hdiff output

r31609/addminxyz.f 2016-12-09 16:30:10.327921210 +0000 r31608/addminxyz.f 2016-12-09 16:30:13.735964746 +0000
 46:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 46:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 47:             ENDDO 47:             ENDDO
 48:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'input.crd.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))) 48:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'input.crd.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))
 49:          ENDIF 49:          ENDIF
 50:       ELSE IF (UNRST) THEN 50:       ELSE IF (UNRST) THEN
 51:          DO J2=1,3*NATOMS 51:          DO J2=1,3*NATOMS
 52:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 52:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 53:          ENDDO 53:          ENDDO
 54:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) 54:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
 55:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING) 55:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING)
 56:       ELSE IF (AMBERT.OR.OPEPT) THEN 56:       ELSE IF (AMBERT) THEN
 57:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug 57:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
 58:          LUNIT=GETUNIT() 58:          LUNIT=GETUNIT()
 59:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 59:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
 60:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2), 60:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),
 61:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS) 61:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
 62:          CLOSE(LUNIT) 62:          CLOSE(LUNIT)
 63:       ELSE IF (AMHT) THEN 63:       ELSE IF (AMHT) THEN
 64:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) !  64:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! 
 65:          LUNIT=GETUNIT() 65:          LUNIT=GETUNIT()
 66:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 66:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')


r31609/checkspodata.f 2016-12-09 16:30:10.575924382 +0000 r31608/checkspodata.f 2016-12-09 16:30:13.983967925 +0000
 46:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 46:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 47:             ENDDO 47:             ENDDO
 48:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'input.crd.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))) 48:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'input.crd.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))
 49:          ENDIF 49:          ENDIF
 50:       ELSE IF (UNRST) THEN 50:       ELSE IF (UNRST) THEN
 51:          DO J2=1,3*NATOMS 51:          DO J2=1,3*NATOMS
 52:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 52:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 53:          ENDDO 53:          ENDDO
 54:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) 54:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
 55:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING) 55:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING)
 56:       ELSE IF (AMBERT.OR.OPEPT) THEN 56:       ELSE IF (AMBERT) THEN
 57:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug 57:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
 58:          LUNIT=GETUNIT() 58:          LUNIT=GETUNIT()
 59:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 59:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
 60:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2), 60:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),
 61:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS) 61:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
 62:          CLOSE(LUNIT) 62:          CLOSE(LUNIT)
 63:       ELSE IF (AMHT) THEN 63:       ELSE IF (AMHT) THEN
 64:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) !  64:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! 
 65:          LUNIT=GETUNIT() 65:          LUNIT=GETUNIT()
 66:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 66:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')


r31609/commons.f90 2016-12-09 16:30:11.935941757 +0000 r31608/commons.f90 2016-12-09 16:30:14.239971184 +0000
 81:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NPERMSIZE(:), PERMGROUP(:) 81:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NPERMSIZE(:), PERMGROUP(:)
 82:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NSETS(:) 82:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NSETS(:)
 83:       INTEGER, ALLOCATABLE :: SETS(:,:) 83:       INTEGER, ALLOCATABLE :: SETS(:,:)
 84:       INTEGER, ALLOCATABLE :: TAGNUM(:) 84:       INTEGER, ALLOCATABLE :: TAGNUM(:)
 85:       LOGICAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: FROZEN, INTFROZEN 85:       LOGICAL, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: FROZEN, INTFROZEN
 86:  86: 
 87:       INTEGER NFSTART, NFFINISH, NINTS, NCONNMIN, CONNECTMIN1, CONNECTMIN2, NFREEZE, NPATHS, PARALLEL, NRANDOMMETRIC, & 87:       INTEGER NFSTART, NFFINISH, NINTS, NCONNMIN, CONNECTMIN1, CONNECTMIN2, NFREEZE, NPATHS, PARALLEL, NRANDOMMETRIC, &
