hdiff output

r31204/finalio.f90 2016-09-26 17:30:14.141900983 +0100 r31203/finalio.f90 2016-09-26 17:30:15.129914171 +0100
608:         ELSE 608:         ELSE 
609:            ! Pass the name, length of the string and whether or not to write a header.609:            ! Pass the name, length of the string and whether or not to write a header.
610:            CALL AMBER12_WRITE_XYZ(QMINP(J1,:), 'lowest', LEN('lowest'), LOGICAL(.FALSE.,KIND=1))610:            CALL AMBER12_WRITE_XYZ(QMINP(J1,:), 'lowest', LEN('lowest'), LOGICAL(.FALSE.,KIND=1))
611:         END IF611:         END IF
612:      ELSE IF (AMBERT) THEN612:      ELSE IF (AMBERT) THEN
613:         ! sf344> write out coordinates613:         ! sf344> write out coordinates
614:         COORDS1(1:3*NATOMS) = QMINP(J1,1:3*NATOMS)614:         COORDS1(1:3*NATOMS) = QMINP(J1,1:3*NATOMS)
615:         IF (DUMPSTRUCTURES) THEN615:         IF (DUMPSTRUCTURES) THEN
616:            WRITE(J1CHAR2,'(I3)') J1616:            WRITE(J1CHAR2,'(I3)') J1
617:            IF (MPIT) THEN617:            IF (MPIT) THEN
618:               CALL AMBERFINALIO(j1,MYUNIT2,MYNODE+1,tempstring,1,COORDS1(1:3*NATOMS))618:               CALL AMBERFINALIO(j1,20,MYNODE+1,tempstring,0,COORDS1(1:3*NATOMS))
619:               WRITE (ISTR, '(I10)') MYNODE+1619:               WRITE (ISTR, '(I10)') MYNODE+1
620:               MYUNIT3=GETUNIT()620:               MYUNIT3=GETUNIT()
621:               MYFILENAME2='coords.'//TRIM(ADJUSTL(J1CHAR2))//'.'//trim(adjustl(istr))621:               MYFILENAME2='coords.'//TRIM(ADJUSTL(J1CHAR2))//'.'//trim(adjustl(istr))
622:               OPEN(MYUNIT3,FILE=trim(adjustl(MYFILENAME2)), STATUS="unknown", form="formatted")622:               OPEN(MYUNIT3,FILE=trim(adjustl(MYFILENAME2)), STATUS="unknown", form="formatted")
623:            ELSE623:            ELSE
624:               CALL AMBERFINALIO(j1,MYUNIT2,MYNODE+1,tempstring,0,COORDS1(1:3*NATOMS))624:               CALL AMBERFINALIO(j1,MYUNIT2,MYNODE+1,tempstring,0,COORDS1(1:3*NATOMS))
625:               MYUNIT3=GETUNIT()625:               MYUNIT3=GETUNIT()
626:               MYFILENAME2='coords.'//TRIM(ADJUSTL(J1CHAR2))626:               MYFILENAME2='coords.'//TRIM(ADJUSTL(J1CHAR2))
627:               OPEN(MYUNIT3,FILE=trim(adjustl(MYFILENAME2)), STATUS="unknown", form="formatted")627:               OPEN(MYUNIT3,FILE=trim(adjustl(MYFILENAME2)), STATUS="unknown", form="formatted")
628:            END IF628:            END IF


r31204/keywords.f 2016-09-26 17:30:14.393904347 +0100 r31203/keywords.f 2016-09-26 17:30:15.381917537 +0100
 25:       use MODMXATMS   ! NEEDED FOR charmm 25:       use MODMXATMS   ! NEEDED FOR charmm
 26:       USE modcharmm 26:       USE modcharmm
 27:       USE TWIST_MOD 27:       USE TWIST_MOD
 28: !       sf344> AMBER additions 28: !       sf344> AMBER additions
 29:       USE modamber9, only : coords1,amberstr,amberstr1,mdstept,inpcrd,amberenergiest, nocistransdna, nocistransrna, 29:       USE modamber9, only : coords1,amberstr,amberstr1,mdstept,inpcrd,amberenergiest, nocistransdna, nocistransrna,
 30:      &                      uachiral, ligrotscale, setchiral, STEEREDMINT, SMINATOMA, SMINATOMB, SMINK, SMINKINC, 30:      &                      uachiral, ligrotscale, setchiral, STEEREDMINT, SMINATOMA, SMINATOMB, SMINK, SMINKINC,
