hdiff output

r30250/commons.f90 2016-04-08 09:30:13.223035911 +0100 r30249/commons.f90 2016-04-08 09:30:14.339050728 +0100
 74:      &                 GBANISOTROPYR,GBWELLDEPTHR,PARAMa1,PARAMb1,PARAMc1,PARAMa2,PARAMB2,PARAMc2,PSIGMA0(2),PEPSILON0,& 74:      &                 GBANISOTROPYR,GBWELLDEPTHR,PARAMa1,PARAMb1,PARAMc1,PARAMa2,PARAMB2,PARAMc2,PSIGMA0(2),PEPSILON0,&
 75:      &                 PEPSILON1(3),PSCALEFAC1(2),PSCALEFAC2(2),PYA11(3),PYA21(3),PYA12(3),PYA22(3), & 75:      &                 PEPSILON1(3),PSCALEFAC1(2),PSCALEFAC2(2),PYA11(3),PYA21(3),PYA12(3),PYA22(3), &
 76:      &                 PEPSILONATTR(2),PSIGMAATTR(2), PYOVERLAPTHRESH, PYCFTHRESH, LJSITECOORDS(3), & 76:      &                 PEPSILONATTR(2),PSIGMAATTR(2), PYOVERLAPTHRESH, PYCFTHRESH, LJSITECOORDS(3), &
 77:      &                 MSTART,MFINISH,MBSTART1,MBFINISH1,MBSTART2,MBFINISH2,MBHEIGHT1,MBHEIGHT2,ME1,ME2,ME3, & 77:      &                 MSTART,MFINISH,MBSTART1,MBFINISH1,MBSTART2,MBFINISH2,MBHEIGHT1,MBHEIGHT2,ME1,ME2,ME3, &
 78:      &                 BSPTQMAX, BSPTQMIN, PFORCE, CSMNORM, CSMGUIDENORM, CSMEPS, PERCCUT, & 78:      &                 BSPTQMAX, BSPTQMIN, PFORCE, CSMNORM, CSMGUIDENORM, CSMEPS, PERCCUT, &
 79:      &                 LOWESTE, PERTSTEP, GCPLUS, & 79:      &                 LOWESTE, PERTSTEP, GCPLUS, &
 80:      &                 KINT, INTFREEZETOL, IMSEPMIN, IMSEPMAX, CONCUTABS, CONCUTFRAC, & 80:      &                 KINT, INTFREEZETOL, IMSEPMIN, IMSEPMAX, CONCUTABS, CONCUTFRAC, &
 81:      &                 LPDGEOMDIFFTOL, INTCONFRAC, MAXCONE, INTRMSTOL, BFGSTSTOL, ORBITTOL, & 81:      &                 LPDGEOMDIFFTOL, INTCONFRAC, MAXCONE, INTRMSTOL, BFGSTSTOL, ORBITTOL, &
 82:      &                 INTCONSTRAINTTOL, INTCONSTRAINTDEL, RBCUTOFF, INTCONSTRAINTREP, INTCONSTRAINREPCUT, & 82:      &                 INTCONSTRAINTTOL, INTCONSTRAINTDEL, RBCUTOFF, INTCONSTRAINTREP, INTCONSTRAINREPCUT, &
 83:      &                 INTLJTOL, INTLJDEL, INTLJEPS, REPCON, INTDGUESS, CHECKREPCUTOFF, INTMINFAC, FREEZETOL, & 83:      &                 INTLJTOL, INTLJDEL, INTLJEPS, REPCON, INTDGUESS, CHECKREPCUTOFF, INTMINFAC, FREEZETOL, &
 84:      &                 LOCALPERMCUT, LOCALPERMCUT2, INTCONCUT, QCIRADSHIFT, MLPLAMBDA, & 84:      &                 LOCALPERMCUT, LOCALPERMCUT2, INTCONCUT, QCIRADSHIFT, MLPLAMBDA
 85:      &                 CAPSIDRHO,CAPSIDEPS,SIGMAPENT,RADPENT,SIGMAHEX,RADHEX,SIGMAPH 
 86:  85: 
