hdiff output

r31532/commons.f90 2016-11-22 10:30:13.889195555 +0000 r31531/commons.f90 2016-11-22 10:30:14.653205819 +0000
 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, & 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, &
100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &
101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, CVMINIMAT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, CVMINIMAT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &
102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &
103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &
104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &
105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &
106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &
107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &
108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT, CUDAT, MLLJAT3, MLP3T, DIJPRUNET, PRINTSUMMARYT, MKTRAPT, MLPB3T, PRUNECYCLET, PAIRSIGNORET, &108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT, CUDAT, MLLJAT3, MLP3T, DIJPRUNET, PRINTSUMMARYT, MKTRAPT, MLPB3T, PRUNECYCLET, PAIRSIGNORET, &
109:      &        NOTRANSROTT, NOPOINTGROUPT, MACROIONT109:      &        NOTRANSROTT, NOPOINTGROUPT
110: 110: 
111:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)111:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)
112:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR112:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR
113:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN113:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN
114:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS114:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS
115:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES115:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES
116:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE116:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE
117:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE117:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE
118:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION118:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION
119:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS119:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS


r31532/keywords.f 2016-11-22 10:30:14.153199105 +0000 r31531/keywords.f 2016-11-22 10:30:14.901209149 +0000
317: ! LJ interpolation potential parameters317: ! LJ interpolation potential parameters
318: !318: !
319:       INTLJT=.FALSE.319:       INTLJT=.FALSE.
320:       INTLJDEL=0.1D0320:       INTLJDEL=0.1D0
321:       INTLJEPS=1.0D0321:       INTLJEPS=1.0D0
322:       ALLTST=.FALSE.322:       ALLTST=.FALSE.
323:       SLEEPTIME1=1.0D0323:       SLEEPTIME1=1.0D0
324:       SLEEPTIME2=1.0D0324:       SLEEPTIME2=1.0D0
325: C325: C
326: C326: C
327: C sf344> 327: C sf344> docking stuff
328: C328: C
329:       DOCKT=.FALSE.329:       DOCKT=.FALSE.
330:       DSTAGE(:)=.TRUE.330:       DSTAGE(:)=.TRUE.
331:       MACROIONT=.FALSE. 
332: !331: !
333: ! SIS epidemiological model332: ! SIS epidemiological model
334: ! 333: ! 
335:       SIST=.FALSE.334:       SIST=.FALSE.
336:       SMAX=0335:       SMAX=0
337:       IMAX=0336:       IMAX=0
338:       POPSS=0337:       POPSS=0
339:       SISMU=0.0D0338:       SISMU=0.0D0
340:       SISKAPPA=0.0D0339:       SISKAPPA=0.0D0
341:       SISBETA=0.0D0340:       SISBETA=0.0D0
1483:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+11482:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+1
1484:          ELSE1483:          ELSE
1485:             WRITE(*,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with Nin, Nhidden, Nout=',1484:             WRITE(*,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with Nin, Nhidden, Nout=',
1486:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT1485:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT
1487:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)1486:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)
1488:          ENDIF1487:          ENDIF
1489:          NATOMS=NMLP1488:          NATOMS=NMLP
1490:          NOPT=NMLP1489:          NOPT=NMLP
1491:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACHINE') THEN1490:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACHINE') THEN
1492:          MACHINE=.TRUE.1491:          MACHINE=.TRUE.
1493:  
1494: C1492: C
1495: C Macrocycle1493: C Macrocycle
1496: C This adds cyclic isomers to the MINPERMDIST1494: C This adds cyclic isomers to the MINPERMDIST
1497: C Used for cyclic peptides with repeating sequences (e.g. cyclo-[GlyProGlyPro])1495: C Used for cyclic peptides with repeating sequences (e.g. cyclo-[GlyProGlyPro])
1498: C1496: C
1499:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACROCYCLE') THEN1497:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACROCYCLE') THEN
1500:          MACROCYCLET=.TRUE.1498:          MACROCYCLET=.TRUE.
