hdiff output

r31408/PATHSAMPLE.tex 2016-10-31 10:30:10.281049588 +0000 r31407/PATHSAMPLE.tex 2016-10-31 10:30:10.533052985 +0000
713: {\tt PATHSAMPLE.2.1\/}. {\it EDIFFTOL\/} specifies the same parameter.713: {\tt PATHSAMPLE.2.1\/}. {\it EDIFFTOL\/} specifies the same parameter.
714: 714: 
715: \item {\it EVCUT x\/}: tolerance for Hessian eigenvalues or frequencies read from715: \item {\it EVCUT x\/}: tolerance for Hessian eigenvalues or frequencies read from
716: a {\tt path.info} file by the {\bf getallpaths} subroutine.716: a {\tt path.info} file by the {\bf getallpaths} subroutine.
717: If an eigenvalue is detected that should belong to the positive set by lies below717: If an eigenvalue is detected that should belong to the positive set by lies below
718: {\it x\/} (default value $2\times10^{-6}$) the min-sad-min triple is skipped.718: {\it x\/} (default value $2\times10^{-6}$) the min-sad-min triple is skipped.
719: 719: 
720: \item {\it EXEC a\/}: name of the {\tt OPTIM} executable to be called by {\tt PATHSAMPLE}.720: \item {\it EXEC a\/}: name of the {\tt OPTIM} executable to be called by {\tt PATHSAMPLE}.
721: 721: 
722: \item {\it EXTRACTMIN n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from722: \item {\it EXTRACTMIN n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from
723: {\tt points.min} and write them to file {\tt extractedmin}. If the {\it CHARMM}723: {\tt points.min} and write them to file {\tt extractmin}. If the {\it CHARMM}
724: keyword is present then a pdb format {\tt extractedmin.pdb} will also be724: keyword is present then a pdb format {\tt extractedmin.pdb} will also be
725: produced. If $n\le0$ then all the minima are extracted to {\tt extractmin}.725: produced. If $n\le0$ then all the minima are extracted to {\tt extractmin}.
726: 726: 
727: \item {\it EXTRACTMINFILE\/}: extract the coordinates of minima  
728: listed in file {\tt extractmin} from 
729: {\tt points.min} and write them to file {\tt extractedmin}.  
730:  
731: \item {\it EXTRACTTS n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from727: \item {\it EXTRACTTS n\/}: extract the coordinates of minimum {\it n} from
732: {\tt points.ts} and write them to file {\tt extractts}.728: {\tt points.ts} and write them to file {\tt extractts}.
733: If the {\it CHARMM}729: If the {\it CHARMM}
734: keyword is present then a pdb format {\tt extractedts.pdb} will also be730: keyword is present then a pdb format {\tt extractedts.pdb} will also be
735: produced. If $n\le0$ then all the transition states are extracted to {\tt extractts}.731: produced. If $n\le0$ then all the transition states are extracted to {\tt extractts}.
736: 732: 
737: \item {\it FROMLOWEST (NOLABELS)}: reads GMIN {\tt lowest} files and writes PATHSAMPLE {\tt points.min}733: \item {\it FROMLOWEST (NOLABELS)}: reads GMIN {\tt lowest} files and writes PATHSAMPLE {\tt points.min}
738: and {\tt min.data} files. Frequencies are not currently calculated, and so {\it FROMLOWEST}734: and {\tt min.data} files. Frequencies are not currently calculated, and so {\it FROMLOWEST}
739: can only be used when {\it NOFRQS} is specified. If you GMIN lowest file does NOT contain atom labels735: can only be used when {\it NOFRQS} is specified. If you GMIN lowest file does NOT contain atom labels
740: at the start of each line, the NOLABELS option should be used.736: at the start of each line, the NOLABELS option should be used.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0