 87:       LOGICAL DEBUG, TARGET, MORSET, CUTT, SEEDT, CENT, TSALLIST, FREEZECORE, NEWJUMP, RENORM, CAPSID, FREEZE, & 86:       LOGICAL DEBUG, TARGET, MORSET, CUTT, SEEDT, CENT, TSALLIST, FREEZECORE, NEWJUMP, RENORM, CAPSID, FREEZE, &
 88:      &        OTPT, LJMFT, STRANDT, PAHT, SWT, MSTRANST, STOCKT, STICKYT, BLNT, MYSDT, FREEZERES, CENTXY, & 87:      &        OTPT, LJMFT, STRANDT, PAHT, SWT, MSTRANST, STOCKT, STICKYT, BLNT, MYSDT, FREEZERES, CENTXY, &
 89:      &        MSORIGT, SQUEEZET, PERIODIC, SCT, MSCT, MGUPTAT, RESIZET, TIP, RIGID, CALCQT, MPIT, JMT, LJCOULT, SETCENT, & 88:      &        MSORIGT, SQUEEZET, PERIODIC, SCT, MSCT, MGUPTAT, RESIZET, TIP, RIGID, CALCQT, MPIT, JMT, LJCOULT, SETCENT, &
 90:      &        SORTT, HIT, SAVEQ, PARALLELT, FIXD, RKMIN, BSMIN, PERMDIST, PERMOPT, BSWL, BSPT, BSPTRESTART, & 89:      &        SORTT, HIT, SAVEQ, PARALLELT, FIXD, RKMIN, BSMIN, PERMDIST, PERMOPT, BSWL, BSPT, BSPTRESTART, &
 91:      &        SYMMETRIZE, SYMMETRIZECSM, PRINT_PTGRP, PRINT_MINDATA, DUMPT, NEON, ARGON, P46, NORESET, TABOOT, EVSTEPT, PACHECO, DL_POLY, QUCENTRE, & 90:      &        SYMMETRIZE, SYMMETRIZECSM, PRINT_PTGRP, PRINT_MINDATA, DUMPT, NEON, ARGON, P46, NORESET, TABOOT, EVSTEPT, PACHECO, DL_POLY, QUCENTRE, &
 92:      &        STAR, PLUS, TWOPLUS, GROUND, DIPOLE, DFTBT, DFTBCT, SW, SUPERSTEP, EAMLJT, PBGLUET, TRACKDATAT, & 91:      &        STAR, PLUS, TWOPLUS, GROUND, DIPOLE, DFTBT, DFTBCT, SW, SUPERSTEP, EAMLJT, PBGLUET, TRACKDATAT, &
 93:      &        EAMALT, ALGLUET, MGGLUET, GUPTAT, LJATT, FST, DECAY, COOP, FIXBIN, GAUSST, QUENCHDOS, FIXDIHEFLAG, & 92:      &        EAMALT, ALGLUET, MGGLUET, GUPTAT, LJATT, FST, DECAY, COOP, FIXBIN, GAUSST, QUENCHDOS, FIXDIHEFLAG, &
 94:      &        FRAUSIT, ANGST, SELFT, STEPOUT, WENZEL, THRESHOLDT, THOMSONT, MULLERBROWNT, CHARMMENERGIES, & 93:      &        FRAUSIT, ANGST, SELFT, STEPOUT, WENZEL, THRESHOLDT, THOMSONT, MULLERBROWNT, CHARMMENERGIES, &
 95:      &        PROJ, RGCL2, TOSI, WELCH, AXTELL, AMBER, FIXIMAGE, BINARY, SHIFTCUT, ARNO, TUNNELT, TWOD, &  94:      &        PROJ, RGCL2, TOSI, WELCH, AXTELL, AMBER, FIXIMAGE, BINARY, SHIFTCUT, ARNO, TUNNELT, TWOD, & 


r30250/djwgr1.f90 2016-04-08 09:30:13.447038885 +0100 r30249/djwgr1.f90 2016-04-08 09:30:14.535053329 +0100
 15: !   along with this program; if not, write to the Free Software 15: !   along with this program; if not, write to the Free Software
 16: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 16: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 17: ! 17: !