 88:      &        METRICUPAIR, METMATMAX, NPRUNE   88:      &        METRICUPAIR, METMATMAX, NPRUNE  
 89:  89: 
 90:       LOGICAL YESNO, TEST1, TEST2, DEBUG, PRINTT, ADDPT, ADDPT2, ADDPT3, TWOD, BULKT, ANGLEAXIS, TAGT, & 90:       LOGICAL YESNO, TEST1, TEST2, DEBUG, PRINTT, ADDPT, ADDPT2, ADDPT3, TWOD, BULKT, ANGLEAXIS, TAGT, &
 91:      &        CHARMMT, AMBERT, OPEPT, STARTFROMPATH, RELATIVEET, EXTRACTTSFILET, & 91:      &        CHARMMT, AMBERT, STARTFROMPATH, RELATIVEET, EXTRACTTSFILET, &
 92:      &        KMCT, UNRST, KMCCOMMITT, REGROUPT, REGROUPRATET, REGROUPPET, NOPOINTS, ADDPATH, NGTT, GTT, GT2T, & 92:      &        KMCT, UNRST, KMCCOMMITT, REGROUPT, REGROUPRATET, REGROUPPET, NOPOINTS, ADDPATH, NGTT, GTT, GT2T, &
 93:      &        DIJKSTRAT, DIJPAIRT, DIJINITT, EXTRACTMINT, EXTRACTMINFILET, EXTRACTTST, DIJKSTRAWAITT, UNTRAPMETRICT, & 93:      &        DIJKSTRAT, DIJPAIRT, DIJINITT, EXTRACTMINT, EXTRACTMINFILET, EXTRACTTST, DIJKSTRAWAITT, UNTRAPMETRICT, &
 94:      &        EXPCOSTFUNCTION, COPYOPTIMT, CALCORDERT, CONNECTREGIONT, SHORTCUTT, MERGEDBT, UNTRAPT, AMHT,  AMHALLATOMMINT, & 94:      &        EXPCOSTFUNCTION, COPYOPTIMT, CALCORDERT, CONNECTREGIONT, SHORTCUTT, MERGEDBT, UNTRAPT, AMHT,  AMHALLATOMMINT, &
 95:      &        CHECKCONNECTIONST, AMHALLATOMTST, AMHQT,AMHQENGMINT, AMHQCONTT ,AMHRMSDT, AMHRELQT, AMH_RELCOT, DIAGT, ARNOLDIT, & 95:      &        CHECKCONNECTIONST, AMHALLATOMTST, AMHQT,AMHQENGMINT, AMHQCONTT ,AMHRMSDT, AMHRELQT, AMH_RELCOT, DIAGT, ARNOLDIT, &
 96:      &        GT2Sparse, GT2Switch, GT2AltPbb, GT2Rescale, GT2Normalise, GT2DisconnectSources, BARRIERSORT, & 96:      &        GT2Sparse, GT2Switch, GT2AltPbb, GT2Rescale, GT2Normalise, GT2DisconnectSources, BARRIERSORT, &
 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, & 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, &
 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, & 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, &
 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, & 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, &
100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &
101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, CVMINIMAT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, CVMINIMAT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &


r31609/connectodata.f 2016-12-09 16:30:12.191945021 +0000 r31608/connectodata.f 2016-12-09 16:30:14.499974508 +0000
148:       ELSE IF (UNRST) THEN148:       ELSE IF (UNRST) THEN
149:          DO J2=1,3*NATOMS149:          DO J2=1,3*NATOMS
150:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)150:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
151:          ENDDO151:          ENDDO
152:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))152:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
153:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING)153:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING)
154:          DO J2=1,3*NATOMS154:          DO J2=1,3*NATOMS
155:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS2(J2)155:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS2(J2)
156:          ENDDO156:          ENDDO
157:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,'finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))157:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,'finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))
158:       ELSE IF (AMBERT.OR.OPEPT) THEN158:       ELSE IF (AMBERT) THEN
159:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug159:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
160:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')160:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
161:          WRITE(2,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),161:          WRITE(2,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),
162:      1                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)162:      1                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
163:          CLOSE(2)163:          CLOSE(2)
164:          FPOO='finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))164:          FPOO='finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
165:          OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')165:          OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
166:          WRITE(1,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS2(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS2(3*(J2-1)+2),LOCALPOINTS2(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)166:          WRITE(1,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS2(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS2(3*(J2-1)+2),LOCALPOINTS2(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
167:          CLOSE(1)167:          CLOSE(1)
168:       ELSE IF (AMHT) THEN168:       ELSE IF (AMHT) THEN


r31609/keywords.f 2016-12-09 16:30:12.451948347 +0000 r31608/keywords.f 2016-12-09 16:30:14.755977776 +0000
 93:       AMHRMSDT=.FALSE. 93:       AMHRMSDT=.FALSE.
