hdiff output

r30495/PATHSAMPLE.tex 2016-05-22 11:30:11.110455504 +0100 r30494/PATHSAMPLE.tex 2016-05-22 11:30:11.302458041 +0100
909: Only one of the {\it GT}, {\it GT2}, {\it KMC} and {\it KMCcommit} keywords should be909: Only one of the {\it GT}, {\it GT2}, {\it KMC} and {\it KMCcommit} keywords should be
910: present in a given {\tt pathdata} file.910: present in a given {\tt pathdata} file.
911: 911: 
912: \item {\it KSHORTESTPATHS npaths nconnmin extraprinting\/}: calculate the {\it npaths\/} paths912: \item {\it KSHORTESTPATHS npaths nconnmin extraprinting\/}: calculate the {\it npaths\/} paths
913: with the largest contributions to the rate constant when intervening minima are913: with the largest contributions to the rate constant when intervening minima are
914: put in steady state. Coded by Dr Joanne Carr. 914: put in steady state. Coded by Dr Joanne Carr. 
915: {\it nconnmin\/} specifies that minima with {\it nconnmin} connections or fewer915: {\it nconnmin\/} specifies that minima with {\it nconnmin} connections or fewer
916: should be disregarded in this analysis. Setting the optional argument {\it extraprinting} to "T" 916: should be disregarded in this analysis. Setting the optional argument {\it extraprinting} to "T" 
917: turns on extra output printing for each path (off by default). 917: turns on extra output printing for each path (off by default). 
918: 918: 
919: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff orbittol\/}: minimise distances between end points919: \item {\it LPERMDIST n thresh cut\/}: is the same local
920: prior to DNEB interpolation using local alignment.920: permutational alignment procedure as for {\tt OPTIM}.
921: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment921: {\it n\/} is the maximum number of extra atoms to include in running
922: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms922: {\bf minperm\/} for each permutable group (default 4), rather than
923: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.923: treating the whole system at the same time, as for {\it PERMDIST}.
924: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable924: The extra atoms that define the neighbourhood of the permutable group are
925: group in question times {\it thresh\/}.925: added one at a time in order of their distance from the centre of coordinates of the
926: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,926: group, averaged over the start and finish geometries.
927: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable927: If the optimal aligned distance is greater than {\it thresh\/} (default value 0.2)
928: groups that overlap, as for any groups with additional pair swaps, such928: then the atom is not included in the neighbour list.
929: as valine and arginine.929: This procedure continues until there are {\it n\/} atoms in the neighbour list,
930: Atoms that are equidistant from the permutable atoms in the two end points930: or no more atoms within the cutoff distance {\it cut\/}, default 10.0.
931: are also added to the set if the distance lies within a cutoff931: This keyword requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
932: radius {\it cutoff\/}. 
933: They are added in increasing distance order, and removed one at a time 
934: if the resulting subsets of atoms cannot be aligned `perfectly' between 
935: the two endpoints. 
936: Using cutoffs of 2.5 and 5\,\AA\ gives different internal rotations for 
937: an arginine group, but with similar barriers. 
938: The default values are 0.1 and 5.0 for {\it thresh} and {\it cutoff\/}, 
939: respectively. 
940: {\it orbittol\/} sets the threshold for assigning atoms to the 
941: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}; 
942: default is 0.001. 
943: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise 
944: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}932: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}
945: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.933: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.
946: See also {\it LPERMDIST\/}, which effectively replaces {\it LOCALPERMDIST\/}. 
947: 934: 
948: \item {\it LOWESTFRQ\/}: specifies that the lowest positive eigenvalues associated935: \item {\it LOWESTFRQ\/}: specifies that the lowest positive eigenvalues associated
949: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be read from {\tt min.data.info\/}936: with the Hessian and mass-weighted Hessian should be read from {\tt min.data.info\/}
950: files and recorded in {\tt min.data}.937: files and recorded in {\tt min.data}.
951: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}938: These eigenvalues can then be used in combination with {\it DUMMYTS\/}
952: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.939: to estimate the energy and frequency factor associated with dummy transition states.
953: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.940: The {\it LOWESTFRQ\/} keyword must also appear in {\tt odata.bhinterp} or {\tt odata.bisect}.
954: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these941: The current estimate for dummy transition state parameters does not require these
955: extra data.942: extra data.
956: 943: 
957: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as944: \item {\it MACHINE\/}: if specified, certain files are written and read as
958: binary rather than plain text.945: binary rather than plain text.
959: 946: 
960: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a947: \item {\it MACROCYCLE n\/}: sets up permutational isomers for a
961: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by948: macrocyclic system. The number of repeat units in the macrocycle is given by
962: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in949: {\it n} (e.g. {\it n}=4 for cyclo-[Gly$_4$]). The order of the atoms in
963: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to950: each repeat unit must be the same and these permutations should not be added to
964: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using951: the {\tt perm.allow} file. This keyword has only been tested on cyclic peptides using
965: the AMBER potential.952: the AMBER potential.
