hdiff output

r29934/GMIN.tex 2016-02-10 16:30:13.967396806 +0000 r29933/GMIN.tex 2016-02-10 16:30:14.163399373 +0000
1162: The activation function for the output layer is just the sum, so the1162: The activation function for the output layer is just the sum, so the
1163: bias potential here does nothing.1163: bias potential here does nothing.
1164: The outputs are normalised softmax probabilities and the1164: The outputs are normalised softmax probabilities and the
1165: L2 regularisation term (to prevent overfitting) is:1165: L2 regularisation term (to prevent overfitting) is:
1166: \begin{equation}1166: \begin{equation}
1167: E({\bf X};{\bf Z}) = -\sum_{d=1}^{N_{\rm data}} \ln p_{c(d)}({\bf X}) + \lambda {\bf X}^2,1167: E({\bf X};{\bf Z}) = -\sum_{d=1}^{N_{\rm data}} \ln p_{c(d)}({\bf X}) + \lambda {\bf X}^2,
1168: \end{equation}1168: \end{equation}
1169: where $c(d)$ is the class label for data point $d$ specified by the training set,1169: where $c(d)$ is the class label for data point $d$ specified by the training set,
1170: and $\lambda$ is a constant.1170: and $\lambda$ is a constant.
1171: The regularization is performed on all parameter degrees of freedom except for the bias nodes.1171: The regularization is performed on all parameter degrees of freedom except for the bias nodes.
1172: The number of variables is {\it hidden$\times$(in+out)+1}. There is another keyword1172: The number of variables is {\it hidden$\times$(in+out)+1. There is another keyword
1173: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes.1173: {\it MLP3}, which is exactly the same without the bias nodes.
1174: 1174: 
1175: \item {\it MSC nspecs nn11 mm11 sig11 sceps11 scc1\/}: specifies a multicomponent Sutton-Chen potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it can be used in conjunction with keywords {\it PERIODIC\/} and {\it CUTOFF\/}. The parameters {\it nn11\/}, {\it mm11\/}, {\it sig11\/}, {\it sceps11\/} and {\it scc11\/} have the same meaning as for the keyword {\it SC\/}. If a cutoff has been specified, then the potential will be smoothly truncated by a generalised Stoddard and Ford procedure, which ensures the energy and its first derivatives remain continuous. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MSC (ntypeI) nnIJ mmIJ sigIJ scepsIJ (sccI)\/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. The parameters {\it ntypeI\/} and {\it sccI\/} are expected only when $J = I$, with {\it ntypeI\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $\neq$ 1\/}. The value for {\it ntype1 (= ntypeA)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\1175: \item {\it MSC nspecs nn11 mm11 sig11 sceps11 scc1\/}: specifies a multicomponent Sutton-Chen potential for {\it nspecs} distinct metallic species. If {\it nspecs = 1\/} then this single line is sufficient, and it can be used in conjunction with keywords {\it PERIODIC\/} and {\it CUTOFF\/}. The parameters {\it nn11\/}, {\it mm11\/}, {\it sig11\/}, {\it sceps11\/} and {\it scc11\/} have the same meaning as for the keyword {\it SC\/}. If a cutoff has been specified, then the potential will be smoothly truncated by a generalised Stoddard and Ford procedure, which ensures the energy and its first derivatives remain continuous. If {\it nspecs $>$ 1\/}, then $ nspecs \times (nspecs + 1)/2 - 1$ more subsequent lines of the form {\it MSC (ntypeI) nnIJ mmIJ sigIJ scepsIJ (sccI)\/} must be supplied for all the remaining {\it I,J $\in$ [1,nspecs] \/} in ascending order with $J \geq I$. The parameters {\it ntypeI\/} and {\it sccI\/} are expected only when $J = I$, with {\it ntypeI\/} specifying the number of atoms for each species {\it I $\neq$ 1\/}. The value for {\it ntype1 (= ntypeA)\/} is inferred from the knowledge of the total number of atoms ({\it NATOMS\/}). For example, a ternary system A$_{N-k-l}$B$_{k}$C$_{l}$  ({\it N = NATOMS\/}) should be specified in six consecutive lines: \\
