hdiff output

r30591/potential.f 2016-06-14 00:30:11.603821245 +0100 r30590/potential.f 2016-06-14 00:30:11.799823882 +0100
778:             ! WRITE(ESTRING,10) 'Energy for last cycle=',ENERGY,' hartree'778:             ! WRITE(ESTRING,10) 'Energy for last cycle=',ENERGY,' hartree'
779:             ! 779:             ! 
780:             ! The Noel-Onuchic-Whitford Structure-based model: P. C. Whitford, J.780:             ! The Noel-Onuchic-Whitford Structure-based model: P. C. Whitford, J.
781:             ! K. Noel, S. Gosavi, A. Schug, K. Y. Sanbonmatsu, and J. N.781:             ! K. Noel, S. Gosavi, A. Schug, K. Y. Sanbonmatsu, and J. N.
782:             ! Onuchic. An all-atom structure-based potential for proteins: Bridging782:             ! Onuchic. An all-atom structure-based potential for proteins: Bridging
783:             ! minimal models783:             ! minimal models
784:             ! with all-atom empirical forcefields. Prot. Struct. Func. Bioinfo. 75,784:             ! with all-atom empirical forcefields. Prot. Struct. Func. Bioinfo. 75,
785:             ! 430-441, 2009.785:             ! 430-441, 2009.
786:             ! 786:             ! 
787:          ELSE IF (ZSYM(NATOMS).EQ.'SB')then787:          ELSE IF (ZSYM(NATOMS).EQ.'SB')then
788:  
789:  
790:           IF (RIGIDINIT .AND. (.NOT. ATOMRIGIDCOORDT)) THEN 
791:                XRIGIDCOORDS(1:DEGFREEDOMS) = COORDS(1:DEGFREEDOMS) 
792:                CALL TRANSFORMRIGIDTOC(1, NRIGIDBODY, COORDS,XRIGIDCOORDS) 
793:             ENDIF 
794:  
795:          IF (STEST) PRINT '(A)',' potential> ERROR - calling SBM with STEST true'788:          IF (STEST) PRINT '(A)',' potential> ERROR - calling SBM with STEST true'
796:          CALL SBM(COORDS,NATOMS,VNEW,ENERGY,GTEST,STEST)789:          CALL SBM(COORDS,NATOMS,VNEW,ENERGY,GTEST,STEST)
797:          IF (PTEST) THEN790:          IF (PTEST) THEN
798:             WRITE(*,10) ' Energy for last cycle=',ENERGY791:             WRITE(*,10) ' Energy for last cycle=',ENERGY
799:             WRITE(ESTRING,10) ' Energy for last cycle=',ENERGY792:             WRITE(ESTRING,10) ' Energy for last cycle=',ENERGY
800:          ENDIF793:          ENDIF
801:  
802:             IF ( RIGIDINIT .AND. (ATOMRIGIDCOORDT .EQV. .FALSE.) ) THEN 
803:                IF (SSTEST) THEN 
804:                   CALL TRANSFORMHESSIAN(HESS, VNEW, XRIGIDCOORDS,XRIGIDHESS, RBAANORMALMODET) 
805:                   HESS(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS,:) = 0.0D0 
806:                   HESS(:,DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS) = 0.0D0 
807:                   HESS(1:DEGFREEDOMS,1:DEGFREEDOMS) = XRIGIDHESS(1:DEGFREEDOMS,1:DEGFREEDOMS) 
808:                ENDIF 
809:                CALL TRANSFORMGRAD(VNEW, XRIGIDCOORDS, XRIGIDGRAD) 
810:                COORDS(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS) = 0.0D0 
811:                COORDS(1:DEGFREEDOMS) = XRIGIDCOORDS(1:DEGFREEDOMS) 
812:                VNEW(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS) = 0.0D0 
813:                VNEW(1:DEGFREEDOMS) = XRIGIDGRAD(1:DEGFREEDOMS) 
814:             ENDIF 
815:  
816:  
817:          ! 794:          ! 
818:          ! qSPCFw  flexible water model introduced by Paesani et al. (JCP 125, 184507 (2006))795:          ! qSPCFw  flexible water model introduced by Paesani et al. (JCP 125, 184507 (2006))
819:          ! Coded by Javier.796:          ! Coded by Javier.
820:          ! 797:          ! 
821:       ELSE IF (QSPCFWT) THEN798:       ELSE IF (QSPCFWT) THEN
822:          CALL QSPCFW((NATOMS/3),COORDS,VNEW,ENERGY,GTEST)799:          CALL QSPCFW((NATOMS/3),COORDS,VNEW,ENERGY,GTEST)
823:          IF (PTEST) THEN800:          IF (PTEST) THEN
824:             WRITE(*,'(A,27X,F20.10,A)') ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY,' kcal/mol'801:             WRITE(*,'(A,27X,F20.10,A)') ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY,' kcal/mol'
825:             WRITE(ESTRING,10) ' Energy for last cycle=',ENERGY,' kcal/mol'802:             WRITE(ESTRING,10) ' Energy for last cycle=',ENERGY,' kcal/mol'
826:          ENDIF803:          ENDIF


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0