hdiff output

r31463/GMIN.tex 2016-11-07 16:30:18.875504505 +0000 r31462/GMIN.tex 2016-11-07 16:30:19.827517196 +0000
737: \item {\it FIXTEMP \/}: explicitly fixes the temperature. Only used if {\it FIXSTEP\/} is set, in 737: \item {\it FIXTEMP \/}: explicitly fixes the temperature. Only used if {\it FIXSTEP\/} is set, in 
738: which case using {\it FIXTEMP\/} gives a result equivalent to {\it FIXBOTH\/}.738: which case using {\it FIXTEMP\/} gives a result equivalent to {\it FIXBOTH\/}.
739: 739: 
740: \item {\it FNI \/}: specifies the Farkas potential for nickel.740: \item {\it FNI \/}: specifies the Farkas potential for nickel.
741: 741: 
742: \item {\it FRAUSI \/}: specifies a particular tight-binding potential for silicon.742: \item {\it FRAUSI \/}: specifies a particular tight-binding potential for silicon.
743: See also keyword {\it ANGSTROM\/}.743: See also keyword {\it ANGSTROM\/}.
744: 744: 
745: \item {\it FREEZE n1 n2 $\ldots$ \/}: freeze the coordinates of atoms {\it n1, n2,$\ldots$}. Atoms affected by FREEZE will not move during MC step taking, 745: \item {\it FREEZE n1 n2 $\ldots$ \/}: freeze the coordinates of atoms {\it n1, n2,$\ldots$}. Atoms affected by FREEZE will not move during MC step taking, 
746: or during minimisation as their gradients are set to zero.746: or during minimisation as their gradients are set to zero.
747: Frozen atoms may also be specified in a file {\tt frozen}. The first line of the file should contain the number of frozen atoms. Subsequent lines contain the atom indices to be frozen. 
748: 747: 
749: \item {\it FREEZEGROUP centre radius type\/}: If {\it type} is set as default to {\textrm GT}, {\it FREEZEGROUP\/} FREEZEs all atom greater than {\it radius} angstroms from the {\it centre} atom. {\it type} can also be set to LT to FREEZE all atoms within {\it radius} of {\it centre}.748: \item {\it FREEZEGROUP centre radius type\/}: If {\it type} is set as default to {\textrm GT}, {\it FREEZEGROUP\/} FREEZEs all atom greater than {\it radius} angstroms from the {\it centre} atom. {\it type} can also be set to LT to FREEZE all atoms within {\it radius} of {\it centre}.
750: 749: 
751: \item {\it FREEZERES n1 n2 $\ldots$ \/}: freeze the coordinates of all atoms in residues {\it n1, n2,$\ldots$}.750: \item {\it FREEZERES n1 n2 $\ldots$ \/}: freeze the coordinates of all atoms in residues {\it n1, n2,$\ldots$}.