1176: \begin{tabular}{lllllll}1176: \begin{tabular}{lllllll}
1177: {\it MSC} & 3 & {\it nnAA} & {\it mmAA} & {\it sigAA} & {\it scepsAA} & {\it sccA} \\1177: {\it MSC} & 3 & {\it nnAA} & {\it mmAA} & {\it sigAA} & {\it scepsAA} & {\it sccA} \\
1178: {\it MSC} &   & {\it nnAB} & {\it mmAB} & {\it sigAB} & {\it scepsAB} & \\1178: {\it MSC} &   & {\it nnAB} & {\it mmAB} & {\it sigAB} & {\it scepsAB} & \\
1179: {\it MSC} &   & {\it nnAC} & {\it mmAC} & {\it sigAC} & {\it scepsAC} & \\1179: {\it MSC} &   & {\it nnAC} & {\it mmAC} & {\it sigAC} & {\it scepsAC} & \\
1180: {\it MSC} & {\it k} & {\it nnBB} & {\it mmBB} & {\it sigBB} & {\it scepsBB} & {\it sccB} \\1180: {\it MSC} & {\it k} & {\it nnBB} & {\it mmBB} & {\it sigBB} & {\it scepsBB} & {\it sccB} \\
1181: {\it MSC} &   & {\it nnBC} & {\it mmBC} & {\it sigBC} & {\it scepsBC} & \\1181: {\it MSC} &   & {\it nnBC} & {\it mmBC} & {\it sigBC} & {\it scepsBC} & \\
1182: {\it MSC} & {\it l} & {\it nnCC} & {\it mmCC} & {\it sigCC} & {\it scepsCC} & {\it sccC}1182: {\it MSC} & {\it l} & {\it nnCC} & {\it mmCC} & {\it sigCC} & {\it scepsCC} & {\it sccC}
1439: in {\bf mylbfgs.f}. The geometry is projected after every proposed step.1439: in {\bf mylbfgs.f}. The geometry is projected after every proposed step.
1440: 1440: 
1441: \item {\it PROJIH\/}: turns on projection operator to enforce $I_h$ point group symmetry1441: \item {\it PROJIH\/}: turns on projection operator to enforce $I_h$ point group symmetry
1442: in {\bf mylbfgs.f}. The geometry is projected after every proposed step.1442: in {\bf mylbfgs.f}. The geometry is projected after every proposed step.
1443: 1443: 
1444: \item {\it PRTFRQ n\/}: prints the energy every {\it n\/} steps; default is every step.1444: \item {\it PRTFRQ n\/}: prints the energy every {\it n\/} steps; default is every step.
1445: Should now work for basin-hopping, basin-sampling and parallel tempering runs.1445: Should now work for basin-hopping, basin-sampling and parallel tempering runs.
1446: 1446: 
1447: \item {\it PRINT\_PTGRP tol1 tol2 tol3\/}: Print point-group classification and order for each structure saved in the file {\tt lowest\/}. The three tolerances are optional: {\it tol1\/} is a dimensionless tolerance for diagnosing degeneracies in (normalised!) principal moments of inertia, {\it tol2\/} is the distance tolerance used for detecting point-group symmetry operations, and {\it tol3\/} is a dimensionless tolerance used for testing whether a generated rotation matrix (representing a symmetry operation) is new. The default values are $0.001$, $0.2$ and $0.1$, respectively.1447: \item {\it PRINT\_PTGRP tol1 tol2 tol3\/}: Print point-group classification and order for each structure saved in the file {\tt lowest\/}. The three tolerances are optional: {\it tol1\/} is a dimensionless tolerance for diagnosing degeneracies in (normalised!) principal moments of inertia, {\it tol2\/} is the distance tolerance used for detecting point-group symmetry operations, and {\it tol3\/} is a dimensionless tolerance used for testing whether a generated rotation matrix (representing a symmetry operation) is new. The default values are $0.001$, $0.2$ and $0.1$, respectively.
