hdiff output

r30619/commons.f90 2016-06-20 08:30:10.081215218 +0100 r30618/commons.f90 2016-06-20 08:30:10.649222808 +0100
113:      &        PTRANDOM, PTINTERVAL, PTSINGLE, PTSETS, CHEMSHIFT, CHEMSHIFT2, CSH, DEBUGss2029, UNIFORMMOVE, RANSEEDT, &113:      &        PTRANDOM, PTINTERVAL, PTSINGLE, PTSETS, CHEMSHIFT, CHEMSHIFT2, CSH, DEBUGss2029, UNIFORMMOVE, RANSEEDT, &
114:      &        TTM3T, NOINVERSION, RIGIDCONTOURT, UPDATERIGIDREFT, HYBRIDMINT, COMPRESSRIGIDT, MWFILMT, &114:      &        TTM3T, NOINVERSION, RIGIDCONTOURT, UPDATERIGIDREFT, HYBRIDMINT, COMPRESSRIGIDT, MWFILMT, &
115:      &        SUPPRESST, MFETT, POLIRT, QUIPT, SWPOTT, MWPOTT, REPMATCHT, GLJT, MLJT, READMASST, SPECMASST, NEWTSALLIST, &115:      &        SUPPRESST, MFETT, POLIRT, QUIPT, SWPOTT, MWPOTT, REPMATCHT, GLJT, MLJT, READMASST, SPECMASST, NEWTSALLIST, &
116:      &        PHI4MODELT, CUDAT, CUDATIMET, AMBER12T, ENERGY_DECOMPT, NEWMOVEST, DUMPMINT, MBPOLT, MOLECULART, GCBHT, SEMIGRAND_MUT, USEROT, & 116:      &        PHI4MODELT, CUDAT, CUDATIMET, AMBER12T, ENERGY_DECOMPT, NEWMOVEST, DUMPMINT, MBPOLT, MOLECULART, GCBHT, SEMIGRAND_MUT, USEROT, & 
117:      &        SAVEMULTIMINONLY, GRADPROBLEMT, INTLJT, CONDATT, QCIPERMCHECK, &117:      &        SAVEMULTIMINONLY, GRADPROBLEMT, INTLJT, CONDATT, QCIPERMCHECK, &
118:      &        INTCONSTRAINTT, INTFREEZET, CHECKCONINT, CONCUTABST, CONCUTFRACT, INTERPCOSTFUNCTION, &118:      &        INTCONSTRAINTT, INTFREEZET, CHECKCONINT, CONCUTABST, CONCUTFRACT, INTERPCOSTFUNCTION, &
119:      &        RBAAT, FREEZENODEST, DUMPINTEOS, DUMPINTXYZ, QCIPOTT, QCIPOT2T, INTSPRINGACTIVET, LPERMDIST, LOCALPERMDIST, QCIRADSHIFTT, &119:      &        RBAAT, FREEZENODEST, DUMPINTEOS, DUMPINTXYZ, QCIPOTT, QCIPOT2T, INTSPRINGACTIVET, LPERMDIST, LOCALPERMDIST, QCIRADSHIFTT, &
120:      &        MLP3T, MKTRAPT, MLPB3T, MLPB3NEWT, MULTIPOTT, QCIAMBERT, MLPNEWREG, DJWRBT, STEALTHYT, LJADDT, QCINOREPINT, RIGIDMDT120:      &        MLP3T, MKTRAPT, MLPB3T, MLPB3NEWT, MULTIPOTT, QCIAMBERT, MLPNEWREG, DJWRBT, STEALTHYT, LJADDT, QCINOREPINT, RIGIDMDT
121: !121: !
122:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SEMIGRAND_MU(:) 122:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SEMIGRAND_MU(:) 
123:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: ATMASS(:)123:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: ATMASS(:)
124:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SPECMASS(:) 124:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: SPECMASS(:) 
125: 125: 
126: ! csw34> FREEZEGROUP variables126: ! csw34> FREEZEGROUP variables
127: !127: !
128:       INTEGER :: GROUPCENTRE128:       INTEGER :: GROUPCENTRE
129:       DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS129:       DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS
130:       CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE130:       CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE
131:       LOGICAL :: FREEZEGROUPT131:       LOGICAL :: FREEZEGROUPT
132: ! END132: ! END
133: 133: 
134: !134: !