 18: !  Energy and gradient for a genrigid setup example 18: !  Energy and gradient for a genrigid setup example
 19: ! 19: !
 20: !  NATOMS = total number of sites 20: !  NATOMS = total number of sites
 21: !  NRIGIDBODY = # rigid bodies 21: !  NRIGIDBODY = # rigid bodies
 22: ! 22: !
 23: SUBROUTINE DJWGR1(NATOMS,X,V,ENERGY,GTEST) 23: SUBROUTINE DJWGR1(NATOMS,X,V,ENERGY,GTEST)
 24: USE GENRIGID 24: USE GENRIGID
 25: USE COMMONS, ONLY : NHEXAMERS, CAPSIDRHO, CAPSIDEPS, SIGMAPENT, RADPENT, RADHEX, SIGMAHEX, SIGMAPH 25: USE COMMONS, ONLY : NHEXAMERS
 26: IMPLICIT NONE 26: IMPLICIT NONE
 27: LOGICAL GTEST 27: LOGICAL GTEST
 28: INTEGER NATOMS, J1, J2, J3, J4, NPOS1, NPOS2 28: INTEGER NATOMS, J1, J2, J3, J4, NPOS1, NPOS2
 29: DOUBLE PRECISION X(3*NATOMS), V(3*NATOMS), ENERGY, DUMMY2, DUMMY3, DUMMY, DIST, SIGMA, XDUMM, RHO, RDIST, RAD, EPSEFF 29: DOUBLE PRECISION X(3*NATOMS), V(3*NATOMS), ENERGY, DUMMY2, DUMMY3, DUMMY, DIST, SIGMA, XDUMM, RHO, RDIST, RAD, EPSEFF
  30: DOUBLE PRECISION RADHEX, SIGMAHEX, SIGMAPH
 30: DOUBLE PRECISION FATT, DFATT, FREP, DFREP 31: DOUBLE PRECISION FATT, DFATT, FREP, DFREP
 31: ! 32: !
 32: ! Derivatives of the pairwise site-site terms in terms of distance 33: ! Derivatives of the pairwise site-site terms in terms of distance
 33: ! 34: !
 34: FATT(RHO,XDUMM)=-1.0D0 + (1.0D0 - EXP(RHO*(1.0D0 - XDUMM)))**2 35: FATT(RHO,XDUMM)=-1.0D0 + (1.0D0 - EXP(RHO*(1.0D0 - XDUMM)))**2
 35: DFATT(RHO,XDUMM)=2.0D0*(-EXP(2.0D0*RHO*(1.0D0-XDUMM)) + EXP(RHO*(1.0D0-XDUMM)))*RHO 36: DFATT(RHO,XDUMM)=2.0D0*(-EXP(2.0D0*RHO*(1.0D0-XDUMM)) + EXP(RHO*(1.0D0-XDUMM)))*RHO
 36: FREP(SIGMA,XDUMM)=(SIGMA/XDUMM)**12 37: FREP(SIGMA,XDUMM)=(SIGMA/XDUMM)**12
 37: DFREP(SIGMA,XDUMM)=-12.0D0*(SIGMA/XDUMM)**12/XDUMM 38: DFREP(SIGMA,XDUMM)=-12.0D0*(SIGMA/XDUMM)**12/XDUMM
 38:  39: 
 39: ENERGY=0.0D0 40: ENERGY=0.0D0
 40: IF (GTEST) V(1:3*NATOMS)=0.0D0 41: IF (GTEST) V(1:3*NATOMS)=0.0D0
 41: ! 42: !
 42: ! 5 Morse plus two axial site pentamers from 43: ! 5 Morse plus two axial site pentamers from
 43: ! S.N. Fejer, T. James, J. Hernandez-Rojas and D.J. Wales, Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 2098-2104 (2009).  44: ! S.N. Fejer, T. James, J. Hernandez-Rojas and D.J. Wales, Phys. Chem. Chem. Phys., 11, 2098-2104 (2009). 