752: 751: 
753: \item {\it FREEZEALL n1 n2 $\ldots$ \/}: freeze the coordinates of all atoms 752: \item {\it FREEZEALL n1 n2 $\ldots$ \/}: freeze the coordinates of all atoms 
754: 753: 
755: \item {\it UNFREEZE n1 n2 $\ldots$ \/}: unfreeze the coordinates of atoms {\it n1, n2,$\ldots$}. Only functions in conjunction with 754: \item {\it UNFREEZE n1 n2 $\ldots$ \/}: unfreeze the coordinates of atoms {\it n1, n2,$\ldots$}. Only functions in conjunction with 
756: {\it FREEZEALL\/}755: {\it FREEZEALL\/}
757: 756: 


r31463/keywords.f 2016-11-07 16:30:19.507512930 +0000 r31462/keywords.f 2016-11-07 16:30:20.471525781 +0000
 48:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS,  48:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS, 
 49:      &     PARSE_MLJ_PARAMS 49:      &     PARSE_MLJ_PARAMS
 50:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT 50:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT
 51:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE 51:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE
 52:       USE MOLECULAR_DYNAMICS, ONLY : MDT, MD_TSTEP, MD_GAMMA, MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_NSTEPS 52:       USE MOLECULAR_DYNAMICS, ONLY : MDT, MD_TSTEP, MD_GAMMA, MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_NSTEPS
 53:        53:       
 54:       IMPLICIT NONE 54:       IMPLICIT NONE
 55:  55: 
 56:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:), MLQMEAN(:) 56:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:), MLQMEAN(:)
 57:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4 57:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4
 58:       INTEGER DATA_UNIT, FUNIT 58:       INTEGER DATA_UNIT
 59:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX 59:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX
 60:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE 60:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE
 61:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, 61:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR,
 62:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT 62:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT
 63:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA  63:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA 
 64:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO 64:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO
 65:       CHARACTER WORD*16,PBC*3,WORD2*10 65:       CHARACTER WORD*16,PBC*3,WORD2*10
 66:       DOUBLE PRECISION EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0, DUMMY 66:       DOUBLE PRECISION EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0, DUMMY
 67:       COMMON /EAMLJCOMM/ EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0 67:       COMMON /EAMLJCOMM/ EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0
 68:       DOUBLE PRECISION SLENGTH, EPS 68:       DOUBLE PRECISION SLENGTH, EPS
3525:       ELSE IF (WORD.EQ.'FORCERIGID') THEN3525:       ELSE IF (WORD.EQ.'FORCERIGID') THEN
3526:          RIGID=.TRUE.3526:          RIGID=.TRUE.
3527: 3527: 
3528:       ELSE IF (WORD.EQ.'FRAUSI') THEN3528:       ELSE IF (WORD.EQ.'FRAUSI') THEN
3529:          FRAUSIT=.TRUE.3529:          FRAUSIT=.TRUE.
3530: !3530: !
3531: !  Frozen atoms.3531: !  Frozen atoms.
3532: !3532: !
3533:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZE') THEN3533:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZE') THEN
3534:          FREEZE=.TRUE.3534:          FREEZE=.TRUE.
3535:          ! Two modes of input. First option: frozen atoms are specified on the keyword line3535:          DO J1=1,NITEMS-1
3536:          IF(NITEMS.GT.1) THEN3536:             NFREEZE=NFREEZE+1
3537:             DO J1=1,NITEMS-13537:             CALL READI(NDUMMY)
3538:                NFREEZE=NFREEZE+13538:             FROZEN(NDUMMY)=.TRUE.
3539:                CALL READI(NDUMMY)3539:          ENDDO
3540:                FROZEN(NDUMMY)=.TRUE. 
3541:             ENDDO 
3542:          ELSE 
3543:             ! 2nd input mode: frozen atoms are listed in a file called 'frozen'. The first line 
3544:             ! of the file contains the number of frozen atoms, subsequent lines contain atoms to freeze 
3545:             INQUIRE(FILE='frozen',EXIST=YESNO) 
3546:             IF (YESNO) THEN 
3547:                FUNIT=GETUNIT() 
3548:                OPEN(FUNIT,FILE='frozen',STATUS='OLD') 
3549:                READ(FUNIT,*) NFREEZE 
3550:                DO J1=1,NFREEZE 
3551:                   READ(FUNIT,*) NDUMMY 
3552:                   FROZEN(NDUMMY)=.TRUE. 
3553:                ENDDO 
3554:             ELSE 
3555:                WRITE (*,'(A)') ' ERROR: FREEZE specified incorrectly' 
3556:                WRITE(*,*) "Specify frozen atoms either on the keyword line, or in a file called 'frozen'" 
3557:                STOP 
3558:             ENDIF 
3559:          ENDIF 
3560:  
3561:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZENODES') THEN3540:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZENODES') THEN
3562:          FREEZENODEST=.TRUE.3541:          FREEZENODEST=.TRUE.
3563:          CALL READF(FREEZETOL)3542:          CALL READF(FREEZETOL)
3564: 3543: 
3565: !3544: !
