hdiff output

r30563/PATHSAMPLE.tex 2016-06-06 16:30:05.428034379 +0100 r30562/PATHSAMPLE.tex 2016-06-06 16:30:05.624038035 +0100
  1: % <preamble>  1: % <preamble>
  2: \documentclass[12pt,a4paper,dvips]{article}  2: \documentclass[12pt,a4paper,dvips]{article}
  3: \usepackage{mathptm,graphicx,xspace,overcite,here}  3: \usepackage{mathptm,graphicx,xspace,overcite}
  4: \usepackage[bookmarksnumbered=true]{hyperref}  4: \usepackage[bookmarksnumbered=true]{hyperref}
  5:   5: 
  6: % \renewcommand{\baselinestretch}{1.5}  6: % \renewcommand{\baselinestretch}{1.5}
  7: \def\mydash{${-}$}  7: \def\mydash{${-}$}
  8: \newcommand{\etal}{{\it et al.}}  8: \newcommand{\etal}{{\it et al.}}
  9: \newcommand{\D}{\displaystyle}  9: \newcommand{\D}{\displaystyle}
 10: \sloppy 10: \sloppy
 11:  11: 
 12: % </preamble> 12: % </preamble>
 13: % <frontpage> 13: % <frontpage>
1144: $s$ may be zero.1144: $s$ may be zero.
1145: Each secondary set of permutable atoms has $p$ members.1145: Each secondary set of permutable atoms has $p$ members.
1146: The following line contains the indices of the $p$ permutable atoms 1146: The following line contains the indices of the $p$ permutable atoms 
1147: in the primary set and then1147: in the primary set and then
1148: the indices of the atoms in each of the $s$ secondary sets, one set at 1148: the indices of the atoms in each of the $s$ secondary sets, one set at 
1149: a time.1149: a time.
1150: The parameter {\it x} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits1150: The parameter {\it x} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits
1151: in the {\bf myorient} standard orientation routine.1151: in the {\bf myorient} standard orientation routine.
1152: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.1152: If {\it x} is too small it is possible for permutational isomers to be missed.
1153: 1153: 
1154: \begin{figure}[h]1154: \begin{figure}[hH]
1155: \centerline{\includegraphics[width=0.5\textwidth]{PHE.eps}}1155: \centerline{\includegraphics[width=0.5\textwidth]{PHE.eps}}
1156: \end{figure}1156: \end{figure}
1157: 1157: 
1158: For the phenylalanine example illustrated above we must allow three other pairs of1158: For the phenylalanine example illustrated above we must allow three other pairs of
1159: atoms to exchange if we swap 7 and 8. Hence a suitable {\tt perm.allow} entry is1159: atoms to exchange if we swap 7 and 8. Hence a suitable {\tt perm.allow} entry is
1160: {\obeylines1160: {\obeylines
1161: 11161: 1
1162: 2 31162: 2 3
1163: 7 8 5 6 1 2 3 41163: 7 8 5 6 1 2 3 4
1164: }1164: }
1495: other sources. The resulting rate constants correspond to the KMC result and1495: other sources. The resulting rate constants correspond to the KMC result and
1496: $k^{\rm KMC}$ \cite{Wales06}.1496: $k^{\rm KMC}$ \cite{Wales06}.
1497: If {\it AltPbb\/} is true (default is false) then additional work is done to1497: If {\it AltPbb\/} is true (default is false) then additional work is done to
1498: maintain precision, which roughly doubles the execution time, but may be needed at low1498: maintain precision, which roughly doubles the execution time, but may be needed at low
1499: temperature.1499: temperature.
1500: If {\it Rescale} is true (default false) an alternative strategy is used 1500: If {\it Rescale} is true (default false) an alternative strategy is used 
1501: to try and prevent error propagation.1501: to try and prevent error propagation.
1502: Setting {\it Normalise} true (default false) instructs {\tt GT2input.f90} to check the normalisation1502: Setting {\it Normalise} true (default false) instructs {\tt GT2input.f90} to check the normalisation
1503: of branch probabilities. This should not be necessary.1503: of branch probabilities. This should not be necessary.
1504: 1504: 
1505: \item {\it SHANNON tmin tmax tinc einc npeq\/}:  
1506: calculate frustration measures for the landscape as a function of temperature, 
1507: starting from {\it tmin} (default 1), ending at {\it tmax} (default 2) 
1508: at intervals {\it tinc} (default 0.1). 
1509: {\it einc} is the energy interval for superbasin construction, used to estimate the 
1510: barriers. 
1511: {\it npeq} (default 100) is the number of minima to include in maintaining an ordered list of the 
1512: highest occupation probabilities.  
1513: These probabilities are printed, and they are used in the more expensive rate-based measures 
1514: that are computed for {\it SHANNONR}. 
1515:  
1516: \item {\it SHANNONR tmin tmax tinc einc npeq\/}: 
1517: calculate frustration measures for the landscape as a function of temperature, 
1518: starting from {\it tmin} (default 1), ending at {\it tmax} (default 2) 
1519: at intervals {\it tinc} (default 0.1). 
1520: As for {\it SHANNON}, but the more expensive rate-based metrics are calculated. 
1521: {\it einc} is the energy interval for superbasin construction, used to estimate the 
1522: barriers. 
1523: {\it npeq} (default 100) is the number of minima to include in maintaining an ordered list of the 
1524: highest occupation probabilities. 
1525:  
1526: \item {\it SHORTCUT minsep string\/}: try connecting minima that are further apart than {\it minsep\/}1505: \item {\it SHORTCUT minsep string\/}: try connecting minima that are further apart than {\it minsep\/}
1527: steps on the best path, as calculated using Dijkstra's algorithm.1506: steps on the best path, as calculated using Dijkstra's algorithm.
1528: In the Dijkstra analysis minima with zero connections are removed. 1507: In the Dijkstra analysis minima with zero connections are removed. 
1529: This value can be changed using a {\it DIJKSTRA n} line in {\tt pathdata}.1508: This value can be changed using a {\it DIJKSTRA n} line in {\tt pathdata}.
1530: If the option argument {\it string\/} is set to {\it BARRIER\/} or {\it RATE\/} then1509: If the option argument {\it string\/} is set to {\it BARRIER\/} or {\it RATE\/} then
1531: the strategy is different. We now look for pairs of minima on either side of1510: the strategy is different. We now look for pairs of minima on either side of
1532: the highest barriers or minima linked by the smallest1511: the highest barriers or minima linked by the smallest
1533: rate constant on the best path, sorted according to the barrier height or the rate.1512: rate constant on the best path, sorted according to the barrier height or the rate.
1534: {\it minsep\/} is then used to define the largest number of steps away from 1513: {\it minsep\/} is then used to define the largest number of steps away from 
1535: the transition states for connection attempts.1514: the transition states for connection attempts.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0