 94:       AMHRELQT=.FALSE. 94:       AMHRELQT=.FALSE.
 95:       AMH_RELCOT=.FALSE. 95:       AMH_RELCOT=.FALSE.
 96:       AMHALLATOMMINT=.FALSE. 96:       AMHALLATOMMINT=.FALSE.
 97:       AMHALLATOMTST=.FALSE. 97:       AMHALLATOMTST=.FALSE.
 98:       NOFRQS=.FALSE. 98:       NOFRQS=.FALSE.
 99:       NOINVERSION=.FALSE. 99:       NOINVERSION=.FALSE.
100: 100: 
101: C davidg: introduced userpot here:101: C davidg: introduced userpot here:
102:       USERPOTT=.FALSE.102:       USERPOTT=.FALSE.
103:       OPEPT=.FALSE. 
104: 103: 
105:       JPN=1104:       JPN=1
106:       NNODES=1105:       NNODES=1
107:       NATOMS=-1106:       NATOMS=-1
108:       CHARMMT=.FALSE.107:       CHARMMT=.FALSE.
109:       STARTFROMPATH=.FALSE.108:       STARTFROMPATH=.FALSE.
110:       READMINT=.FALSE.109:       READMINT=.FALSE.
111:       ADDMINXYZT=.FALSE.110:       ADDMINXYZT=.FALSE.
112:       ADDPATH=.FALSE.111:       ADDPATH=.FALSE.
113:       KMCCOMMITT=.FALSE.112:       KMCCOMMITT=.FALSE.
1699: C  Specify Oh supercell to allow box symmetries in permutational alignment.1698: C  Specify Oh supercell to allow box symmetries in permutational alignment.
1700: C1699: C
1701:       ELSE IF (WORD.EQ.'OHCELL') THEN1700:       ELSE IF (WORD.EQ.'OHCELL') THEN
1702:          OHCELLT=.TRUE.1701:          OHCELLT=.TRUE.
1703:          WRITE(*,'(A)') 'Octahedral supercell specfied'1702:          WRITE(*,'(A)') 'Octahedral supercell specfied'
1704: C1703: C
1705: C  Just do a single regrouping pass, not recursive1704: C  Just do a single regrouping pass, not recursive
1706: C1705: C
1707:       ELSE IF (WORD.EQ.'ONEREGROUP') THEN1706:       ELSE IF (WORD.EQ.'ONEREGROUP') THEN
1708:          ONEREGROUPT=.TRUE.1707:          ONEREGROUPT=.TRUE.
1709:  
1710: C 
1711: C  OPEP potential used, need to make sure we get the right files to 
1712: C  OPTIM 
1713: C 
1714:       ELSE IF(WORD.EQ.'OPEP') THEN 
1715:          OPEPT=.TRUE. 
1716:  
1717:  
1718: C1708: C
1719: C  Read in an order parameter threshold, ORDERPARAM, that tells us when we are in the other 1709: C  Read in an order parameter threshold, ORDERPARAM, that tells us when we are in the other 
1720: C  phase for a DOALLMIN run.1710: C  phase for a DOALLMIN run.
1721: C1711: C
1722:       ELSE IF (WORD.EQ.'ORDER') THEN1712:       ELSE IF (WORD.EQ.'ORDER') THEN
1723:          CALL READF(ORDERPARAM)1713:          CALL READF(ORDERPARAM)
1724: C1714: C
1725: C  Set the frequency with which the list of pairs for future searches is recreated.1715: C  Set the frequency with which the list of pairs for future searches is recreated.
1726: C  Currently works for default search type based on Pfold difference.1716: C  Currently works for default search type based on Pfold difference.
