: min.in                                                                 
 20: | MDOUT: min.out                                                                
 21: |INPCRD: coords.inpcrd                                                          
 22: |  PARM: coords.prmtop                                                          
 23: |RESTRT: coords.rst                                                             
 24: |  REFC: refc                                                                   
 25: | MDVEL: mdvel                                                                  
 26: |  MDEN: mden                                                                   
 27: | MDCRD: coords.mdcrd                                                           
 28: |MDINFO: mdinfo                                                                 
 29: |INPDIP: inpdip                                                                 
 30: |RSTDIP: rstdip                                                                 
 31:  
 32:   
 33:  Here is the input file: 
 34:   
 35:                                                                                 
 36:  &cntrl                                                                         
 37:   imin   = 1,                                                                   
 38:   ncyc = 1,                                                                     
 39:   maxcyc = 1,                                                                   
 40:   igb = 2, saltcon=0.1,                                                         
 41:   ntb    = 0,                                                                   
 42:   cut    = 999.99,                                                              
 43:   rgbmax = 25.0,                                                                
 44:   ifswitch = 1                                                                  
 45:  /                                                                              
 46:  
 47: -------------------------------------------------------------------------------- 
 48:    1.  RESOURCE   USE:  
 49: -------------------------------------------------------------------------------- 
 50:  
 51: | Flags:                                                                         
 52: | New format PARM file being parsed. 
 53: | Version =    1.000 Date = 03/20/15 Time = 23:17:49 
 54:  NATOM  =     220 NTYPES =      12 NBONH =     104 MBONA  =     123 
 55:  NTHETH =     233 MTHETA =     169 NPHIH =     481 MPHIA  =     372 
 56:  NHPARM =       0 NPARM  =       0 NNB   =    1211 NRES   =      13 
 57:  NBONA  =     123 NTHETA =     169 NPHIA =     372 NUMBND =      26 
 58:  NUMANG =      54 NPTRA  =      35 NATYP =      20 NPHB   =       0 
 59:  IFBOX  =       0 NMXRS  =      24 IFCAP =       0 NEXTRA =       0 
 60:  NCOPY  =       0 
 61:  
 62:  Implicit solvent radii are H(N)-modified Bondi radii (mbondi2)                                              
 63:  
 64: |     Memory Use     Allocated 
 65: |     Real               14388 
 66: |     Hollerith           1335 
 67: |     Integer            31584 
 68: |     Max Pairs              1 
 69: |     nblistReal             0 
 70: |     nblist Int             0 
 71: |       Total              241 kbytes 
 72: | Duplicated    0 dihedrals 
 73: | Duplicated    0 dihedrals 
 74:  
 75: -------------------------------------------------------------------------------- 
 76:    2.  CONTROL  DATA  FOR  THE  RUN 
 77: -------------------------------------------------------------------------------- 
 78:  
 79: default_name                                                                     
 80:  
 81: General flags: 
 82:      imin    =       1, nmropt  =       0 
 83:      ifswitch=       1, fswitchbeta=  10.000 
 84:  mdread> force-shifting cutoff will be used for electrostatics, fswitchbeta=  10.000 
 85:  mdread> Stoddard-Ford cutoff will be used for van der Waals interactions 
 86:  
 87: Nature and format of input: 
 88:      ntx     =       1, irest   =       0, ntrx    =       1 
 89:  
 90: Nature and format of output: 
 91:      ntxo    =       1, ntpr    =      50, ntrx    =       1, ntwr    =     500 
 92:      iwrap   =       0, ntwx    =       0, ntwv    =       0, ntwe    =       0 
