hdiff output

r31264/GMIN.tex 2016-10-12 12:30:10.909067850 +0100 r31263/GMIN.tex 2016-10-12 12:30:11.173071401 +0100
363: C$_{60}$.\cite{pachecor97} 363: C$_{60}$.\cite{pachecor97} 
364: {\it zstar\/} is the coefficient multiplying this term.364: {\it zstar\/} is the coefficient multiplying this term.
365: 365: 
366: \item {\it BASIN bgmax\/}: specifies a basin-hopping run (as opposed to standard MC366: \item {\it BASIN bgmax\/}: specifies a basin-hopping run (as opposed to standard MC
367: on the untransformed surface). {\it bgmax\/} is the convergence threshold367: on the untransformed surface). {\it bgmax\/} is the convergence threshold
368: on the RMS force in the basin-hopping368: on the RMS force in the basin-hopping
369: quenches. If this criterion is too strict then the run time will be greatly increased.369: quenches. If this criterion is too strict then the run time will be greatly increased.
370: If it is too sloppy then the performance of the algorithm is impaired. Different values370: If it is too sloppy then the performance of the algorithm is impaired. Different values
371: are needed for different potentials. {\it SLOPPYCONV} can be used instead.371: are needed for different potentials. {\it SLOPPYCONV} can be used instead.
372: 372: 
 373: \item {\it BASWAP Nwait Frac Nswaps\/}: After a waiting period of {\it Nwait\/} steps, the coordinates of up to {\it Nswaps\/} unlike atom pairs (picked completely at random) will be exchanged with probability {\it Frac\/}. (This will happen instead of the random cartesian displacement move.) If {\it Nswaps = 0\/}, then just a single pair of unlike atoms will exchange coordinates, and in the selection procedure each atom is weighted by a Boltzmann factor with the corresponding potential energy change as the argument. This scheme requires the knowledge of all per-atom energies in the current state, as well as the energy each atom will have if it (alone!) changes type. [NOTE: This is tailored for binary atomic systems interacting via a pair-potential, such as {\it BLJCLUSTER\_NOCUT\/} and {\it BGUPTAT\/}, but can also be applied to any other binary system with {\it 0 < NTYPEA < NATOMS\/}.]
 375: \item {\it BASWAPTEST}: prints useful information for benchmarking the effect of atom identity swaps in binary systems.
373: \item {\it BFGS}: specifies that the full BFGS minimiser should be used. Inefficient compared to LBFGS.377: \item {\it BFGS}: specifies that the full BFGS minimiser should be used. Inefficient compared to LBFGS.
374: 378: 
375: \item {\it BGUPTAT NTYPEA AAA PAA QAA ZAA R0AA}: One of the required keywords to specify a Binary Gupta run. 379: \item {\it BGUPTAT NTYPEA AAA PAA QAA ZAA R0AA}: One of the required keywords to specify a Binary Gupta run. 
376: NTYPEA is specified, followed by the potential parameters for the A-A interactions. See also BGUPTATAB and BGUPTATBB.380: NTYPEA is specified, followed by the potential parameters for the A-A interactions. See also BGUPTATAB and BGUPTATBB.
377: [NB: Per-atom energies will be stored.]381: [NB: Per-atom energies will be stored.]
378: 382: 
379: \item {\it BGUPTATAB AAB PAB QAB ZAB R0AB}: The line to specify the potential parameters for the A-B interactions 383: \item {\it BGUPTATAB AAB PAB QAB ZAB R0AB}: The line to specify the potential parameters for the A-B interactions 
380: for a Binary Gupta run.384: for a Binary Gupta run.
381: 385: 
382: \item {\it BGUPTATBB ABB PBB QBB ZBB R0BB}: Specifies the B-B interaction parameters.386: \item {\it BGUPTATBB ABB PBB QBB ZBB R0BB}: Specifies the B-B interaction parameters.
1015: {\it residuefile} should contain the list of residue numbers (one per line) that are involved in binding. When you have no 1019: {\it residuefile} should contain the list of residue numbers (one per line) that are involved in binding. When you have no 
1016: specific information, this can just mean those in close proximity to the binding site. {\it mode} is an optional arguement, which1020: specific information, this can just mean those in close proximity to the binding site. {\it mode} is an optional arguement, which
1017: defaults to ACCEPT. If REJECT is used instead, {\it HBONDMATRIX} will instead restrict sampling to the binding mode identified after1021: defaults to ACCEPT. If REJECT is used instead, {\it HBONDMATRIX} will instead restrict sampling to the binding mode identified after
1018: the initial quench. This can be used to optimise a single binding mode.1022: the initial quench. This can be used to optimise a single binding mode.
