hdiff output

r30163/OPTIM.tex 2016-03-16 18:34:25.871598722 +0000 r30162/OPTIM.tex 2016-03-16 18:34:26.071600780 +0000
1909: allowed by the three following groups. This scheme allows atoms to appear in more 1909: allowed by the three following groups. This scheme allows atoms to appear in more 
1910: than one group. There must be a group containing each complete set of permutations1910: than one group. There must be a group containing each complete set of permutations
1911: in order for permutation-inversion isomers to be recognised. The format1911: in order for permutation-inversion isomers to be recognised. The format
1912: is compatible with an older scheme, where only pair swaps were allowed for1912: is compatible with an older scheme, where only pair swaps were allowed for
1913: associated atoms, but now allows for more general permutations.1913: associated atoms, but now allows for more general permutations.
1914: 1914: 
1915: Scripts to generate allowed permutations automatically for CHARMM and AMBER are available from1915: Scripts to generate allowed permutations automatically for CHARMM and AMBER are available from
1916: the group web site. It is essential to use symmetrised versions of the corresponding1916: the group web site. It is essential to use symmetrised versions of the corresponding
1917: force fields! 1917: force fields! 
1918: 1918: 
1919: \item {\it PERMDISTINIT x\/}: performs the permutational analysis described above for {\it PERMDIST}, 
1920: but only for the initial alignment of two end points. After this is done, the permutational 
1921: optimisation is turned off, which can save time. 
1922:  
1923: \item {\it PERTDIHE chpmax chnmin chnmax iseed\/}: CHARMM 1919: \item {\it PERTDIHE chpmax chnmin chnmax iseed\/}: CHARMM 
1924: and UNRES dihedral angle perturbation specification.1920: and UNRES dihedral angle perturbation specification.
1925: Performs random, {\tt GMIN}-style twists before starting optimisation.1921: Performs random, {\tt GMIN}-style twists before starting optimisation.
1926: 1922: 
1927: \item {\it POINTS\/}: this is usually the last keyword and introduces the1923: \item {\it POINTS\/}: this is usually the last keyword and introduces the
1928: coordinate information, which is read one atom per line. Each line must consist1924: coordinate information, which is read one atom per line. Each line must consist
1929: of the atomic symbol of the atom followed by its three Cartesian coordinates.1925: of the atomic symbol of the atom followed by its three Cartesian coordinates.
1930: Leading spaces before the atomic symbol should be avoided. For calculations1926: Leading spaces before the atomic symbol should be avoided. For calculations
1931: involving CHARMM, UNRES, AMBER and CPMD the coordinates are obtained from auxiliary files, 1927: involving CHARMM, UNRES, AMBER and CPMD the coordinates are obtained from auxiliary files, 
1932: and {\it POINTS\/} will be the last OPTIM directive in the {\tt odata} file, or1928: and {\it POINTS\/} will be the last OPTIM directive in the {\tt odata} file, or


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0