hdiff output

r31597/OPTIM.tex 2016-12-07 14:30:13.123973107 +0000 r31596/OPTIM.tex 2016-12-07 14:30:13.383976487 +0000
1854: For a {\it CASTEP\/} or {\it ONETEP} normal mode analysis set1854: For a {\it CASTEP\/} or {\it ONETEP} normal mode analysis set
1855: {\it STEPS 0\/}, {\it MASS\/}, {\it ENDHESS\/}, and {\it ENDNUMHESS\/} in {\tt odata}.1855: {\it STEPS 0\/}, {\it MASS\/}, {\it ENDHESS\/}, and {\it ENDNUMHESS\/} in {\tt odata}.
1856: The Hessian eigenvalues and normal mode frequencies are printed to standard output automatically.1856: The Hessian eigenvalues and normal mode frequencies are printed to standard output automatically.
1857: Check {\tt pertable.f} first to make sure that the atomic mass is known for all the1857: Check {\tt pertable.f} first to make sure that the atomic mass is known for all the
1858: elements in your system. The frequency conversion assumes that the units of energy and1858: elements in your system. The frequency conversion assumes that the units of energy and
1859: distance are electron volts and \AA.1859: distance are electron volts and \AA.
1860: If {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS\/} is set in {\tt odata} then all1860: If {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS\/} is set in {\tt odata} then all
1861: the normal mode eigenvector components will be transformed to the Cartesian basis from the1861: the normal mode eigenvector components will be transformed to the Cartesian basis from the
1862: mass-weighted Cartesian basis.1862: mass-weighted Cartesian basis.
1863: 1863: 
1864: \item {\it OPEP option start\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA, {\it start\/} allows reading the coordinates from a start file (xyz). The following additional files are needed:1864: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:
1865: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging,1865: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging,
1866: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files.1866: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files.
1867: Coordinates for the potential are provided by {\textrm start} and {\textrm finish}. Additionally a {\textrm perm.allow} file is needed (in this case containing no groups).1867: Coordinates for the potential are provided by {\textrm start} and {\textrm finish}. Additionally a {\textrm perm.allow} file is needed (in this case containing no groups).
1868: 1868: 
1869: \item {\it OPTIMIZETS\/}: optimise transition states at the end of each DNEB run.1869: \item {\it OPTIMIZETS\/}: optimise transition states at the end of each DNEB run.
1870: Default false. Set to true by {\it NEWCONNECT\/}.1870: Default false. Set to true by {\it NEWCONNECT\/}.
1871: 1871: 
1872: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the1872: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the
1873: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}.1873: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}.
1874: The default value for {\it x\/} is 0.3.1874: The default value for {\it x\/} is 0.3.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0