hdiff output

r31029/perm-pdb.py 2016-08-17 12:30:08.424343722 +0100 r31028/perm-pdb.py 2016-08-17 12:30:08.672347084 +0100
 98:     count=2      # number of permutable atoms 98:     count=2      # number of permutable atoms
 99:     groupcount=0 # number of permutable atoms in group 99:     groupcount=0 # number of permutable atoms in group
100:     swap=0       # number of other pairs of atoms that must swap if the first pair is permuted100:     swap=0       # number of other pairs of atoms that must swap if the first pair is permuted
101:     group2=[]101:     group2=[]
102:     swap2=0102:     swap2=0
103:     groupcount2=0103:     groupcount2=0
104: 104: 
105:     ###############105:     ###############
106:     ## amino acids106:     ## amino acids
107:     ###############107:     ###############
108:     if ATMlist[0].acidname in ['NGL', 'CGL', 'NAR' , 'CAR' , 'NVA' ,'CVA' , 'NAS' , 'CAS' , 'NLE' , 'CLE' , 'NLY' , 'CLY' , 'NCY' , 'CCY' , 'NPR' , 'CPR' , 'NTH' , 'CTH' , 'NAL' , 'CAL' , 'NHS' , 'CHS' , 'NHI' , 'CHI', 'NTR', 'CTR' , 'NSE' , 'CSE' , 'NIL', 'CIL' , 'NMET' , 'CME' , 'NPH' , 'CPH' , 'NTY' , 'CTY' , 'CHY' , 'NHY']:108:     if ATMlist[0].acidname in ['NGL', 'CGL', 'NAR' , 'CAR' , 'NVA' ,'CVA' , 'NAS' , 'CAS' , 'NLE' , 'CLE' , 'NLY' , 'CLY' , 'NCY' , 'CCY' , 'NPR' , 'CPR' , 'NTH' , 'CTH' , 'NAL' , 'CAL' , 'NHS' , 'CHS' , 'NHI' , 'CHI', 'NTR', 'CTR' , 'NSE' , 'CSE' , 'NIL', 'CIL' , 'NME' , 'CME' , 'NPH' , 'CPH' , 'NTY' , 'CTY' , 'CHY' , 'NHY']:
109:        ATMlist[0].acidname = ATMlist[0].acidname_ter109:        ATMlist[0].acidname = ATMlist[0].acidname_ter
110:     if(ATMlist[0].acidname=='GLN'):110:     if(ATMlist[0].acidname=='GLN'):
111:       atnum.append(ATMlist[5].index)111:       atnum.append(ATMlist[5].index)
112:       atnum.append(ATMlist[6].index)112:       atnum.append(ATMlist[6].index)
113:       count2=2113:       count2=2
114:       atnum2.append(ATMlist[8].index)114:       atnum2.append(ATMlist[8].index)
115:       atnum2.append(ATMlist[9].index)115:       atnum2.append(ATMlist[9].index)
116:       if (amber):116:       if (amber):
117:          count3=2117:          count3=2
118:          atnum3.append(ATMlist[13].index)118:          atnum3.append(ATMlist[13].index)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0