 44: ! Energy Landscapes for Shells Assembled from Pentagonal and Hexagonal Pyramids  45: ! Energy Landscapes for Shells Assembled from Pentagonal and Hexagonal Pyramids 
 45: ! 46: !
 46: ! RAD=5.0D0 47: RAD=5.0D0
 47: ! RHO=3.0D0 48: RADHEX=RAD*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length
 48: ! RADHEX=RAD*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length 
 49: ! SIGMA=(1.0D0+RAD*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
 50: ! SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
 51: ! SIGMAPH=0.5D0*(SIGMA + SIGMAHEX) 
 52: ! EPSEFF=0.4D0 
 53:  
 54: !!!!!!!!!!!!!! debug values 
 55: ! RHO=0.5D0 ! DJW debug 
 56: ! SIGMA=1.5D0*(1.0D0+RAD*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) ! DJW debug 
 57: ! SIGMAPH=SIGMAHEX ! DJW debug 
 58: !!!!!!!!!!!!!! debug values 
 59:  
 60: RHO=CAPSIDRHO 
 61: EPSEFF=CAPSIDEPS 
 62: SIGMA=SIGMAPENT 
 63: RAD=RADPENT 
 64:  49: 
  50: RHO=3.0D0
  51: SIGMA=(1.0D0+RAD*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0))
  52: SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0))
  53: SIGMAPH=0.5D0*(SIGMA + SIGMAHEX)
  54: EPSEFF=0.4D0
 65: ! 55: !
 66: ! Three different sorts of axial repulsion 56: ! Three different sorts of axial repulsion
 67: ! 57: !
 68: ! pent-pent first 58: ! pent-pent first
 69: ! 59: !
 70: DO J1=1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS 60: DO J1=1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS
 71:    DO J2=J1+1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS 61:    DO J2=J1+1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS
 72:       NPOS1=RIGIDGROUPS(1,J1) 62:       NPOS1=RIGIDGROUPS(1,J1)
 73:       NPOS2=RIGIDGROUPS(1,J2) 63:       NPOS2=RIGIDGROUPS(1,J2)
 74:       DIST=SQRT((X(3*(NPOS1-1)+1)-X(3*(NPOS2-1)+1))**2+(X(3*(NPOS1-1)+2)-X(3*(NPOS2-1)+2))**2+(X(3*(NPOS1-1)+3)-X(3*(NPOS2-1)+3))**2) 64:       DIST=SQRT((X(3*(NPOS1-1)+1)-X(3*(NPOS2-1)+1))**2+(X(3*(NPOS1-1)+2)-X(3*(NPOS2-1)+2))**2+(X(3*(NPOS1-1)+3)-X(3*(NPOS2-1)+3))**2)
164:          DUMMY2=EPSEFF*DFREP(SIGMAHEX,DIST)*RDIST154:          DUMMY2=EPSEFF*DFREP(SIGMAHEX,DIST)*RDIST
165:          CALL DJWGR1GRAD(NATOMS,NPOS1,NPOS2,DUMMY2,RDIST,X,V)155:          CALL DJWGR1GRAD(NATOMS,NPOS1,NPOS2,DUMMY2,RDIST,X,V)
166:       ENDIF156:       ENDIF
167:    ENDDO157:    ENDDO
168: ENDDO158: ENDDO
169: !159: !
170: ! Sum over the attractive sites.160: ! Sum over the attractive sites.
171: ! Same for p-p, p-h, and h-h.161: ! Same for p-p, p-h, and h-h.
172: !162: !
