hdiff output

r30498/GMIN.tex 2016-05-22 11:30:09.926439861 +0100 r30497/GMIN.tex 2016-05-22 11:30:10.502447479 +0100
1077: at finding the lowest-energy permutation of charges.  The default value of $T_{\rm swap}$ is zero.1077: at finding the lowest-energy permutation of charges.  The default value of $T_{\rm swap}$ is zero.
1078: The reduced charge $q'$ is related to the actual charge $q$ by $q'=q/(4\pi\epsilon_0\epsilon\sigma)^{1/2}$,1078: The reduced charge $q'$ is related to the actual charge $q$ by $q'=q/(4\pi\epsilon_0\epsilon\sigma)^{1/2}$,
1079: where $\epsilon$ and $\sigma$ are the Lennard-Jones well depth and length parameter respectively.1079: where $\epsilon$ and $\sigma$ are the Lennard-Jones well depth and length parameter respectively.
1080: This way, the reduced energy of two charges is $E'=q'^2/r'$, where $r'=r/\sigma$ is the reduced distance1080: This way, the reduced energy of two charges is $E'=q'^2/r'$, where $r'=r/\sigma$ is the reduced distance
1081: bdetween the charges.1081: bdetween the charges.
1082: 1082: 
1083: \item {\it LOCALSAMPLE abthresh acthresh\/}: Keyword currently under construction! For three groups of atoms defined in movableatoms1083: \item {\it LOCALSAMPLE abthresh acthresh\/}: Keyword currently under construction! For three groups of atoms defined in movableatoms
1084: (A,B,C), a step is quenched when the centre of coordinates of A->B is less than {\it abthresh} AND A->C is less than {\it acthresh}. 1084: (A,B,C), a step is quenched when the centre of coordinates of A->B is less than {\it abthresh} AND A->C is less than {\it acthresh}. 
1085: If this condition is broken AFTER the quench, it is automatically rejected.1085: If this condition is broken AFTER the quench, it is automatically rejected.
1086: 1086: 
1087: \item {\it LPERMDIST n thresh cut orbittol\/}: provides the preferred local 
1088: permutational alignment procedure. 
1089: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running 
1090: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than 
1091: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}. 
1092: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are 
1093: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the 
1094: group, averaged over the start and finish geometries. 
1095: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2) 
1096: then the atom is not included in the neighbour list. 
1097: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list, 
1098: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0. 
1099: The parameter {\it orbittol} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits 
1100: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001. 
1101: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise 
1102: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow} 
1103: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs. 
1105: \item {\it LSWAPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with exchange moves only. The keyword is intended for homotop optimisation at regular intervals for a given {\it kT}. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, and this value is multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.)1087: \item {\it LSWAPS n m kT (mfac)\/}: for every {\it n}th step in the main basin-hopping sequence perform a subsequence of {\it m} steps with exchange moves only. The keyword is intended for homotop optimisation at regular intervals for a given {\it kT}. In every instance the subsequence starts with the specified value of {\it kT}, and this value is multiplied by the (optional) parameter {\it mfac} on each of the {\it m} successive steps. (Default: {\it mfac = 1}.)
1106: 1088: 
1107: %\item {\it MAKEOLIGO START nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1 dmin dmax SCONLY\/}1089: %\item {\it MAKEOLIGO START nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1 dmin dmax SCONLY\/}
1108: \item MAKEOLIGO START $nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1$ dmin dmax SCONLY1090: \item MAKEOLIGO START $nfix nmove afirst_1 alast_1 phimin_1 phimax_1$ dmin dmax SCONLY
1109: specifies the oligomer generation procedure. Here, the sample input follows for the generation of a dimer.1091: specifies the oligomer generation procedure. Here, the sample input follows for the generation of a dimer.
1110: The argument \textit{START} specifies that a new oligomer is to be generated.1092: The argument \textit{START} specifies that a new oligomer is to be generated.
1111: The second and third arguments determine how many peptide chains are fixed ({\it nfix}) and relocatable ({\it nmove}), respectively.1093: The second and third arguments determine how many peptide chains are fixed ({\it nfix}) and relocatable ({\it nmove}), respectively.