1019: 1023: 
1020: \item{\it HBONDSOFTCUT dloose dtight aloose atight\/}: used with {\it HBONDMATRIX} to specify a custom cutoff window for the1024: \item{\it HBONDSOFTCUT dloose dtight aloose atight\/}: used with {\it HBONDMATRIX} to specify a custom cutoff window for the
1021: hydrogen-bond analysis used by the {\it HBONDMATRIX} keyword to group structures. The default values for the four parameters are 1025: hydrogen-bond analysis used by the {\it HBONDMATRIX} keyword to group structures. The default values for the four parameters are 
1022: 3.05, 2.95, 115.0 and 120.0. It should be noted that the actual angles used in the analysis are $\pi-${\it aloose} and 1026: 3.05, 2.95, 115.0 and 120.0. It should be noted that the actual angles used in the analysis are $\pi-${\it aloose} and 
1023: $\pi-${\it atight}. This is why the looser angle cutoff is actually numerically smaller. 1027: $\pi-${\it atight}. This is why the looser angle cutoff is actually numerically smaller. 
1024: 1028: 
 1029: \item{\it HOMOREF smode gmode ncycles kmax\/}: performs homotop refinement for a binary system (with {\it NTYPEA\/} between 0 and {\it NATOMS\/}) using an iterated local search (ILS). The refinement happens every basin-hopping step, after the coordinates have been perturbed and quenched. It involves exchanging the coordinates of two unlike atoms until a termination condition is met. The termination conditions (and other specifics) depend on {\it smode\/}: {\it smode = 0\/} is steepest-descent-like, {\it smode = 1\/} is strictly downhill with a memory effect, and {\it smode = 2\/} is akin to the Kernighan-Lin procedure that can also climb uphill. {\it gmode\/} specifies the method for forecasting flip gains: {\it gmode = 2 \/} is brute-force enumeration of all swap gains on each step; {\it gmode = 1 \/} utilises a sequence of flips with each flip gain evaluated exactly; and {\it gmode = 0\/} is also based on a sequence of flips, with each flip gain approximated to achieve more efficient but less reliable results. The maximum length of the flip sequence is specified by {\it kmax}. Finally, {\it ncycles\/} specifies the desired number of search restarts (i.e. cycles), and, if {\it ncycles\/} exceeds one, then a random permutation operator will be used to perturb the best solution encountered so far, with the result used to initialise the next cycle.
 1031: \item{\it HOMOREFTEST\/}: prints extra info for testing HOMOREF.
 1033: \item{\it HOMOREFCHECK\/}: specifies that a converged sequence of flips during homotop refinement is to be checked by evaluating all the swap gains for the final solution. The check is passed only if all the swap gains are non-negative. (This is intended for {\it HOMOREF} with {\it gmode} set to 0 or 1.)
 1035: \item{\it HOMOREF\_AUX nswaps temp factor nncut \/}: specifies that an auxiliary basin-hopping run with {\it nswaps\/} exchanges is to be performed after each random permutation step during homotop refinement (see {\it HOMOREF\/}). The basin-hopping procedure is rejection-free, with each atom $i$ weighted by a Boltzmann factor $\exp$($\Delta\Phi_{i}$/{\it temp\/}), where {\it temp} behaves like temperature, and $\Delta \Phi$ is a change in an auxiliary bond-counting potential constructed from and averaged over the previously encountered locally optimal homotops. {\it factor \/} is a multiplicative factor used to update the temperature after each exchange. {\it nncut \/} is the nearest neighbour cutoff distance used in the construction of the auxiliary bond-counting potential.    
1025: \item{\it HYBRIDMIN rigidconv\/}: enables hybrid rigid body/all-atom minimisation when using {\it RIGIDINIT}. {\it rigidconv} is1037: \item{\it HYBRIDMIN rigidconv\/}: enables hybrid rigid body/all-atom minimisation when using {\it RIGIDINIT}. {\it rigidconv} is
1026: the RMS force convergence criterion for the rigid body minimisation. Once converged, an all-atom minimisation begins using the1038: the RMS force convergence criterion for the rigid body minimisation. Once converged, an all-atom minimisation begins using the
1027: convergence specified in {\it SLOPPYCONV}. The final quenches are done atomistically.1039: convergence specified in {\it SLOPPYCONV}. The final quenches are done atomistically.
