hdiff output

r30490/OPTIM.tex 2016-05-21 12:30:09.527942550 +0100 r30489/OPTIM.tex 2016-05-21 12:30:09.727945193 +0100
1351: \item {\it KEEPINDEX \/}: specifies that {\it INDEX\/} is set equal to1351: \item {\it KEEPINDEX \/}: specifies that {\it INDEX\/} is set equal to
1352:       the number of negative Hessian eigenvalues at the initial point.1352:       the number of negative Hessian eigenvalues at the initial point.
1353: 1353: 
1354: \item {\it KTWN x \/}: for use with {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS MWVECTORS} - sets kT in cm$^{-1}$ to x. The default value is 207.11 cm$^{-1}$. If KTWN is specified, an additional output file, {\tt thermalmodes.pdb} is produced during a normal mode analysis containing per atom and per residue displacement information resulting from a Boltzmann weighted (by frequency) vector sum of all normal modes whose frequencies are less than kT. This information can be visualised as described for {\it DUMPMODE}.1354: \item {\it KTWN x \/}: for use with {\it DUMPVECTOR ALLVECTORS MWVECTORS} - sets kT in cm$^{-1}$ to x. The default value is 207.11 cm$^{-1}$. If KTWN is specified, an additional output file, {\tt thermalmodes.pdb} is produced during a normal mode analysis containing per atom and per residue displacement information resulting from a Boltzmann weighted (by frequency) vector sum of all normal modes whose frequencies are less than kT. This information can be visualised as described for {\it DUMPMODE}.
1355: 1355: 
1356: \item {\it LANCZOS \/}: obsolete; specifies that a Lanczos procedure should be used to1356: \item {\it LANCZOS \/}: obsolete; specifies that a Lanczos procedure should be used to
1357: find eigenvalues and eigenvectors. 1357: find eigenvalues and eigenvectors. 
1358: Lapack routine {\tt DSYEVR} is now used throughout instead.1358: Lapack routine {\tt DSYEVR} is now used throughout instead.
1359: 1359: 
1360: 1360: 
1361: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff orbittol\/}: minimise distances between end points1361: \item {\it LOCALPERMDIST thresh cutoff\/}: minimise distances between end points
1362: prior to DNEB interpolation using local alignment.1362: prior to DNEB interpolation using local alignment.
1363: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment1363: {\it thresh} is used to define the tolerance for a `perfect' alignment
1364: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms1364: in routine {\bf minpermdist}, which is called for subsets of atoms
1365: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.1365: rather than all at the same time for {\it PERMDIST}.
1366: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable1366: The threshold used is actually the number of atoms in the permutable
1367: group in question times {\it thresh\/}.1367: group in question times {\it thresh\/}.
1368: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,1368: The routine {\bf minpermrb} cycles through the permutable groups,
1369: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable1369: calling {\bf minpermdist} for each one, augmented by any other permutable
1370: groups that overlap, as for any groups with additional pair swaps, such1370: groups that overlap, as for any groups with additional pair swaps, such
1371: as valine and arginine.1371: as valine and arginine.
1372: Atoms that are equidistant from the permutable atoms in the two end points1372: Atoms that are equidistant from the permutable atoms in the two end points
1373: are also added to the set if the distance lies within a cutoff1373: are also added to the set if the distance lies within a cutoff
1374: radius {\it cutoff\/}.1374: radius {\it cutoff\/}.
1375: They are added in increasing distance order, and removed one at a time 1375: They are added in increasing distance order, and removed one at a time 
1376: if the resulting subsets of atoms cannot be aligned `perfectly' between1376: if the resulting subsets of atoms cannot be aligned `perfectly' between
1377: the two endpoints.1377: the two endpoints.
1378: Using cutoffs of 2.5 and 5\,\AA\ gives different internal rotations for1378: Using cutoffs of 2.5 and 5\,\AA\ gives different internal rotations for
1379: an arginine group, but with similar barriers. 1379: an arginine group, but with similar barriers. 
1380: The default values are 0.1 and 5.0 for {\it thresh} and {\it cutoff\/},1380: The default values are 0.1 and 5.0 for {\it thresh} and {\it cutoff\/},
1381: respectively.1381: respectively.
1382: {\it orbittol\/} sets the threshold for assigning atoms to the 
1383: same orbit when analysing the standard orientation in routine {\bf myorient}; 
1384: default is 0.001. 
1385: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise1382: Requires the auxiliary file {\tt perm.allow} to specify permutable atoms, otherwise
1386: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}1383: all atoms are assumed to be permutable. The absence of a {\tt perm.allow}
1387: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.1384: file is considered a mistake for {\it CHARMM\/} runs.
1388: See also {\it LPERMDIST\/}, which effectively replaces {\it LOCALPERMDIST\/}.1385: See also {\it LPERMDIST\/}, which effectively replaces {\it LOCALPERMDIST\/}.
1389: 1386: 
1390: The first line of the {\tt perm.allow} file must contain an integer1387: The first line of the {\tt perm.allow} file must contain an integer
1391: that specifies the number of primary groups of interchangeable atoms.1388: that specifies the number of primary groups of interchangeable atoms.
1392: The groups then follow, each one introduced by a line with two integers $p$ and $s$1389: The groups then follow, each one introduced by a line with two integers $p$ and $s$
1393: that specify the number of permutable atoms in the primary group and the number of other sets1390: that specify the number of permutable atoms in the primary group and the number of other sets
1394: of permutable atoms associated with the primary set.1391: of permutable atoms associated with the primary set.

Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0