1112: The input geometry has1094: The input geometry has
1113: to be provided in such a form that all fixed peptide chains come first, followed by the peptide chains,1095: to be provided in such a form that all fixed peptide chains come first, followed by the peptide chains,
1114: which are set to1096: which are set to

r30498/OPTIM.tex 2016-05-22 11:30:10.118442399 +0100 r30497/OPTIM.tex 2016-05-22 11:30:10.698450061 +0100
1403: the group web site. It is essential to use symmetrised versions of the corresponding1403: the group web site. It is essential to use symmetrised versions of the corresponding
1404: force fields! See the {\it PERMDIST\/} keyword for example {\tt perm.allow} file entries.1404: force fields! See the {\it PERMDIST\/} keyword for example {\tt perm.allow} file entries.
1405: 1405: 
1406: \item {\it LOWESTFRQ\/}: specifies that the lowest positive eigenvalues associated1406: \item {\it LOWESTFRQ\/}: specifies that the lowest positive eigenvalues associated
1407: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be calculated and written to {\tt min.data.info\/}.1407: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be calculated and written to {\tt min.data.info\/}.
1408: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/} in PATHSAMPLE1408: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/} in PATHSAMPLE
1409: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.1409: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.
1410: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect} for1410: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect} for
1411: such jobs, along with {\it DUMPDATA\/} and {\it BHINTERP\/} or {\it BISECT\/}.1411: such jobs, along with {\it DUMPDATA\/} and {\it BHINTERP\/} or {\it BISECT\/}.
1412: 1412: 
1413: \item {\it LPERMDIST n thresh cut orbittol\/}: provides the preferred local 1413: \item {\it LPERMDIST n thresh cut\/}: provides the preferred local 
1414: permutational alignment procedure.1414: permutational alignment procedure.
1415: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running1415: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running
1416: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than1416: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than
1417: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}.1417: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}.
1418: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are 1418: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are 
1419: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the1419: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the
1420: group, averaged over the start and finish geometries.1420: group, averaged over the start and finish geometries.
1421: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2)1421: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2)
1422: then the atom is not included in the neighbour list.1422: then the atom is not included in the neighbour list.
1423: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list,1423: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list,
1424: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0.1424: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0.
1425: The parameter {\it orbittol} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits 
1426: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001. 
1427: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise1425: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
1428: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}1426: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}
1429: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.1427: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.
1430: 1428: 
1431: \item {\it MACHINE\/}: specifies that points should be saved in binary (machine) format instead 1429: \item {\it MACHINE\/}: specifies that points should be saved in binary (machine) format instead 
1432: of human-readable xyz. Default false.1430: of human-readable xyz. Default false.
1433: 1431: 
1434: \item {\it MASS\/}: specifies the use of mass weighting for the steps; the 1432: \item {\it MASS\/}: specifies the use of mass weighting for the steps; the 
1435: output coordinates are not mass weighted.1433: output coordinates are not mass weighted.
1436: 1434: 

r30498/PATHSAMPLE.tex 2016-05-22 11:30:10.310444934 +0100 r30497/PATHSAMPLE.tex 2016-05-22 11:30:10.890452602 +0100
909: Only one of the {\it GT}, {\it GT2}, {\it KMC} and {\it KMCcommit} keywords should be909: Only one of the {\it GT}, {\it GT2}, {\it KMC} and {\it KMCcommit} keywords should be
910: present in a given {\tt pathdata} file.910: present in a given {\tt pathdata} file.
911: 911: 
912: \item {\it KSHORTESTPATHS npaths nconnmin extraprinting\/}: calculate the {\it npaths\/} paths912: \item {\it KSHORTESTPATHS npaths nconnmin extraprinting\/}: calculate the {\it npaths\/} paths
913: with the largest contributions to the rate constant when intervening minima are913: with the largest contributions to the rate constant when intervening minima are
914: put in steady state. Coded by Dr Joanne Carr. 914: put in steady state. Coded by Dr Joanne Carr. 