 31:      &                      SMINDISTSTART, SMINDISTFINISH, natomsina, natomsinb, natomsinc, atomsinalist, atomsinblist, 31:      &                      SMINDISTSTART, SMINDISTFINISH, natomsina, natomsinb, natomsinc, atomsinalist, atomsinblist,
 32:      &                      atomsinclist, atomsinalistlogical, atomsinblistlogical, atomsinclistlogical, ligcartstep, 32:      &                      atomsinclist, atomsinalistlogical, atomsinblistlogical, atomsinclistlogical, ligcartstep,
 33:      &                      ligtransstep, ligmovefreq, amchnmax, amchnmin, amchpmax, amchpmin, rotamert, rotmaxchange, 33:      &                      ligtransstep, ligmovefreq, amchnmax, amchnmin, amchpmax, amchpmin, rotamert, rotmaxchange,
 34:      &                      rotcentre, rotpselect, rotoccuw, rotcutoff, setchiralgeneric, PRMTOP, IGB, RGBMAX, CUT, 34:      &                      rotcentre, rotpselect, rotoccuw, rotcutoff, setchiralgeneric, PRMTOP, IGB, RGBMAX, CUT,
 35:      &                      SALTCON, macroiont, nmacroions, macroiondist 35:      &                      SALTCON
 36:       USE modamber 36:       USE modamber
 37:       USE PORFUNCS 37:       USE PORFUNCS
 38:       USE MYGA_PARAMS 38:       USE MYGA_PARAMS
 39:       USE BGUPMOD 39:       USE BGUPMOD
 40:       USE GLJYMOD 40:       USE GLJYMOD
 41:       USE CHIRO_MODULE, ONLY: CHIRO_SIGMA, CHIRO_MU, CHIRO_GAMMA, CHIRO_L 41:       USE CHIRO_MODULE, ONLY: CHIRO_SIGMA, CHIRO_MU, CHIRO_GAMMA, CHIRO_L
 42:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT 42:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT
 43:       USE SWMOD, ONLY: SWINIT, MWINIT 43:       USE SWMOD, ONLY: SWINIT, MWINIT
 44:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS, 44:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS,
 45:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA 45:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA
2410:            if (natomsinb.gt.0) then2410:            if (natomsinb.gt.0) then
2411:               do i=1,natomsinc2411:               do i=1,natomsinc
2412:                  atomsinclistlogical(atomsinclist(i))=.true.2412:                  atomsinclistlogical(atomsinclist(i))=.true.
2413:               end do2413:               end do
2414:            endif2414:            endif
2415: ! write some output for the user2415: ! write some output for the user
2416:            WRITE(MYUNIT,'(A15,I6,A46)') ' keyword> ligand defined with ',nmovableatoms,' atoms'2416:            WRITE(MYUNIT,'(A15,I6,A46)') ' keyword> ligand defined with ',nmovableatoms,' atoms'
2417:            IF(natomsina.GT.0) WRITE(MYUNIT,'(A10,I6,A64)') ' keyword> ',natomsina,' atoms in group A'2417:            IF(natomsina.GT.0) WRITE(MYUNIT,'(A10,I6,A64)') ' keyword> ',natomsina,' atoms in group A'
2418:            IF(natomsinb.GT.0) WRITE(MYUNIT,'(A10,I6,A63)') ' keyword> ',natomsinb,' atoms in group B'2418:            IF(natomsinb.GT.0) WRITE(MYUNIT,'(A10,I6,A63)') ' keyword> ',natomsinb,' atoms in group B'
2419:            IF(natomsinc.GT.0) WRITE(MYUNIT,'(A10,I6,A63)') ' keyword> ',natomsinc,' atoms in group C'2419:            IF(natomsinc.GT.0) WRITE(MYUNIT,'(A10,I6,A63)') ' keyword> ',natomsinc,' atoms in group C'
2420:  
2421: ! sf344> model for macroions. Syntax: MACROION nmacroions macroiondist  
2422: !        Should be used in conjunction with LIGMOVE                      
2423:       ELSE IF(WORD.EQ.'MACROION') THEN 
2424:         MACROIONT=.TRUE. 
