hdiff output

r31143/perm-pdb.py 2016-09-13 17:30:08.839885080 +0100 r31142/perm-pdb.py 2016-09-13 17:30:09.095887869 +0100
 22: elif (sys.argv[2].upper() == 'AMBER'):  22: elif (sys.argv[2].upper() == 'AMBER'): 
 23:    amber = True 23:    amber = True
 24: else: 24: else:
 25:    print 'ERROR: Second argument must be either CHARMM or AMBER' 25:    print 'ERROR: Second argument must be either CHARMM or AMBER'
 26:    sys.exit() 26:    sys.exit()
 27:  27: 
 28: print '\n---------------------------------------------------------------------------' 28: print '\n---------------------------------------------------------------------------'
 29: print 'Please check if names of terminal residues for proteins contain \'N\' and \'C\'' 29: print 'Please check if names of terminal residues for proteins contain \'N\' and \'C\''
 30: print 'for N and C terminus, respectively. If not, please change them, e.g. ALA -> ' 30: print 'for N and C terminus, respectively. If not, please change them, e.g. ALA -> '
 31: print 'NALA or CALA. Otherwise they will be treated as not terminal residues' 31: print 'NALA or CALA. Otherwise they will be treated as not terminal residues'
 32: print 'If you are using NME as termini cap, please check for errors!' 
 33: print '---------------------------------------------------------------------------\n' 32: print '---------------------------------------------------------------------------\n'
 34:  33: 
 35: out=open('perm.allow','w') 34: out=open('perm.allow','w')
 36:  35: 
 37: class Atom: 36: class Atom:
 38:   name="" 37:   name=""
 39:   index =0 38:   index =0
 40:   acidname="" 39:   acidname=""
 41:   def __str__(this): 40:   def __str__(this):
 42:     return this.name 41:     return this.name
 99:     count=2      # number of permutable atoms 98:     count=2      # number of permutable atoms
100:     groupcount=0 # number of permutable atoms in group 99:     groupcount=0 # number of permutable atoms in group
101:     swap=0       # number of other pairs of atoms that must swap if the first pair is permuted100:     swap=0       # number of other pairs of atoms that must swap if the first pair is permuted
102:     group2=[]101:     group2=[]
103:     swap2=0102:     swap2=0
104:     groupcount2=0103:     groupcount2=0
105: 104: 
106:     ###############105:     ###############
107:     ## amino acids106:     ## amino acids
108:     ###############107:     ###############
109:     if ATMlist[0].acidname in ['NGL', 'CGL', 'NAR' , 'CAR' , 'NVA' ,'CVA' , 'NAS' , 'CAS' , 'NLE' , 'CLE' , 'NLY' , 'CLY' , 'NCY' , 'CCY' , 'NPR' , 'CPR' , 'NTH' , 'CTH' , 'NAL' , 'CAL' , 'NHS' , 'CHS' , 'NHI' , 'CHI', 'NTR', 'CTR' , 'NSE' , 'CSE' , 'NIL', 'CIL' , 'NME' , 'CME' , 'NPH' , 'CPH' , 'NTY' , 'CTY' , 'CHY' , 'NHY']:108:     if ATMlist[0].acidname in ['NGL', 'CGL', 'NAR' , 'CAR' , 'NVA' ,'CVA' , 'NAS' , 'CAS' , 'NLE' , 'CLE' , 'NLY' , 'CLY' , 'NCY' , 'CCY' , 'NPR' , 'CPR' , 'NTH' , 'CTH' , 'NAL' , 'CAL' , 'NHS' , 'CHS' , 'NHI' , 'CHI', 'NTR', 'CTR' , 'NSE' , 'CSE' , 'NIL', 'CIL' , 'NMET' , 'CME' , 'NPH' , 'CPH' , 'NTY' , 'CTY' , 'CHY' , 'NHY']:
110:        ATMlist[0].acidname = ATMlist[0].acidname_ter109:        ATMlist[0].acidname = ATMlist[0].acidname_ter
111:     if(ATMlist[0].acidname=='GLN'):110:     if(ATMlist[0].acidname=='GLN'):
112:       atnum.append(ATMlist[5].index)111:       atnum.append(ATMlist[5].index)
113:       atnum.append(ATMlist[6].index)112:       atnum.append(ATMlist[6].index)
114:       count2=2113:       count2=2
115:       atnum2.append(ATMlist[8].index)114:       atnum2.append(ATMlist[8].index)
116:       atnum2.append(ATMlist[9].index)115:       atnum2.append(ATMlist[9].index)
117:       if (amber):116:       if (amber):
118:          count3=2117:          count3=2
119:          atnum3.append(ATMlist[13].index)118:          atnum3.append(ATMlist[13].index)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0