966: 953: 
967: \item {\it MAKEPAIRS pairfile\/}: use in conjunction with ADDMIN or READMIN954: \item {\it MAKEPAIRS pairfile\/}: use in conjunction with ADDMIN or READMIN to produce an {\tt Epath}-style pairfile which can then be used with USEPAIRS to connect a chain of minima together. The minima from the min.data.info are read into the PATHSAMPLE database as normal, but in addition the pairfile records the indices of the minima in the order in which they appeared in min.data.info. Running PATHSAMPLE with USEPAIRS then connects every pair of minima from the original min.data.info file, in the order they appeared. Minima may appear multiple times in the same pairfile if they appear multiple times in min.data.info. The exception is consecutive duplicate minima, which are omitted.
968: to produce an {\tt Epath}-style pairfile which can then be used with USEPAIRS 
969: to connect a chain of minima together. The minima from the min.data.info are 
970: read into the PATHSAMPLE database as normal, but in addition the pairfile 
971: records the indices of the minima in the order in which they appeared in 
972: min.data.info. Running PATHSAMPLE with USEPAIRS then connects every pair of 
973: minima from the original min.data.info file, in the order they appeared. Minima 
974: may appear multiple times in the same pairfile if they appear multiple times in 
975: min.data.info. The exception is consecutive duplicate minima, which are 
976: omitted. 
977: 955: 
978: \item {\it MAXBARRIER x\/}: use in the post-processing analyses to set a criterion for excluding transition 956: \item {\it MAXBARRIER x\/}: use in the post-processing analyses to set a criterion for excluding transition 
979: states if the barriers from both connected minima exceed {\it x\/}. The threshold {\it x\/} is reset to infinity 957: states if the barriers from both connected minima exceed {\it x\/}. The threshold {\it x\/} is reset to infinity 
980: on converting potential energies to free energies during a run.958: on converting potential energies to free energies during a run.
981: 959: 
982: \item {\it MAXDOWNBARRIER x\/}: specifies a maximum downhill barrier 960: \item {\it MAXDOWNBARRIER x\/}: specifies a maximum downhill barrier 
983: of {\it x\/} for {\it DIJKSTRA\/} analysis. 961: of {\it x\/} for {\it DIJKSTRA\/} analysis. 
984: The downhill barriers for the path with the largest contribution to the962: The downhill barriers for the path with the largest contribution to the
985: non-recrossing steady-state rate constant are sorted and those that exceed963: non-recrossing steady-state rate constant are sorted and those that exceed
986: {\it x\/} are analysed further. The transition state in question is removed964: {\it x\/} are analysed further. The transition state in question is removed
1012: 990: 
1013: \item {\it MINGAP x RATIO\/}: sets a cut off for what connections should be tried in a Dijinit run.991: \item {\it MINGAP x RATIO\/}: sets a cut off for what connections should be tried in a Dijinit run.
1014: Either {\it x} is the minimum distance between two minima for a connection run to be started, or if RATIO992: Either {\it x} is the minimum distance between two minima for a connection run to be started, or if RATIO
1015: is used, x is the fraction of the maximum pair distance that is then used as minimum. Should be used to 993: is used, x is the fraction of the maximum pair distance that is then used as minimum. Should be used to 
1016: focus searches on large gaps in the database and ignore small connections entirely.994: focus searches on large gaps in the database and ignore small connections entirely.
1017: 995: 
1018: 996: 
1019: \item {\it MLPB3} specifies a multi-layer perceptron neural network997: \item {\it MLPB3} specifies a multi-layer perceptron neural network
1020: with {\it in} input nodes, {\it hidden} hidden nodes, {\it out} output nodes, regularisation constant998: with {\it in} input nodes, {\it hidden} hidden nodes, {\it out} output nodes, regularisation constant
1021: $\lambda$ and bias nodes for the hidden and output sums.999: $\lambda$ and bias nodes for the hidden and output sums.
1022: The number of variables is {\it hidden}$\times$(in+out)+1,1000: The number of variables is {\it hidden$\times$(in+out)+1,
1023: and {\tt PATHSAMPLE} needs this keyword to deal with input/output1001: and {\tt PATHSAMPLE} needs this keyword to deal with input/output
1024: for the {\tt OPTIM} {\it VARIABLES} format. There is another keyword1002: for the {\tt OPTIM} {\it VARIABLES} format. There is another keyword
1025: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes.1003: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes.
1026: 1004: 
1027: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.1005: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.
1028: 1006: 
1029: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer1007: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer
1030: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter1008: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter
1031: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with1009: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with
1032: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.1010: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0