hdiff output

r31035/perm-prmtop.ff03.py 2016-08-18 12:30:12.996010352 +0100 r31034/perm-prmtop.ff03.py 2016-08-18 12:30:13.492017021 +0100
164:       d0 = '-'+dihedrals[j][0]164:       d0 = '-'+dihedrals[j][0]
165:       d1 = dihedrals[j][1]165:       d1 = dihedrals[j][1]
166:       d3 = dihedrals[j][3][1:]166:       d3 = dihedrals[j][3][1:]
167:       dihedrals[j][0] = d1167:       dihedrals[j][0] = d1
168:       dihedrals[j][1] = d3168:       dihedrals[j][1] = d3
169:       dihedrals[j][3] = d0169:       dihedrals[j][3] = d0
170: 170: 
171: ####################################171: ####################################
172: ## reading all_amino02.lib library172: ## reading all_amino02.lib library
173: ####################################173: ####################################
174: print '\nCheck that you use the provided modified libraries, and not the default AMBER libraries.\n' 
175: 174: 
176: print '\nDear user, please notice that only residues from the following libraries are taken into account:'175: print '\nDear user, please notice that only residues from the following libraries are taken into account:'
177: print '  ions94.lib'176: print '  ions94.lib'
178: 177: 
179: print '  all_amino03.lib'178: print '  all_amino03.lib'
180: aalib = open("%s/all_amino03.lib" % path).read()179: aalib = open("%s/all_amino03.lib" % path).read()
181: aa = string.split(aalib, "\n")180: aa = string.split(aalib, "\n")
182: q1 = aa.index("!!index array str")181: q1 = aa.index("!!index array str")
183: q2 = aa.index("!entry.ACE.unit.atoms table  str name  str type  int typex  int resx  int flags  int seq  int elmnt  dbl chg")182: q2 = aa.index("!entry.ACE.unit.atoms table  str name  str type  int typex  int resx  int flags  int seq  int elmnt  dbl chg")
184: 183: 


r31035/perm-prmtop.ff14.py 2016-08-18 12:30:13.244013686 +0100 r31034/perm-prmtop.ff14.py 2016-08-18 12:30:13.908022625 +0100
166:       d0 = '-'+dihedrals[j][0]166:       d0 = '-'+dihedrals[j][0]
167:       d1 = dihedrals[j][1]167:       d1 = dihedrals[j][1]
168:       d3 = dihedrals[j][3][1:]168:       d3 = dihedrals[j][3][1:]
169:       dihedrals[j][0] = d1169:       dihedrals[j][0] = d1
170:       dihedrals[j][1] = d3170:       dihedrals[j][1] = d3
171:       dihedrals[j][3] = d0171:       dihedrals[j][3] = d0
172: 172: 
173: ####################################173: ####################################
174: ## reading amino12.lib library174: ## reading amino12.lib library
175: ####################################175: ####################################
176: print '\nCheck that you use the provided modified libraries, and not the default AMBER libraries.\n'176: 
177: print '\nDear user, please notice that only residues from the following libraries are taken into account:'177: print '\nDear user, please notice that only residues from the following libraries are taken into account:'
178: print '  ions94.lib'178: print '  ions94.lib'
179: 179: 
180: print '  amino12.lib'180: print '  amino12.lib'
181: aalib = open("%s/amino12.lib" % path).read()181: aalib = open("%s/amino12.lib" % path).read()
182: aa = string.split(aalib, "\n")182: aa = string.split(aalib, "\n")
183: q1 = aa.index("!!index array str")183: q1 = aa.index("!!index array str")
184: q2 = aa.index("!entry.ALA.unit.atoms table  str name  str type  int typex  int resx  int flags  int seq  int elmnt  dbl chg")184: q2 = aa.index("!entry.ALA.unit.atoms table  str name  str type  int typex  int resx  int flags  int seq  int elmnt  dbl chg")
185: 185: 
186: aaNames = [] # amino acid names186: aaNames = [] # amino acid names


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0