1448: 1448: 
1449: \item {\it PRINT\_MINDATA\/}: Print the energy, log product of (non-zero) Hessian eigenvalues, and the order of point group for each minimum in the file {\tt lowest\/}, instead of the usual comment line. 
1450:  
1451: \item {\it PTMC histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nenrper hbins\/}: 1449: \item {\it PTMC histmin histmax ptemin ptemax pttmin pttmax exchprob nequil ptsteps nenrper hbins\/}: 
1452: requests a standard parallel tempering MC run.1450: requests a standard parallel tempering MC run.
1453: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,1451: This keyword also specifies the energy range for the histogram of quench energies,
1454: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},1452: {\it histmin\/} to {\it histmax\/},
1455: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 1453: the energy range for the histogram of instantaneous configurations, {\it ptemin} to {\it ptemax}, 
1456: the temperature range ({\it pttmin} and {\it pttmax}), 1454: the temperature range ({\it pttmin} and {\it pttmax}), 
1457: the probability of attempting an exchange {\it exchprob}, the 1455: the probability of attempting an exchange {\it exchprob}, the 
1458: number of equilibration steps, {\it nequil},1456: number of equilibration steps, {\it nequil},
1459: the number of parallel tempering MC steps without quenching,  {\it ptsteps},1457: the number of parallel tempering MC steps without quenching,  {\it ptsteps},
1460: the number of bins for the histogram of instantaneous potential energy, {\it nenrper}, and1458: the number of bins for the histogram of instantaneous potential energy, {\it nenrper}, and
1682: are needed for different potentials. {\it BASIN} can be used instead.1680: are needed for different potentials. {\it BASIN} can be used instead.
1683: 1681: 
1684: \item {\it SORT}: for pairwise potentials the atoms can be sorted from most to least1682: \item {\it SORT}: for pairwise potentials the atoms can be sorted from most to least
1685: strongly bound. The {\it SORT} keyword enables this sorting for the coordinates printed1683: strongly bound. The {\it SORT} keyword enables this sorting for the coordinates printed
1686: in file {\tt lowest}. This can be useful for seeding subsequent runs by removing the1684: in file {\tt lowest}. This can be useful for seeding subsequent runs by removing the
1687: most weakly bound atoms. This sort is not set by default and is meaningless if the1685: most weakly bound atoms. This sort is not set by default and is meaningless if the
1688: pair energies are not computed.1686: pair energies are not computed.
1689: 1687: 
1690: \item {\it SPECLABELS L1 L2 \dots LM \/}: specifies the labels to be used in file {\tt lowest} for each atomic species. Intended for use with a potential invoked by keywords {\it MLJ\/}, {\it MGUPTA\/} and {\it MSC\/}. Note that each label is interpreted as a string of two characters, and the calculation will stop if the supplied number of labels ({\it M}) does not match the species count.1688: \item {\it SPECLABELS L1 L2 \dots LM \/}: specifies the labels to be used in file {\tt lowest} for each atomic species. Intended for use with a potential invoked by keywords {\it MLJ\/}, {\it MGUPTA\/} and {\it MSC\/}. Note that each label is interpreted as a string of two characters, and the calculation will stop if the supplied number of labels ({\it M}) does not match the species count.
1691: 1689: 
1692: \item {\it SPECMASS m1 m2 \dots mM\/}: specifies the mass for each atomic species. Intended for calculation of a mass-weighted Hessian. Error will occur if the supplied number ({\it M}) of masses does not match the species count. 
1693:  
1694: \item {\it STAR}: specifies an excited state calculation for Ar$^*_n$ or Ne$^*_n$ for1690: \item {\it STAR}: specifies an excited state calculation for Ar$^*_n$ or Ne$^*_n$ for
1695: a diatomics-in-molecules potential when used with {\it NEON\/} or {\it ARGON\/}.1691: a diatomics-in-molecules potential when used with {\it NEON\/} or {\it ARGON\/}.