915: {\it nconnmin\/} specifies that minima with {\it nconnmin} connections or fewer915: {\it nconnmin\/} specifies that minima with {\it nconnmin} connections or fewer
916: should be disregarded in this analysis. Setting the optional argument {\it extraprinting} to "T" 916: should be disregarded in this analysis. Setting the optional argument {\it extraprinting} to "T" 
917: turns on extra output printing for each path (off by default). 917: turns on extra output printing for each path (off by default). 
918: 918: 
919: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff\/}: minimise distances between end points919: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff orbittol\/}: minimise distances between end points
920: prior to DNEB interpolation using local alignment.920: prior to DNEB interpolation using local alignment.
921: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment921: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment
922: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms922: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms
923: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.923: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.
924: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable924: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable
925: group in question times {\it thresh\/}.925: group in question times {\it thresh\/}.
926: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,926: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,
927: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable927: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable
928: groups that overlap, as for any groups with additional pair swaps, such928: groups that overlap, as for any groups with additional pair swaps, such
929: as valine and arginine.929: as valine and arginine.
930: Atoms that are equidistant from the permutable atoms in the two end points930: Atoms that are equidistant from the permutable atoms in the two end points
931: are also added to the set if the distance lies within a cutoff931: are also added to the set if the distance lies within a cutoff
932: radius {\it cutoff\/}.932: radius {\it cutoff\/}.
933: They are added in increasing distance order, and removed one at a time933: They are added in increasing distance order, and removed one at a time
934: if the resulting subsets of atoms cannot be aligned `perfectly' between934: if the resulting subsets of atoms cannot be aligned `perfectly' between
935: the two endpoints.935: the two endpoints.
936: Using cutoffs of 2.5 and 5\,\AA\ gives different internal rotations for936: Using cutoffs of 2.5 and 5\,\AA\ gives different internal rotations for
937: an arginine group, but with similar barriers.937: an arginine group, but with similar barriers.
938: The default values are 0.1 and 5.0 for {\it thresh} and {\it cutoff\/},938: The default values are 0.1 and 5.0 for {\it thresh} and {\it cutoff\/},
939: respectively.939: respectively.
 940: {\it orbittol\/} sets the threshold for assigning atoms to the
 941: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient};
 942: default is 0.001.
940: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise943: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
941: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}944: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}
942: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.945: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.
943: See also {\it LPERMDIST\/}, which effectively replaces {\it LOCALPERMDIST\/}.946: See also {\it LPERMDIST\/}, which effectively replaces {\it LOCALPERMDIST\/}.
944: 947: 
945: \item {\it LOWESTFRQ\/}: specifies that the lowest positive eigenvalues associated948: \item {\it LOWESTFRQ\/}: specifies that the lowest positive eigenvalues associated
946: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be read from {\tt min.data.info\/}949: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be read from {\tt min.data.info\/}
947: files and recorded in {\tt min.data}.950: files and recorded in {\tt min.data}.
948: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}951: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}
949: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.952: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.
950: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.953: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.
951: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these954: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these
952: extra data.955: extra data.
953: 956: 
954: \item {\it LPERMDIST n thresh cut orbittol\/}: provides the preferred local 
955: permutational alignment procedure. 
956: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running 
957: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than 
958: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}. 
959: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are 
960: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the 
961: group, averaged over the start and finish geometries. 
962: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2) 
963: then the atom is not included in the neighbour list. 
964: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list, 
965: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0. 
966: The parameter {\it orbittol} is the distance tolerance for assigning atoms to orbits 
967: in the {\bf myorient} standard orientation routine, default value 0.001. 
968: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise 
969: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow} 
970: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs. 
972: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as957: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as
973: binary rather than plain text.958: binary rather than plain text.
974: 959: 
975: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a960: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a
976: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by961: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by
977: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in962: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in
978: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to963: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to
979: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using964: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using
980: the AMBER potential.965: the AMBER potential.
981: 966: 

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0