173: DO J1=1,NRIGIDBODY163: DO J1=1,NRIGIDBODY
174: !  DO J2=J1+1,NRIGIDBODY ! DJW debug164:    DO J2=J1+1,NRIGIDBODY
175:    DO J2=MAX(J1+1,NRIGIDBODY-NHEXAMERS+1),NRIGIDBODY 
176:       DO J3=3,NSITEPERBODY(J1)     ! # Morse sites in rb J1 NSITEPERBODY(J1)165:       DO J3=3,NSITEPERBODY(J1)     ! # Morse sites in rb J1 NSITEPERBODY(J1)
177:          NPOS1=RIGIDGROUPS(J3,J1)    ! where is this site in the list?166:          NPOS1=RIGIDGROUPS(J3,J1)    ! where is this site in the list?
178:          DO J4=3,NSITEPERBODY(J2)  ! # Morse sites in rb J2 NSITEPERBODY(J2)167:          DO J4=3,NSITEPERBODY(J2)  ! # Morse sites in rb J2 NSITEPERBODY(J2)
179:             NPOS2=RIGIDGROUPS(J4,J2) ! where is this site in the list?168:             NPOS2=RIGIDGROUPS(J4,J2) ! where is this site in the list?
180:             DIST=SQRT((X(3*(NPOS1-1)+1)-X(3*(NPOS2-1)+1))**2+(X(3*(NPOS1-1)+2)-X(3*(NPOS2-1)+2))**2+(X(3*(NPOS1-1)+3)-X(3*(NPOS2-1)+3))**2)169:             DIST=SQRT((X(3*(NPOS1-1)+1)-X(3*(NPOS2-1)+1))**2+(X(3*(NPOS1-1)+2)-X(3*(NPOS2-1)+2))**2+(X(3*(NPOS1-1)+3)-X(3*(NPOS2-1)+3))**2)
181:             ENERGY=ENERGY+FATT(RHO,DIST) 170:             ENERGY=ENERGY+FATT(RHO,DIST) 
182:             IF (GTEST) THEN171:             IF (GTEST) THEN
183:                RDIST=1.0D0/DIST172:                RDIST=1.0D0/DIST
184:                DUMMY2=DFATT(RHO,DIST)*RDIST173:                DUMMY2=DFATT(RHO,DIST)*RDIST
185:                CALL DJWGR1GRAD(NATOMS,NPOS1,NPOS2,DUMMY2,RDIST,X,V)174:                CALL DJWGR1GRAD(NATOMS,NPOS1,NPOS2,DUMMY2,RDIST,X,V)


r30250/finalio.f90 2016-04-08 09:30:13.675041912 +0100 r30249/finalio.f90 2016-04-08 09:30:14.763056357 +0100
1074:         LUNIT=GETUNIT()1074:         LUNIT=GETUNIT()
1075:         OPEN(UNIT=LUNIT,FILE='GRlowest.xyz',STATUS='UNKNOWN')1075:         OPEN(UNIT=LUNIT,FILE='GRlowest.xyz',STATUS='UNKNOWN')
1076:         DO J1=1,NSAVE1076:         DO J1=1,NSAVE
1077:            NDUMMY=01077:            NDUMMY=0
1078:            WRITE(LUNIT,'(I6)') NATOMS1078:            WRITE(LUNIT,'(I6)') NATOMS
1079:            WRITE(LUNIT,10) J1, QMIN(J1), FF(J1)1079:            WRITE(LUNIT,10) J1, QMIN(J1), FF(J1)
1080:            DO J2=1,NRIGIDBODY1080:            DO J2=1,NRIGIDBODY
1081:               IF (J2.LE.NRIGIDBODY-NHEXAMERS) THEN ! pentamer1081:               IF (J2.LE.NRIGIDBODY-NHEXAMERS) THEN ! pentamer
1082:                  DO J3=1,NSITEPERBODY(J2)1082:                  DO J3=1,NSITEPERBODY(J2)
1083:                     J4=NDUMMY+J31083:                     J4=NDUMMY+J3
1084:                     IF (J3.EQ.1) THEN1084:                     WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LA ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3)
1085:                        WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LC ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3) 
1086:                     ELSEIF (J3.EQ.2) THEN 
1087:                        WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LD ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3) 
1088:                     ELSE 
1089:                        WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LA ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3) 