1727: C1717: C


r31609/main.F 2016-12-09 16:30:12.707951622 +0000 r31608/main.F 2016-12-09 16:30:15.027981246 +0000
523:          PRINT '(A)',         '   and the shortest distance in the end points'523:          PRINT '(A)',         '   and the shortest distance in the end points'
524:          PRINT '(A,I10)',      '   maximum separation of atoms in sequence for constraint=',INTCONSEP524:          PRINT '(A,I10)',      '   maximum separation of atoms in sequence for constraint=',INTCONSEP
525:          PRINT '(A,I10)',      '   minimum separation of atoms in sequence for repulsion=',INTREPSEP525:          PRINT '(A,I10)',      '   minimum separation of atoms in sequence for repulsion=',INTREPSEP
526:          PRINT '(A,I10)',      '   maximum number of constraints per atom=',MAXCONUSE526:          PRINT '(A,I10)',      '   maximum number of constraints per atom=',MAXCONUSE
527:          IF (CHECKCONINT) THEN527:          IF (CHECKCONINT) THEN
528:             PRINT '(A,I10)',   '   adding terms for constraint internal minima'528:             PRINT '(A,I10)',   '   adding terms for constraint internal minima'
529:          ELSE529:          ELSE
530:             PRINT '(A,I10)',   '   not adding terms for constraint internal minima'530:             PRINT '(A,I10)',   '   not adding terms for constraint internal minima'
531:          ENDIF531:          ENDIF
532:       ENDIF 532:       ENDIF 
533:       IF ((AMBERT.OR.CHARMMT.OR.OPEPT).AND.(EVCUT .LT. 1.0D0)) THEN533:       IF ((AMBERT.OR.CHARMMT).AND.(EVCUT .LT. 1.0D0)) THEN
534: ! jmc resetting a small evcut (tolerance on zero used to check Hessian534: ! jmc resetting a small evcut (tolerance on zero used to check Hessian
535: ! e-values from path.info files in getallpaths.f) to a more appropriate value for SI units 535: ! e-values from path.info files in getallpaths.f) to a more appropriate value for SI units 
536:          EVCUT = 1.0D20536:          EVCUT = 1.0D20
537:          PRINT '(A,G8.2,A)','Resetting EVCUT to ',EVCUT,537:          PRINT '(A,G8.2,A)','Resetting EVCUT to ',EVCUT,
538:      &          ' for SI units; check it is appropriate for your system'538:      &          ' for SI units; check it is appropriate for your system'
539:       ENDIF539:       ENDIF
540: 540: 
541:       WRITE(*,'(A)') '*************************************************************************************************'541:       WRITE(*,'(A)') '*************************************************************************************************'
542: 542: 
543:       IF (REGROUPT.AND.(NATTEMPT.GT.0)) THEN543:       IF (REGROUPT.AND.(NATTEMPT.GT.0)) THEN


r31609/newconnodata.f 2016-12-09 16:30:12.959954846 +0000 r31608/newconnodata.f 2016-12-09 16:30:15.283984521 +0000
 54:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 54:                SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 55:             ENDDO 55:             ENDDO
 56:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'input.crd.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))) 56:             CALL CHARMMDUMP(SAVEPOINTS,'input.crd.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)))
 57:          ENDIF 57:          ENDIF
 58:       ELSE IF (UNRST) THEN 58:       ELSE IF (UNRST) THEN
 59:          DO J2=1,3*NATOMS 59:          DO J2=1,3*NATOMS
 60:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2) 60:             SAVEPOINTS(J2)=LOCALPOINTS1(J2)
 61:          ENDDO 61:          ENDDO
 62:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) 62:          WRITE(UNSTRING,'(A)') 'coords.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
 63:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING) 63:          CALL MYUNRESDUMP(SAVEPOINTS,UNSTRING)
 64:       ELSE IF (AMBERT.OR.OPEPT) THEN 64:       ELSE IF (AMBERT) THEN
 65:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug 65:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
 66:          LUNIT=GETUNIT() 66:          LUNIT=GETUNIT()
 67:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 67:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
 68:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2), 68:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),
 69:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS) 69:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
 70:          CLOSE(LUNIT) 70:          CLOSE(LUNIT)
 71:       ELSE IF (AMHT) THEN 71:       ELSE IF (AMHT) THEN
 72:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) !  72:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! 