2425:         BLOCKMOVET=.TRUE. 
2426:         CALL READI(nmacroions)   ! number of macroions in the system (the topology file should contain these first!) 
2427:         CALL READF(macroiondist) ! distance threshold for determining bound pairs of macroions-counterions in TAKESTEPAMBER 
2428:         WRITE(MYUNIT,'(A15,I6,A46)') ' keyword> ligand defined with ',nmovableatoms,' atoms' 
2429: ! sf344> keyword for taking moves between quenches in which one part of the molecule is moved2420: ! sf344> keyword for taking moves between quenches in which one part of the molecule is moved
2430: ! csw34> updated on 29th September 2009 to allow local cartesian moves 2421: ! csw34> updated on 29th September 2009 to allow local cartesian moves 
2431:       ELSE IF(WORD.EQ.'LIGMOVE') THEN2422:       ELSE IF(WORD.EQ.'LIGMOVE') THEN
2432:         LIGMOVET=.TRUE.2423:         LIGMOVET=.TRUE.
2433:         IF (NITEMS.GT.1) THEN2424:         IF (NITEMS.GT.1) THEN
2434:            CALL READF(ligrotscale)2425:            CALL READF(ligrotscale)
2435:         ENDIF2426:         ENDIF
2436:         IF (NITEMS.GT.2) THEN2427:         IF (NITEMS.GT.2) THEN
2437:            CALL READF(ligcartstep)2428:            CALL READF(ligcartstep)
2438:         ENDIF2429:         ENDIF


r31204/modamber9.f90 2016-09-26 17:30:14.637907605 +0100 r31203/modamber9.f90 2016-09-26 17:30:15.629920837 +0100
386: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_BONDS_INC_HYDROGEN(:, :)386: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_BONDS_INC_HYDROGEN(:, :)
387: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_BONDS_WITHOUT_HYDROGEN(:, :)387: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_BONDS_WITHOUT_HYDROGEN(:, :)
388: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_BONDS_ALL(:, :)388: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_BONDS_ALL(:, :)
389: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_ANGLES_INC_HYDROGEN(:, :)389: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_ANGLES_INC_HYDROGEN(:, :)
390: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN(:, :)390: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN(:, :)
391: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_ANGLES_ALL(:, :)391: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_ANGLES_ALL(:, :)
392: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_DIHEDRALS_INC_HYDROGEN(:, :)392: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_DIHEDRALS_INC_HYDROGEN(:, :)
393: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN(:, :)393: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN(:, :)
394: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_DIHEDRALS_ALL(:, :)394: INTEGER, ALLOCATABLE          :: AMBER9_DIHEDRALS_ALL(:, :)