1028: 1040: 
1029: \item{\it INTFREEZE x n}: used with QCI to freeze atoms if they are within a distance1041: \item{\it INTFREEZE x n}: used with QCI to freeze atoms if they are within a distance
1030: {\it x} (default 0.001) in the endpoints after alignment. 1042: {\it x} (default 0.001) in the endpoints after alignment. 
1031: Freezing is off by default, and only applied if at least {\i n} atoms would be1043: Freezing is off by default, and only applied if at least {\i n} atoms would be
1032: frozen (default 10).1044: frozen (default 10).
1033: 1045: 
1034: \item{\it MAXCON n\/} specifies the maximum number of distance constraints for any atom1046: \item{\it MAXCON n\/} specifies the maximum number of distance constraints for any atom
1720: equilibrium distance for the given potential. The formula employed is1732: equilibrium distance for the given potential. The formula employed is
1721: $$  RADIUS=r_e\left[1 + \left(3 n \over 4\pi\sqrt{2}\right)^{1/3}\right], $$1733: $$  RADIUS=r_e\left[1 + \left(3 n \over 4\pi\sqrt{2}\right)^{1/3}\right], $$
1722: where $n$ is the number of atoms and $r_e$ is the pair equilibrium1734: where $n$ is the number of atoms and $r_e$ is the pair equilibrium
1723: separation.\cite{kittel76} The `1' in this formula is to allow some extra space for1735: separation.\cite{kittel76} The `1' in this formula is to allow some extra space for
1724: more open structures.1736: more open structures.
1725: 1737: 
1726: \item {\it RANDOMSEED\/}: specifies that the random number generator should be seeded with system time after each quench, allowing simple parallel use. Currently functional only for the CHARMM and AMBER potentials.1738: \item {\it RANDOMSEED\/}: specifies that the random number generator should be seeded with system time after each quench, allowing simple parallel use. Currently functional only for the CHARMM and AMBER potentials.
1727: 1739: 
1728: \item {\it RANSEED i\/}: integer seed for the random number generator. The number actually used is mod({\it i\/},10000)+1.1740: \item {\it RANSEED i\/}: integer seed for the random number generator. The number actually used is mod({\it i\/},10000)+1.
1729: 1741: 
 1742: \item{\it RANDPERM}: swap coordinates of randomly-picked unlike atom pairs in a binary system. The total number of pair swaps is randomly chosen from the interval $[0.5*N, N]$, where $N = MIN(NTYPEA,NATOMS-NTYPEA)$, and then rounded up to the nearest integer. This can be used as a ``random permutation''-type move (and in conjunction with a random cartesian displacement).
1730: \item{\it RANDMULTIPERM n\/}: randomly permute atomic labels every {\it n\/} basin-hopping steps. Intended for use in conjunction with keyword {\it QALCS\/}. 1744: \item{\it RANDMULTIPERM n\/}: randomly permute atomic labels every {\it n\/} basin-hopping steps. Intended for use in conjunction with keyword {\it QALCS\/}. 
1731: 1745: 
1732: \item {\it RATIO stepratio tempratio\/}: adjusts stepsize and temperature independently.1746: \item {\it RATIO stepratio tempratio\/}: adjusts stepsize and temperature independently.
1733: {\it stepratio} is the target fraction of steps that move into a different well. Identity of1747: {\it stepratio} is the target fraction of steps that move into a different well. Identity of
1734: structures is determined by structural alignment; as such, the {\it PERMDIST} keyword and1748: structures is determined by structural alignment; as such, the {\it PERMDIST} keyword and
1735: appropriate auxiliary files are required. {\it tempratio} is the target acceptance ratio for1749: appropriate auxiliary files are required. {\it tempratio} is the target acceptance ratio for
1736: those steps that move into new basins. If a negative number is supplied for either, the1750: those steps that move into new basins. If a negative number is supplied for either, the
1737: ratios is printed, but the corresponding parameter is not adjusted.1751: ratios is printed, but the corresponding parameter is not adjusted.
1738: 1752: 
1739: \item {\it RBSYM\/}: specifies that internal symmetry operations permuting equivalent sites for1753: \item {\it RBSYM\/}: specifies that internal symmetry operations permuting equivalent sites for

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0