hdiff output

r30579/GMIN.tex 2016-06-09 22:30:09.112323449 +0100 r30578/GMIN.tex 2016-06-09 22:30:09.304326037 +0100
555: the segments for rigid translation. The segments are numbered and each line contains only one number.555: the segments for rigid translation. The segments are numbered and each line contains only one number.
556: {\it CHRIGIDROT} and {\it CHRIGIDTRANS} use the same {\tt segments.tomove}.556: {\it CHRIGIDROT} and {\it CHRIGIDTRANS} use the same {\tt segments.tomove}.
557: 557: 
558: % \item{\it NOCISTRANS}: not used558: % \item{\it NOCISTRANS}: not used
559: % \item{\it NORANDOM}: not used559: % \item{\it NORANDOM}: not used
560: % \item{\it PERMDIHE n1 n2 n3 etc.}: not used560: % \item{\it PERMDIHE n1 n2 n3 etc.}: not used
561: 561: 
562: \item {\it CHECKD n\/}: calculates gradients analytically and numerically for the initial coordinates, then exits. $n$ is an 562: \item {\it CHECKD n\/}: calculates gradients analytically and numerically for the initial coordinates, then exits. $n$ is an 
563: integer optional argument; if equal to zero, then only the single-point energy is calculated and reported.563: integer optional argument; if equal to zero, then only the single-point energy is calculated and reported.
564: 564: 
565: \item {\it CHECKREP int cut\/}: used with QCI. The neighbour list of repulsions is checked every 
566: {\it int} optimisation steps for distances that move in /out of the cutoff.  
567: {\it cut} is the cutoff for keeping pairs in the neighbout list and must bre greater 
568: than the actual cutoff for the repulsions, which is set on the QCI line itself. 
569:  
570: \item {\it CISTRANS\/}: disables all checks for cis or deformed amide/peptide bonds.565: \item {\it CISTRANS\/}: disables all checks for cis or deformed amide/peptide bonds.
571: 566: 
572: \item {\it CHIRO $\sigma_0$ $\mu$ $\gamma$ $[L]$}: calls the OK potential. If $L$ is absent or $0$, then use one LJ site. If $L > 0$, use LJ-like rods of length $2L$. Output is written to {\tt chiro.xyz}. A periodic boundary condition in the $x$ direction can be applied using the {\it PERIODIC} keyword.567: \item {\it CHIRO $\sigma_0$ $\mu$ $\gamma$ $[L]$}: calls the OK potential. If $L$ is absent or $0$, then use one LJ site. If $L > 0$, use LJ-like rods of length $2L$. Output is written to {\tt chiro.xyz}. A periodic boundary condition in the $x$ direction can be applied using the {\it PERIODIC} keyword.
573: 568: 
574: \item {\it COLDFUSION thresh\/}: if the energy falls below threshold {\it thresh} then569: \item {\it COLDFUSION thresh\/}: if the energy falls below threshold {\it thresh} then
575: cold fusion is assumed to have occurred and geometry optimisation stops.570: cold fusion is assumed to have occurred and geometry optimisation stops.
576: The default value is $-10^6$.571: The default value is $-10^6$.
577: 572: 
578: \item {\it COMPRESS kcomp\/}: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the573: \item {\it COMPRESS kcomp\/}: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the
579: centre-of-mass distance for each atom.574: centre-of-mass distance for each atom.
580: 575: 
581: \item {\it COMPRESSRIGID kcomp\/ dist}: if at least one rigid body's centre of mass is further than {\it dist} from its nearest neighbour,  576: \item {\it COMPRESSRIGID kcomp\/ dist}: if at least one rigid body's centre of mass is further than {\it dist} from its nearest neighbour,  
582: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the centre-of-mass distance for each rigid body. The compression is 577: add a harmonic compression potential with force constant {\it kcomp\/} using the centre-of-mass distance for each rigid body. The compression is 
583: disabled once the rigid bodies are all within {\it dist} of another. 578: disabled once the rigid bodies are all within {\it dist} of another. 
584: 579: 
585: \item {\it COMMENT \/}: the rest of the line is ignored.580: \item {\it COMMENT \/}: the rest of the line is ignored.
