hdiff output

r31594/connect_test_parser.py 2016-12-06 18:30:11.722645280 +0000 r31593/connect_test_parser.py 2016-12-06 18:30:16.658709116 +0000
  8:       8:     
  9:     I = np.zeros((3,3))  # non-mass-weighted Inertia tensor  9:     I = np.zeros((3,3))  # non-mass-weighted Inertia tensor
 10:     for atom in Q: 10:     for atom in Q:
 11:         I[0][0]+=atom[1]*atom[1]+atom[2]*atom[2] 11:         I[0][0]+=atom[1]*atom[1]+atom[2]*atom[2]
 12:         I[1][1]+=atom[0]*atom[0]+atom[2]*atom[2] 12:         I[1][1]+=atom[0]*atom[0]+atom[2]*atom[2]
 13:         I[2][2]+=atom[1]*atom[1]+atom[0]*atom[0] 13:         I[2][2]+=atom[1]*atom[1]+atom[0]*atom[0]
 14:         I[0][1]-=atom[0]*atom[1] 14:         I[0][1]-=atom[0]*atom[1]
 15:         I[0][2]-=atom[0]*atom[2] 15:         I[0][2]-=atom[0]*atom[2]
 16:         I[1][2]-=atom[1]*atom[2] 16:         I[1][2]-=atom[1]*atom[2]
 17:     I[1][0] = I[0][1] 17:     I[1][0] = I[0][1]
 18:     I[2][0] = I[0][2] 18:     I[0][2] = I[2][0]
 19:     I[2][1] = I[1][2] 19:     I[1][2] = I[2][1]
 20:  20: 
 21:     return np.linalg.eigvalsh(I)  # The eigenvalues of I 21:     return np.linalg.eigvalsh(I)  # The eigenvalues of I
 22:  22: 
 23:  23: 
 24: def read_pathinfo(fname, nconfigs): 24: def read_pathinfo(fname, nconfigs):
 25:     fin = open(fname,'r') 25:     fin = open(fname,'r')
 26:  26: 
 27:     energies = [] 27:     energies = []
 28:     symmetries = [] 28:     symmetries = []
 29:     inertias = [] 29:     inertias = []


r31594/output 2016-12-06 18:30:13.438667472 +0000 r31593/output 2016-12-06 18:30:18.450732289 +0000
271:  mylbfgs> Energy and RMS force=    -193.6712708        0.6410146512E-06 after     53 steps, step:  0.16539E-06271:  mylbfgs> Energy and RMS force=    -193.6712708        0.6410146512E-06 after     53 steps, step:  0.16539E-06
272:  mylbfgs> Final energy is   -193.67127077262103    272:  mylbfgs> Final energy is   -193.67127077262103    
273:  Minus side of path:                      54 steps. Energy=    -193.6712708       time=       0.00273:  Minus side of path:                      54 steps. Energy=    -193.6712708       time=       0.00
274:  path> number of entries in EofS file=   109274:  path> number of entries in EofS file=   109
275:  Frames will be dumped to points.path.xyz with probability     1.0000/    1.0000 steps on the plus/minus sides275:  Frames will be dumped to points.path.xyz with probability     1.0000/    1.0000 steps on the plus/minus sides
276:  Transition state will be frame number     29276:  Transition state will be frame number     29
277:  277:  
278:          E+        Ets - E+           Ets       Ets - E-           E-          S       D      gamma   ~N278:          E+        Ets - E+           Ets       Ets - E-           E-          S       D      gamma   ~N
279:      -196.2907788  2.8629         -193.4278589 0.24341         -193.6712708   2.423   1.732   3.718   3.228279:      -196.2907788  2.8629         -193.4278589 0.24341         -193.6712708   2.423   1.732   3.718   3.228
280:  280:  
281:  Elapsed time=                                 0.02281:  Elapsed time=                                 0.03
282:  OPTIM> # of energy calls=                          0 time=           0.00 %=  0.0282:  OPTIM> # of energy calls=                          0 time=           0.00 %=  0.0
283:  OPTIM> # of energy+gradient calls=               114 time=           0.00 %= 11.1283:  OPTIM> # of energy+gradient calls=               114 time=           0.00 %= 17.9
284:  OPTIM> # of energy+gradient+Hessian calls=         4 time=           0.00 %=  5.6284:  OPTIM> # of energy+gradient+Hessian calls=         1 time=           0.00 %=  0.0


