hdiff output

r31535/AMBER_shift_com.py 2016-11-22 14:30:08.321677765 +0000 r31534/AMBER_shift_com.py 2016-11-22 14:30:09.057687639 +0000
  1: import numpy as np  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/AMBER/AMBER_shift_com.py' in revision 31534
  2:  
  3: mass = {'H':1.008,'C':12.01,'N':14.007,'O':15.999,'S':32.065} 
  4:  
  5: top_f = "coords.prmtop" 
  6: start_f = "start" 
  7: names = False 
  8: atomnames = '' 
  9: #get coordinates 
 10: coords = np.genfromtxt(start_f , dtype=float) 
 11: #get atom type list 
 12: with open(top_f , "r") as f: 
 13:    for line in f: 
 14:       if line.split()[0] == '%FLAG': 
 15:          if line.split()[1] =='ATOM_NAME': 
 16:             names = True 
 17:          elif line.split()[1] == 'CHARGE': 
 18:             break 
 19:          else: 
 20:             continue 
 21:       elif names: 
 22:          if line[:7] == '%FORMAT': 
 23:             continue 
 24:          else: 
 25:             atomnames += line[::4].rstrip() 
 26:  
 27: atomnames = list(atomnames) 
 28:  
 29: #calculate centre of mass 
 30:  
 31: atommass = [] 
 32: totmass = 0.0 
 33: for atom in atomnames: 
 34:    atommass.append(mass[atom]) 
 35:    totmass += mass[atom] 
 36:  
 37: X = np.sum(coords[:,0]*atommass)/totmass 
 38: Y = np.sum(coords[:,1]*atommass)/totmass 
 39: Z = np.sum(coords[:,2]*atommass)/totmass 
 40: coords[:] -= [X,Y,Z] 
 41:  
 42: #output files 
 43: out_f = open('start.new' , "w") 
 44: for xyz in coords[:]: 
 45:     out_f.write('%20.10f %20.10f %20.10f \n' %(xyz[0],xyz[1],xyz[2])) 
 46: out_f.close() 
 47: print 'Centre of mass shifted to origin' 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0