586: 581: 
587: \item {\it CONCUTABS x \/}: used in the QCI procedure. This is the 
588: absolute distance constraints are allowed to deviate before the constraint 
589: spring potential is applied. 
590: Defailt value is 0.15. 
591:  
592: \item {\it COOPMOVE n cut\/}: specifies cooperative moves in the step-taking routine. An atom is582: \item {\it COOPMOVE n cut\/}: specifies cooperative moves in the step-taking routine. An atom is
593: selected at random, and the {\it n} nearest neighbours (default 5) that lie within a cutoff583: selected at random, and the {\it n} nearest neighbours (default 5) that lie within a cutoff
594: distance of {\it cut} (default 1.0) are moved by the same amount.584: distance of {\it cut} (default 1.0) are moved by the same amount.
595: 585: 
596: \item {\it CPMD sys\/}: specifies that the CPMD program should be called for energies and gradients. Not586: \item {\it CPMD sys\/}: specifies that the CPMD program should be called for energies and gradients. Not
597: tested!587: tested!
598: 588: 
599: \item {\it CUDA potential\/}: specifies a GPU run. Setting {\it potential} to 'A' specifies the AMBER12 potential. See the group wiki for further information. 589: \item {\it CUDA potential\/}: specifies a GPU run. Setting {\it potential} to 'A' specifies the AMBER12 potential. See the group wiki for further information. 
600: 590: 
601: \item {\it CUTOFF cutoff\/}: sets a cutoff beyond which the potential is truncated. This591: \item {\it CUTOFF cutoff\/}: sets a cutoff beyond which the potential is truncated. This
1028: \item{\it HOMOREFTEST\/}: prints extra info for testing HOMOREF.1018: \item{\it HOMOREFTEST\/}: prints extra info for testing HOMOREF.
1029: 1019: 
1030: \item{\it HOMOREFCHECK\/}: specifies that a converged sequence of flips during homotop refinement is to be checked by evaluating all the swap gains for the final solution. The check is passed only if all the swap gains are non-negative. (This is intended for {\it HOMOREF} with {\it gmode} set to 0 or 1.)1020: \item{\it HOMOREFCHECK\/}: specifies that a converged sequence of flips during homotop refinement is to be checked by evaluating all the swap gains for the final solution. The check is passed only if all the swap gains are non-negative. (This is intended for {\it HOMOREF} with {\it gmode} set to 0 or 1.)
1031: 1021: 
1032: \item{\it HOMOREF\_AUX nswaps temp factor nncut \/}: specifies that an auxiliary basin-hopping run with {\it nswaps\/} exchanges is to be performed after each random permutation step during homotop refinement (see {\it HOMOREF\/}). The basin-hopping procedure is rejection-free, with each atom $i$ weighted by a Boltzmann factor $\exp$($\Delta\Phi_{i}$/{\it temp\/}), where {\it temp} behaves like temperature, and $\Delta \Phi$ is a change in an auxiliary bond-counting potential constructed from and averaged over the previously encountered locally optimal homotops. {\it factor \/} is a multiplicative factor used to update the temperature after each exchange. {\it nncut \/} is the nearest neighbour cutoff distance used in the construction of the auxiliary bond-counting potential.    1022: \item{\it HOMOREF\_AUX nswaps temp factor nncut \/}: specifies that an auxiliary basin-hopping run with {\it nswaps\/} exchanges is to be performed after each random permutation step during homotop refinement (see {\it HOMOREF\/}). The basin-hopping procedure is rejection-free, with each atom $i$ weighted by a Boltzmann factor $\exp$($\Delta\Phi_{i}$/{\it temp\/}), where {\it temp} behaves like temperature, and $\Delta \Phi$ is a change in an auxiliary bond-counting potential constructed from and averaged over the previously encountered locally optimal homotops. {\it factor \/} is a multiplicative factor used to update the temperature after each exchange. {\it nncut \/} is the nearest neighbour cutoff distance used in the construction of the auxiliary bond-counting potential.    