r31594/path.info 2016-12-06 18:30:13.686670676 +0000 r31593/path.info 2016-12-06 18:30:18.694735445 +0000
  1:     -196.2907788     
  2: 1  C1 
  3:        -1.283785533545991        0.687955336552556       -1.622647241632174  1:        -1.283785533545991        0.687955336552556       -1.622647241632174
  4:        -1.116736441769029       -1.688775202207379       -0.128529168995205  2:        -1.116736441769029       -1.688775202207379       -0.128529168995205
  5:        -1.620111224217120        0.791153324744105        1.151963184384967  3:        -1.620111224217120        0.791153324744105        1.151963184384967
  6:         1.543426305051968       -1.590792742140742        0.278818084552898  4:         1.543426305051968       -1.590792742140742        0.278818084552898
  7:         1.030329689351402        0.964520054439437        1.488475944780394  5:         1.030329689351402        0.964520054439437        1.488475944780394
  8:         1.446877205128903        0.835939228612043       -1.168080803090791  6:         1.446877205128903        0.835939228612043       -1.168080803090791
  9:        -1.139305632309388       -0.522670162931637        0.642550771653467  7:        -1.139305632309388       -0.522670162931637        0.642550771653467
 10:         0.564310657552701       -2.182781383819368       -1.926945534705168  8:         0.564310657552701       -2.182781383819368       -1.926945534705168
 11:        -0.128613133099179        0.693254013326145        1.408146908058503  9:        -0.128613133099179        0.693254013326145        1.408146908058503
 12:         1.692407023980053        1.012658054251596       -1.391912324589391 10:         1.692407023980053        1.012658054251596       -1.391912324589391
 13:         2.427858763069697        0.277403886425723        0.620452219232620 11:         2.427858763069697        0.277403886425723        0.620452219232620
 14:         1.689705158475110        0.402231614270102       -1.360668892611314 12:         1.689705158475110        0.402231614270102       -1.360668892611314
 15:     -193.4278589     
 16: 1  C1 
 17:        -1.268499909939115        0.661428322394286       -1.612261950477280 13:        -1.268499909939115        0.661428322394286       -1.612261950477280
 18:        -1.141335908005756       -1.716371122656874       -0.114038960303600 14:        -1.141335908005756       -1.716371122656874       -0.114038960303600
 19:        -1.566903884503833        0.772878292018334        1.157388879300412 15:        -1.566903884503833        0.772878292018334        1.157388879300412
 20:         1.459662882631158       -1.789181210906735        0.605841621070645 16:         1.459662882631158       -1.789181210906735        0.605841621070645
 21:         1.098091555389662        0.851168905974930        1.307325270713958 17:         1.098091555389662        0.851168905974930        1.307325270713958
 22:         1.418985264427857        1.220076813176002       -1.344254860304103 18:         1.418985264427857        1.220076813176002       -1.344254860304103
 23:        -1.120063425202202       -0.559315212957282        0.770838433413276 19:        -1.120063425202202       -0.559315212957282        0.770838433413276
 24:         0.547338234738874       -2.235073085088342       -1.969858022230485 20:         0.547338234738874       -2.235073085088342       -1.969858022230485
 25:        -0.079537564091235        0.745681986008288        1.371370028218358 21:        -0.079537564091235        0.745681986008288        1.371370028218358
 26:         1.644192154319069        0.513476446509395       -1.352159894658505 22:         1.644192154319069        0.513476446509395       -1.352159894658505
 27:         2.547953152986326        0.188846398257121        0.545599142693076 23:         2.547953152986326        0.188846398257121        0.545599142693076
 28:         1.783774410415177        1.073492111270598       -1.244782657958138 24:         1.783774410415177        1.073492111270598       -1.244782657958138
 29:     -193.6712708     
 30: 1  C1 
 31:        -1.242941239461761        0.635629668766180       -1.640442732548231 25:        -1.242941239461761        0.635629668766180       -1.640442732548231
 32:        -1.164394731726433       -1.723718432717233       -0.092363787535494 26:        -1.164394731726433       -1.723718432717233       -0.092363787535494
 33:        -1.515050410663789        0.794353462202870        1.124395209949939 27:        -1.515050410663789        0.794353462202870        1.124395209949939
 34:         1.378484594636124       -1.912263456195438        0.806947513477418 28:         1.378484594636124       -1.912263456195438        0.806947513477418
 35:         1.151876720353258        0.800300612914571        1.221138511237608 29:         1.151876720353258        0.800300612914571        1.221138511237608
 36:         1.392025066862661        1.405698145028888       -1.419674714581287 30:         1.392025066862661        1.405698145028888       -1.419674714581287
 37:        -1.115602578492344       -0.568990367668833        0.852492916445918 31:        -1.115602578492344       -0.568990367668833        0.852492916445918
 38:         0.514105761035481       -2.309711284676861       -1.972517650099642 32:         0.514105761035481       -2.309711284676861       -1.972517650099642
 39:        -0.074333541185305        0.775778650508405        1.335534553123576 33:        -0.074333541185305        0.775778650508405        1.335534553123576
 40:         1.656669772457092        0.345909041096213       -1.327234047126897 34:         1.656669772457092        0.345909041096213       -1.327234047126897