3566: ! sf344> unfreeze everything at the final quenches3545: ! sf344> unfreeze everything at the final quenches
3567: !3546: !
3568:       ELSE IF (WORD.EQ.'UNFREEZEFINALQ') THEN3547:       ELSE IF (WORD.EQ.'UNFREEZEFINALQ') THEN
3569:         UNFREEZEFINALQ=.TRUE.3548:         UNFREEZEFINALQ=.TRUE.
3570: !3549: !


r31463/OPTIM.tex 2016-11-07 16:30:19.191508718 +0000 r31462/OPTIM.tex 2016-11-07 16:30:20.151521516 +0000
1025: {\it t12fac\/}$>1$ then the two atoms are moved half way between the entrance and exit of their1025: {\it t12fac\/}$>1$ then the two atoms are moved half way between the entrance and exit of their
1026: collision, but their separation is rescaled to unity. See also RANSEED.1026: collision, but their separation is rescaled to unity. See also RANSEED.
1027: Used in {\it CONNECT\/} procedure only if {\it FIXD\/} is set and the two1027: Used in {\it CONNECT\/} procedure only if {\it FIXD\/} is set and the two
1028: minima to be connected are closer than {\it dthresh}.1028: minima to be connected are closer than {\it dthresh}.
1029: 1029: 
1030: \item {\it FRACTIONAL\/}: specifies fractional coordinates to be used in box length1030: \item {\it FRACTIONAL\/}: specifies fractional coordinates to be used in box length
1031:       optimisation for constant pressure runs using {\it PV\/}.1031:       optimisation for constant pressure runs using {\it PV\/}.
1032: 1032: 
1033: \item {\it FREEZE n1 n2 etc.\/}: specifies that atoms {\it n1, n2,\/} etc.~should be frozen.1033: \item {\it FREEZE n1 n2 etc.\/}: specifies that atoms {\it n1, n2,\/} etc.~should be frozen.
1034: Only works for LBFGS minimisation and BFGSTS if 3 or more non-linear atoms are frozen.1034: Only works for LBFGS minimisation and BFGSTS if 3 or more non-linear atoms are frozen.
1035: Frozen atoms may also be specified in a file {\tt frozen}. The first line of the file should contain the number of frozen atoms. Subsequent lines contain the atom indices to be frozen. 
1036: 1035: 
1037: \item {\it FREEZERES n1 n2 etc.\/}: specifies that residues {\it n1, n2,\/} etc.~should be frozen.1036: \item {\it FREEZERES n1 n2 etc.\/}: specifies that residues {\it n1, n2,\/} etc.~should be frozen.
1038: 1037: 
1039: \item {\it FREEZEGROUP centreatom radius mode\/}: specifies that all atoms outside ({\it mode = GT\/}, the default) 1038: \item {\it FREEZEGROUP centreatom radius mode\/}: specifies that all atoms outside ({\it mode = GT\/}, the default) 
1040: or within ({\it mode = LT\/}) a sphere of radius {\it radius\/} centred on atom {\it centreatom\/} should be frozen.1039: or within ({\it mode = LT\/}) a sphere of radius {\it radius\/} centred on atom {\it centreatom\/} should be frozen.
1041: Also produces a file {\it frozen.dat\/} containing the corresponding single atom FREEZE commands. 1040: Also produces a file {\it frozen.dat\/} containing the corresponding single atom FREEZE commands. 
1042: 1041: 
1043: \item {\it FREEZENODES tol\/}: For the double-ended transition state search1042: \item {\it FREEZENODES tol\/}: For the double-ended transition state search
1044: methods (NEB, DNEB, GS, ES), at each step freeze those nodes for which the RMS1043: methods (NEB, DNEB, GS, ES), at each step freeze those nodes for which the RMS
1045: perpendicular force, as a fraction of the RMS force over all the images, is1044: perpendicular force, as a fraction of the RMS force over all the images, is


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0