395: 395: 
396: ! variables for macroions 
397:  
398: LOGICAL                       :: MACROIONT 
399: INTEGER                       :: nmacroions 
400: DOUBLE PRECISION              :: macroiondist 
401:  
402: END MODULE MODAMBER9 396: END MODULE MODAMBER9 
403: 397: 


r31204/perc.f90 2016-09-26 17:30:14.889910968 +0100 r31203/perc.f90 2016-09-26 17:30:15.877924156 +0100
 32:  32: 
 33:   IF(MODULART) THEN 33:   IF(MODULART) THEN
 34:     NSITES = MODULARCURRENTN  34:     NSITES = MODULARCURRENTN 
 35:   ELSE 35:   ELSE
 36:     NSITES = NATOMS 36:     NSITES = NATOMS
 37:   END IF 37:   END IF
 38:   IF (RIGID) THEN 38:   IF (RIGID) THEN
 39:     NSITES = NSITES/2 39:     NSITES = NSITES/2
 40:   ENDIF 40:   ENDIF
 41: ! WRITE(MYUNIT,'(A,2L5,3I6)') 'MODULART,RIGID,NSITES,NATOMS,MODULARCURRENTN=',MODULART,RIGID,NSITES,NATOMS,MODULARCURRENTN 41: ! WRITE(MYUNIT,'(A,2L5,3I6)') 'MODULART,RIGID,NSITES,NATOMS,MODULARCURRENTN=',MODULART,RIGID,NSITES,NATOMS,MODULARCURRENTN
 42:   IF(ALLOCATED(NDIST1)) DEALLOCATE(NDIST1) 42: 
 43:   ALLOCATE(NDIST1(NSITES), CON(NSITES,NSITES)) 43:   ALLOCATE(NDIST1(NSITES), CON(NSITES,NSITES))
 44:  44: 
 45:   CON(1:NSITES,1:NSITES)=.FALSE. 45:   CON(1:NSITES,1:NSITES)=.FALSE.
 46:   DO J1=1,NSITES 46:   DO J1=1,NSITES
 47:     DO J2=J1+1,NSITES 47:     DO J2=J1+1,NSITES
 48:       DUMMY=(P(3*(J2-1)+1)-P(3*(J1-1)+1))**2+(P(3*(J2-1)+2)-P(3*(J1-1)+2))**2+(P(3*(J2-1)+3)-P(3*(J1-1)+3))**2 48:       DUMMY=(P(3*(J2-1)+1)-P(3*(J1-1)+1))**2+(P(3*(J2-1)+2)-P(3*(J1-1)+2))**2+(P(3*(J2-1)+3)-P(3*(J1-1)+3))**2
 49:       IF (DUMMY.LT.PERCCUT) THEN 49:       IF (DUMMY.LT.PERCCUT) THEN
 50:         CON(J2,J1)=.TRUE. 50:         CON(J2,J1)=.TRUE.
 51:         CON(J1,J2)=.TRUE. 51:         CON(J1,J2)=.TRUE.
 52: !       IF (DEBUG) WRITE(MYUNIT,'(A,2I8)') 'perc> connecting atoms ',J1,J2 52: !       IF (DEBUG) WRITE(MYUNIT,'(A,2I8)') 'perc> connecting atoms ',J1,J2
 91:   IF (NUNCON1.GT.0) THEN 91:   IF (NUNCON1.GT.0) THEN
 92:      PERCT=.FALSE. 92:      PERCT=.FALSE.
 93: !    IF (DEBUG) WRITE(MYUNIT,'(3G20.10)') P(1:3*NATOMS) 93: !    IF (DEBUG) WRITE(MYUNIT,'(3G20.10)') P(1:3*NATOMS)
 94:      IF (DEBUG) THEN 94:      IF (DEBUG) THEN
 95:         DO J1=1,NSITES 95:         DO J1=1,NSITES
 96:            WRITE(MYUNIT,'(2I6,3G20.10)') J1,NDIST1(J1),P(3*(J1-1)+1),P(3*(J1-1)+2),P(3*(J1-1)+3) 96:            WRITE(MYUNIT,'(2I6,3G20.10)') J1,NDIST1(J1),P(3*(J1-1)+1),P(3*(J1-1)+2),P(3*(J1-1)+3)
 97:         ENDDO 97:         ENDDO
 98:      ENDIF 98:      ENDIF
 99:   ENDIF 99:   ENDIF
100: 100: 
101:   DEALLOCATE(NDIST1,CON) 
102:  
103: END SUBROUTINE PERC101: END SUBROUTINE PERC


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0