1501:          IF (NITEMS.GT.1) THEN1499:          IF (NITEMS.GT.1) THEN
1502:             CALL READI(MCYCLEREPEATS)1500:             CALL READI(MCYCLEREPEATS)
1503:          ENDIF1501:          ENDIF
1504:          MCYCLEPERIOD=NATOMS/MCYCLEREPEATS1502:          MCYCLEPERIOD=NATOMS/MCYCLEREPEATS
1505:          IF (MCYCLEPERIOD*MCYCLEREPEATS.NE.NATOMS) THEN1503:          IF (MCYCLEPERIOD*MCYCLEREPEATS.NE.NATOMS) THEN
1506:             PRINT('(A,I5,A,I5,A)'),"Warning: ring of size ",NATOMS," cannot contain ",MCYCLEREPEATS, " repeat units."1504:             PRINT('(A,I5,A,I5,A)'),"Warning: ring of size ",NATOMS," cannot contain ",MCYCLEREPEATS, " repeat units."
1507:          ELSE1505:          ELSE
1508:             PRINT('(A,I5,A,I5,A)'),"keyword> Macrocycle with ",MCYCLEREPEATS," units, each comprising ",MCYCLEPERIOD," atoms."1506:             PRINT('(A,I5,A,I5,A)'),"keyword> Macrocycle with ",MCYCLEREPEATS," units, each comprising ",MCYCLEPERIOD," atoms."
1509:          ENDIF1507:          ENDIF
1510: ! sf344> macroion model1508: 
1511:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACROION') THEN 
1512:             MACROIONT=.TRUE. 
1513:   
1514: C1509: C
1515: C  MAXBARRIER requires both sides to be greater than MAXBARRIER to discard.1510: C  MAXBARRIER requires both sides to be greater than MAXBARRIER to discard.
1516: C1511: C
1517:       ELSE IF (WORD.EQ.'MAXBARRIER') THEN1512:       ELSE IF (WORD.EQ.'MAXBARRIER') THEN
1518:          CALL READF(MAXBARRIER)1513:          CALL READF(MAXBARRIER)
1519: C1514: C
1520: C  The maximum number of constraints to use in the constrained potential.1515: C  The maximum number of constraints to use in the constrained potential.
1521: C  The default is 3.1516: C  The default is 3.
1522: C1517: C
1523:       ELSE IF (WORD.EQ.'MAXCON') THEN1518:       ELSE IF (WORD.EQ.'MAXCON') THEN


r31532/minpermdist.f90 2016-11-22 10:30:14.405202484 +0000 r31531/minpermdist.f90 2016-11-22 10:30:15.149212477 +0000
 49: !  +/- RMATCUMUL ROTA (COORDSA - CMA) = permutation(DUMMYA) 49: !  +/- RMATCUMUL ROTA (COORDSA - CMA) = permutation(DUMMYA)
 50: !  where +/- is given by the value of INVERT. 50: !  where +/- is given by the value of INVERT.
 51: !  The centres of coordinates for COORDSA and COORDSB can be anywhere. On return, the 51: !  The centres of coordinates for COORDSA and COORDSB can be anywhere. On return, the
 52: !  centre of coordinates of COORDSA will be the same as for COORDSB, unless we 52: !  centre of coordinates of COORDSA will be the same as for COORDSB, unless we
 53: !  are doing an ion trap potential. 53: !  are doing an ion trap potential.
 54: ! 54: !
 55: SUBROUTINE MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST,USEINT) 55: SUBROUTINE MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST,USEINT)
 56: USE COMMONS,ONLY : NPERMGROUP, NPERMSIZE, PERMGROUP, NSETS, SETS, GEOMDIFFTOL, AMBERT, NFREEZE, CHARMMT, RBAAT, PULLT, & 56: USE COMMONS,ONLY : NPERMGROUP, NPERMSIZE, PERMGROUP, NSETS, SETS, GEOMDIFFTOL, AMBERT, NFREEZE, CHARMMT, RBAAT, PULLT, &
 57:   &               ANGLEAXIS, PERMISOMER, PERMDIST, ZSYM, INTCONSTRAINTT, INTLJT, OHCELLT, ATOMMATCHDIST, LPERMDIST, & 57:   &               ANGLEAXIS, PERMISOMER, PERMDIST, ZSYM, INTCONSTRAINTT, INTLJT, OHCELLT, ATOMMATCHDIST, LPERMDIST, &