r30619/ga_modules.f90 2016-06-20 08:30:10.269217724 +0100 r30618/ga_modules.f90 2016-06-20 08:30:10.841225378 +0100
 30:    DOUBLE PRECISION :: MYGA_BH_INIT !Initial # of basin-hopping steps for each individual 30:    DOUBLE PRECISION :: MYGA_BH_INIT !Initial # of basin-hopping steps for each individual
 31:    DOUBLE PRECISION :: MYGA_BH_INCR=0 !Increment for basin-hopping steps after each generation 31:    DOUBLE PRECISION :: MYGA_BH_INCR=0 !Increment for basin-hopping steps after each generation
 32:    DOUBLE PRECISION :: MYGA_BH_STEPS !Current # of basin-hopping steps for each individual 32:    DOUBLE PRECISION :: MYGA_BH_STEPS !Current # of basin-hopping steps for each individual
 33:    LOGICAL :: MYGA_DUMP_POP=.FALSE. !Dump genomes of whole population to files after each generation 33:    LOGICAL :: MYGA_DUMP_POP=.FALSE. !Dump genomes of whole population to files after each generation
 34:    LOGICAL :: MYGA_TWIN=.FALSE. !Allow twinning moves (mating with two copies of one parent) 34:    LOGICAL :: MYGA_TWIN=.FALSE. !Allow twinning moves (mating with two copies of one parent)
 35: END MODULE MYGA_PARAMS 35: END MODULE MYGA_PARAMS
 36: ! 36: !
 37: ! Module to hold whole population of genetic algorithm 37: ! Module to hold whole population of genetic algorithm
 38: ! 38: !
 39: MODULE MYGA_POPULATION 39: MODULE MYGA_POPULATION
 40: !   USE MYGA_PARAMS 40:    USE MYGA_PARAMS
 41:    IMPLICIT NONE 41:    IMPLICIT NONE
 42:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_FOUND(:) 42:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_FOUND(:)
 43:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_ENERGY(:) 43:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_ENERGY(:)
 44:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_GENOME(:,:) !3*natoms,popsize 44:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_GENOME(:,:) !3*natoms,popsize
 45:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_COORDS(:,:) !3*natoms,popsize 45:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_COORDS(:,:) !3*natoms,popsize
 46:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_FITNESS(:) !Fitness for roulette selection 46:    DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_FITNESS(:) !Fitness for roulette selection
 47:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_TYPE(:,:) !Atom types for multi-component clusters. 47:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_TYPE(:,:) !Atom types for multi-component clusters.
 48:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_MOVE(:,:) !Attempted move record 3,popsize 48:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_POP_MOVE(:,:) !Attempted move record 3,popsize
 49:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_MOVE_HISTORY(:,:) !Move history 4,natoms (1=Attempted crossovers, 2=accepted crossovers, 3=attempted mutations, 4=accepted mutations) 49:    INTEGER, ALLOCATABLE :: MYGA_MOVE_HISTORY(:,:) !Move history 4,natoms (1=Attempted crossovers, 2=accepted crossovers, 3=attempted mutations, 4=accepted mutations)
 50: END MODULE MYGA_POPULATION 50: END MODULE MYGA_POPULATION


r30619/rigidmd.f90 2016-06-20 08:30:10.457220240 +0100 r30618/rigidmd.f90 2016-06-20 08:30:11.029227890 +0100
337:       DO I = 1, NSITE337:       DO I = 1, NSITE
