hdiff output

r29939/AUCmean.f90 2016-02-11 11:30:07.479766564 +0000 r29938/AUCmean.f90 2016-02-11 11:30:08.043773980 +0000
  1: PROGRAM AUCMEAN  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/AUCmean.f90' in revision 29938
  2: IMPLICIT NONE 
  3: INTEGER NFILES, NDATA, J1, J2 
  4: DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SUM(:) 
  5: DOUBLE PRECISION DUMMY 
  6:  
  7: READ(*,*) NFILES, NDATA 
  8: ALLOCATE(SUM(NDATA)) 
  9: SUM(1:NDATA)=0.0D0 
 10:  
 11: DO J1=1,NFILES 
 12:    DO J2=1,NDATA 
 13:       READ(*,*) DUMMY 
 14:       SUM(J2)=SUM(J2)+DUMMY 
 15:    ENDDO 
 16: ENDDO 
 17: SUM(1:NDATA)=SUM(1:NDATA)/NFILES 
 18: WRITE(*,'(G20.10)') SUM(1:NDATA) 
 19:  
 20: END PROGRAM AUCMEAN 


r29939/makeAUC.sh 2016-02-11 11:30:07.855771508 +0000 r29938/makeAUC.sh 2016-02-11 11:30:08.419778924 +0000
  1: #!/bin/sh  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/makeAUC.sh' in revision 29938
  2:  
  3: cp pathdata pathdata.save 
  4: echo "EXTRACTMIN 1" > pathdata 
  5: cat pathdata.save >> pathdata 
  6: /sharedscratch/wales/PATHSAMPLE.pgi/PATHSAMPLE 
  7: nvar=`wc extractedmin | awk '{print $1}'` 
  8: echo number of variables is $nvar 
  9:  
 10: echo "EXTRACTMIN -1" > pathdata 
 11: cat pathdata.save >> pathdata 
 12: /sharedscratch/wales/PATHSAMPLE.pgi/PATHSAMPLE 
 13:  
 14: cp pathdata.save pathdata 
 15: rm AUC.test 
 16: rm AUC.pasted 
 17: count=-1 
 18:  
 19: for start in 1 5000 5500 6000 6500 7000 7500 8000 8500 9000 9500 ; do 
 20:  
 21:    string=`head -1 odata.multi.prob` 
 22:    echo $string $start > odata 
 23:    sed -e "1d" odata.multi.prob >> odata 
 24:    head -$nvar extractedmin >> odata 
 25:    /sharedscratch/wales/OPTIM.pgi/OPTIM > output.multi.prob.$start 
 26:  
 27:    wc min.data | awk '{print $1}'> poo 
 28:    grep AUC output.multi.prob.$start | sort -u | awk '{print $4}' > AUC.$start 
 29:    cat AUC.$start >> AUC.test 
 30:    mv poo min.AUC.$start 
 31:    if [ $count == -1 ]; then 
 32:       cp AUC.$start AUC.pasted 
 33:    else 
 34:       paste AUC.pasted AUC.$start > temp 
 35:       cp temp AUC.pasted 
 36:    fi 
 37:    ((count++)) 
 38:  
 39: done 
 40:  
 41: echo $count `wc AUC.1` > AUCdata 
 42: cat AUC.test >> AUCdata 
 43: ../../../../AUCmean < AUCdata > AUC.mean 
 44: paste AUC.pasted AUC.mean > temp 
 45: cp temp AUC.pasted 
 46: gmin=`cat -n min.data | sort -k 1n | head -1 | awk '{print $1}'` 
 47: sed -n ${gmin}p AUC.pasted > AUC.gmin 
 48:  


r29939/ROC.f90 2016-02-11 11:30:07.667769040 +0000 r29938/ROC.f90 2016-02-11 11:30:08.231776456 +0000
  1: PROGRAM ROC  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/ROC.f90' in revision 29938
  2: IMPLICIT NONE 
  3: INTEGER J1, NVALS, NCOUNT 
  4: DOUBLE PRECISION TPR, FPR, AREA, TPRPREV, FPRPREV, NPOS, NNEG 
  5: DOUBLE PRECISION PTHRESH, P0, P1, P2, P3, ACTUAL 
  6:  
  7: NVALS=100 
  8: AREA=0.0D0 
  9: DO J1=0,NVALS 
 10:    PTHRESH=J1/(1.0D0*NVALS) 
 11:    TPRPREV=TPR 
 12:    FPRPREV=FPR 
 13:    TPR=0.0D0 
 14:    FPR=0.0D0 
 15:    NPOS=0.0D0 
 16:    NNEG=0.0D0 
 17:    NCOUNT=0 
 18:    OPEN(UNIT=1,FILE='probabilities',STATUS='OLD') 
 19:    DO  
 20:       READ(1,*,END=666) P0, P1, P2, P3, ACTUAL 
 21: !     PRINT *,'sum P=',P0+P1+P2+P3 
 22:       NCOUNT=NCOUNT+1 
 23:       IF (ACTUAL.LT.1.5D0) THEN    ! positive outcome: triangle 
 24:          NPOS=NPOS+1.0D0 
 25:          IF (P0.GT.PTHRESH) THEN   ! positive classifier, correct 
 26:             TPR=TPR+1.0D0 
 27:          ENDIF 
 28:       ELSE 
 29:          NNEG=NNEG+1.0D0 
 30:          IF (P0.GT.PTHRESH) THEN ! positive classifier, but wrong 
 31:             FPR=FPR+1.0D0 
 32:          ENDIF 
 33:       ENDIF 
 34:    ENDDO 
 35: 666 CONTINUE 
 36:    CLOSE(1) 
 37:    TPR=TPR/MAX(NPOS,1.0D0) 
 38:    FPR=FPR/MAX(NNEG,1.0D0) 
 39:    PRINT '(4G20.10)',FPR,TPR,PTHRESH,AREA 
 40:    IF (J1.GT.0) AREA=AREA+(TPR+TPRPREV)*ABS(FPR-FPRPREV)/2.0D0 
 41: ENDDO 
 42: PRINT '(A,I6,A,G20.10)','# finished ROC analysis for ',NCOUNT,' data values, AUC=',AREA 
 43:  
 44: END PROGRAM ROC 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0