hdiff output

r29904/keywords.f 2016-02-05 14:30:08.678418749 +0000 r29903/keywords.f 2016-02-05 14:30:08.882421476 +0000
 44:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS, 44:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS,
 45:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA 45:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA
 46:       USE CHIRALITY, ONLY : CIS_TRANS_TOL 46:       USE CHIRALITY, ONLY : CIS_TRANS_TOL
 47:       USE ISO_C_BINDING, ONLY: C_NULL_CHAR 47:       USE ISO_C_BINDING, ONLY: C_NULL_CHAR
 48:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS,  48:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS, 
 49:      &     PARSE_MLJ_PARAMS 49:      &     PARSE_MLJ_PARAMS
 50:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT 50:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT
 51:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE 51:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE
 52:       IMPLICIT NONE 52:       IMPLICIT NONE
 53:  53: 
 54:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:) 
 55:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4 54:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4
 56:       INTEGER DATA_UNIT 55:       INTEGER DATA_UNIT
 57:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX 56:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX
 58:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE 57:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE
 59:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, 58:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR,
 60:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT 59:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT
 61:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA  60:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA 
 62:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO 61:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO
 63:       CHARACTER WORD*16,PBC*3,WORD2*10 62:       CHARACTER WORD*16,PBC*3,WORD2*10
 64:       DOUBLE PRECISION EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0, DUMMY 63:       DOUBLE PRECISION EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0, DUMMY
 65:       COMMON /EAMLJCOMM/ EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0 64:       COMMON /EAMLJCOMM/ EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0
 66:       DOUBLE PRECISION SLENGTH, EPS 65:       DOUBLE PRECISION SLENGTH, EPS
 67:       INTEGER NOK, NBAD 66:       INTEGER NOK, NBAD
 68:       COMMON /BSNEW/ SLENGTH, NOK, NBAD, EPS 67:       COMMON /BSNEW/ SLENGTH, NOK, NBAD, EPS
 69:       DOUBLE PRECISION EPS2, RAD, HEIGHT 68:       DOUBLE PRECISION EPS2, RAD, HEIGHT
 70:       COMMON /CAPS/ EPS2, RAD, HEIGHT 69:       COMMON /CAPS/ EPS2, RAD, HEIGHT
 71:  70: 
 72:       LOGICAL MLPDONE, MLPNORM 
 73: !     LOGICAL IGNOREBIN(HISTBINMAX), FIXBIN 71: !     LOGICAL IGNOREBIN(HISTBINMAX), FIXBIN
 74: !     COMMON /IG/ IGNOREBIN, FIXBIN 72: !     COMMON /IG/ IGNOREBIN, FIXBIN
 75: !      DOUBLE PRECISION    PMAX,PMIN,NMAX,NMIN,SIDESTEP 73: !      DOUBLE PRECISION    PMAX,PMIN,NMAX,NMIN,SIDESTEP
 76: !      COMMON /AMBWORD/    PMAX,PMIN,NMAX,NMIN,SIDESTEP 74: !      COMMON /AMBWORD/    PMAX,PMIN,NMAX,NMIN,SIDESTEP
 77:  75: 
 78:       INTEGER NATOM, DMODE, NDUM, NONTYPEA 76:       INTEGER NATOM, DMODE, NDUM, NONTYPEA
 79: ! 77: !
 80: ! These arrays should have dimension MXATMS 78: ! These arrays should have dimension MXATMS
 81: ! 79: !
 82:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: CHX(:), CHY(:), CHZ(:), CHMASS(:) 80:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: CHX(:), CHY(:), CHZ(:), CHMASS(:)
1100:       GCNATOMS=11098:       GCNATOMS=1
1101:       GCINT=1001099:       GCINT=100
1102:       GCRELAX=10*GCINT1100:       GCRELAX=10*GCINT
1103:       GCPLUS=0.5D01101:       GCPLUS=0.5D0
1104: 1102: 
1105: !1103: !
1106: ! Neural network potential1104: ! Neural network potential
1107: !1105: !
1108:       MLP3T=.FALSE.1106:       MLP3T=.FALSE.
1109:       MLPB3T=.FALSE.1107:       MLPB3T=.FALSE.
1110:       MLPDONE=.FALSE. 
1111:       MLPNORM=.FALSE. 
1112:       MLPLAMBDA=0.0D01108:       MLPLAMBDA=0.0D0
1113:       1109:       
1114:       CALL FILE_OPEN('data', DATA_UNIT, .FALSE.)1110:       CALL FILE_OPEN('data', DATA_UNIT, .FALSE.)
