hdiff output

r29918/genrigid_input.py 2016-02-08 18:30:06.835492682 +0000 r29917/genrigid_input.py 2016-02-08 18:30:07.027495219 +0000
1336: coords_out = open('coordsinirigid', 'w')1336: coords_out = open('coordsinirigid', 'w')
1337: for i in range(1, len(atom_dic.keys()) + 1):1337: for i in range(1, len(atom_dic.keys()) + 1):
1338:     atom = str(atom_dic[i][3]) + '   ' + str(atom_dic[i][4]) + '   ' + str(atom_dic[i][5])1338:     atom = str(atom_dic[i][3]) + '   ' + str(atom_dic[i][4]) + '   ' + str(atom_dic[i][5])
1339:     coords_out.write(atom)1339:     coords_out.write(atom)
1340:     if i < len(atom_dic.keys()):1340:     if i < len(atom_dic.keys()):
1341:         coords_out.write("\n")1341:         coords_out.write("\n")
1342: coords_out.close()1342: coords_out.close()
1343: 1343: 
1344: ### RBODYCONFIG FILE ###1344: ### RBODYCONFIG FILE ###
1345: groups_file = open('rbodyconfig', 'w')1345: groups_file = open('rbodyconfig', 'w')
1346: natom_rbody = 0 
1347: for group in range(1, len(groups.keys()) + 1):1346: for group in range(1, len(groups.keys()) + 1):
1348:     string = ''1347:     string = ''
1349:     counter = 01348:     counter = 0
1350:     for res in groups[group]:1349:     for res in groups[group]:
1351:         for atom in res_dic[res]:1350:         for atom in res_dic[res]:
1352:             string += str(atom) + "\n"1351:             string += str(atom) + "\n"
1353:             counter += 11352:             counter += 1
1354:             natom_rbody += 1 
1355:     groups_file.write('GROUP ' + str(counter) + "\n" + string)1353:     groups_file.write('GROUP ' + str(counter) + "\n" + string)
1356: for group_local in range(1, len(groups_local.keys()) + 1):1354: for group_local in range(1, len(groups_local.keys()) + 1):
1357:     string = ''1355:     string = ''
1358:     counter = 01356:     counter = 0
1359:     for atom in groups_local[group_local][2:]:1357:     for atom in groups_local[group_local][2:]:
1360:         string += str(atom) + "\n"1358:         string += str(atom) + "\n"
1361:         counter += 11359:         counter += 1
1362:         natom_rbody += 1 
1363:     groups_file.write('GROUP ' + str(counter) + "\n" + string)1360:     groups_file.write('GROUP ' + str(counter) + "\n" + string)
1364: groups_file.close()1361: groups_file.close()
1365: 1362: 
1366: ### FINISH LOG FILE ###1363: ### FINISH LOG FILE ###
1367: checkfile.write("\n" + "\n" + 'Number of rigid bodies: ' + str(len(groups.keys()) + len(groups_local.keys()))) 
1368: checkfile.write("\n" + 'Degrees of freedom: ' + str(3 * natom_rbody + 6* (len(groups.keys()) + len(groups_local.keys())))) 
1369: check_file.close()1364: check_file.close()
1370: 1365: 
1371: ### Writing in file parmed.py to exclude interactions ####1366: ### Writing in file parmed.py to exclude interactions ####
1372: parmed_in = open('parmed_in', "w")1367: parmed_in = open('parmed_in', "w")
1373: for group in range(1, len(groups.keys()) + 1):1368: for group in range(1, len(groups.keys()) + 1):
1374:     string = 'addExclusions '1369:     string = 'addExclusions '
1375:     string2 = '@'1370:     string2 = '@'
1376:     counter = 11371:     counter = 1
1377:     for res in groups[group]:1372:     for res in groups[group]:
1378:         for atom in res_dic[res]:1373:         for atom in res_dic[res]:


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0