hdiff output

r31570/GMIN.tex 2016-12-02 15:30:28.535689031 +0000 r31569/GMIN.tex 2016-12-02 15:30:29.047695630 +0000
1366: \item {\it ODIHE \/}: order parameter---requires documentation.1366: \item {\it ODIHE \/}: order parameter---requires documentation.
1367: 1367: 
1368: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 1368: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 
1369: further documentation.1369: further documentation.
1370: 1370: 
1371: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic1371: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic
1372: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.1372: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.
1373: 1373: 
1374: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:1374: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed:
1375: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging,1375: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging,
1376: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files. 1376: {\textrm ichain.dat}, which specifies the chains of the molecule, {\textrm scale.dat}, which is needed for sclaing of the forces, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list},
 1377:  which are both files needed by the OPEP potential. Additionally, an AMBER style restart file {\textrm coords.inpcrd} is needed for the number of atoms within GMIN.
1377: 1378: 
1378: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 1379: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 
1379: further documentation.1380: further documentation.
1380: 1381: 
1381: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.1382: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.
1382: 1383: 
1383: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.1384: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.
1384: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more1385: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more
1385: general way and uses unit bond lengths.1386: general way and uses unit bond lengths.
1386: 1387: 


r31570/OPTIM.tex 2016-12-02 15:30:28.791692332 +0000 r31569/OPTIM.tex 2016-12-02 15:30:29.295698827 +0000
1854: For a {\it CASTEP\/} or {\it ONETEP} normal mode analysis set1854: For a {\it CASTEP\/} or {\it ONETEP} normal mode analysis set
1855: {\it STEPS 0\/}, {\it MASS\/}, {\it ENDHESS\/}, and {\it ENDNUMHESS\/} in {\tt odata}.1855: {\it STEPS 0\/}, {\it MASS\/}, {\it ENDHESS\/}, and {\it ENDNUMHESS\/} in {\tt odata}.
1856: The Hessian eigenvalues and normal mode frequencies are printed to standard output automatically.1856: The Hessian eigenvalues and normal mode frequencies are printed to standard output automatically.
1857: Check {\tt pertable.f} first to make sure that the atomic mass is known for all the1857: Check {\tt pertable.f} first to make sure that the atomic mass is known for all the
1858: elements in your system. The frequency conversion assumes that the units of energy and1858: elements in your system. The frequency conversion assumes that the units of energy and
1859: distance are electron volts and \AA.1859: distance are electron volts and \AA.
1860: If {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS\/} is set in {\tt odata} then all1860: If {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS\/} is set in {\tt odata} then all
1861: the normal mode eigenvector components will be transformed to the Cartesian basis from the1861: the normal mode eigenvector components will be transformed to the Cartesian basis from the
1862: mass-weighted Cartesian basis.1862: mass-weighted Cartesian basis.
1863: 1863: 
1864: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed: 
1865: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging, 
1866: {\textrm ichain.dat}, {\textrm scale.dat}, {\textrm cutoffs.dat}, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, which are the generic OPEP files. 
1867: Coordinates for the potential are provided by {\textrm start} and {\textrm finish}. Additionally a {\textrm perm.allow} file is needed (in this case containing no groups). 
1868:  
1869: \item {\it OPTIMIZETS\/}: optimise transition states at the end of each DNEB run.1864: \item {\it OPTIMIZETS\/}: optimise transition states at the end of each DNEB run.
1870: Default false. Set to true by {\it NEWCONNECT\/}.1865: Default false. Set to true by {\it NEWCONNECT\/}.
1871: 1866: 
1872: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the1867: \item {\it ORBITGEOMTOL x\/}: sets the cutoff value for assigning atoms to the
1873: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}.1868: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}.
1874: The default value for {\it x\/} is 0.3.1869: The default value for {\it x\/} is 0.3.
1875: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.1870: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.
1876: 1871: 
1877: \item {\it ORT\/}: remove overall rotation and translation for DNEB runs. Default false.1872: \item {\it ORT\/}: remove overall rotation and translation for DNEB runs. Default false.
1878: 1873: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0