 93:      ioutfm  =       0, ntwprt  =       0, idecomp =       0, rbornstat=      0 
 94:  
 95: Potential function: 
 96:      ntf     =       1, ntb     =       0, igb     =       2, nsnb    =      25 
 97:      ipol    =       0, gbsa    =       0, iesp    =       0 
 98:      dielc   =   1.00000, cut     = 999.99000, intdiel =   1.00000 
 99:      saltcon =   0.10000, offset  =   0.09000, gbalpha=    0.80000 
100:      gbbeta  =   0.00000, gbgamma =   2.90912, surften =   0.00500 
101:      rdt     =   0.00000, rgbmax  =  25.00000 
102:      alpb  =        0 
103:      scnb    =   2.00000, scee    =   1.20000 
104:  
105: Frozen or restrained atoms: 
106:      ibelly  =       0, ntr     =       0 
107:  
108: Energy minimization: 
109:      maxcyc  =       1, ncyc    =       1, ntmin   =       1 
110:      dx0     =   0.01000, drms    =   0.00010 
111: |  INFO: Old style inpcrd file read 
112:  
113:  
114: -------------------------------------------------------------------------------- 
115:    3.  ATOMIC COORDINATES AND VELOCITIES 
116: -------------------------------------------------------------------------------- 
117:  
118: default_name                                                                     
119:  begin time read from input coords =     0.000 ps 
120:  
121:  Number of triangulated 3-point waters found:        0 
122:  getparams> Number of atoms (or variables)  determined as    220 
123:  getparams> Number of optimisation degrees of freedom    660 
124:  keyword> Distance tolerance for distinguishing atoms in the same orbit=        0.00100 
125:  keyword> Maximum number of secondary sets in perm.allow file=  3 
126:  keyword> Number of groups of permutable atoms=    25 
127:  keywords> Set frequency conversion factor to the AMBER default value:  
128:    20454830000000.0      
129:  keywords> This corresponds to frequencies being given in radians/s 
130:  fetchz> Hybrid EF/BFGS transition state search, maximum steps= 10000 
131:          maximum tangent space steps=  20 or  200 when overlap is better than     0.999900 
132:  fetchz> Uphill mode is    0 for initial step and    0 after that 
133:  fetchz> No Hessian: Rayleigh-Ritz max steps=1000 RMS <       0.0100 and |% change|<     1.0     
134:  fetchz> Hessian eigenvector in Rayleigh-Ritz scheme calculated using method    2 
135:   
136:  fetchz>  660 Cartesian coordinates will be optimised for  220 AMBER atoms 
137:   
138:  fetchz> stationary point info will be dumped 
139:  fetchz> Point group checked when RMS force <     0.00100000, highest symmetry axis tested for=  6 
140:  fetchz> Initial distance and eigenvalue tolerances in symmetry determination=     0.00010000     0.00010000 
141:  fetchz> Minimum number of optimization steps=     0 
142:  fetchz> Stationary point information will be printed to min.data 
143:  fetchz> Convergence criterion for LBFGS optimization: RMS force< 0.10000000E-05 maximum steps=   60000 
144:  fetchz> Maximum energy rise in LBFGS minimization=    0.1000000000E-03 
145:  fetchz> Number of updates in LBFGS=       50 
146:  fetchz> Number of updates in XLBFGS=  50 
147:  fetchz> Number of updates in mind=   4 
148:  fetchz> Initial guess for diagonal elements in LBFGS=     0.1000 
149:  fetchz> Initial guess for diagonal elements in XLBFGS=    0.1000 
150:  fetchz> Maximum step size in LBFGS energy minimization=     0.1000 
151:  fetchz> Maximum step size in XLBFGS=    0.2000 
152:  fetchz> Maximum step size in LBFGS neb image minimization=                 0.2000 
153:  fetchz> Step sizes will be scaled if the eigenvalue is positive in BFGSTS 
154:  fetchz> Warnings will be issued if atoms become closer than 0.5 units 
155:  fetchz> Coordinates for intermediate steps will not be dumped to file points 
156:   
157:   
158:  OPTIM> Using translational/rotational ev shift=     1000000.000     
159:  OPTIM> Initial energy=    -454.4730096     RMS force=    0.8542382477E-06 
160:  OPTIM> Final energy  =    -453.1368253     RMS force=    0.8950847555E-06 
161:  KeyConnect> Maximum cycles = 15, maximum images = 30 
162:  KeyConnect> Maximum attempts per pair of minima = 3, with increment image density of 0.50 
163:  KeyConnect> Image density = 2.00, iteration density = 20.00 