 73:          LUNIT=GETUNIT() 73:          LUNIT=GETUNIT()
 74:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 74:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')


r31609/submitoptimjob.f90 2016-12-09 16:30:13.215958103 +0000 r31608/submitoptimjob.f90 2016-12-09 16:30:15.539987794 +0000
 13: !   GNU General Public License for more details. 13: !   GNU General Public License for more details.
 14: ! 14: !
 15: !   You should have received a copy of the GNU General Public License 15: !   You should have received a copy of the GNU General Public License
 16: !   along with this program; if not, write to the Free Software 16: !   along with this program; if not, write to the Free Software
 17: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 17: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 18: ! 18: !
 19:  19: 
 20: SUBROUTINE SUBMITOPTIMJOB(ICPU,CHARMMT,UNRST,CONNID,EXEC,LDEBUG,JOBSTRING) 20: SUBROUTINE SUBMITOPTIMJOB(ICPU,CHARMMT,UNRST,CONNID,EXEC,LDEBUG,JOBSTRING)
 21: USE PORFUNCS 21: USE PORFUNCS
 22: USE NODES, ONLY: SSHSUBMIT, SSHPARALLEL, SLURMSUBMIT 22: USE NODES, ONLY: SSHSUBMIT, SSHPARALLEL, SLURMSUBMIT
 23: USE COMMONS, ONLY: DUMMYRUNT, AMBERT, OPEPT, AMHT, MACHINE, SLURMT 23: USE COMMONS, ONLY: DUMMYRUNT, AMBERT, AMHT, MACHINE, SLURMT
 24: IMPLICIT NONE 24: IMPLICIT NONE
 25: INTEGER, INTENT(IN) :: ICPU 25: INTEGER, INTENT(IN) :: ICPU
 26: CHARACTER(LEN=10) CONNSTR1, CONNSTR2 26: CHARACTER(LEN=10) CONNSTR1, CONNSTR2
 27: CHARACTER(LEN=*) JOBSTRING 27: CHARACTER(LEN=*) JOBSTRING
 28: CHARACTER(LEN=*) EXEC 28: CHARACTER(LEN=*) EXEC
 29: CHARACTER(LEN=256) MYJOBSTRING 29: CHARACTER(LEN=256) MYJOBSTRING
 30: INTEGER :: CHILDPID, CONNID, STATUS 30: INTEGER :: CHILDPID, CONNID, STATUS
 31: LOGICAL LDEBUG, CHARMMT, UNRST 31: LOGICAL LDEBUG, CHARMMT, UNRST
 32:  32: 
 33: CALL GETPID_SUBR(CHILDPID) 33: CALL GETPID_SUBR(CHILDPID)
 42:      & call mysystem(STATUS,LDEBUG,'mv points2.inp.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' points2.inp.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 42:      & call mysystem(STATUS,LDEBUG,'mv points2.inp.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' points2.inp.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 43: else ! preprocess odata.XXX to include correct name instead of input.crd 43: else ! preprocess odata.XXX to include correct name instead of input.crd
 44:      CALL SYSTEM('sed -e "s/input.crd/input.crd.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) // '/"  odata.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) & 44:      CALL SYSTEM('sed -e "s/input.crd/input.crd.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) // '/"  odata.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) &
 45:           &                 // ' > temp.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1))) 45:           &                 // ' > temp.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)))
 46:      CALL SYSTEM('mv temp.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) // ' odata.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 46:      CALL SYSTEM('mv temp.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) // ' odata.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 47:  47: 
 48:      IF (VERIFY('connect',JOBSTRING).EQ.0) & 48:      IF (VERIFY('connect',JOBSTRING).EQ.0) &
 49:       CALL MYSYSTEM(STATUS,LDEBUG,'mv finish.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' finish.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 49:       CALL MYSYSTEM(STATUS,LDEBUG,'mv finish.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' finish.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 50:      IF (CHARMMT) CALL MYSYSTEM( & 50:      IF (CHARMMT) CALL MYSYSTEM( &
 51:        STATUS,LDEBUG,'mv input.crd.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' input.crd.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 51:        STATUS,LDEBUG,'mv input.crd.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' input.crd.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 52:      IF (AMBERT.OR.OPEPT) CALL MYSYSTEM(STATUS,LDEBUG,'mv start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 52:      IF (AMBERT) CALL MYSYSTEM(STATUS,LDEBUG,'mv start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 53:      IF (AMHT) CALL MYSYSTEM(STATUS,LDEBUG,'mv start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 53:      IF (AMHT) CALL MYSYSTEM(STATUS,LDEBUG,'mv start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' start.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 54: endif 54: endif