r31594/path_test_parser.py 2016-12-06 18:30:14.422680196 +0000 r31593/path_test_parser.py 2016-12-06 18:30:19.426744911 +0000
  8:       8:     
  9:     I = np.zeros((3,3))  # non-mass-weighted Inertia tensor  9:     I = np.zeros((3,3))  # non-mass-weighted Inertia tensor
 10:     for atom in Q: 10:     for atom in Q:
 11:         I[0][0]+=atom[1]*atom[1]+atom[2]*atom[2] 11:         I[0][0]+=atom[1]*atom[1]+atom[2]*atom[2]
 12:         I[1][1]+=atom[0]*atom[0]+atom[2]*atom[2] 12:         I[1][1]+=atom[0]*atom[0]+atom[2]*atom[2]
 13:         I[2][2]+=atom[1]*atom[1]+atom[0]*atom[0] 13:         I[2][2]+=atom[1]*atom[1]+atom[0]*atom[0]
 14:         I[0][1]-=atom[0]*atom[1] 14:         I[0][1]-=atom[0]*atom[1]
 15:         I[0][2]-=atom[0]*atom[2] 15:         I[0][2]-=atom[0]*atom[2]
 16:         I[1][2]-=atom[1]*atom[2] 16:         I[1][2]-=atom[1]*atom[2]
 17:     I[1][0] = I[0][1] 17:     I[1][0] = I[0][1]
 18:     I[2][0] = I[0][2] 18:     I[0][2] = I[2][0]
 19:     I[2][1] = I[1][2] 19:     I[1][2] = I[2][1]
 20:  20: 
 21:     return np.linalg.eigvalsh(I)  # The eigenvalues of I 21:     return np.linalg.eigvalsh(I)  # The eigenvalues of I
 22:  22: 
 23:  23: 
 24: def read_pathinfo(fname, nconfigs): 24: def read_pathinfo(fname, nconfigs):
 25:     fin = open(fname,'r') 25:     fin = open(fname,'r')
 26:  26: 
 27:     energies = [] 27:     energies = []
 28:     symmetries = [] 28:     symmetries = []
 29:     inertias = [] 29:     inertias = []


r31594/rb_to_atomistic.py 2016-12-06 18:30:14.174676985 +0000 r31593/rb_to_atomistic.py 2016-12-06 18:30:19.178741706 +0000
  1: import numpy as np  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/TESTS/OPTIM/PATH/TIP4P_rbaa/rb_to_atomistic.py' in revision 31593
  2:  
  3: ref = np.array([[0., 0., 0.],   # O 
  4:                 [0.0, 0.756950327264, 0.585882276618],  # H1 
  5:                 [0.0, -0.756950327264, 0.585882276618], # H2 
  6:                 [0.0, 0.0, 0.15]]) # M 
  7:  
  8: def rotmat(p): 
  9:     theta2 = np.dot(p,p) 
 10:  
 11:     if (theta2<1.0e-12):  # Then use the small-rotation formula 
 12:         RM = np.eye(3)    # Start from the identity matrix 
 13:         RM[0][1] = -p[2]  # and add first-order corrections 
 14:         RM[1][0] = p[2] 
 15:         RM[0][2] = p[1] 
 16:         RM[2][0] = -p[1] 
 17:         RM[1][2] = -p[0] 
 18:         RM[2][1] = p[0] 
 19:         return RM 
 20:  
 21:     theta = np.sqrt(theta2) 
 22:     cost = np.cos(theta) 
 23:     sint = np.sin(theta) 
 24:  
 25:     pn = p/theta # Normalised 
 26:  
 27:     E = np.zeros((3,3))  # Skew-symmetric matrix 
 28:     E[0][1] =  -pn[2] 
 29:     E[0][2]  =  pn[1] 
 30:     E[1][2]  = -pn[0] 
 31:     E[1][0]  = -E[0][1] 
 32:     E[2][0]  = -E[0][2] 
 33:     E[2][1]  = -E[1][2]     
 34:     Esq = np.dot(E,E) 
 35:  
 36:     # Rotation matrix from Rodrigues' formula 
 37:     RM = np.eye(3)  # Rotation matrix (initially set to the identity) 
 38:     for i in xrange(3): 
 39:         for j in xrange(3): 
 40:             RM[i][j] += (1.0-cost)*Esq[i][j] + sint*E[i][j] 
 41:  
 42:     return RM 
 43:  
 44: def to_atomistic(rb): 
 45:     """ rb should be coords in CoM+AA form, with shape (-1,3)""" 
 46:     nmol = rb.shape[0]/2 
 47:     coords = np.zeros((4*nmol,3)) 
 48:  
 49:     for mol in xrange(nmol): 
 50:         CoM = rb[mol] 
 51:         p = rb[nmol+mol] 
 52:  
 53:         rmat = rotmat(p) 
 54:  
 55:         for i in xrange(4): 
 56:             coords[4*mol+i] = CoM + np.dot(rmat, ref[i]) 
 57:  
 58:     return coords 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0