1696: 1692: 
1697: \item {\it STEP step astep ostep block\/}: specifies the maximum step sizes. {\it step\/} is1693: \item {\it STEP step astep ostep block\/}: specifies the maximum step sizes. {\it step\/} is
1698: for the maximum change of any Cartesian coordinate and {\it astep\/} specifies a tolerance1694: for the maximum change of any Cartesian coordinate and {\it astep\/} specifies a tolerance
1699: on the binding energy of individual atoms (if available, i.e.~for Morse and LJ) below1695: on the binding energy of individual atoms (if available, i.e.~for Morse and LJ) below
1700: which an angular step is taken for that atom. See the following section for more details.1696: which an angular step is taken for that atom. See the following section for more details.
1701: {\it ostep\/} is the maximum displacement of an axis-angle coordinate for a rigid body system1697: {\it ostep\/} is the maximum displacement of an axis-angle coordinate for a rigid body system
1702: and {\it block\/} (an integer) is the block size for which separate translational and orientational1698: and {\it block\/} (an integer) is the block size for which separate translational and orientational
1703: displacements will be made for rigid bodies. Omitting {\it block\/} or using a value of zero results in1699: displacements will be made for rigid bodies. Omitting {\it block\/} or using a value of zero results in
1722: 1718: 
1723: \item {\it STOCK mu lambda}: specifies a Stockmeyer potential with parameters1719: \item {\it STOCK mu lambda}: specifies a Stockmeyer potential with parameters
1724: $\mu$ and $\lambda$, respectively.1720: $\mu$ and $\lambda$, respectively.
1725: 1721: 
1726: \item {\it STOCKAA muD E\/}: calls a finite system of Stockmayer particles,1722: \item {\it STOCKAA muD E\/}: calls a finite system of Stockmayer particles,
1727: where $\mu_{D}$ is the dipole moment strength and the electric field of stength $E$ can be optionally present. The field, if1723: where $\mu_{D}$ is the dipole moment strength and the electric field of stength $E$ can be optionally present. The field, if
1728: present, is along the space-fixed z-direction.1724: present, is along the space-fixed z-direction.
1729: 1725: 
1730: \item {\it STRAND}: specifies a system of $\beta$ strands coded using the rigid body formalism.1726: \item {\it STRAND}: specifies a system of $\beta$ strands coded using the rigid body formalism.
1731: 1727: 
1732: \item {\it STRESS mode}: calculate and print atomic-level stresses in the file {\tt lowest\/}. The integer parameter {\it mode} is optional, with the default value being 1, in which the local pressure and the corresponding anisotropy parameter are printed after each atom's coordinates. Additional modes can be introduced if other invariants of the local stress tensor are desired. 
1733:  
1734: \item {\it SUPPRESS}: suppresses the majority of the GMIN output.1728: \item {\it SUPPRESS}: suppresses the majority of the GMIN output.
1735: Think of it as the opposite of {\it DEBUG}.1729: Think of it as the opposite of {\it DEBUG}.
1736: 1730: 
1737: \item {\it SW\/}: specifies the Stillinger-Weber Si potential.1731: \item {\it SW\/}: specifies the Stillinger-Weber Si potential.
1738: 1732: 
1739: \item {\it SYMMETRISE int tol1 tol2 tol3 tol4 tol5 qmax mdiff d}: specifies that the symmetrisation1733: \item {\it SYMMETRISE int tol1 tol2 tol3 tol4 tol5 qmax mdiff d}: specifies that the symmetrisation
1740: routine should be called every {\it int} steps. The five {\it tol} parameters are tolerances1734: routine should be called every {\it int} steps. The five {\it tol} parameters are tolerances
1741: for various parts of the routine: 1735: for various parts of the routine: 
1742: {\it tol1} is used in {\bf ptgrp.f} in defining orbits; 1736: {\it tol1} is used in {\bf ptgrp.f} in defining orbits; 
1743: {\it tol2} is the distance tolerance used in {\bf ptgrp.f} to define point group symmetry operations;1737: {\it tol2} is the distance tolerance used in {\bf ptgrp.f} to define point group symmetry operations;


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0