338: 338: 
339:          DIST(I) = DSQRT(DOT_PRODUCT(MST(I,:),MST(I,:)))339:          DIST(I) = DSQRT(DOT_PRODUCT(MST(I,:),MST(I,:)))
340: 340: 
341:       ENDDO341:       ENDDO
342: 342: 
343:       DELRC    = 2.D0 * MAXVAL(DIST) 343:       DELRC    = 2.D0 * MAXVAL(DIST) 
344:       RCUT2    = RCUT + DELRC344:       RCUT2    = RCUT + DELRC
345:       RCUT2SQ  = RCUT2 * RCUT2345:       RCUT2SQ  = RCUT2 * RCUT2
346:  346:  
347: !      MS(1)    = 1.D0/3.D0347:       MS(1)    = 1.D0/3.D0
348: !      MS(2)    = 1.D0/3.D0348:       MS(2)    = 1.D0/3.D0
349: !      MS(3)    = 1.D0/3.D0349:       MS(3)    = 1.D0/3.D0
350: 350: 
351: !      MASS     = MS(1) + MS(2) + MS(3)351:       MASS     = MS(1) + MS(2) + MS(3)
352: 352: 
353: !      JMI(1)  = MS(1)*MST(1,2)**2+MS(2)*MST(2,2)**2+MS(3)*MST(3,2)**2353:       JMI(1)  = MS(1)*MST(1,2)**2+MS(2)*MST(2,2)**2+MS(3)*MST(3,2)**2
354: !      JMI(2)  = MS(1)*MST(1,1)**2+MS(2)*MST(2,1)**2+MS(3)*MST(3,1)**2354:       JMI(2)  = MS(1)*MST(1,1)**2+MS(2)*MST(2,1)**2+MS(3)*MST(3,1)**2
355: !      JMI(3)  = MS(1)*MST(1,1)**2+MS(2)*MST(2,1)**2+MS(3)*MST(3,1)**2   &355:       JMI(3)  = MS(1)*MST(1,1)**2+MS(2)*MST(2,1)**2+MS(3)*MST(3,1)**2   &
356: !                 + MS(1)*MST(1,2)**2+MS(2)*MST(2,2)**2+MS(3)*MST(3,2)**2356:                  + MS(1)*MST(1,2)**2+MS(2)*MST(2,2)**2+MS(3)*MST(3,2)**2
357:       MASS = 1.0D0 
358:       JMI(:) = 1.0D0357:       JMI(:) = 1.0D0
359:       MST(:,:) = 1.0D0358:       MST(:,:) = 1.0D0
360: !        WRITE(*,*) 'JMI=', JMI(:), MASS, MST, NSITE359: !        WRITE(*,*) 'JMI=', JMI(:), MASS, MST, NSITE
361: !STOP360: !STOP
362:       END SUBROUTINE DEFMOL   361:       END SUBROUTINE DEFMOL   
363:        362:        
364: !     ----------------------------------------------------------------------------------------------363: !     ----------------------------------------------------------------------------------------------
365: 364: 
366:       SUBROUTINE EFM (EFMT, TIME)365:       SUBROUTINE EFM (EFMT, TIME)
367: 366: 
580:       USE MDCOMMONS, only : MASS, JMI, V, NMOL, W579:       USE MDCOMMONS, only : MASS, JMI, V, NMOL, W
581: 580: 
582:       IMPLICIT NONE581:       IMPLICIT NONE
583: 582: 
584:       INTEGER          :: I583:       INTEGER          :: I
585:       DOUBLE PRECISION :: TMPINT, VMAG, WMAG, SUMV(3), AVV(3), E(3), DBLE584:       DOUBLE PRECISION :: TMPINT, VMAG, WMAG, SUMV(3), AVV(3), E(3), DBLE
586:       585:       
587:       VMAG    = DSQRT(3.D0 * TMPINT / MASS)586:       VMAG    = DSQRT(3.D0 * TMPINT / MASS)
588:       WMAG = DSQRT(3.D0 * TMPINT / (JMI(1) + JMI(2) + JMI(3)))587:       WMAG = DSQRT(3.D0 * TMPINT / (JMI(1) + JMI(2) + JMI(3)))
589:       SUMV(:) = 0.D0588:       SUMV(:) = 0.D0
590:         write(*,*) 'JMI(:)=', JMI(:), WMAG, VMAG, MASS589: 
591:       DO I = 1, NMOL590:       DO I = 1, NMOL
592: 591: 
593:          CALL RNDVCT(E)592:          CALL RNDVCT(E)
594: 593: 
595:          V(I,:) = VMAG * E(:)594:          V(I,:) = VMAG * E(:)
596:          SUMV(:) = SUMV(:) + V(I,:)595:          SUMV(:) = SUMV(:) + V(I,:)
597:          write(*,*) 'V(I)=', V(I,:)596:            
598:            
599:       ENDDO 597:       ENDDO 
600: 598: 
601:       AVV(:) = SUMV(:) / DBLE(NMOL)599:       AVV(:) = SUMV(:) / DBLE(NMOL)