1090:                     ENDIF 
1091:                  ENDDO1085:                  ENDDO
1092:               ELSE1086:               ELSE
1093:                  DO J3=1,NSITEPERBODY(J2)1087:                  DO J3=1,NSITEPERBODY(J2)
1094:                     J4=NDUMMY+J31088:                     J4=NDUMMY+J3
1095:                     IF (J3.EQ.1) THEN1089:                     WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LB ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3)
1096:                        WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LC ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3) 
1097:                     ELSEIF (J3.EQ.2) THEN 
1098:                        WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LD ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3) 
1099:                     ELSE 
1100:                        WRITE (LUNIT,'(A4,3F18.10,A12,3F18.10)') 'LB ',QMINP(J1,3*(J4-1)+1),QMINP(J1,3*(J4-1)+2),QMINP(J1,3*(J4-1)+3) 
1101:                     ENDIF 
1102:                  ENDDO1090:                  ENDDO
1103:               ENDIF1091:               ENDIF
1104:               NDUMMY=NDUMMY+NSITEPERBODY(J2)1092:               NDUMMY=NDUMMY+NSITEPERBODY(J2)
1105:            ENDDO1093:            ENDDO
1106:         ENDDO1094:         ENDDO
1107:         CLOSE(LUNIT)1095:         CLOSE(LUNIT)
1108:      ENDIF1096:      ENDIF
1109:      1097:      
1110:   ELSE IF (DBPT .OR. DMBLPYT) THEN1098:   ELSE IF (DBPT .OR. DMBLPYT) THEN
1111:      1099:      


r30250/io1.f 2016-04-08 09:30:13.895044833 +0100 r30249/io1.f 2016-04-08 09:30:14.995059437 +0100
696:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' atoms. Potential not recognised. '696:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' atoms. Potential not recognised. '
697:           END SELECT697:           END SELECT
698:       ELSEIF (QCIPOTT.OR.INTCONSTRAINTT) THEN698:       ELSEIF (QCIPOTT.OR.INTCONSTRAINTT) THEN
699:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' QCI atoms'699:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' QCI atoms'
700:       ELSEIF (MKTRAPT) THEN700:       ELSEIF (MKTRAPT) THEN
701:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' MK trapped ions'701:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' MK trapped ions'
702:       ELSEIF (DJWRBT) THEN702:       ELSEIF (DJWRBT) THEN
703:          IF (DJWRBID.EQ.1) THEN703:          IF (DJWRBID.EQ.1) THEN
704:             WRITE(MYUNIT,'(3(I4,A))') NATOMS,' sites for ',NRIGIDBODY,' rigid bodies - DJW potential ',DJWRBID704:             WRITE(MYUNIT,'(3(I4,A))') NATOMS,' sites for ',NRIGIDBODY,' rigid bodies - DJW potential ',DJWRBID
705:             WRITE(MYUNIT,'(2(I4,A))') NRIGIDBODY-NHEXAMERS,' pentamers and ',NHEXAMERS,' hexamers'705:             WRITE(MYUNIT,'(2(I4,A))') NRIGIDBODY-NHEXAMERS,' pentamers and ',NHEXAMERS,' hexamers'
706:             WRITE(MYUNIT,'(A,4G20.10)') 'rho, eps, sigma and pentamer radius=',CAPSIDRHO,CAPSIDEPS,SIGMAPENT,RADPENT 
707:             WRITE(MYUNIT,'(A,4G20.10)') 'hexamer sigma, radius and hex/pent sigma=',SIGMAHEX,RADHEX,SIGMAPH 