 58:   &               TRAPT, NRANROT, MACROCYCLET, MCYCLEPERIOD, MCYCLEREPEATS, NOINVERSION, GTHOMSONT, & 58:   &               TRAPT, NRANROT, MACROCYCLET, MCYCLEPERIOD, MCYCLEREPEATS, NOINVERSION, GTHOMSONT, &
 59:   &               RATETARGETT, MLP3T, NOPT, MKTRAPT, MLPB3T, NOTRANSROTT, MACROIONT 59:   &               RATETARGETT, MLP3T, NOPT, MKTRAPT, MLPB3T, NOTRANSROTT
 60: USE PORFUNCS  60: USE PORFUNCS 
 61: USE UTILS,ONLY : GETUNIT 61: USE UTILS,ONLY : GETUNIT
 62:  62: 
 63: IMPLICIT NONE 63: IMPLICIT NONE
 64:  64: 
 65: INTEGER :: MAXIMUMTRIES=10 65: INTEGER :: MAXIMUMTRIES=10
 66: INTEGER NATOMS, NPERM, PATOMS, NTRIES, BESTINVERT, I, LUNIT 66: INTEGER NATOMS, NPERM, PATOMS, NTRIES, BESTINVERT, I, LUNIT
 67: INTEGER INVERT, NORBIT1, NORBIT2, NCHOOSE2, NDUMMY, LPERM(NATOMS), J1, J2, NCHOOSE1, OPNUM, J3, NROTDONE 67: INTEGER INVERT, NORBIT1, NORBIT2, NCHOOSE2, NDUMMY, LPERM(NATOMS), J1, J2, NCHOOSE1, OPNUM, J3, NROTDONE
 68: INTEGER NORBITB1, NORBITB2, NCHOOSEB1, NCHOOSEB2 68: INTEGER NORBITB1, NORBITB2, NCHOOSEB1, NCHOOSEB2
 69:  69: 
614: !614: !
615: !  Now try the enantiomer (or xz reflected structure for PULLT.OR.EFIELDT.OR.TWOD).615: !  Now try the enantiomer (or xz reflected structure for PULLT.OR.EFIELDT.OR.TWOD).
616: !  The tests for NCHOOSE1 and NCHOOSE2 appear to be redundant!616: !  The tests for NCHOOSE1 and NCHOOSE2 appear to be redundant!
617: !617: !
618: IF ((NCHOOSE2.EQ.NORBIT2).AND.(NCHOOSE1.EQ.NORBIT1).AND.(INVERT.EQ.1)) THEN618: IF ((NCHOOSE2.EQ.NORBIT2).AND.(NCHOOSE1.EQ.NORBIT1).AND.(INVERT.EQ.1)) THEN
619: !619: !
620: ! don't try inversion for bulk or charmm or amber or frozen atoms620: ! don't try inversion for bulk or charmm or amber or frozen atoms
621: ! Inversion is allowed for all macrocycles in AMBER/CHARMM621: ! Inversion is allowed for all macrocycles in AMBER/CHARMM
622: !622: !
623: !  IF ((BULKT.OR.CHARMMT.OR.AMBERT.OR.(NFREEZE.GT.0)).AND.MACROCYCLET.EQV..FALSE.) GOTO 50 623: !  IF ((BULKT.OR.CHARMMT.OR.AMBERT.OR.(NFREEZE.GT.0)).AND.MACROCYCLET.EQV..FALSE.) GOTO 50 
624: ! for the macroion model, allow inversion (we use AMBER which does not allow it by default) 
625:    IF (MACROIONT.AND.NFREEZE.EQ.0) THEN 
626:     INVERT=-1 
627:     GOTO 60 
628:    END IF 
629: !624: !
630: !  Bug fix DJW 12/7/12. When MACROCYCLET was false all inversion tests were turned off!!625: !  Bug fix DJW 12/7/12. When MACROCYCLET was false all inversion tests were turned off!!
631: !626: !
632:    IF (NOINVERSION.OR.BULKT.OR.(CHARMMT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)).OR.(AMBERT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)) &627:    IF (NOINVERSION.OR.BULKT.OR.(CHARMMT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)).OR.(AMBERT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)) &
633:   &     .OR.(NFREEZE.GT.0).OR.NOTRANSROTT) GOTO 50 628:   &     .OR.(NFREEZE.GT.0).OR.NOTRANSROTT) GOTO 50 
634: !  IF (DEBUG) PRINT '(A)','minpermdist> inverting geometry for comparison with target'629: !  IF (DEBUG) PRINT '(A)','minpermdist> inverting geometry for comparison with target'
635:    INVERT=-1630:    INVERT=-1
636:    GOTO 60631:    GOTO 60
637: ENDIF632: ENDIF
638: MCYCLESTEP=MCYCLESTEP+1 633: MCYCLESTEP=MCYCLESTEP+1 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0