602:      600:      
603:       DO I = 1, NMOL601:       DO I = 1, NMOL
604: 602: 
605:          V(I,:) = V(I,:) - AVV(:)603:          V(I,:) = V(I,:) - AVV(:)
606: 604: 
607:          CALL RNDVCT(E)605:          CALL RNDVCT(E)
608:          W(I,:) = WMAG * E(:)606:          W(I,:) = WMAG * E(:)
609: 607: 
610:       ENDDO608:       ENDDO
611:         write(*,*) 'after intvel', V(:,:)609: 
612:       END SUBROUTINE INTVEL 610:       END SUBROUTINE INTVEL 
613: 611: 
614: !     ----------------------------------------------------------------------------------------------612: !     ----------------------------------------------------------------------------------------------
615: 613: 
616:       SUBROUTINE INTORN()614:       SUBROUTINE INTORN()
617: 615: 
618: ! initialize orientations616: ! initialize orientations
619: 617: 
620:       USE MDCOMMONS, only : NMOL, QTRN618:       USE MDCOMMONS, only : NMOL, QTRN
621: 619: 
2217: ! EFMT: Energy Fluctuation Metric: the variance over molecules of the2215: ! EFMT: Energy Fluctuation Metric: the variance over molecules of the
2218: !       time averaged energy2216: !       time averaged energy
2219:       INTEGER          :: NSTEP, NBATH, NEQ, ISTEP, ICNT, IDUMP1, IDUMP2, IDUMP3, IDUMP4, I!, K!, STATUS2217:       INTEGER          :: NSTEP, NBATH, NEQ, ISTEP, ICNT, IDUMP1, IDUMP2, IDUMP3, IDUMP4, I!, K!, STATUS
2220:       DOUBLE PRECISION :: RCUT6, RCUT12, TMP, TMPTR, TMPRT, RHO, VLM2218:       DOUBLE PRECISION :: RCUT6, RCUT12, TMP, TMPTR, TMPRT, RHO, VLM
2221:       DOUBLE PRECISION :: Q(4), RMXT(3,3), MX(4,4), W4(4)2219:       DOUBLE PRECISION :: Q(4), RMXT(3,3), MX(4,4), W4(4)
2222:       DOUBLE PRECISION :: PRS, SUMPRS, AVPRS, PE, KE, TKE, RKE, PEPP, KEPP, EPP, VRL2220:       DOUBLE PRECISION :: PRS, SUMPRS, AVPRS, PE, KE, TKE, RKE, PEPP, KEPP, EPP, VRL
2223:       DOUBLE PRECISION :: SUME, SUMKE, SUMPE, SUMTMT, SUMTMR, SUMTMP2221:       DOUBLE PRECISION :: SUME, SUMKE, SUMPE, SUMTMT, SUMTMR, SUMTMP
2224:       DOUBLE PRECISION :: AVE, AVKE, AVPE, AVTMPT, AVTMPR, AVTMP, EFMT, TIME2222:       DOUBLE PRECISION :: AVE, AVKE, AVPE, AVTMPT, AVTMPR, AVTMP, EFMT, TIME
2225:       DOUBLE PRECISION :: BSUMPE, BSUMTMP, BSUMPRS, AVPEB, AVTMPB, AVPRSB2223:       DOUBLE PRECISION :: BSUMPE, BSUMTMP, BSUMPRS, AVPEB, AVTMPB, AVPRSB
2226:       DOUBLE PRECISION :: MQ=0.1D0, DH=1.D0 !only NVT2224:       DOUBLE PRECISION :: MQ=0.1D0, DH=1.D0 !only NVT
2227:       DOUBLE PRECISION :: TMPINT !initial temperature2225:       INTEGER :: TMPINT !initial temperature
2228:       logical :: bool1, bool22226:       logical :: bool1, bool2
2229:       !CALL RANDOM_SEED()2227:       !CALL RANDOM_SEED()
2230:       DOUBLE PRECISION :: RHOFINAL, DELRHO, RHOOLD, LCHANGE, DBLE2228:       DOUBLE PRECISION :: RHOFINAL, DELRHO, RHOOLD, LCHANGE, DBLE
2231: 2229: 
2232:       OPEN (UNIT = 1, FILE = 'parameter1.inp', STATUS = 'UNKNOWN')2230:       OPEN (UNIT = 1, FILE = 'parameter1.inp', STATUS = 'UNKNOWN')
2233: 2231: 
2234: !     READ INPUT PARAMETERS2232: !     READ INPUT PARAMETERS
2235: 2233: 
2236:       READ (1, *)2234:       READ (1, *)
2237:       READ (1, *) NMOL, NSITE2235:       READ (1, *) NMOL, NSITE


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0