 55:  55: 
 56: IF ((VERIFY('path',JOBSTRING).EQ.0).AND.(VERIFY('sloppy',JOBSTRING).NE.0)) CALL MYSYSTEM( & 56: IF ((VERIFY('path',JOBSTRING).EQ.0).AND.(VERIFY('sloppy',JOBSTRING).NE.0)) CALL MYSYSTEM( &
 57:   STATUS,LDEBUG,'mv vector.dump.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' vector.dump.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 57:   STATUS,LDEBUG,'mv vector.dump.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' vector.dump.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 58: IF (UNRST) CALL MYSYSTEM( & 58: IF (UNRST) CALL MYSYSTEM( &
 59:   STATUS,LDEBUG,'mv coords.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' coords.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) ) 59:   STATUS,LDEBUG,'mv coords.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR2)) // ' coords.' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) )
 60:  60: 
 61: MYJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(EXEC))//' '//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1))//' > '//TRIM(ADJUSTL(JOBSTRING))//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) 61: MYJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(EXEC))//' '//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1))//' > '//TRIM(ADJUSTL(JOBSTRING))//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1))
 62: IF (DUMMYRUNT) MYJOBSTRING='sleep 10' 62: IF (DUMMYRUNT) MYJOBSTRING='sleep 10'


r31609/tssearch.f 2016-12-09 16:30:13.467961322 +0000 r31608/tssearch.f 2016-12-09 16:30:15.799991113 +0000
141: C jmc          DPERT=60.0D0 * PERTVALUE141: C jmc          DPERT=60.0D0 * PERTVALUE
142: C C jmc          CALL RANDOM_NUMBER(RANDOM)142: C C jmc          CALL RANDOM_NUMBER(RANDOM)
143: C jmc          RANDOM=DPRAND()143: C jmc          RANDOM=DPRAND()
144: C jmc          DMODE=NINT(RANDOM*NDIHE*2) 144: C jmc          DMODE=NINT(RANDOM*NDIHE*2) 
145: C jmc          DMODE=DMODE-NDIHE 145: C jmc          DMODE=DMODE-NDIHE 
146: C jmc          IF (DMODE.EQ.0) DMODE=1146: C jmc          IF (DMODE.EQ.0) DMODE=1
147:                WRITE(1,'(A,I6,F15.5)') 'TWISTDIHE  ',DMODE,DPERT147:                WRITE(1,'(A,I6,F15.5)') 'TWISTDIHE  ',DMODE,DPERT
148:                CLOSE(1)148:                CLOSE(1)
149:                CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cat odata.tssearch >> odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))149:                CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cat odata.tssearch >> odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))
150:                CALL MYUNRESDUMP(POINTS,'coords.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))150:                CALL MYUNRESDUMP(POINTS,'coords.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))
151:             ELSE IF (AMBERT.OR.OPEPT) THEN151:             ELSE IF (AMBERT) THEN
152:                CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cp odata.tssearch odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))152:                CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cp odata.tssearch odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))
153:                FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)) ! workaround for Sun compiler bug153:                FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)) ! workaround for Sun compiler bug
154:                OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')154:                OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
155:                DO L2=1,NATOMS155:                DO L2=1,NATOMS
156:                   IF (FROZEN(L2)) THEN156:                   IF (FROZEN(L2)) THEN
157:                      RANARRAY(3*(L2-1)+1)=0.0D0157:                      RANARRAY(3*(L2-1)+1)=0.0D0
158:                      RANARRAY(3*(L2-1)+2)=0.0D0158:                      RANARRAY(3*(L2-1)+2)=0.0D0
159:                      RANARRAY(3*(L2-1)+3)=0.0D0159:                      RANARRAY(3*(L2-1)+3)=0.0D0
160:                   ELSE160:                   ELSE
161:                      RANDOM=DPRAND()161:                      RANDOM=DPRAND()


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0