708:          ENDIF706:          ENDIF
709:       ELSEIF (MLP3T) THEN707:       ELSEIF (MLP3T) THEN
710:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' link weights for MLP3'708:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' link weights for MLP3'
711:       ELSE709:       ELSE
712:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' LJ atoms'710:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' LJ atoms'
713:       ENDIF711:       ENDIF
714:       IF (PYGPERIODICT.OR.PYBINARYT) CALL INITIALISEPYGPERIODIC712:       IF (PYGPERIODICT.OR.PYBINARYT) CALL INITIALISEPYGPERIODIC
715:       IF (LJCAPSIDT) CALL INITIALISELJCAPSIDMODEL713:       IF (LJCAPSIDT) CALL INITIALISELJCAPSIDMODEL
716:       IF (PYT) call py_input714:       IF (PYT) call py_input
717:       IF (INTMINT)  WRITE(MYUNIT,'(A)') 'Internal coordinate transformation will be used'715:       IF (INTMINT)  WRITE(MYUNIT,'(A)') 'Internal coordinate transformation will be used'
843: !           RADIUS=4.0D0*RADIUS*2.0D0**(1.0D0/6.0D0)841: !           RADIUS=4.0D0*RADIUS*2.0D0**(1.0D0/6.0D0)
844:             RADIUS=MAX(NATOMS*4.0D0/(2*19.0D0),2.0D0)842:             RADIUS=MAX(NATOMS*4.0D0/(2*19.0D0),2.0D0)
845:          ELSE IF (PACHECO) THEN843:          ELSE IF (PACHECO) THEN
846:             RADIUS=RADIUS*10.0185D0844:             RADIUS=RADIUS*10.0185D0
847:          ELSE IF (PBGLUET) THEN845:          ELSE IF (PBGLUET) THEN
848:             RADIUS=RADIUS*3.4d0846:             RADIUS=RADIUS*3.4d0
849:          ELSE IF (ACKLANDT) THEN847:          ELSE IF (ACKLANDT) THEN
850:             RADIUS=RADIUS*3.0D0848:             RADIUS=RADIUS*3.0D0
851:          ELSE IF (DJWRBT) THEN849:          ELSE IF (DJWRBT) THEN
852:             IF (DJWRBID.EQ.1) THEN850:             IF (DJWRBID.EQ.1) THEN
853:                RADIUS=RADIUS851:                RADIUS=RADIUS*5.0D0
854:             ENDIF852:             ENDIF
855:          ELSE IF (EAMALT) THEN853:          ELSE IF (EAMALT) THEN
856:             RADIUS=RADIUS*2.8d0854:             RADIUS=RADIUS*2.8d0
857:          ELSE IF (ALGLUET) THEN855:          ELSE IF (ALGLUET) THEN
858:             RADIUS=RADIUS*2.85d0856:             RADIUS=RADIUS*2.85d0
859:          ELSE IF (MGGLUET) THEN857:          ELSE IF (MGGLUET) THEN
860:             RADIUS=RADIUS*3.2d0858:             RADIUS=RADIUS*3.2d0
861:          ELSE IF (TIP) THEN859:          ELSE IF (TIP) THEN
862:             RADIUS=RADIUS*3.0D0860:             RADIUS=RADIUS*3.0D0
863:          ELSE IF (CAPSID) THEN861:          ELSE IF (CAPSID) THEN


r30250/keywords.f 2016-04-08 09:30:14.115047753 +0100 r30249/keywords.f 2016-04-08 09:30:15.235062623 +0100
1108:       GCBHT=.FALSE.1108:       GCBHT=.FALSE.
1109:       SEMIGRAND_MUT=.FALSE.1109:       SEMIGRAND_MUT=.FALSE.
1110:       USEROT=.FALSE.1110:       USEROT=.FALSE.
1111:       GCMU=0.0D01111:       GCMU=0.0D0
1112:       GCNATOMS=11112:       GCNATOMS=1
1113:       GCINT=1001113:       GCINT=100
1114:       GCRELAX=10*GCINT1114:       GCRELAX=10*GCINT
1115:       GCPLUS=0.5D01115:       GCPLUS=0.5D0
1116:       DJWRBT=.FALSE.1116:       DJWRBT=.FALSE.