1033: 1023: 
1034: \item{\it HYBRIDMIN rigidconv\/}: enables hybrid rigid body/all-atom minimisation when using {\it RIGIDINIT}. {\it rigidconv} is1024: \item{\it HYBRIDMIN rigidconv\/}: enables hybrid rigid body/all-atom minimisation when using {\it RIGIDINIT}. {\it rigidconv} is
1035: the RMS force convergence criterion for the rigid body minimisation. Once converged, an all-atom minimisation begins using the1025: the RMS force convergence criterion for the rigid body minimisation. Once converged, an all-atom minimisation begins using the
1036: convergence specified in {\it SLOPPYCONV}. The final quenches are done atomistically.1026: convergence specified in {\it SLOPPYCONV}. The final quenches are done atomistically.
1037: 1027: 
1038: \item{\it INTFREEZE x n}: used with QCI to freeze atoms if they are within a distance 
1039: {\it x} (default 0.001) in the endpoints after alignment.  
1040: Freezing is off by default, and only applied if at least {\i n} atoms would be 
1041: frozen (default 10). 
1042:  
1043: \item{\it MAXCON n\/} specifies the maximum number of distance constraints for any atom 
1044: when {\it QCI\/} is used. The default value for {\it n\/} is 4. 
1045: See also 
1046: {\it QCIINT\/}, 
1047: {\it CONCUTABS\/}, 
1048: {\it CHECKREP\/}, 
1049: {\it INTFREEZE\/}, 
1050: {\it QCIIMAGE\/}, and 
1051: {\it QCI\/}. 
1052:  
1053: \item{\it INTMIN}: used with {\it CHARMM} keyword to specify minimisation in internal 1028: \item{\it INTMIN}: used with {\it CHARMM} keyword to specify minimisation in internal 
1054: coordinates. This generally appears to be1029: coordinates. This generally appears to be
1055: slower than using Cartesian coordinates.1030: slower than using Cartesian coordinates.
1056: 1031: 
1057: \item{\it INTSPRINGACTIVE}: only include spring gradient components (spring between images) in 
1058: QCI for active atoms. Default TRUE. 
1059:  
1060: \item{\it INVERTP}: specifies the inverted potential. The energy and all derivatives1032: \item{\it INVERTP}: specifies the inverted potential. The energy and all derivatives
1061: are multiplied by $-1$. 1033: are multiplied by $-1$. 
1062: This converts searches for the highest index saddles into minimisation. 1034: This converts searches for the highest index saddles into minimisation. 
1063: However, it is only likely to work for bounded potentials.1035: However, it is only likely to work for bounded potentials.
1064: 1036: 
1065: \item{\it JC}: Specifies Murrell's two- plus three-body1037: \item{\it JC}: Specifies Murrell's two- plus three-body
1066: potential.\cite{murrellm90,murrellr90,alderzijmr91,eggenjlm92,fengjm93}1038: potential.\cite{murrellm90,murrellr90,alderzijmr91,eggenjlm92,fengjm93}
1067: A file {\tt JMparams} must1039: A file {\tt JMparams} must
1068: exist in the current directory containing the parameters $c_0,\ c_1,\ldots,\ c_{10},\ r_e,\1040: exist in the current directory containing the parameters $c_0,\ c_1,\ldots,\ c_{10},\ r_e,\
1069: D,\ a_2$ and $a_3$. An optional cutoff parameter can also be provided at the end of the1041: D,\ a_2$ and $a_3$. An optional cutoff parameter can also be provided at the end of the
1070: {\tt JMparams} file.1042: {\tt JMparams} file.
1071: Subroutines used: {\bf jmec}, {\bf jm2c}, {\bf jm3c}.1043: Subroutines used: {\bf jmec}, {\bf jm2c}, {\bf jm3c}.
1072: 1044: 
1073: \item {\it JUMPMOVE np1 np2 int\/}: specify J-walking type attempts between parallel runs {\it np2\/}1045: \item {\it JUMPMOVE np1 np2 int\/}: specify J-walking type attempts between parallel runs {\it np2\/}
1074: and {\it np1\/} at intervals of {\it int\/} steps.1046: and {\it np1\/} at intervals of {\it int\/} steps.