1115:       1111:       
1116: !      OPEN (5,FILE='data',STATUS='OLD')1112: !      OPEN (5,FILE='data',STATUS='OLD')
1117: 1113: 
1118: !190   CALL INPUT(END,5)1114: !190   CALL INPUT(END,5)
1119: 190   CALL INPUT(END, DATA_UNIT)1115: 190   CALL INPUT(END, DATA_UNIT)
1120:       IF (.NOT. END) THEN1116:       IF (.NOT. END) THEN
1121:         CALL READU(WORD)1117:         CALL READU(WORD)
2075:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+12071:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+1
2076:          ELSE2072:          ELSE
2077:             WRITE(MYUNIT,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with Nin, Nhidden, Nout, Ndata, lambda=',2073:             WRITE(MYUNIT,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with Nin, Nhidden, Nout, Ndata, lambda=',
2078:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT,MLPDATA,MLPLAMBDA  2074:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT,MLPDATA,MLPLAMBDA  
2079:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)2075:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)
2080:          ENDIF2076:          ENDIF
2081:          IF (NMLP.NE.NATOMS) THEN2077:          IF (NMLP.NE.NATOMS) THEN
2082:             PRINT '(A,2I8)', 'keywords> ERROR *** NATOMS,NMLP=',NATOMS,NMLP2078:             PRINT '(A,2I8)', 'keywords> ERROR *** NATOMS,NMLP=',NATOMS,NMLP
2083:             STOP2079:             STOP
2084:          ENDIF2080:          ENDIF
2085:     
2086:          LUNIT=GETUNIT()2081:          LUNIT=GETUNIT()
2087:          OPEN(LUNIT,FILE='MLPdata',STATUS='OLD')2082:          OPEN(LUNIT,FILE='MLPdata',STATUS='OLD')
2088:          ALLOCATE(MLPDAT(MLPDATA,MLPIN),MLPOUTCOME(MLPDATA),MLPMEAN(MLPIN))2083:          ALLOCATE(MLPDAT(MLPDATA,MLPIN),MLPOUTCOME(MLPDATA))
2089:          MLPMEAN(1:MLPIN)=0.0D0 
2090:          DO J1=1,MLPDATA2084:          DO J1=1,MLPDATA
2091:             READ(LUNIT,*) MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1)2085:             READ(LUNIT,*) MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1)
2092:             MLPOUTCOME(J1)=MLPOUTCOME(J1)+1 ! to shift the range to 1 to 42086:             MLPOUTCOME(J1)=MLPOUTCOME(J1)+1 ! to shift the range to 1 to 4
2093:             WRITE(MYUNIT,'(9G20.10,I8)') MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1)2087:             WRITE(MYUNIT,'(9G20.10,I8)') MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1)
2094:             DO J2=1,MLPIN 
2095:                MLPMEAN(J2)=MLPMEAN(J2)+ABS(MLPDAT(J1,J2)) 
2096:             ENDDO 
2097:          ENDDO2088:          ENDDO
2098:          CLOSE(LUNIT) 
2099:          IF (MLPNORM) THEN 
2100:             MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA  
2101:             PRINT '(A)','keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:' 
2102:             PRINT '(6G20.10)',MLPMEAN(1:MLPIN) 
2103:             DO J1=1,MLPIN 
2104:                MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1) 
2105:             ENDDO 
2106:          ENDIF 
2107:          DEALLOCATE(MLPMEAN) 
2108:          MLPDONE=.TRUE. 
2109: ! 
2110: ! MLPNORM directs OPTIM to rescale the input data columns by dividing each one by the 
2111: ! average of the mean magnitude 
2112: ! Arranged so that MLPNORM can come before of after MLPB3/MLP3 
2113: ! 
2114:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNORM') THEN 
2115:          MLPNORM=.TRUE. 
2116:          IF (MLPDONE) THEN 
2117:             LUNIT=GETUNIT() 
2118:             OPEN(LUNIT,FILE='MLPdata',STATUS='OLD') 
2119:             ALLOCATE(MLPMEAN(MLPIN)) 
2120:             MLPMEAN(1:MLPIN)=0.0D0 
2121:             DO J1=1,MLPDATA 
2122:                READ(LUNIT,*) MLPDAT(J1,1:MLPIN),MLPOUTCOME(J1) 
2123:                MLPOUTCOME(J1)=MLPOUTCOME(J1)+1 ! to shift the range to start from 1 instead of zero 
2124:                DO J2=1,MLPIN 
2125:                   MLPMEAN(J2)=MLPMEAN(J2)+ABS(MLPDAT(J1,J2)) 
2126:                ENDDO 
2127:             ENDDO 
2128:             CLOSE(LUNIT) 
2129:             MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA 
2130:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:' 
2131:             WRITE(MYUNIT,'(6G20.10)') MLPMEAN(1:MLPIN) 
2132:             DO J1=1,MLPIN 
2133:                MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1) 
2134:             ENDDO 
2135:             DEALLOCATE(MLPMEAN) 
2136:          ENDIF 
2137:       ELSE IF(WORD.EQ.'MODEL1') THEN2089:       ELSE IF(WORD.EQ.'MODEL1') THEN
2138:          MODEL1T=.TRUE.2090:          MODEL1T=.TRUE.
2139:          CALL READF(ME1)2091:          CALL READF(ME1)
2140:          CALL READF(ME2)2092:          CALL READF(ME2)
2141:           CALL READF(ME3)2093:          CALL READF(ME3)
2142:          CALL READF(MSTART)2094:          CALL READF(MSTART)
2143:          CALL READF(MFINISH)2095:          CALL READF(MFINISH)
2144:          CALL READF(MBSTART1)2096:          CALL READF(MBSTART1)
2145:          CALL READF(MBFINISH1)2097:          CALL READF(MBFINISH1)
2146:          CALL READF(MBSTART2)2098:          CALL READF(MBSTART2)
2147:          CALL READF(MBFINISH2)2099:          CALL READF(MBFINISH2)
2148:          CALL READF(MBHEIGHT1)2100:          CALL READF(MBHEIGHT1)
2149:          CALL READF(MBHEIGHT2)2101:          CALL READF(MBHEIGHT2)
2150:       ELSE IF(WORD.EQ.'MONITOR') THEN2102:       ELSE IF(WORD.EQ.'MONITOR') THEN
2151:          MONITORT=.TRUE.2103:          MONITORT=.TRUE.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0