164:  KeyNEB> Initial and final NEB force constants     10.00000000        10.00000000     factor=    1.010000000     
165:  KeyNEB> Number of images will vary depending on the separation of the endpoints 
166:  KeyNEB> NEB coordinates will be saved to xyz file "neb.xyz" every 50 iterations 
167:  KeyNEB> Energy profile will be saved to file "neb.EofS" every 50 iterations 
168:  KeyGrad> Overall rotation and translation will NOT be removed 
169:  KeyGrad> Using doubly nudged elastic band gradient 
170:  KeyOutput> Transition state candidates will be optimized 
171:  KeyOutput> Concise printing during transition states optimization 
172:  KeyOutput> Transition state candidates are maxima along NEB 
173:  KeyMin> Maximal number of iterations will vary, depending on the number of images in the band 
174:  KeyMin> RMS convergence criterion is set to 0.01 
175:  KeyMin> L-BFGS minimization 
176:  KeyLBFGS> Maximum step size per image =     0.2000000000     
177:  KeyLBFGS> 4 Hessian updates per iteration 
178:  KeyLBFGS> Guess for inverse Hessian diagonal elements =     0.1000000000E-02 
179:  KeyTau> Using Henkelman and Jonsson's improved tangent 
180:  KeyDecide> Cost function in Dijkstra algorithm is Exp[D] 
181:   
182:  >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> CONNECT CYCLE 1 >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 2 minima and 0 ts are known >>>>>>>>>>>>>>>>>>>> 
183:  decide> Shortest path in Dijkstra has      1 steps with      1 missing connections, weight=     517.60     
184:  decide> The unconnected minima in the chain and their distances are: 
185:      2        6.25     1  
186:   
187:  
188:  tryconnect> 240-iteration DNEB run for minima 1_S and 2_F using 12 images  (DNEB attempt #1)  ... 
189:  rwg> NEB coordinates were saved to xyz file "neb.0.xyz" 
190:  writeprofile> NEB profile was saved to file "neb.EofS" 
191:  rwg> NEB coordinates were saved to xyz file "neb.50.xyz" 
192:  writeprofile> NEB profile was saved to file "neb.EofS.50" 
193:  rwg> NEB coordinates were saved to xyz file "neb.100.xyz" 
194:  writeprofile> NEB profile was saved to file "neb.EofS.100" 
195:  rwg> NEB coordinates were saved to xyz file "neb.150.xyz" 
196:  writeprofile> NEB profile was saved to file "neb.EofS.150" 
197:  rwg> NEB coordinates were saved to xyz file "neb.200.xyz" 
198:  writeprofile> NEB profile was saved to file "neb.EofS.200" 
199:  lbfgs> Final DNEB force constant      57.91816136     
200:  writeprofile> NEB profile was saved to file "neb.EofS" 
201:  rwg> NEB coordinates were saved to xyz file "neb.0.xyz" 
202:  Time to go through NEB:    37.2653340000000      
203:  Double-ended search iterations= 240 RMS= 1.6504 Dev= 54.12% S= 9.86 time= 37.27 
204:  Following    1 images are candidates for TS:    6   
205:  bfgsts> WARNING *** initial eigenvalue is positive - increase NEBK? 
206:  Converged to TS (number of iterations):         31 
207:  DNEB run yielded 1 true transition state(s) time=     39.86 
208:  
209:  >>>>>  Path run for ts 1 ... 
210:  Plus  side of path:                    1342 steps. Energy=    -453.1368253       time=       7.85 
211:  Minus side of path:                    1290 steps. Energy=    -454.4730096       time=       7.46 
212:   
213:          E+        Ets - E+           Ets       Ets - E-           E-          S       D      gamma   ~N 
214:      -453.1368253 0.70396         -452.4328668  2.0401         -454.4730096   6.210   6.402 220.000   1.000 
215:         Known (#2)                                              Known (#1) 
216:  Connected path found 
217:   ts        E+         Ets - E+          Ets       Ets - E-          E-          S       D      gamma   ~N 
218:    1     -454.4730096  2.0401        -452.4328668 0.70396        -453.1368253   6.210   6.402 220.000   1.000 
219:  
220:  Number of TS in the path       =      1 
221:  Number of cycles               =      1 
222:   
223:  Elapsed time=                               108.29 
224:  OPTIM> # of energy calls=                          0 time=           0.00 %=  0.0 
225:  OPTIM> # of energy+gradient calls=             18752 time=         105.91 %= 97.8 
226:  OPTIM> # of energy+gradient+Hessian calls=         0 time=           0.00 %=  0.0 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0