1075: 1047: 
1076: \item {\it KINT k\/}: force constant for springs between images in QCI procedure. 
1077:  
1078: \item {\it LB2} specifies the potential\cite{LB299a,LB299b,LB204}1048: \item {\it LB2} specifies the potential\cite{LB299a,LB299b,LB204}
1079: \begin{equation}1049: \begin{equation}
1080: V = \frac{\epsilon}{2} \sum_{i<j} \left[ \left(\frac{r_{ij}}{\sigma}\right)^2+1050: V = \frac{\epsilon}{2} \sum_{i<j} \left[ \left(\frac{r_{ij}}{\sigma}\right)^2+
1081: \left(\frac{\sigma}{r_{ij}}\right)^2 \right],1051: \left(\frac{\sigma}{r_{ij}}\right)^2 \right],
1082: \end{equation}1052: \end{equation}
1083: where $\epsilon$ and $\sigma$ are set to unity.1053: where $\epsilon$ and $\sigma$ are set to unity.
1084: 1054: 
1085: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species). 1055: \item {\it LFLIPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with flip moves only. This subsequence constitutes an independent block of semi-grand canonical basin-hopping at a given {\it kT}, with the total number of atoms fixed but the relative population of constituent species allowed to vary. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, which is then multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.) The keyword {\it SEMIGRAND\_MU} can be used to impose non-zero semi-grand chemical potentials (with respect to the first species). 
1086: 1056: 
1087: \item {\it LFLIPS\_RESET\/}: at the start of every subsequence of flips, the stoichiometry will be reset to the value inferred from the keyword specifying the multicomponent potential. The atomic labels will be reassigned randomly.1057: \item {\it LFLIPS\_RESET\/}: at the start of every subsequence of flips, the stoichiometry will be reset to the value inferred from the keyword specifying the multicomponent potential. The atomic labels will be reassigned randomly.
1614: site 0.0 -0.5 0.0 shapes 1.0 1.0 0.5 0.5 0.2 0.5 0.5 0.2 orient 0.0 -0.2 0.01584: site 0.0 -0.5 0.0 shapes 1.0 1.0 0.5 0.5 0.2 0.5 0.5 0.2 orient 0.0 -0.2 0.0
1615: \end{verbatim}1585: \end{verbatim}
1616: 1586: 
1617: %\item {\it QCUTOFF qcut\/}: {\it qcut\/} is a distance cut-off for Coulomb interactions in {\it AMBER\/}.1587: %\item {\it QCUTOFF qcut\/}: {\it qcut\/} is a distance cut-off for Coulomb interactions in {\it AMBER\/}.
1618: 1588: 
1619: \item {\it QALCS qalcsmode cutoff\/}: perform Quench-Assisted Local Combinatorial Search to locate a biminimum for a multicomponent system. (More general than {\it HOMOREF\/}, which works only for binary systems.) The search comprises a sequence of quench-assisted atom swaps, where each step involves a sweep through the local neighbourhood structure induced by the ``interchange'' distance metric. There are many ways of doing this: {\it qalcsmode=0\/} specifies a slow steepest-descent-like search in permutation space; whereas modes 1 through 5 specify alternative schemes that are more efficient for larger systems. Modes 4 and 5 admit an additional (optional) integer parameter {\it cutoff}, which specifies that only the first {\it cutoff} entries in the sorted local neighbourhood are to be considered. The sorting is done by approximate swap gain. 1589: \item {\it QALCS qalcsmode cutoff\/}: perform Quench-Assisted Local Combinatorial Search to locate a biminimum for a multicomponent system. (More general than {\it HOMOREF\/}, which works only for binary systems.) The search comprises a sequence of quench-assisted atom swaps, where each step involves a sweep through the local neighbourhood structure induced by the ``interchange'' distance metric. There are many ways of doing this: {\it qalcsmode=0\/} specifies a slow steepest-descent-like search in permutation space; whereas modes 1 through 5 specify alternative schemes that are more efficient for larger systems. Modes 4 and 5 admit an additional (optional) integer parameter {\it cutoff}, which specifies that only the first {\it cutoff} entries in the sorted local neighbourhood are to be considered. The sorting is done by approximate swap gain. 