1117:       NHEXAMERS=01117:       NHEXAMERS=0
1118:       RADPENT=5.0D0 
1119:       CAPSIDRHO=3.0D0 
1120:       RADHEX=RADPENT*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length 
1121:       SIGMAPENT=(1.0D0+RADPENT*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
1122:       SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
1123:       SIGMAPH=0.5D0*(SIGMAPENT + SIGMAHEX) 
1124:       CAPSIDEPS=0.4D0 
1125:  
1126: !     RAD=5.0D0 
1127: !     RHO=3.0D0 
1128: !     RADHEX=RAD*2.0*0.5877852522924731D0  ! 2 * Sin[36] to give the same edge length 
1129: !     SIGMA=(1.0D0+RAD*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
1130: !     SIGMAHEX=(1.0D0+RADHEX*SQRT((5.0D0+SQRT(5.0D0))/2.0D0)) 
1131: !     SIGMAPH=0.5D0*(SIGMA + SIGMAHEX) 
1132: !     CAPSIDEPS=0.4D0 
1133:  
1134: !1118: !
1135: ! Neural network potential1119: ! Neural network potential
1136: !1120: !
1137:       MLP3T=.FALSE.1121:       MLP3T=.FALSE.
1138:       MLPB3T=.FALSE.1122:       MLPB3T=.FALSE.
1139:       MLPNEWREG=.FALSE.1123:       MLPNEWREG=.FALSE.
1140:       MLPDONE=.FALSE.1124:       MLPDONE=.FALSE.
1141:       MLPNORM=.FALSE.1125:       MLPNORM=.FALSE.
1142:       MLPLAMBDA=0.0D01126:       MLPLAMBDA=0.0D0
1143:       1127:       
3117:       ELSE IF (WORD.EQ.'DISTOPT') THEN3101:       ELSE IF (WORD.EQ.'DISTOPT') THEN
3118:          DISTOPT=.TRUE.3102:          DISTOPT=.TRUE.
3119:       ELSE IF (WORD.EQ.'DJWRB') THEN3103:       ELSE IF (WORD.EQ.'DJWRB') THEN
3120:          DJWRBT=.TRUE.3104:          DJWRBT=.TRUE.
3121:          CALL READI(DJWRBID)3105:          CALL READI(DJWRBID)
3122:          IF (DJWRBID /= 1) THEN3106:          IF (DJWRBID /= 1) THEN
3123:             PRINT *, 'DJWRB id ',DJWRBID,' unknown'3107:             PRINT *, 'DJWRB id ',DJWRBID,' unknown'
3124:             STOP3108:             STOP
3125:          ENDIF3109:          ENDIF
3126:          IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(NHEXAMERS)3110:          IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(NHEXAMERS)
3127:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(RADPENT)3111: !
3128:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READF(CAPSIDRHO) 
3129:          IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(CAPSIDEPS) 
3130:          IF (NITEMS.GT.6) CALL READF(SIGMAPENT) 
3131:          IF (NITEMS.GT.7) CALL READF(RADHEX) 
3132:          IF (NITEMS.GT.8) CALL READF(SIGMAHEX) 
3133:          IF (NITEMS.GT.9) CALL READF(SIGMAPH) 
3134:  
3135: !  NOT DOCUMENTED - INTENTIONAL3112: !  NOT DOCUMENTED - INTENTIONAL
3136: !3113: !
3137:       ELSE IF (WORD.EQ.'DL_POLY') THEN3114:       ELSE IF (WORD.EQ.'DL_POLY') THEN
3138:          DL_POLY=.TRUE.3115:          DL_POLY=.TRUE.
3139:          CALL READI(NATOMS)3116:          CALL READI(NATOMS)
3140: 3117: 
3141: ! vr274> Uses DMACRYS for potential calculations3118: ! vr274> Uses DMACRYS for potential calculations
3142:       ELSE IF (WORD.EQ.'DMACRYS') THEN3119:       ELSE IF (WORD.EQ.'DMACRYS') THEN
3143:          DMACRYST=.true.3120:          DMACRYST=.true.
3144:          CALL DMACRYS_INITIALIZE_GMIN3121:          CALL DMACRYS_INITIALIZE_GMIN


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0