1620: 1590: 
1621: \item {\it QALCS\_SURF\/}: specifies that QALCS should include surface vacancies as a separate species, akin to dynamic-lattice-search-type methods but relies on a different construction of surface vacancies. The scheme constitutes a deterministic way of refining the surface of a cluster within the QALCS framework, and it can be used with or without the1591: \item {\it QALCS\_SURF\/}: specifies that QALCS should include surface vacancies as a separate species, akin to dynamic-lattice-search-type methods but relies on a different construction of surface vacancies. The scheme constitutes a deterministic way of refining the surface of a cluster within the QALCS framework, and it can be used with or without the
1622: {\it QALCS\/} keyword (for single- or multi-component clusters). Note that during the surface optimisation all particles are treated as being the same.1592: {\it QALCS\/} keyword (for single- or multi-component clusters). Note that during the surface optimisation all particles are treated as being the same.
1623: 1593: 
1624: \item {\it QCIAMBER}: tells QCI to use the topology file information to add constraints 1594: \item {\it QCIAMBER}: sets that QCI uses the topology file information to build constraint and a percolating network (currently only for one chain of AMBER atoms, additional features in work)
1625: corresponding to bonded atoms  
1626: (currently only for one chain of AMBER atoms, additional features are work in progress). 
1627:  
1628: \item {\it QCIINT}: if present, check for internal distance minima for atom pairs between 
1629: images, and add extra terms to the energy and gradient if detected. This is the quasi-continuous 
1630: part of QCI. Default is off. 
1631:  
1632: \item {\it QCIIMAGE imsepmin imsepmax intimage maxintimage intntriesmax intimageincr intimagecheck\/} 
1633: specifies the behaviour of interpolation images for the {\it QCI\/} 
1634: quasi-continuous interpolation procedure. 
1635: {\it intimagecheck\/} (default 25) is the interval for checking the spacing of the interpolation images. 
1636: Images separated by less than {\it imsepmin\/} (default 0.2) can be combined, while an 
1637: additional image can be added between images further than {\it imsepmax\/} (default 10.0) apart. 
1638: {\it intimage\/} is the initial number of images (default 3), 
1639: {\it maxintimage\/} is the maximum number of images (default 75), 
1640: {\it intntriesmax\/} is the maximum number of quasi-continuous interpolation 
1641: attempts for a given pair of minima (default 2), and 
1642: {\it intimageincr\/} (default 6) is the increment in the number of initial images for 
1643: further connection attempts between minima that have already been tried. 
1644: See also 
1645: {\it QCIINT\/}, 
1646: {\it CONCUTABS\/}, 
1647: {\it CHECKREP\/}, 
1648: {\it INTFREEZE\/}, 
1649: {\it QCI\/}, and 
1650: {\it MAXCON\/}. 
1651:  
1652: \item{\it QCICONCUT x\/}: specifies the maximum distance between constrained atoms in the 
1653: QCI potential. 
1654: See also 
1655: {\it QCIINT\/}, 
1656: {\it CHECKREP\/}, 
1657: {\it INTFREEZE\/}, 
1658: {\it MAXCON\/}, 
1659: {\it QCIIMAGE\/}, and 
1660: {\it QCI\/}. 
1661:  
1662: \item{\it QCI intconstrainttol intconstraintdel intconstraintrep intconstrainrepcut 
1663: intconfrac intconsep intrepsep intsteps1 intconsteps intrelsteps maxcone intrmstol\/} 
1664: specifies quasi-continuous interpolation via an auxiliary constraint potential. 
1665: {\it intconstrainttol\/} is used to determine constrained distances. The deviation 
1666: of the distance between a given pair of atoms 
1667: in all reference structures from the average must be less than 
1668: {\it intconstrainttol\/}, default 0.1, for this separation to constitute a constraint. 
1669: If a percolating network of constraints does not result then {\it intconstrainttol\/} 
1670: is increased by 10\% and the analysis repeated. 
1671: {\it intconstraintdel\/} multiplies the constraint penalty term in the auxiliary potential, 
1672: default 10.0. 
1673: {\it intconstraintrep\/} multiplies the repulsive penalty term in the auxiliary potential, 
1674: default 100.0. 
1675: {\it intconstrainrepcut\/} is the cutoff for the repulsive penalty term in the auxiliary potential, 
1676: default 1.7. 
1677: {\it intconfrac\/} is the fraction of the true potential used for the second optimisation 
1678: phase after the interpolation with the constraint potential has been achieved. The 
1679: default value is 0.9. 
1680: {\it intconsep\/} is the maximum difference between the order number of atoms for 
1681: which constraints are allowed. The default is 15, which seems appropriate for 
1682: biomolecules. However, if a {\tt congeom} file of reference minima is specified, or 
1683: a corresponding {\tt congeom.dat} file is present, then {\it intconsep\/} can be set 
1684: greater than the total number of atoms. 
1685: {\it intrepsep} is the minimum difference in order number of atoms for which repulsive 
1686: terms are added to the potential. The default is zero; there are no repulsive terms 
1687: between constrained atoms. 
1688: {\it intsteps1} is the maximum number of minimisation steps allowed for optimisation 
1689: of the interpolation potential, default 300000. 
1690: {\it intconsteps\/} is the number of additional minimisation steps after interpolation 
1691: with the auxiliary potential has been achieved, where the potential is changed to 
1692: include a fraction {\it intconfrac\/} of the true potential, default 100. 
1693: {\it intrelsteps\/} is the number of minimisation steps allowed after adding an atom 
1694: in the interpolation phase before backtracking if the convergence conditions on the 
1695: interpolation metric and root mean gradient have not been achieved, default 200. 
1696: {\it maxcone\/} is the value of the auxiliary potential below which an interpolation 
1697: step is considered converged, default 0.01. 
1698: {\it intrmstol\/} is the value of the root mean square gradient for 
1699: the auxiliary potential below which an interpolation 
1700: step is considered converged, default 0.01. 
1701: See also {\it QCIINT\/}, 
1702: {\it CHECKREP\/}, 
1703: {\it INTFREEZE\/}, 
1704: {\it MAXCON\/}, 
1705: {\it QCIIMAGE\/}, and 
1706: {\it KINT\/}. 
1707:  
1708: \item {\it QCIMAXACTIVE n}: sets the maximum number of active atoms allowed in QCI. 
1709: Atoms are frozen in order of activation if this threshold is exceeded.  
1710: The default is to allow all atoms to be active. 
1711:  
1712: \item {\it QCIRADSHIFT x}: applies a radial shift around the next added active atom of 
1713: magnitude {\it x}. The idea is to help make room for the new atom in the interpolation. 
1714: Default is zero. 
1715: 1595: 
1716: \item {\it QMAX cgmax\/}: {\it cgmax\/} is the tolerance for the 1596: \item {\it QMAX cgmax\/}: {\it cgmax\/} is the tolerance for the 
1717: RMS force in the final set of quenches that are used to produce1597: RMS force in the final set of quenches that are used to produce
1718: the output for file {\tt lowest}. The default is 1598: the output for file {\tt lowest}. The default is 
1719: {\it cgmax\/}$=10^{-3}$, but the appropriate value depends upon the system in question.1599: {\it cgmax\/}$=10^{-3}$, but the appropriate value depends upon the system in question.
1720: {\it TIGHTCONV} can be used instead.1600: {\it TIGHTCONV} can be used instead.
1721: 1601: 
1722: \item {\it QUAD\/}: requires documentation.1602: \item {\it QUAD\/}: requires documentation.
1723: 1603: 
1724: \item {\it QUCENTRE\/}: sets the centre of coordinates to the origin (0,0,0) before each MC step is taken (so after each quench), but not during the minimisation itself unlike {\it CENTRE}. 1604: \item {\it QUCENTRE\/}: sets the centre of coordinates to the origin (0,0,0) before each MC step is taken (so after each quench), but not during the minimisation itself unlike {\it CENTRE}. 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0